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SpecieshumanProduct IDFXC01780Cloning SiteSgfI-PmeIGeneKIBB4786SymbolCOL1A1
Alias : CAFYD, EDSARTH1, EDSC, OI1, OI2, OI3, OI4Descriptioncollagen, type I, alpha 1Original Clone IDsj06448
Length: 4392 bp
Restriction map A
Restriction map B
Genomic Structure
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Length: 1464 aa
Result of homology search against CCDS protein database (
FASTA output,
Multiple alignment)
Entry Exp ID% symbol CCDS11561.1 5.5e-211 100.0 COL1A1 CCDS41778.1 3.8e-146 71.1 COL2A1 CCDS8759.1 4.5e-146 72.8 COL2A1 CCDS2297.1 5.5e-126 61.9 COL3A1 CCDS33350.1 1.1e-117 59.6 COL5A2
The numbers on the left and right sides of a black line in the graphical overview indicate the lengths (in amino acid residues) of the non-homologous N-terminal and C-terminal portions flanking the homologous region (indicated by the black line), respectively.
Result of motif / domain search (InterProScan and SOSUI)
[ zoom out (x2) ]
Result of InterProScan
Search method interpro_ID From To Entry Definition BlastProDom IPR000885 1352 1464 PD002078 Fibrillar collagen HMMPfam IPR001007 40 95 PF00093 von Willebrand factor IPR008160 109 158 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 179 237 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 236 295 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 296 354 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 356 414 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 416 475 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 476 533 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 716 774 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 779 837 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 839 897 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 893 942 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 1079 1137 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 1133 1191 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR000885 1245 1463 PF01410 Fibrillar collagen HMMSmart IPR001007 40 95 SM00214 von Willebrand factor IPR000885 1228 1464 SM00038 Fibrillar collagen ProfileScan