Result of FASTA (ccds) for
pF1KE0054
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0054, 1013 aa
1>>>pF1KE0054 1013 - 1013 aa - 1013 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8457+/-0.000919; mu= 15.3865+/- 0.056
mean_var=107.9607+/-21.640, 0's: 0 Z-trim(107.8): 26 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.123436
statistics sampled from 9812 (9835) to 9812 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.643), E-opt: 0.2 (0.302), width: 16
Scan time: 4.180
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8050.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1013) 6495 1168.0 0
CCDS58141.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1032) 6189 1113.5 0
CCDS58142.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 920) 5577 1004.5 0
CCDS41664.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 255) 1172 219.8 5.9e-57
CCDS8049.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 236) 1169 219.2 8e-57
CCDS8048.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 241) 958 181.6 1.7e-45
CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 986) 801 154.0 1.4e-36
CCDS42684.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (1192) 801 154.0 1.7e-36
CCDS42685.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 199) 785 150.8 2.7e-36
CCDS42683.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 392) 788 151.5 3.3e-36
CCDS1851.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 373) 785 150.9 4.6e-36
CCDS9741.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 ( 208) 760 146.3 6.1e-35
CCDS9740.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 ( 776) 760 146.6 1.8e-34
CCDS12666.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 ( 472) 569 112.5 2.1e-24
CCDS46114.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 ( 205) 558 110.4 4e-24
CCDS12665.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 ( 545) 558 110.6 9.3e-24
CCDS58143.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 214) 435 88.5 1.6e-17
>>CCDS8050.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1013 aa)
initn: 6495 init1: 6495 opt: 6495 Z-score: 6249.9 bits: 1168.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6495; 100.0% identity (100.0% similar) in 1013 aa overlap (1-1013:1-1013)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAEGLSSLCSDEPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAEGLSSLCSDEPSS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 EIMTSSFLSSSEIHNTGLTILHGEKSHVLGSQPILAKEGKDHLDLLDMKKMEKPQGTSNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 EIMTSSFLSSSEIHNTGLTILHGEKSHVLGSQPILAKEGKDHLDLLDMKKMEKPQGTSNN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 VSDSSVSLAAGVHCDRPSIPASFPEHPAFLSKKIGQVEEQIDKETKNPNGVSSREAKTAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 VSDSSVSLAAGVHCDRPSIPASFPEHPAFLSKKIGQVEEQIDKETKNPNGVSSREAKTAL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DADDRFTLLTAQKPPTEYSKVEGIYTYSLSPSKVSGDDVIEKDSPESPFEVIIDKAAFDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 DADDRFTLLTAQKPPTEYSKVEGIYTYSLSPSKVSGDDVIEKDSPESPFEVIIDKAAFDK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 EFKDSYKESTDDFGSWSVHTDKESSEDISETNDKLFPLRNKEAGRYPMSALLSRQFSHTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 EFKDSYKESTDDFGSWSVHTDKESSEDISETNDKLFPLRNKEAGRYPMSALLSRQFSHTN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 AALEEVSRCVNDMHNFTNEILTWDLVPQVKQQTDKSSDCITKTTGLDMSEYNSEIPVVNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 AALEEVSRCVNDMHNFTNEILTWDLVPQVKQQTDKSSDCITKTTGLDMSEYNSEIPVVNL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 KTSTHQKTPVCSIDGSTPITKSTGDWAEASLQQENAITGKPVPDSLNSTKEFSIKGVQGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 KTSTHQKTPVCSIDGSTPITKSTGDWAEASLQQENAITGKPVPDSLNSTKEFSIKGVQGN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 MQKQDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDEMDWQSSALGEITEADSSGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MQKQDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDEMDWQSSALGEITEADSSGE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 SDDTVIEDITADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREIKEIPSCEREEKTSKNFEELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 SDDTVIEDITADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREIKEIPSCEREEKTSKNFEELV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 SDSELHQDQPDILGRSPASEAACSKVPDTNVSLEDVSEVAPEKPITTENPKLPSTVSPNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 SDSELHQDQPDILGRSPASEAACSKVPDTNVSLEDVSEVAPEKPITTENPKLPSTVSPNV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 FNETEFSLNVTTSAYLESLHGKNVKHIDDSSPEDLIAAFTETRDKGIVDSERNAFKAISE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 