Result of FASTA (ccds) for
pF1KE4224
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4224, 786 aa
1>>>pF1KE4224 786 - 786 aa - 786 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.1885+/-0.00102; mu= -1.8979+/- 0.061
mean_var=246.1971+/-51.686, 0's: 0 Z-trim(111.7): 131 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.081740
statistics sampled from 12432 (12562) to 12432 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.386), width: 16
Scan time: 4.370
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34075.1 ARHGAP10 gene_id:79658|Hs108|chr4 ( 786) 5242 631.8 1.3e-180
CCDS4277.1 ARHGAP26 gene_id:23092|Hs108|chr5 ( 814) 2575 317.3 6.2e-86
CCDS47297.1 ARHGAP26 gene_id:23092|Hs108|chr5 ( 759) 2571 316.8 8.2e-86
CCDS14388.1 OPHN1 gene_id:4983|Hs108|chrX ( 802) 1332 170.7 8.2e-42
>>CCDS34075.1 ARHGAP10 gene_id:79658|Hs108|chr4 (786 aa)
initn: 5242 init1: 5242 opt: 5242 Z-score: 3356.2 bits: 631.8 E(32554): 1.3e-180
Smith-Waterman score: 5242; 100.0% identity (100.0% similar) in 786 aa overlap (1-786:1-786)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
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CCDS34 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTCLSASPPNAPPRQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTCLSASPPNAPPRQS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 KRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSSPSPVTTAVPGPPGPDKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSSPSPVTTAVPGPPGPDKN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 HLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSSNSAVTPLSPGSSPFPFSPPATV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSSNSAVTPLSPGSSPFPFSPPATV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 ADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQ
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 NYVKLL
::::::
CCDS34 NYVKLL
>>CCDS4277.1 ARHGAP26 gene_id:23092|Hs108|chr5 (814 aa)
initn: 2879 init1: 1253 opt: 2575 Z-score: 1656.2 bits: 317.3 E(32554): 6.2e-86
Smith-Waterman score: 2812; 55.4% identity (77.0% similar) in 822 aa overlap (1-786:1-814)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
::: :::::: :::: ::: ...:::::..:::::::::::::.::.: :.:: :.:::
CCDS42 MGLPALEFSDCCLDSPHFRETLKSHEAELDKTNKFIKELIKDGKSLISALKNLSSAKRKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
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CCDS42 ADSLNEFKFQCIGDAETDDEMCIARSLQEFATVLRNLEDERIRMIENASEVLITPLEKFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
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CCDS42 KEQIGAAKEAKKKYDKETEKYCGILEKHLNLSSKKKESQLQEADSQVDLVRQHFYEVSLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
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CCDS42 YVFKVQEVQERKMFEFVEPLLAFLQGLFTFYHHGYELAKDFGDFKTQLTISIQNTRNRFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
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CCDS42 GTRSEVESLMKKMKENPLEHKTISPYTMEGYLYVQEKRH--FGTSWVKHYCTYQRDSKQI
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
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CCDS42 TMVPFDQKSGGKGGEDESVILKSCTRRKTDSIEKRFCFDVEAVDRPGV-ITMQALSEEDR
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
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CCDS42 RLWMEAMDGREPV---YNSNKDSQSEGTAQLDSIGFSIIRKCIHAVETRGINEQGLYRIV
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
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CCDS42 GVNSRVQKLLSVLMDPKTASETETDICAEWEIKTITSALKTYLRMLPGPLMMYQFQRSFI
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
:: . ::::. :: :::.:::::..::..:..::.::.:. ::::::::::::::::
CCDS42 KAAKLENQESRVSEIHSLVHRLPEKNRQMLQLLMNHLANVANNHKQNLMTVANLGVVFGP
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590
pF1KE4 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTC-LS--ASPPNAPP
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CCDS42 TLLRPQEETVAAIMDIKFQNIVIEILIENHEKIFNTVPDMPLTNAQLHLSRKKSSDSKPP
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640
pF1KE4 RQSKR---------QGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSSPSPVT
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CCDS42 SCSERPLTLFHTVQSTEKQEQRNSIINSSLE-SVSSNPN-SILNSSSSLQPNMNSSDPDL
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690
pF1KE4 TAV----PG--PPGPDKNHLLADGGS-FGDWASTIPGQTRSSMVQ---------WLNPQS
..: :. ::.:. . :. . :. .: .: .. :: . :.. .