IPR001007 38 96 PS50184 von Willebrand factor IPR000885 1229 1464 PS51461 Fibrillar collagen Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.comCloned ORF Nucleotide sequence for pF1KB4786 Download>KIBB4786 4392 bp ATGTTCAGCTTTGTGGACCTCCGGCTCCTGCTCCTCTTAGCGGCCACCGCCCTCCTGACG CACGGCCAAGAGGAAGGCCAAGTCGAGGGCCAAGACGAAGACATCCCACCAATCACCTGC GTACAGAACGGCCTCAGGTACCATGACCGAGACGTGTGGAAACCCGAGCCCTGCCGGATC TGCGTCTGCGACAACGGCAAGGTGTTGTGCGATGACGTGATCTGTGACGAGACCAAGAAC TGCCCCGGCGCCGAAGTCCCCGAGGGCGAGTGCTGTCCCGTCTGCCCCGACGGCTCAGAG TCACCCACCGACCAAGAAACCACCGGCGTCGAGGGACCCAAGGGAGACACTGGCCCCCGA GGCCCAAGGGGACCCGCAGGCCCCCCTGGCCGAGATGGCATCCCTGGACAGCCTGGACTT CCCGGACCCCCCGGACCCCCCGGACCTCCCGGACCCCCTGGCCTCGGAGGAAACTTTGCT CCCCAGCTGTCTTATGGCTATGATGAGAAATCAACCGGAGGAATTTCCGTGCCTGGCCCC ATGGGTCCCTCTGGTCCTCGTGGTCTCCCTGGCCCCCCTGGTGCACCTGGTCCCCAAGGC TTCCAAGGTCCCCCTGGTGAGCCTGGCGAGCCTGGAGCTTCAGGTCCCATGGGTCCCCGA GGTCCCCCAGGTCCCCCTGGAAAGAATGGAGATGATGGGGAAGCTGGAAAACCTGGTCGT CCTGGTGAGCGTGGGCCTCCTGGGCCTCAGGGTGCTCGAGGATTGCCCGGAACAGCTGGC CTCCCTGGAATGAAGGGACACAGAGGTTTCAGTGGTTTGGATGGTGCCAAGGGAGATGCT GGTCCTGCTGGTCCTAAGGGTGAGCCTGGCAGCCCTGGTGAAAATGGAGCTCCTGGTCAG ATGGGCCCCCGTGGCCTGCCTGGTGAGAGAGGTCGCCCTGGAGCCCCTGGCCCTGCTGGT GCTCGTGGAAATGATGGTGCTACTGGTGCTGCCGGGCCCCCTGGTCCCACCGGCCCCGCT GGTCCTCCTGGCTTCCCTGGTGCTGTTGGTGCTAAGGGTGAAGCTGGTCCCCAAGGGCCC CGAGGCTCTGAAGGTCCCCAGGGTGTGCGTGGTGAGCCTGGCCCCCCTGGCCCTGCTGGT GCTGCTGGCCCTGCTGGAAACCCTGGTGCTGATGGACAGCCTGGTGCTAAAGGTGCCAAT GGTGCTCCTGGTATTGCTGGTGCTCCTGGCTTCCCTGGTGCCCGAGGCCCCTCTGGACCC CAGGGCCCCGGCGGCCCTCCTGGTCCCAAGGGTAACAGCGGTGAACCTGGTGCTCCTGGC AGCAAAGGAGACACTGGTGCTAAGGGAGAGCCTGGCCCTGTTGGTGTTCAAGGACCCCCT GGCCCTGCTGGAGAGGAAGGAAAGCGAGGAGCTCGAGGTGAACCCGGACCCACTGGCCTG CCCGGACCCCCTGGCGAGCGTGGTGGACCTGGTAGCCGTGGTTTCCCTGGCGCAGATGGT GTTGCTGGTCCCAAGGGTCCCGCTGGTGAACGTGGTTCTCCTGGCCCTGCTGGCCCCAAA GGATCTCCTGGTGAAGCTGGTCGTCCCGGTGAAGCTGGTCTGCCTGGTGCCAAGGGTCTG ACTGGAAGCCCTGGCAGCCCTGGTCCTGATGGCAAAACTGGCCCCCCTGGTCCCGCCGGT CAAGATGGTCGCCCCGGACCCCCAGGCCCACCTGGTGCCCGTGGTCAGGCTGGTGTGATG GGATTCCCTGGACCTAAAGGTGCTGCTGGAGAGCCCGGCAAGGCTGGAGAGCGAGGTGTT CCCGGACCCCCTGGCGCTGTCGGTCCTGCTGGCAAAGATGGAGAGGCTGGAGCTCAGGGA CCCCCTGGCCCTGCTGGTCCCGCTGGCGAGAGAGGTGAACAAGGCCCTGCTGGCTCCCCC