Manual PowerGet PowerFT DataPreparation

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2013年2月27日 (水) 03:05時点における版

データの準備

PowerGetは当初、ThermoFisher社の精密質量分析装置（LTQ-FT, LTQ-Orbitrap）のデータ処理のために開発されたため、入力データのフォーマットは、ThermoFisher社のXcaliburソフトウェアから出力されるデータに沿ったテキストファイル形式となっています。

他の質量分析装置のデータでも、フォーマットを合わせることにより、PowerFTで読み込むことができるようになります。

入力データフォーマット

PowerFTでは2種類のデータ、すなわち、フルマススキャンと、MS/MSスキャンのデータを使用します。MS/MSスキャンのデータを取得していない場合は、フルマススキャンデータだけでも処理は可能です。

ファイルの形式はテキスト形式です。フォーマットの詳細はMSGet出力ファイルのフォーマットをご参照ください。

PowerFT用のファイル準備に当たっては、以下の点にご注意ください。

フルマススキャンのデータと、MS/MSスキャンのデータは、別ファイルとして準備する必要があります。
MS/MSスキャンをしたときにたたかれた親イオンは、MS/MSスキャンのスキャン番号よりも小さく最も近いスキャン番号をもつフルマススキャンの中から検索されます。下図をご参考に、二つのデータファイルのでスキャン番号の整合性にご注意ください。

TIPS
下記のMSGetツールを使い、フルマススキャンのフィルタとMS/MSスキャンのフィルタを、それぞれ異なるファイルに出力すれば、上記の条件を満たした入力ファイルが作成できます。

入力データファイルの作成

ThermoFisher社の精密質量装置であれば、私たちが開発したMSGetツールや、ReAdWツールを使用して、バイナリファイル（.raw）から、PowerFT入力用ファイルを作成することが可能です。

MSGet

入力用のテキストデータを、Xcaliburソフト（ThermoFisher者）の.rawファイルから生成できる支援ツールです。

ReAdW

ReAdWというツールを使うことで、Xcaliburの.rawファイルをmzXML形式に変換することができます。PowerGetはReAdWで作成されたmzXMLファイルをインポートすることが可能です。

mzXML形式

質量分析装置の汎用データフォーマットの一つに、mzXMLというXML形式があります。ThermoFisher社製の装置でXcaliburソフトウェアで出力されたバイナリファイル（.raw）であれば、これを下記のReAdWツールでmzXML形式に変換することができます。

このような条件で作成されたmzXMLファイルであれば、PowerFTのFile Converterツールで、上記テキスト形式に変換することが可能です。

ファイルの配置

準備したデータファイルと、PowerGetで生成されるデータファイルの配置について解説します。

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 PowerFTで解析をするための入力ファイルについて解説します。
-PowerGetは当初、ThermoFisher社の精密質量分析装置（LTQ-FT, LTQ-Orbitrap）のデータ処理のために開発されたため、入力データのフォーマットは、ThermoFisher社の装置から出力されるデータに沿ったテキストファイル形式となっています。
+PowerGetは当初、ThermoFisher社の精密質量分析装置（LTQ-FT, LTQ-Orbitrap）のデータ処理のために開発されたため、入力データのフォーマットは、ThermoFisher社のXcaliburソフトウェアから出力されるデータに沿ったテキストファイル形式となっています。
 他の質量分析装置のデータでも、フォーマットを合わせることにより、PowerFTで読み込むことができるようになります。
@@ 21行： / 21行： @@
 PowerFTでは2種類のデータ、すなわち、フルマススキャンと、MS/MSスキャンのデータを使用します。MS/MSスキャンのデータを取得していない場合は、フルマススキャンデータだけでも処理は可能です。
-ファイルはテキスト形式です。フォーマットの詳細は{{Link|Manual_MSGet#FileFormat|MSGet出力ファイルのフォーマット}}をご参照ください。
+ファイルの形式はテキスト形式です。フォーマットの詳細は{{Link|Manual_MSGet#FileFormat|MSGet出力ファイルのフォーマット}}をご参照ください。
@@ 38行： / 38行： @@
-入力データは独自のテキストフォーマットで記載します。また、一部のmzXML形式のデータにも対応しています。
 == 入力データファイルの作成 ==
-ThermoFisher社の精密質量装置であれば、私たちが開発したMSGetツールや、ReAdWツールを使用して、バイナリファイル（.raw）から、PowerFT入力ファイルを作成することが可能です。
+ThermoFisher社の精密質量装置であれば、私たちが開発したMSGetツールや、ReAdWツールを使用して、バイナリファイル（.raw）から、PowerFT入力用ファイルを作成することが可能です。
 === [[Manual_MSGet|MSGet]] ===
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 ReAdWというツールを使うことで、Xcaliburの.rawファイルをmzXML形式に変換することができます。PowerGetはReAdWで作成されたmzXMLファイルをインポートすることが可能です。
+=== mzXML形式 ===
+質量分析装置の汎用データフォーマットの一つに、mzXMLというXML形式があります。ThermoFisher社製の装置でXcaliburソフトウェアで出力されたバイナリファイル（.raw）であれば、これを下記のReAdWツールでmzXML形式に変換することができます。
+このような条件で作成されたmzXMLファイルであれば、PowerFTのFile Converterツールで、上記テキスト形式に変換することが可能です。
 == ファイルの配置 ==
 準備したデータファイルと、PowerGetで生成されるデータファイルの配置について解説します。