CCDS42 AVVKPTRPNSLPPNPSPTSPLSPSWPMFSAPSSPMPTSSTSSDSSPVRSVAGFVWFSVAA
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740
pF1KE4 PTTTSSNSAVTPLSPGSSPF-PFSPPATVA-DKPPESIRS------RKARAVYPCEAEHS
. . . :.. . : : : . :.: :... :::.:.: :.:::.
CCDS42 VVLSLARSSLHAVFSLLVNFVPCHPNLHLLFDRPEEAVHEDSSTPFRKAKALYACKAEHD
720 730 740 750 760 770
750 760 770 780
pF1KE4 SELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKRGLIPQNYVKLL
::::: :..:..:. :.:::::::::::: ::::.:::..:
CCDS42 SELSFTAGTVFDNVHPSQEPGWLEGTLNGKTGLIPENYVEFL
780 790 800 810
>>CCDS47297.1 ARHGAP26 gene_id:23092|Hs108|chr5 (759 aa)
initn: 2882 init1: 1253 opt: 2571 Z-score: 1654.1 bits: 316.8 E(32554): 8.2e-86
Smith-Waterman score: 2870; 58.2% identity (78.9% similar) in 791 aa overlap (1-786:1-759)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
::: :::::: :::: ::: ...:::::..:::::::::::::.::.: :.:: :.:::
CCDS47 MGLPALEFSDCCLDSPHFRETLKSHEAELDKTNKFIKELIKDGKSLISALKNLSSAKRKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
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CCDS47 ADSLNEFKFQCIGDAETDDEMCIARSLQEFATVLRNLEDERIRMIENASEVLITPLEKFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
:::.::.:: :::.:::::: ....::::::.:::.:.::::: ::. ::::::.:::
CCDS47 KEQIGAAKEAKKKYDKETEKYCGILEKHLNLSSKKKESQLQEADSQVDLVRQHFYEVSLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
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CCDS47 YVFKVQEVQERKMFEFVEPLLAFLQGLFTFYHHGYELAKDFGDFKTQLTISIQNTRNRFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
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CCDS47 GTRSEVESLMKKMKENPLEHKTISPYTMEGYLYVQEKRH--FGTSWVKHYCTYQRDSKQI
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
.:.::...:::: :. : .:: ::.:.::::..:::::.::.::::: .::::.:::.:
CCDS47 TMVPFDQKSGGKGGEDESVILKSCTRRKTDSIEKRFCFDVEAVDRPGV-ITMQALSEEDR
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
. :.::. :.: . .:. . ::.::::..::.:::::: ::::::::.:::::.:
CCDS47 RLWMEAMDGREPV---YNSNKDSQSEGTAQLDSIGFSIIRKCIHAVETRGINEQGLYRIV
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
::.:.::.:::.::: :: .:.. . :.::.:::::::: ::: :: ::: :... .::
CCDS47 GVNSRVQKLLSVLMDPKTASETETDICAEWEIKTITSALKTYLRMLPGPLMMYQFQRSFI
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VPAKSGSPESRVNAIHFLVHKLPEKNKEMLDILVKHLTNVSNHSKQNLMTVANLGVVFGP
:: . ::::. :: :::.:::::..::..:..::.::.:. ::::::::::::::::
CCDS47 KAAKLENQESRVSEIHSLVHRLPEKNRQMLQLLMNHLANVANNHKQNLMTVANLGVVFGP
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590
pF1KE4 TLMRPQEETVAALMDLKFQNIVVEILIENHEKIFRTPPDTTFPEPTC-LS--ASPPNAPP
::.:::::::::.::.::::::.::::::::::: : :: . . :: : . ::
CCDS47 TLLRPQEETVAAIMDIKFQNIVIEILIENHEKIFNTVPDMPLTNAQLHLSRKKSSDSKPP
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE4 RQSKRQGQRTKRPVAVYNLCLELEDGDNPYPSKEDTPTSSLDSLSS-PSPVTTAVPGPPG
:.: :..... : .. ... .:::.:.:: :. . .. .