FNETEFSLNVTTSAYLESLHGKNVKHIDDSSPEDLIAAFTETRDKGIVDSERNAFKAISE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 KMTDFKTTPPVEVLHENESGGSEIKDIGSKYSEQSKETNGSEPLGVFPTQGTPVASLDLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 KMTDFKTTPPVEVLHENESGGSEIKDIGSKYSEQSKETNGSEPLGVFPTQGTPVASLDLE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE0 QEQLTIKALKELGERQVEKSTSAQRDAELPSEEVLKQTFTFAPESWPQRSYDILERNVKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 QEQLTIKALKELGERQVEKSTSAQRDAELPSEEVLKQTFTFAPESWPQRSYDILERNVKN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE0 GSDLGISQKPITIRETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 GSDLGISQKPITIRETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 FGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 FGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVD
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE0 ITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 ITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010
pF1KE0 LILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 LILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
970 980 990 1000 1010
>>CCDS58141.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1032 aa)
initn: 6180 init1: 6180 opt: 6189 Z-score: 5955.3 bits: 1113.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6447; 98.2% identity (98.2% similar) in 1032 aa overlap (1-1013:1-1032)
10 20 30 40
pF1KE0 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCA-------------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCADSFVSSSSSQPVS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 ------EGLSSLCSDEPSSEIMTSSFLSSSEIHNTGLTILHGEKSHVLGSQPILAKEGKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LFSTSQEGLSSLCSDEPSSEIMTSSFLSSSEIHNTGLTILHGEKSHVLGSQPILAKEGKD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 HLDLLDMKKMEKPQGTSNNVSDSSVSLAAGVHCDRPSIPASFPEHPAFLSKKIGQVEEQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HLDLLDMKKMEKPQGTSNNVSDSSVSLAAGVHCDRPSIPASFPEHPAFLSKKIGQVEEQI
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 DKETKNPNGVSSREAKTALDADDRFTLLTAQKPPTEYSKVEGIYTYSLSPSKVSGDDVIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DKETKNPNGVSSREAKTALDADDRFTLLTAQKPPTEYSKVEGIYTYSLSPSKVSGDDVIE
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 KDSPESPFEVIIDKAAFDKEFKDSYKESTDDFGSWSVHTDKESSEDISETNDKLFPLRNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KDSPESPFEVIIDKAAFDKEFKDSYKESTDDFGSWSVHTDKESSEDISETNDKLFPLRNK
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 EAGRYPMSALLSRQFSHTNAALEEVSRCVNDMHNFTNEILTWDLVPQVKQQTDKSSDCIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EAGRYPMSALLSRQFSHTNAALEEVSRCVNDMHNFTNEILTWDLVPQVKQQTDKSSDCIT
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 KTTGLDMSEYNSEIPVVNLKTSTHQKTPVCSIDGSTPITKSTGDWAEASLQQENAITGKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KTTGLDMSEYNSEIPVVNLKTSTHQKTPVCSIDGSTPITKSTGDWAEASLQQENAITGKP
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 VPDSLNSTKEFSIKGVQGNMQKQDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VPDSLNSTKEFSIKGVQGNMQKQDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDE
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 MDWQSSALGEITEADSSGESDDTVIEDITADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MDWQSSALGEITEADSSGESDDTVIEDITADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREIK
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 EIPSCEREEKTSKNFEELVSDSELHQDQPDILGRSPASEAACSKVPDTNVSLEDVSEVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EIPSCEREEKTSKNFEELVSDSELHQDQPDILGRSPASEAACSKVPDTNVSLEDVSEVAP
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KE0 EKPITTENPKLPSTVSPNVFNETEFSLNVTTSAYLESLHGKNVKHIDDSSPEDLIAAFTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EKPITTENPKLPSTVSPNVFNETEFSLNVTTSAYLESLHGKNVKHIDDSSPEDLIAAFTE
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KE0 TRDKGIVDSERNAFKAISEKMTDFKTTPPVEVLHENESGGSEIKDIGSKYSEQSKETNGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TRDKGIVDSERNAFKAISEKMTDFKTTPPVEVLHENESGGSEIKDIGSKYSEQSKETNGS
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KE0 EPLGVFPTQGTPVASLDLEQEQLTIKALKELGERQVEKSTSAQRDAELPSEEVLKQTFTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EPLGVFPTQGTPVASLDLEQEQLTIKALKELGERQVEKSTSAQRDAELPSEEVLKQTFTF
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KE0 APESWPQRSYDILERNVKNGSDLGISQKPITIRETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 APESWPQRSYDILERNVKNGSDLGISQKPITIRETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLT
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KE0 DFSVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DFSVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVI
850 860 870 880 890 900
890 900 910 920 930 940
pF1KE0 QAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKL
