Manual PowerGet PowerFT DataPreparation
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PowerFT入力用のテキストデータを、Xcaliburソフト(ThermoFisher社)のバイナリファイル(.raw)から生成できる支援ツールです。入手方法、詳しい使い方は、こちらの{{Link|Manual_MsGet|MSGetマニュアル}}をご参照ください。 | PowerFT入力用のテキストデータを、Xcaliburソフト(ThermoFisher社)のバイナリファイル(.raw)から生成できる支援ツールです。入手方法、詳しい使い方は、こちらの{{Link|Manual_MsGet|MSGetマニュアル}}をご参照ください。 | ||
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+ | * ファイル出力時に、フルマススキャンとMS/MSスキャンのフィルタを、それぞれ別ファイルに保存してください。 | ||
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2013年2月27日 (水) 03:13時点における版
データの準備
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PowerFTで解析をするための入力ファイルについて解説します。
PowerGetは当初、ThermoFisher社の精密質量分析装置(LTQ-FT, LTQ-Orbitrap)のデータ処理のために開発されたため、入力データのフォーマットは、ThermoFisher社のXcaliburソフトウェアから出力されるデータに沿ったテキストファイル形式となっています。
他の質量分析装置のデータでも、フォーマットを合わせることにより、PowerFTで読み込むことができるようになります。
入力データフォーマット
PowerFTでは2種類のデータ、すなわち、フルマススキャンと、MS/MSスキャンのデータを使用します。MS/MSスキャンのデータを取得していない場合は、フルマススキャンデータだけでも処理は可能です。
ファイルの形式はテキスト形式です。フォーマットの詳細はMSGet出力ファイルのフォーマットをご参照ください。
PowerFT用のファイル準備に当たっては、以下の点にご注意ください。
- フルマススキャンのデータと、MS/MSスキャンのデータは、別ファイルとして準備する必要があります。
- MS/MSスキャンをしたときにたたかれた親イオンは、MS/MSスキャンのスキャン番号よりも小さく最も近いスキャン番号をもつフルマススキャンの中から検索されます。下図をご参考に、二つのデータファイルのでスキャン番号の整合性にご注意ください。
TIPS
下記のMSGetツールを使い、フルマススキャンのフィルタとMS/MSスキャンのフィルタを、それぞれ異なるファイルに出力すれば、上記の条件を満たした入力ファイルが作成できます。
入力データファイルの作成
ThermoFisher社の精密質量装置であれば、私たちが開発したMSGetツールや、ReAdWツールを使用して、バイナリファイル(.raw)から、PowerFT入力用ファイルを作成することが可能です。
MSGet
PowerFT入力用のテキストデータを、Xcaliburソフト(ThermoFisher社)のバイナリファイル(.raw)から生成できる支援ツールです。入手方法、詳しい使い方は、こちらのMSGetマニュアルをご参照ください。
- ファイル出力時に、フルマススキャンとMS/MSスキャンのフィルタを、それぞれ別ファイルに保存してください。
- PowerFTではMS3以降の多段階MSスペクトルは使用しませんので、それらのフィルタは出力データに含めないでください。
ReAdW
ReAdWというツールを使うことで、Xcaliburの.rawファイルをmzXML形式に変換することができます。PowerGetはReAdWで作成されたmzXMLファイルをインポートすることが可能です。
mzXML形式
質量分析装置の汎用データフォーマットの一つに、mzXMLというXML形式があります。ThermoFisher社製の装置でXcaliburソフトウェアで出力されたバイナリファイル(.raw)であれば、これを下記のReAdWツールでmzXML形式に変換することができます。
このような条件で作成されたmzXMLファイルであれば、PowerFTのFile Converterツールで、上記テキスト形式に変換することが可能です。
ファイルの配置
準備したデータファイルと、PowerGetで生成されるデータファイルの配置について解説します。