GGATTCCAGGGTCTCCCTGGTCCTGCTGGTCCTCCAGGTGAAGCAGGCAAACCTGGTGAA CAGGGTGTTCCTGGAGACCTTGGCGCCCCTGGCCCCTCTGGAGCAAGAGGCGAGAGAGGT TTCCCTGGCGAGCGTGGTGTGCAAGGTCCCCCTGGTCCTGCTGGTCCCCGAGGGGCCAAC GGTGCTCCCGGCAACGATGGTGCTAAGGGTGATGCTGGTGCCCCTGGAGCTCCCGGTAGC CAGGGCGCCCCTGGCCTTCAGGGAATGCCTGGTGAACGTGGTGCAGCTGGTCTTCCAGGG CCTAAGGGTGACAGAGGTGATGCTGGTCCCAAAGGTGCTGATGGCTCTCCTGGCAAAGAT GGCGTCCGTGGTCTGACCGGCCCCATTGGTCCTCCTGGCCCTGCTGGTGCCCCTGGTGAC AAGGGTGAAAGTGGTCCCAGCGGCCCTGCTGGTCCCACTGGAGCTCGTGGTGCCCCCGGA GACCGTGGTGAGCCTGGTCCCCCCGGCCCTGCTGGCTTTGCTGGCCCCCCTGGTGCTGAC GGCCAACCTGGTGCTAAAGGCGAACCTGGTGATGCTGGTGCTAAAGGCGATGCTGGTCCC CCTGGCCCTGCCGGACCCGCTGGACCCCCTGGCCCCATTGGTAATGTTGGTGCTCCTGGA GCCAAAGGTGCTCGCGGCAGCGCTGGTCCCCCTGGTGCTACTGGTTTCCCTGGTGCTGCT GGCCGAGTCGGTCCTCCTGGCCCCTCTGGAAATGCTGGACCCCCTGGCCCTCCTGGTCCT GCTGGCAAAGAAGGCGGCAAAGGTCCCCGTGGTGAGACTGGCCCTGCTGGACGTCCTGGT GAAGTTGGTCCCCCTGGTCCCCCTGGCCCTGCTGGCGAGAAAGGATCCCCTGGTGCTGAT GGTCCTGCTGGTGCTCCTGGTACTCCCGGGCCTCAAGGTATTGCTGGACAGCGTGGTGTG GTCGGCCTGCCTGGTCAGAGAGGAGAGAGAGGCTTCCCTGGTCTTCCTGGCCCCTCTGGT GAACCTGGCAAACAAGGTCCCTCTGGAGCAAGTGGTGAACGTGGTCCCCCTGGTCCCATG GGCCCCCCTGGATTGGCTGGACCCCCTGGTGAATCTGGACGTGAGGGGGCTCCTGGTGCC GAAGGTTCCCCTGGACGAGACGGTTCTCCTGGCGCCAAGGGTGACCGTGGTGAGACCGGC CCCGCTGGACCCCCTGGTGCTCCTGGTGCTCCTGGTGCCCCTGGCCCCGTTGGCCCTGCT GGCAAGAGTGGTGATCGTGGTGAGACTGGTCCTGCTGGTCCCGCCGGTCCTGTCGGCCCT GTTGGCGCCCGTGGCCCCGCCGGACCCCAAGGCCCCCGTGGTGACAAGGGTGAGACAGGC GAACAGGGCGACAGAGGCATAAAGGGTCACCGTGGCTTCTCTGGCCTCCAGGGTCCCCCT GGCCCTCCTGGCTCTCCTGGTGAACAAGGTCCCTCTGGAGCCTCTGGTCCTGCTGGTCCC CGAGGTCCCCCTGGCTCTGCTGGTGCTCCTGGCAAAGATGGACTCAACGGTCTCCCTGGC CCCATTGGGCCCCCTGGTCCTCGCGGTCGCACTGGTGATGCTGGTCCTGTTGGTCCCCCC GGCCCTCCTGGACCTCCTGGTCCCCCTGGTCCTCCCAGCGCTGGTTTCGACTTCAGCTTC CTGCCCCAGCCACCTCAAGAGAAGGCTCACGATGGTGGCCGCTACTACCGGGCTGATGAT GCCAATGTGGTTCGTGACCGTGACCTCGAGGTGGACACCACCCTCAAGAGCCTGAGCCAG CAGATCGAGAACATCCGGAGCCCAGAGGGCAGCCGCAAGAACCCCGCCCGCACCTGCCGT GACCTCAAGATGTGCCACTCTGACTGGAAGAGTGGAGAGTACTGGATTGACCCCAACCAA GGCTGCAACCTGGATGCCATCAAAGTCTTCTGCAACATGGAGACTGGTGAGACCTGCGTG TACCCCACTCAGCCCAGTGTGGCCCAGAAGAACTGGTACATCAGCAAGAACCCCAAGGAC AAGAGGCATGTCTGGTTCGGCGAGAGCATGACCGATGGATTCCAGTTCGAGTATGGCGGC