910 920 930 940 950 960
950 960 970 980 990 1000
pF1KE0 AVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQ
970 980 990 1000 1010 1020
1010
pF1KE0 AKLPGIAKKKAE
::::::::::::
CCDS58 AKLPGIAKKKAE
1030
>>CCDS58142.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (920 aa)
initn: 5573 init1: 5573 opt: 5577 Z-score: 5367.0 bits: 1004.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5695; 90.8% identity (90.8% similar) in 1013 aa overlap (1-1013:1-920)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAEGLSSLCSDEPSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCA-------------
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 EIMTSSFLSSSEIHNTGLTILHGEKSHVLGSQPILAKEGKDHLDLLDMKKMEKPQGTSNN
CCDS58 ------------------------------------------------------------
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 VSDSSVSLAAGVHCDRPSIPASFPEHPAFLSKKIGQVEEQIDKETKNPNGVSSREAKTAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 --------------------ASFPEHPAFLSKKIGQVEEQIDKETKNPNGVSSREAKTAL
50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 DADDRFTLLTAQKPPTEYSKVEGIYTYSLSPSKVSGDDVIEKDSPESPFEVIIDKAAFDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DADDRFTLLTAQKPPTEYSKVEGIYTYSLSPSKVSGDDVIEKDSPESPFEVIIDKAAFDK
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 EFKDSYKESTDDFGSWSVHTDKESSEDISETNDKLFPLRNKEAGRYPMSALLSRQFSHTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EFKDSYKESTDDFGSWSVHTDKESSEDISETNDKLFPLRNKEAGRYPMSALLSRQFSHTN
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 AALEEVSRCVNDMHNFTNEILTWDLVPQVKQQTDKSSDCITKTTGLDMSEYNSEIPVVNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AALEEVSRCVNDMHNFTNEILTWDLVPQVKQQTDKSSDCITKTTGLDMSEYNSEIPVVNL
210 220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 KTSTHQKTPVCSIDGSTPITKSTGDWAEASLQQENAITGKPVPDSLNSTKEFSIKGVQGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KTSTHQKTPVCSIDGSTPITKSTGDWAEASLQQENAITGKPVPDSLNSTKEFSIKGVQGN
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 MQKQDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDEMDWQSSALGEITEADSSGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MQKQDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDEMDWQSSALGEITEADSSGE
330 340 350 360 370 380
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 SDDTVIEDITADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREIKEIPSCEREEKTSKNFEELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SDDTVIEDITADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREIKEIPSCEREEKTSKNFEELV
390 400 410 420 430 440
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 SDSELHQDQPDILGRSPASEAACSKVPDTNVSLEDVSEVAPEKPITTENPKLPSTVSPNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SDSELHQDQPDILGRSPASEAACSKVPDTNVSLEDVSEVAPEKPITTENPKLPSTVSPNV
450 460 470 480 490 500
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 FNETEFSLNVTTSAYLESLHGKNVKHIDDSSPEDLIAAFTETRDKGIVDSERNAFKAISE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FNETEFSLNVTTSAYLESLHGKNVKHIDDSSPEDLIAAFTETRDKGIVDSERNAFKAISE
510 520 530 540 550 560
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 KMTDFKTTPPVEVLHENESGGSEIKDIGSKYSEQSKETNGSEPLGVFPTQGTPVASLDLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KMTDFKTTPPVEVLHENESGGSEIKDIGSKYSEQSKETNGSEPLGVFPTQGTPVASLDLE
570 580 590 600 610 620
730 740 750 760 770 780
pF1KE0 QEQLTIKALKELGERQVEKSTSAQRDAELPSEEVLKQTFTFAPESWPQRSYDILERNVKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QEQLTIKALKELGERQVEKSTSAQRDAELPSEEVLKQTFTFAPESWPQRSYDILERNVKN
630 640 650 660 670 680
790 800 810 820 830 840
pF1KE0 GSDLGISQKPITIRETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GSDLGISQKPITIRETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFV
690 700 710 720 730 740
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 FGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVD
750 760 770 780 790 800
910 920 930 940 950 960
pF1KE0 ITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITL
810 820 830 840 850 860
970 980 990 1000 1010
pF1KE0 LILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
870 880 890 900 910 920
>>CCDS41664.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (255 aa)
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790 800 810 820 830 840
pF1KE0 KPITIRETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIML
:.. .::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PGACPALGTKSCSSSCADSFVSSSSSQPVSLFSTSQVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIML
40 50 60 70 80 90
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 LSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAF
100 110 120 130 140 150
910 920 930 940 950 960
pF1KE0 HNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLI
160 170 180 190 200 210
970 980 990 1000 1010
