Miyakogusa
Predicted Gene

Contents


Keyword Search
Keyword: (ex; kinase)(ex; Na+/H+)

大文字、小文字を区別する
Include Word

Stringency:(ex; 1e-10)

LjSGA
clone
Output format is:

使用上の注意点
  1. Keyword Search のデフォルトは大文字、小文字を区別しません。 区別したい時は「大文字、小文字を区別する」にチェックをいれて下さい。 また、Include は文章全体を検索対象にしますが、 Word は単語単位で検索します。
    例) Keyword: AP2
    
    例えば、transcription factor Hap2a という文章があった場合、
    Include は Hap2a にヒットしますが、Word はヒットしません。
    

  2. Stringency を指定すると閾値を設定できます。 ただしInterProScan の ProfileScan は Stringency の影響を受けません。 これは閾値の値が他のものと同じ基準で分けられない為です。 また、E-value が無いデータも同様です。

  3. データベースの詳細
    データベースデータの内訳
    LjSGASGA(selected genome assembly)
    cloneCM + LjB + LjT

  4. 出力フォーマットは、"Normal" を選ぶと通常の web 表示、 "Tab" を選ぶとファイル保存に便利なタブ区切り表示で出力します。 Tab 区切り表示されたページの先頭にある "simple text" をクリックすると、 プレーンテキストになります。タブ区切りフォーマットの詳細は こちら


Btab Search
ID:

Stringency:(ex; 1E-10)

Arabidopsis
Oriza sativa

使い方
  1. ID と閾値を入力します。閾値を基準にしてヒットしたものを表示します。 表示内容は、AGI code, TIGR code, アノテーション (E-value)。
       例1) CM0300.70.nc
    
    At3g52610.1: 68410.m05367 expressed protein (4e-57)
    At1g04360.1: 68408.m00385 C3HC4-type zinc finger protein family... (0.67)
    At5g07770.1: 68412.m00823 formin homology 2 (FH2) domain-contai... (1.2)
    ...
    At3g24550.1: 68410.m02817 protein kinase -related similar to GB... (9.7)
    At3g24550.1: 68410.m02817 protein kinase -related similar to GB... (9.7)
    At3g03870.2: 68410.m00370 expressed protein predicted using gen... (9.7)
    
    
       例2) ID: CM0300.70.nc / Stringency: 1E-55
    
    At3g52610.1: 68410.m05367 expressed protein (4e-57)
    


Similarity Search
Database:
全塩基配列
予測 CDS
予測 aa 配列
GenemarkとGenscan 予測 CDS 配列
Genemark, Genscan aa 配列


Search program:
BLASTN nucleotide sequence search
BLASTP protein sequence search
TBLASTN protein sequence search


Number of search results:
for which scores will be reported:
for which alignments will be reported:


Query sequence  (FASTA format recommended)


Advanced settings:
Expectation value
Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with tblastn)
Perform gapped alignment
HTML output