CAGGGCTCCGACCCTGCCGATGTGGCCATCCAGCTGACCTTCCTGCGCCTGATGTCCACC GAGGCCTCCCAGAACATCACCTACCACTGCAAGAACAGCGTGGCCTACATGGACCAGCAG ACTGGCAACCTCAAGAAGGCCCTGCTCCTCCAGGGCTCCAACGAGATCGAGATCCGCGCC GAGGGCAACAGCCGCTTCACCTACAGCGTCACTGTCGATGGCTGCACGAGTCACACCGGA GCCTGGGGCAAGACAGTGATTGAATACAAAACCACCAAGACCTCCCGCCTGCCCATCATC GATGTGGCCCCCTTGGACGTTGGTGCCCCAGACCAGGAATTCGGCTTCGACGTTGGCCCT GTCTGCTTCCTG
Cloned ORF protein sequence for pF1KB4786 Download>KIBB4786 1464 aa MFSFVDLRLLLLLAATALLTHGQEEGQVEGQDEDIPPITCVQNGLRYHDRDVWKPEPCRI CVCDNGKVLCDDVICDETKNCPGAEVPEGECCPVCPDGSESPTDQETTGVEGPKGDTGPR GPRGPAGPPGRDGIPGQPGLPGPPGPPGPPGPPGLGGNFAPQLSYGYDEKSTGGISVPGP MGPSGPRGLPGPPGAPGPQGFQGPPGEPGEPGASGPMGPRGPPGPPGKNGDDGEAGKPGR PGERGPPGPQGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPAGPKGEPGSPGENGAPGQ MGPRGLPGERGRPGAPGPAGARGNDGATGAAGPPGPTGPAGPPGFPGAVGAKGEAGPQGP RGSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGANGAPGIAGAPGFPGARGPSGP QGPGGPPGPKGNSGEPGAPGSKGDTGAKGEPGPVGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPTGL PGPPGERGGPGSRGFPGADGVAGPKGPAGERGSPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGL TGSPGSPGPDGKTGPPGPAGQDGRPGPPGPPGARGQAGVMGFPGPKGAAGEPGKAGERGV PGPPGAVGPAGKDGEAGAQGPPGPAGPAGERGEQGPAGSPGFQGLPGPAGPPGEAGKPGE QGVPGDLGAPGPSGARGERGFPGERGVQGPPGPAGPRGANGAPGNDGAKGDAGAPGAPGS QGAPGLQGMPGERGAAGLPGPKGDRGDAGPKGADGSPGKDGVRGLTGPIGPPGPAGAPGD KGESGPSGPAGPTGARGAPGDRGEPGPPGPAGFAGPPGADGQPGAKGEPGDAGAKGDAGP PGPAGPAGPPGPIGNVGAPGAKGARGSAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPSGNAGPPGPPGP AGKEGGKGPRGETGPAGRPGEVGPPGPPGPAGEKGSPGADGPAGAPGTPGPQGIAGQRGV VGLPGQRGERGFPGLPGPSGEPGKQGPSGASGERGPPGPMGPPGLAGPPGESGREGAPGA EGSPGRDGSPGAKGDRGETGPAGPPGAPGAPGAPGPVGPAGKSGDRGETGPAGPAGPVGP VGARGPAGPQGPRGDKGETGEQGDRGIKGHRGFSGLQGPPGPPGSPGEQGPSGASGPAGP RGPPGSAGAPGKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDAGPVGPPGPPGPPGPPGPPSAGFDFSF LPQPPQEKAHDGGRYYRADDANVVRDRDLEVDTTLKSLSQQIENIRSPEGSRKNPARTCR DLKMCHSDWKSGEYWIDPNQGCNLDAIKVFCNMETGETCVYPTQPSVAQKNWYISKNPKD KRHVWFGESMTDGFQFEYGGQGSDPADVAIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMDQQ TGNLKKALLLQGSNEIEIRAEGNSRFTYSVTVDGCTSHTGAWGKTVIEYKTTKTSRLPII DVAPLDVGAPDQEFGFDVGPVCFL
