Manual PowerGet PowerFT DataPreparation
(→入力データフォーマット) |
(→入力データフォーマット) |
||
| 32行： | 32行： | ||
<div class="km_tips_area"> | <div class="km_tips_area"> | ||
| − | <span class="km_tips_title">TIPS</span> | + | <span class="km_tips_title">TIPS</span><br/> |
| + | 下記のMSGetツールを使い、フルマススキャンのフィルタとMS/MSスキャンのフィルタを、それぞれ異なるファイルに出力すれば、上記の条件を満たした入力ファイルが作成できます。 | ||
</div> | </div> | ||
2013年2月27日 (水) 02:51時点における版
データの準備
|
PowerFTで解析をするための入力ファイルについて解説します。
PowerGetは当初、ThermoFisher社の精密質量分析装置（LTQ-FT, LTQ-Orbitrap）のデータ処理のために開発されたため、入力データのフォーマットは、ThermoFisher社の装置から出力されるデータに沿ったテキストファイル形式となっています。
しかし、他の質量分析装置のデータでも、フォーマットを合わせることにより、PowerFTで読み込むことができるようになります。
入力データフォーマット
PowerFTでは2種類のデータ、すなわち、フルマススキャンと、MS/MSスキャンのデータを使用します。MS/MSスキャンのデータを取得していない場合は、フルマススキャンデータだけでも処理は可能です。
ファイルはテキスト形式です。フォーマットの詳細はMSGet出力ファイルのフォーマットをご参照ください。
PowerFT用のファイル準備に当たっては、以下の点にご注意ください。
- フルマススキャンのデータと、MS/MSスキャンのデータは、別ファイルとして準備する必要があります。
- MS/MSスキャンをしたときにたたかれた親イオンは、MS/MSスキャンのスキャン番号よりも小さく最も近いスキャン番号をもつフルマススキャンの中から検索されます。下図をご参考に、二つのデータファイルのでスキャン番号にはご注意ください。
TIPS
下記のMSGetツールを使い、フルマススキャンのフィルタとMS/MSスキャンのフィルタを、それぞれ異なるファイルに出力すれば、上記の条件を満たした入力ファイルが作成できます。
入力データは独自のテキストフォーマットで記載します。また、一部のmzXML形式のデータにも対応しています。
入力データファイルの作成
ThermoFisher社の精密質量装置であれば、私たちが開発したMSGetツールや、ReAdWツールを使用して、バイナリファイル（.raw）から、PowerFT入力ファイルを作成することが可能です。
MSGet
入力用のテキストデータを、Xcaliburソフト（ThermoFisher者）の.rawファイルから生成できる支援ツールです。
ReAdW
ReAdWというツールを使うことで、Xcaliburの.rawファイルをmzXML形式に変換することができます。PowerGetはReAdWで作成されたmzXMLファイルをインポートすることが可能です。
ファイルの配置
準備したデータファイルと、PowerGetで生成されるデータファイルの配置について解説します。
