1991年（平成3年）

• 民法第34条に基づく公益法人として設立(通商産業大臣認可)
• 初代理事長 平岩外四（1991〜2001）
• 千葉市の蚕糸会館に事務局設置

1992年（平成4年）

• 特定公益増進法人の認可を受ける

1993年（平成5年）

• 千葉市内の農業大学校跡地施設に仮研究所を設置
• 通商産業省及び科学技術庁の共管となる

1994年（平成6年）

• かずさディー・エヌ・エー研究所開所
• 高浪満 初代所長（1994〜1997）
• 国際科学雑誌「DNA Research」刊行
• ヒト cDNA プロジェクト開始

1995年（平成7年）

• 開所からの見学者数が 1 万人に到達

1996年（平成8年）

• 光合成生物（ラン藻）のゲノム解読に成功

1997年（平成9年）

• 大石道夫 第2代所長就任（1997~2011）

1998年（平成10年）

• 開所からの見学者数が 5 万人に到達
• 研究成果の産業利用を目的とした遺伝子機能研究開発制度を発足
• 米国国立科学財団から当研究所をサポートする千葉県に感謝状（シロイヌナズナのゲノム解析）

2000年（平成12年）

• 新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）の「完全長 cDNA 構造解析」事業に参加
• モデル植物（シロイヌナズナ）のゲノム解読に成功
• 窒素固定生物（ミヤコグサ根粒菌）のゲノム解読に成功

2001年（平成13年）

• 沼田 武 理事長就任（2001~2003）
• 木更津市民栄誉賞を受賞
• 理化学研究所と共同でヒト cDNA 由来蛋白質の立体構造解析を開始
• 創薬の研究ツールの開発を目指して科学技術振興事業団（JST）の「地域結集型共同研究事業」開始。

2002年（平成14年）

• ユニークな性質をもつ３種類のラン藻ゲノム解読 に成功
• 新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）の「植物の物質生産プロセス制御基盤技術開発」事業に参加
• ヒトの遺伝子の国際登録件数が2000件を突破

2003年（平成15年）

• 大石 道夫 理事長就任（2003~）
• 窒素固定生物（ダイズ根粒菌）のゲノム解読に成功
• 天皇皇后両陛下当研究所御視察
• 第 54 回全国植樹祭が当研究所芝生広場をメイン会場として開催

2004年（平成16年）

• マウス遺伝子クローン及び抗体のデータベースを公開
• 開所以来の見学者数が 10 万人に到達
• 開所 10 周年記念式典・講演会を開催
• 米国プロメガ社とバイオテクノロジーの分野に関する共同契約を調印

2005年（平成17年）

• かずさバイオ共同研究開発センター開所
• 皇太子殿下当研究所御視察

2006年（平成18年）

• 先天性免疫不全症の解明に着手
• 米国プロメガ社との共同研究によるヒト遺伝子クローンの配布を開始

2007年（平成19年）

• バイオ産業技術支援センターを設置

2008年（平成20年）

• アオコ形成藻ミクロシスティス・エルギノーサのゲノム解読に成功
• トマトの成分組成を一挙に解析する方法を開発
• マメ科植物（ミヤコグサ）のゲノム解読に成功
• 全世界に向けてヒト遺伝子クローンの配布を開始

2009年（平成21年）

• 免疫・アレルギー疾患の克服に向けた産学官との連携を開始
• トマトのゲノム解読（概要）に成功

2010年（平成22年）

• 希少疾患の原因遺伝子検査拠点に向けての活動を開始
• バイオ燃料植物（ナンヨウアブラギリ）のゲノム解読に成功

2011年（平成23年）

• 田畑哲之副所長が文部科学大臣表彰を受賞
• ハクサイのゲノム解読に成功
• 山本正幸 第3代所長就任（2011~2013）

2012年（平成24年）

• ユーカリのゲノム解読に成功
• 公益財団法人に移行し、「公益財団法人かずさ DNA 研究所」に改称
• トマトの全ゲノム解読（高精度）に成功（国際プロジェクト）

2013年（平成25年）

• 田畑哲之 第4代所長就任（2013~）
• 食用イチゴのゲノム解読に成功
• カーネーションの全ゲノム解読に成功

2014年（平成26年）

• 長生高等学校とSSH連携事業協定を締結
• ダイコンのゲノム解読ナスのゲノム解読に成功
• ナスの全ゲノム解読に成功
• かずさDNA研究所開所 20 周年記念マスコットキャラクターが決定

2015年（平成27年）

• サツマイモ近縁野生種のゲノム解読に成功
• 千葉大学未来医療教育研究機構と共同研究契約を締結
• 東京理科大学生命医学研究所と研究交流に関する協定を締結
• かずさ DNA 研究所発ベンチャー企業株式会社かずさゲノムテクノロジーズ設立
• 研究所見学者13万人達成

2016年（平成28年）

• ラッカセイ祖先種のゲノム解読に成功
• 千葉大との連携で所内に連携研究室を設置
• 木更津高等学校とSSH連携事業協定を締結
• 日本シバのゲノム解読に成功
• ソバのゲノム解読に成功
• 原発性免疫不全症の新しい原因遺伝子を同定
• キヌアのゲノム解読に成功
• サブクローバーのゲノム解読に成功
• マメ科牧草サブクローバのゲノム解読に成功
• 英国王立協会において Daiwa Adrian Prizes 2016 を受賞

2017年（平成29年）

• イチジクのゲノム解読に成功
• 千葉県がんセンター研究所と連携協定を締結
• オウトウ（サクランボ）のゲノム解読に成功
• 宮崎大学と連携協定を締結
• 植物などに含まれるほぼ全てのフラボノイドを検出する技術を開発
• ノイバラのゲノム解読に成功
• 遺伝学的検査のための衛生検査所として登録
• 難病の遺伝学的検査を開始
• ライソゾーム病の新生児スクリーニングを開始
• ネギ萎凋病の抵抗性に関与する遺伝子群の特定に成功

2018年（平成30年）

• 研究所のサポーターズクラブ「DNA倶楽部」発足
• DNA Research 出版局を設置

2019年（令和元年）

• 文部科学省教員免許状更新講習開設者に指定
• キクタニギクのゲノム解読に成功
• サクラ（ソメイヨシノ）のゲノム解読に成功
• 現代産業科学館の「伝えたい千葉の産業技術 100選」に選定
• 野生ダイズのゲノム解読に成功
• ラッカセイ栽培種のゲノム解読に成功
• 中高生のDNA出前講座受講者１万人達成
• シャインマスカットのゲノム解読に成功

2020年（令和2年）

• イヌビワのゲノム解読に成功
• 柿のゲノム解読に成功
• イエネコのゲノム解読に成功
• 桜島大根のゲノム解読アジサイのゲノム解読に成功
• 国立遺伝学研究所と連携協定を締結

2021年（令和3年）

• 20世紀ナシのゲノム解読に成功
• 田畑哲之所長が「みどりの学術賞」を受賞
• ホウレンソウのゲノム解読に成功
• ツツジのゲノム解読に成功
• ニホングリのゲノム解読に成功
• ホースグラムのゲノム解読に成功
• ヤハズエンドウのゲノム解読に成功
• 小原収副所長が「文化の日千葉県功労者表彰」を受賞
• カワズザクラとアタミザクラのゲノムを解読に成功
• ハマタマボウキのゲノムを解読に成功