pF1KE0 FSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
220 230 240 250
>--
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Smith-Waterman score: 342; 85.0% identity (93.3% similar) in 60 aa overlap (1-60:1-60)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAEGLSSLCSDEPSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::... : :..: :
CCDS41 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCADSFVSSSSSQPVS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 EIMTSSFLSSSEIHNTGLTILHGEKSHVLGSQPILAKEGKDHLDLLDMKKMEKPQGTSNN
CCDS41 LFSTSQVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYK
70 80 90 100 110 120
>>CCDS8049.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (236 aa)
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800 810 820 830 840 850
pF1KE0 RETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAA
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 SFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAA
20 30 40 50 60 70
860 870 880 890 900 910
pF1KE0 FSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 FSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMN
80 90 100 110 120 130
920 930 940 950 960 970
pF1KE0 AAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 AAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPI
140 150 160 170 180 190
980 990 1000 1010
pF1KE0 VYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 VYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
200 210 220 230
>>CCDS8048.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (241 aa)
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800 810 820 830 840 850
pF1KE0 RETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAA
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 SFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAA
20 30 40 50 60 70
860 870 880 890 900 910
pF1KE0 FSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 FSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMN
80 90 100 110 120 130
920 930 940 950 960 970
pF1KE0 AAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 AAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPI
140 150 160 170 180 190
980 990 1000 1010
pF1KE0 VYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
::::::
CCDS80 VYEKYKDPSKTPWNRQKKGRISTWKPEMQQLLKHHLIVITSLLVL
200 210 220 230 240
>>CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (986 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAEGLSSLCSDEPSS
:: . : .. : : .:: : : :
CCDS18 MDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSPLS
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KE0 EIMTSSFLSSSEIHNTGLTILHGE---KSHVLGSQPILAKEGKDHL---DLLDMKKMEKP
..:: . : . :.: : . .: .. .....: : :: .....:
CCDS18 ---AASFKEHEYLGNLS-TVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELEYS
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160
pF1KE0 Q-GTSNNVSDSSVSLAAGVHCDRPSIPASFPEHPAFLSKKIGQVEEQID----KETKNPN
. :.: .:: .. : . .. . : . :. ..:..: . .... : .:. .
CCDS18 EMGSSFSVSPKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKEDE
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 GVSSREAKTALDADDRFTLLTAQKPPTEYSKVEGI-YTYSLSPSKVSGDDVIEKDSPESP
:::..:: ... . : .. . .. ::. . . .. .. :: ..: . . ::
CCDS18 VVSSEKAKDSFN-EKRVAVEAPMR--EEYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESN
160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 FEVIIDKAAFDKEFKDSYKESTDDFGSWSVHTDKESSEDISETNDKLFPLRNKEAGRYPM
.: .:: : : :: .... . :.:::.: : :: . :
CCDS18 LESKVDK----KCFADSLEQTNHE-------KDSESSND-----DTSFP--STPEGIKDR
210 220 230 240 250
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 SALLSRQFSHTNAALEEVSRCVNDM-HNFTNEILTWDL-VPQVKQQTDKSSDCITKTTG-
:. . :: : .. . . . :.: : . . . : : .. :::..
CCDS18 SGAYITCAPFNPAATESIATNIFPLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNP
260 270 280 290 300 310
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 LDMSEYNSEIPVVNLKTSTHQKTPVCSI--DGSTPITKSTGDWAEASLQQE-NAITGKPV
. .. .:: :. . :. : . .: :: : .. . ..: : .:: .
CCDS18 FLVAAQDSETDYVTTDNLTKVTEEVVANMPEGLTP------DLVQEACESELNEVTGTKI
320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 PDSLNSTKEFSIKGVQGNMQKQDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDEM
. : .. :: . :.. :.. . : :. . :: . :::: .. .
CCDS18 ------AYETKMDLVQTSEVMQESLY---PAA--QLCPSFEESEATPSPVLPDIVMEAPL
370 380 390 400 410
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 DWQSSALGE--ITEADSSGESDDTVIEDITADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREI
. . : : ..: :.... :.: . .: :. .:. :. ..::
CCDS18 NSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESIKHEP---ENPPPYEEAMSVSLKKVSGIKEEI
420 430 440 450 460 470
530 540 550
pF1KE0 KE------------IP----SCE--REEKTSKNFEELVSD-SEL---HQDQPD----ILG
:: : .:. .: : : . :: ::. .: :: .