CCDS47 SCSER-------PLTLFHTVQSTEKQEQ----RNSIINSSLESVSSNPNSILNS-SSSLQ
600 610 620 630 640
660 670 680 690 700 710
pF1KE4 PDKNHLLADGGSFGDWASTIPGQTRSSMVQWLNPQSPTTTSSNSAVTPL-SPGSSPFPFS
:. : .: : : . : :: . . : .:. :: : :. : :::.: :
CCDS47 PNMN------SSDPDLAVVKP--TRPNSL----PPNPSPTSPLSPSWPMFSAPSSPMPTS
650 660 670 680 690
720 730 740 750 760 770
pF1KE4 PPATVADKPPESIRSRKARAVYPCEAEHSSELSFEIGAIFEDVQTSREPGWLEGTLNGKR
.: .:. : : :::.:.: :.:::.::::: :..:..:. :.::::::::::::
CCDS47 --STSSDSSPVSTPFRKAKALYACKAEHDSELSFTAGTVFDNVHPSQEPGWLEGTLNGKT
700 710 720 730 740
780
pF1KE4 GLIPQNYVKLL
::::.:::..:
CCDS47 GLIPENYVEFL
750
>>CCDS14388.1 OPHN1 gene_id:4983|Hs108|chrX (802 aa)
initn: 1934 init1: 1005 opt: 1332 Z-score: 864.1 bits: 170.7 E(32554): 8.2e-42
Smith-Waterman score: 2128; 44.5% identity (70.9% similar) in 821 aa overlap (1-773:1-799)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MGLQPLEFSDCYLDSPWFRERIRAHEAELERTNKFIKELIKDGKNLIAATKSLSVAQRKF
:: :::::::::::: ::::.. .: ::::::::::..::::. ::.: .. : : .::
CCDS14 MGHPPLEFSDCYLDSPDFRERLKCYEQELERTNKFIKDVIKDGNALISAMRNYSSAVQKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AHSLRDFKFEFIGDAVTDDERCIDASLREFSNFLKNLEEQREIMALSVTETLIKPLEKFR
...:..:.:.::::..:::: : :..::...:...:..: .:. .... ::::::.::
CCDS14 SQTLQSFQFDFIGDTLTDDEINIAESFKEFAELLNEVENERMMMVHNASDLLIKPLENFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KEQLGAVKEEKKKFDKETEKNYSLIDKHLNLSAKKKDSHLQEADIQVEQNRQHFYELSLE
:::.: .::.::::.:. :. :::.:.::.::.:::.:.:::::.::...:..:.: ::.
CCDS14 KEQIGFTKERKKKFEKDGERFYSLLDRHLHLSSKKKESQLQEADLQVDKERHNFFESSLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YVCKLQEIQERKKFEFVEPMLSFFQGMFTFYHQGHELAKDFNHYKMELQINIQNTRNRFE
:: ..::.:: :::..:::.:.:....: ::..:: ::..::...:::::.:
CCDS14 YVYQIQEVQESKKFNIVEPVLAFLHSLFISNSLTVELTQDFLPYKQQLQLSLQNTRNHFS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 GTRSEVEELMNKIRQNPKDHKRASQFTAEGYLYVQEKRPAPFGSSWVKHYCMYRKAAKKF
.:: :.::: ..... :. : .: : :::::.::: .: ::::.::.:.: .: .
CCDS14 STREEMEELKKRMKEAPQTCKLPGQPTIEGYLYTQEKW--ALGISWVKYYCQYEKETKTL
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NMIPFEHRSGGKLGDGEVFFLKECTKRHTDSIDRRFCFDIEAADRPGVSLTMQAFSEEER
.: :.:.. :.: : .. :: :..:.:.:::.:::::::. .::: ..:.::.:: .:
CCDS14 TMTPMEQKPGAKQGPLDLT-LKYCVRRKTESIDKRFCFDIETNERPG-TITLQALSEANR
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KQWLEALGGKEALSHSFNTAIIPRPEGNAQLDKMGFTIIRKCISAVETRGINDQGLYRVV
. :.::. ::: . :: : . : .:...:: ..::::. .::.::. .::::.:
CCDS14 RLWMEAMDGKEPIYHS---PITKQQE--MELNEVGFKFVRKCINIIETKGIKTEGLYRTV
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 GVSSKVQRLLSMLMDVKTCNEVDLENSADWEVKTITSALKQYLRSLPEPLMTYELHGDFI
: . .::.::. ..: : ..::..:: ::..:::::.:: :::.: ::.:::.:: ...
CCDS14 GSNIQVQKLLNAFFDPKCPGDVDFHNS-DWDIKTITSSLKFYLRNLSEPVMTYRLHKELV
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
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CCDS14 TLMRAQEDTVAAMMNIKFQNIVVEILIEHFGKIYLGPPEE--------SAAPPVPPPRVT
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CCDS14 ARRHKPITISKRLLRERTVFYTSSLDESEDEIQHQTPNGTITSSIEPPKPPQHPKLPIQR
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: .. :. . ..: : : : :: .: . ::. : : .. .: .
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