Nucleotide Sequence (with vector) for pF1KB4786 Download>pF1KB4786 7505 bp GGATCTCGATCCCGCGAAATTAATACGACTCACTATAGGGGAATTGTGAGCGGATAACAA TTCCCCACTAGTAATAATTTTCTTTAACTTTAGTAAGGAGCGATCGCCATGTTCAGCTTT GTGGACCTCCGGCTCCTGCTCCTCTTAGCGGCCACCGCCCTCCTGACGCACGGCCAAGAG GAAGGCCAAGTCGAGGGCCAAGACGAAGACATCCCACCAATCACCTGCGTACAGAACGGC CTCAGGTACCATGACCGAGACGTGTGGAAACCCGAGCCCTGCCGGATCTGCGTCTGCGAC AACGGCAAGGTGTTGTGCGATGACGTGATCTGTGACGAGACCAAGAACTGCCCCGGCGCC GAAGTCCCCGAGGGCGAGTGCTGTCCCGTCTGCCCCGACGGCTCAGAGTCACCCACCGAC CAAGAAACCACCGGCGTCGAGGGACCCAAGGGAGACACTGGCCCCCGAGGCCCAAGGGGA CCCGCAGGCCCCCCTGGCCGAGATGGCATCCCTGGACAGCCTGGACTTCCCGGACCCCCC GGACCCCCCGGACCTCCCGGACCCCCTGGCCTCGGAGGAAACTTTGCTCCCCAGCTGTCT TATGGCTATGATGAGAAATCAACCGGAGGAATTTCCGTGCCTGGCCCCATGGGTCCCTCT GGTCCTCGTGGTCTCCCTGGCCCCCCTGGTGCACCTGGTCCCCAAGGCTTCCAAGGTCCC CCTGGTGAGCCTGGCGAGCCTGGAGCTTCAGGTCCCATGGGTCCCCGAGGTCCCCCAGGT CCCCCTGGAAAGAATGGAGATGATGGGGAAGCTGGAAAACCTGGTCGTCCTGGTGAGCGT GGGCCTCCTGGGCCTCAGGGTGCTCGAGGATTGCCCGGAACAGCTGGCCTCCCTGGAATG 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GACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACCCGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAA TGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCC TTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGAGCGGGACTCTGGGGTTCGAAATGACCGACC AAGCGACGCCCAACCGGACTATAAAAGGATCTAGGTGAAGATCCTTTTTGATAATCTCAT GACCAAAATCCCTTAACGTGAGTTTTCGTTCCACTGAGCGTCAGACCCCGTAGAAAAGAT CAAAGGATCTTCTTGAAATCCTTTTTTTCTGCGCGTAATCTGCTGCTTGCAAACAAAAAA ACCACCGCTACCAGCGGTGGTTTGTTTGCCGGATCAAGAGCTACCAACTCTTTTTCCGAA GGTAACTGGCTTCAGCAGAGCGCAGATACCAAATACTGTCCTTCTAGTGTAGCCGTAGTT AGGCCACCACTTCAAGAACTCTGTAGCACCGCCTACATACCTCGCTCTGCTAATCCTGTT ACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGATAAGTCGTGTCTTACCGGGTTGGACTCAAGACGATA GTTACCGGATAAGGCGCAGCGGTCGGGCTGAACGGGGGGTTCGTGCACACAGCCCAGCTT GGAGCGAACGACCTACACCGAACTGAGATACCTACAGCGTGAGCTATGAGAAAGCGCCAC GCTTCCCGAAGGGAGAAAGGCGGACAGGTATCCGGTAAGCGGCAGGGTCGGAACAGGAGA GCGCACGAGGGAGCTTCCAGGGGGAAACGCCTGGTATCTTTATAGTCCTGTCGGGTTTCG CCACCTCTGACTTGAGCGTCGATTTTTGTGATGCTCGTCAGGGGGGCGGAGCCTATGGAA AAACGCCAGCAACGCGGCCTTTTTACGGTTCCTGGCCTTTTGCTGGCCTTTTGCTCACAT 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