データベース利用に関するアンケート

SIP(戦略的イノベーション創造プログラム)では、匿名性およびセキュリティが確保されたオープンクローズドシステムを構築しており、そのシステムにお手元の競争領域データ(オープンにできないデータ)を入力することで、各種分野(医薬、疾患、食品・ヘルスケア、糖鎖、タンパク質立体構造、プロテオーム、メタボローム、フェノーム、微生物、植物)のデータベースに対して、データの繋がりを二項関係で表し、それらの繋がりを調べるセマンティックウェブ技術を用いて新たな知識発見を行うことを目指しています。
今回、データベースのご利用の状況およびSIPで開発するオープンクローズドシステムに関するヒアリングをさせていただきたいと思います。つきましては、ご多忙中恐れ入りますが、以下の質問にご回答いただき、ご意見やご要望などをお聞かせいただけると幸いです。なお、記載されることが無い場合には空白のままにしていただいて構いません。

なお、アンケートでご回答いただきました情報につきましては、SIPでの利用のみに留めます。

SIPについては以下のURLをご参照ください。
https://www.naro.affrc.go.jp/laboratory/brain/sip/sip2/koubo/new_application.html

「生物情報ビッグデータ・バイオリソースの民間利用の促進」および「オープンクローズドシステム」については以下のURLをご参照ください。
http://www.naro.affrc.go.jp/laboratory/brain/sip/sip2/theme/theme03.html

    1. 主たる業種について、該当するものをご選択ください。

    2. 差し支えなければ、企業名(機関名)、お名前をご記入ください。

    企業名(機関名):
    お名前 :

    3. どういったデータベースをご利用でしょうか。


    例)Plant GARDEN、PGDBj、DDBJ、TAIR、RAP-DBなど

    4. どういった目的、生物種(作物種)でデータベースをご利用でしょうか。


    例)形質関連遺伝子を見つけたい、マーカー開発、イネ、トマトなど

    5. どういった内容をデータベースで検索し、活用されていますでしょうか。


    例)遺伝子機能情報、遺伝子配列情報、遺伝子発現情報、品種情報など

    ●SIPで開発するオープンクローズドシステムについてお聞かせください。

    6. オープンクローズドシステムでは、どのような情報が得られると良いでしょうか。複数のデータベースを組み合わせて得られる情報でも構いません。


    例)連鎖地図、表現型、形質関連遺伝子の相同遺伝子を生物種ごとに取得、論文に記載されている遺伝子名での配列の取得、など

    7. オープンクローズドシステムでは、どのような検索があると良いでしょうか。


    例)キーワード検索、配列の類似性検索など

    8. お手元のデータがどのような分野に対して検索できれば良いでしょうか。以下の分野からご選択ください。また、各分野で検索されたい内容やデータベース名などありましたら、ご記入いただければ幸いです。


    検索されたい内容やデータベース名
    ・医薬関連
    ・疾患関連
    ・食品・ヘルスケア関連
    ・糖鎖
    ・タンパク質立体構造
    ・プロテオーム
    ・メタボローム
    ・フェノーム
    ・微生物
    ・植物
    ・上記以外

    9. お手元に前競争領域データ(オープンにして構わないデータ)がありましたら、オープンクローズドシステムの開発にご提供いただくことは可能でしょうか。
    可能   不可能  

    10.上記9にてお尋ねしました前競争領域データをご提供いただくのが難しい場合、どのようなことが問題点(懸念材料)として挙げられますでしょうか。また、オープンクローズドシステムにお手元のデータを解析できる機能があれば、ご提供いただくことは可能でしょうか。

    11. その他データベースに関するコメントなどありましたらご記入ください。

    ご回答いただきありがとうございました。
    データベースの研究開発の参考にさせていただきます。
    今後ともよろしくお願いいたします。

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