CCDS18 KEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFSDYSEMAKVEQPVPDHSELVED
480 490 500 510 520 530
560 570 580 590 600
pF1KE0 RSPASEA----ACSKVPDT------NVSL--EDVSEVAPEKPITTENPKLPSTVSPNVFN
:: :: . ...::. .: : :...:.. :. : :: . :.. :. .
CCDS18 SSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSFESMIEYENKEKLSALPPEGGK
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 ETEFSLNVTTSAYLESLHGKNVKHIDDSSPEDLIAAFTETRDKGIVDSERNAFKAISEKM
:.... . ..: .:. . :. : . . : ... : . .
CCDS18 PYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTL--SKKEKIPLQMEELSTAVYSNDDLFISKEAQIRE
600 610 620 630 640
670 680 690 700 710
pF1KE0 TD-FKTTPPVEVLHENESGGSEIKDIGSKYSEQSK--ETNGSEPLGVFPTQGTPVASLDL
:. :. . :.:.. : . : : :: ... :.. . .. : . . .:
CCDS18 TETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSHKSEIANAPDGAGSLPCTEL
650 660 670 680 690 700
720 730 740 750 760 770
pF1KE0 EQEQLTIKALKELGERQVEKSTSAQRDAELPSEEVLKQTFTFAPESWPQRSYDILERNVK
.. :..: .. :... : . .... :. .: : :. : . ...
CCDS18 PHD-LSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLL------LP---PDVSALATQAEIE
710 720 730 740 750
780 790 800 810 820 830
pF1KE0 NGSDLGISQKPITIRETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGF
. : . . ..:. . :. : . . ... :. :: ::..:::.::::
CCDS18 S-----IVKPKVLVKEAEK-KLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGV
760 770 780 790 800 810
840 850 860 870 880 890
pF1KE0 VFGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDV
:::..:..::::..::..::..:. ::::::::::::::.::::.:::.:::::.:::.
CCDS18 VFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLES
820 830 840 850 860 870
900 910 920 930 940 950
pF1KE0 DITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGIT
....: : ..: :.:. :.: ..: . :::::.:::::::.::.::..:::::.:::.:
CCDS18 EVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLT
880 890 900 910 920 930
960 970 980 990 1000 1010
pF1KE0 LLILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
::::: . .::::..::....:::::.:.: ..:. . :::::.::. :.:::
CCDS18 LLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGL-KRKAE
940 950 960 970 980
>>CCDS42684.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (1192 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE0 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAEGLS
: ::. .. :.. : .. :.: : :
CCDS42 SKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRGSSGSVDETLF
140 150 160 170 180 190
60 70 80 90 100
pF1KE0 SL-CSDEPSSEIMTSSFLSSSEIHNTGLTILHG---------EKSHVLGS-QPILAKEGK
.: ..:: .. :: . . .. : :: : : . : : .:. : :
CCDS42 ALPAASEP---VIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSPLSAASFK
200 210 220 230 240
110 120 130 140 150
pF1KE0 DHLDLLDMKKMEKPQGT-SNNVSDSS--VSLAAG-VHCDRPSIPASFPEHPAFLSK-KIG
.: : ... . .:: ..:::..: :: : . :: : :. . :. ...
CCDS42 EHEYLGNLSTVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELEYSEMGSSFSVS
250 260 270 280 290 300
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 QVEEQ--IDKETKNPNGVSSREAKTALDADDRFTLLTAQKPPTEYSKVEGIYTYSLSPSK
:. : . .. :.... . : ... : . :. :: .:. . . :.
CCDS42 PKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNN--ILHNQQELPTALTKL--VKEDEVVSSE
310 320 330 340 350 360
220 230 240 250 260
pF1KE0 VSGDDVIEKD-SPESPF-EVIIDKAAFDK--EFKDSYKESTDDFGSWS-VHTDKESSEDI
. :. :: . :.:. : : :.. : ::: ::..: ... . .... ::. :
CCDS42 KAKDSFNEKRVAVEAPMREEYADFKPFERVWEVKDS-KEDSDMLAAGGKIESNLESKVDK
370 380 390 400 410 420
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 SETNDKLFPLRNKEAGRYPMSALLSRQFSHTNAALEEVSRCVNDMHNFT---NEILTWDL
. :.: :.: . :. . .: : .... : :. .: .. ..
