FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2522, 924 aa 1>>>pF1KE2522 924 - 924 aa - 924 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4563+/-0.000425; mu= -11.6414+/- 0.026 mean_var=424.8597+/-86.451, 0's: 0 Z-trim(123.4): 22 B-trim: 0 in 0/56 Lambda= 0.062223 statistics sampled from 43081 (43104) to 43081 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.788), E-opt: 0.2 (0.505), width: 16 Scan time: 13.480 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001303985 (OMIM: 612205) autophagy-related prot ( 924) 6384 588.0 7.1e-167 XP_011514367 (OMIM: 612205) PREDICTED: autophagy-r ( 924) 6384 588.0 7.1e-167 XP_011514368 (OMIM: 612205) PREDICTED: autophagy-r ( 924) 6384 588.0 7.1e-167 NP_001070666 (OMIM: 612204) autophagy-related prot ( 839) 2111 204.4 1.9e-51 NP_076990 (OMIM: 612204) autophagy-related protein ( 839) 2111 204.4 1.9e-51 >>NP_001303985 (OMIM: 612205) autophagy-related protein (924 aa) initn: 6384 init1: 6384 opt: 6384 Z-score: 3116.9 bits: 588.0 E(85289): 7.1e-167 Smith-Waterman score: 6384; 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100.0% identity (100.0% similar) in 924 aa overlap (1-924:1-924) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MVSRMGWGGRRRRLGRWGDLGPGSVPLLPMPLPPPPPPSCRGPGGGRISIFSLSPAPHTR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MVSRMGWGGRRRRLGRWGDLGPGSVPLLPMPLPPPPPPSCRGPGGGRISIFSLSPAPHTR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 SSPSSFSPPTAGPPCSVLQGTGASQSCHSALPIPATPPTQAQPAMTPASASPSWGSHSTP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 SSPSSFSPPTAGPPCSVLQGTGASQSCHSALPIPATPPTQAQPAMTPASASPSWGSHSTP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PLAPATPTPSQQCPQDSPGLRVGPLIPEQDYERLEDCDPEGSQDSPIHGEEQQPLLHVPE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 PLAPATPTPSQQCPQDSPGLRVGPLIPEQDYERLEDCDPEGSQDSPIHGEEQQPLLHVPE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 GLRGSWHHIQNLDSFFTKIYSYHQRNGFACILLEDVFQLGQFIFIVTFTTFLLRCVDYNV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 GLRGSWHHIQNLDSFFTKIYSYHQRNGFACILLEDVFQLGQFIFIVTFTTFLLRCVDYNV 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 LFANQPSNHTRPGPFHSKVTLSDAILPSAQCAERIRSSPLLVLLLVLAAGFWLVQLLRSV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 LFANQPSNHTRPGPFHSKVTLSDAILPSAQCAERIRSSPLLVLLLVLAAGFWLVQLLRSV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 CNLFSYWDIQVFYREALHIPPEELSSVPWAEVQSRLLALQRSGGLCVQPRPLTELDIHHR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 CNLFSYWDIQVFYREALHIPPEELSSVPWAEVQSRLLALQRSGGLCVQPRPLTELDIHHR 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 ILRYTNYQVALANKGLLPARCPLPWGGSAAFLSRGLALNVDLLLFRGPFSLFRGGWELPH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 ILRYTNYQVALANKGLLPARCPLPWGGSAAFLSRGLALNVDLLLFRGPFSLFRGGWELPH 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 AYKRSDQRGALAARWGRTVLLLAALNLALSPLVLAWQVLHVFYSHVELLRREPGALGARG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 AYKRSDQRGALAARWGRTVLLLAALNLALSPLVLAWQVLHVFYSHVELLRREPGALGARG 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 WSRLARLQLRHFNELPHELRARLARAYRPAAAFLRTAAPPAPLRTLLARQLVFFAGALFA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 WSRLARLQLRHFNELPHELRARLARAYRPAAAFLRTAAPPAPLRTLLARQLVFFAGALFA 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 ALLVLTVYDEDVLAVEHVLTAMTALGVTATVARSFIPEEQCQGRAPQLLLQTALAHMHYL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 ALLVLTVYDEDVLAVEHVLTAMTALGVTATVARSFIPEEQCQGRAPQLLLQTALAHMHYL 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE2 PEEPGPGGRDRAYRQMAQLLQYRAVSLLEELLSPLLTPLFLLFWFRPRALEIIDFFHHFT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 PEEPGPGGRDRAYRQMAQLLQYRAVSLLEELLSPLLTPLFLLFWFRPRALEIIDFFHHFT 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KE2 VDVAGVGDICSFALMDVKRHGHPQWLSAGQTEASLSQRAEDGKTELSLMRFSLAHPLWRP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 VDVAGVGDICSFALMDVKRHGHPQWLSAGQTEASLSQRAEDGKTELSLMRFSLAHPLWRP 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KE2 PGHSSKFLGHLWGRVQQDAAAWGATSARGPSTPGVLSNCTSPLPEAFLANLFVHPLLPPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 PGHSSKFLGHLWGRVQQDAAAWGATSARGPSTPGVLSNCTSPLPEAFLANLFVHPLLPPR 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 pF1KE2 DLSPTAPCPAAATASLLASISRIAQDPSSVSPGGTGGQKLAQLPELASAEMSLHVIYLHQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 DLSPTAPCPAAATASLLASISRIAQDPSSVSPGGTGGQKLAQLPELASAEMSLHVIYLHQ 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 pF1KE2 LHQQQQQQEPWGEAAASILSRPCSSPSQPPSPDEEKPSWSSDGSSPASSPRQQWGTQKAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 LHQQQQQQEPWGEAAASILSRPCSSPSQPPSPDEEKPSWSSDGSSPASSPRQQWGTQKAR 850 860 870 880 890 900 910 920 pF1KE2 NLFPGGFQVTTDTQKEPDRASCTD :::::::::::::::::::::::: XP_011 NLFPGGFQVTTDTQKEPDRASCTD 910 920 >>NP_001070666 (OMIM: 612204) autophagy-related protein (839 aa) initn: 1372 init1: 1197 opt: 2111 Z-score: 1044.4 bits: 204.4 E(85289): 1.9e-51 Smith-Waterman score: 2243; 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