CCDS42 KCFADSL-EQTNHE--KDSESSNDDTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNPAATESIATNI
430 440 450 460 470
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 VPQVKQQTDKSSDCITKTTGLDMSEYNSEIPVVNLKTSTHQKTP--VCSIDGSTPITKST
: . . :... :: . : ...: :.. .:::. ..: : . :. : . .:
CCDS42 FPLLGDPTSEN-----KTDEKKIEEKKAQI-VTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYV-TT
480 490 500 510 520 530
390 400 410 420 430
pF1KE0 GDWAEASLQQENAITGKP---VPDSLNSTKEFSIKGVQG---------NMQKQDDTLAEL
. .... :..... : .:: .. . : .. : : .. . .... :
CCDS42 DNLTKVT---EEVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQES
540 550 560 570 580
440 450 460 470 480
pF1KE0 PGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDEMDWQSSALGE--ITEADSSGESDDTVIEDI
. : :. . :: . :::: .. .. . : : ..: :.... :.:
CCDS42 LYPAAQLCPSFEESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESI
590 600 610 620 630 640
490 500 510 520 530
pF1KE0 TADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREIKE------------IP----SCE--REEK
. .: :. .:. :. ..:::: : .:. .: :
CCDS42 KHEP---ENPPPYEEAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETK
650 660 670 680 690 700
540 550 560 570
pF1KE0 TSKNFEELVSD-SEL---HQDQPD----ILGRSPASEA----ACSKVPDT------NVSL
: . :: ::. .: :: . :: :: . ...::. .: :
CCDS42 LSAEPAPDFSDYSEMAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVML
710 720 730 740 750 760
580 590 600 610 620 630
pF1KE0 --EDVSEVAPEKPITTENPKLPSTVSPNVFNETEFSLNVTTSAYLESLHGKNVKHIDDSS
:...:.. :. : :: . :.. :. . :.... . ..: .:. . :.
CCDS42 VKESLTETSFESMIEYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTL--SK
770 780 790 800 810 820
640 650 660 670 680 690
pF1KE0 PEDLIAAFTETRDKGIVDSERNAFKAISEKMTD-FKTTPPVEVLHENESGGSEIKDIGSK
: . . : ... : . . :. :. . :.:.. : . : : ::
CCDS42 KEKIPLQMEELSTAVYSNDDLFISKEAQIRETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSK
830 840 850 860 870 880
700 710 720 730 740
pF1KE0 YSEQSK--ETNGSEPLGVFPTQGTPVASLDLEQEQLTIKALKELGERQVEKSTSAQRDAE
... :.. . .. : . . .: .. :..: .. :... : . ....
CCDS42 LAREYTDLEVSHKSEIANAPDGAGSLPCTELPHD-LSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGS
890 900 910 920 930 940
750 760 770 780 790 800
pF1KE0 LPSEEVLKQTFTFAPESWPQRSYDILERNVKNGSDLGISQKPITIRETTRVDAVSSLSKT
:. .: : :. : . .... : . . ..:. . :. :
CCDS42 ATSKVLL------LP---PDVSALATQAEIES-----IVKPKVLVKEAEK-KLPSDTEKE
950 960 970 980
810 820 830 840 850 860
pF1KE0 ELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALL
. . ... :. :: ::..:::.:::: :::..:..::::..::..::..:. ::::
CCDS42 DRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALL
990 1000 1010 1020 1030 1040
870 880 890 900 910 920
pF1KE0 SVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIR
::::::::::.::::.:::.:::::.:::. ....: : ..: :.:. :.: ..: . :
CCDS42 SVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRR
1050 1060 1070 1080 1090 1100
930 940 950 960 970 980
pF1KE0 LFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGI
::::.:::::::.::.::..:::::.:::.:::::: . .::::..::....:::::.:.
CCDS42 LFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGL
1110 1120 1130 1140 1150 1160
990 1000 1010
pF1KE0 ARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
: ..:. . :::::.::. :.:::
CCDS42 ANKNVKDAMAKIQAKIPGL-KRKAE
1170 1180 1190
>>CCDS42685.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (199 aa)
initn: 809 init1: 778 opt: 785 Z-score: 765.2 bits: 150.8 E(32554): 2.7e-36
Smith-Waterman score: 785; 60.8% identity (89.9% similar) in 189 aa overlap (825-1013:12-199)
800 810 820 830 840 850
pF1KE0 ETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLARLLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAAF
: ::..:::.:::: :::..:..::::..:
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10 20 30 40
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