FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1305, 1898 aa 1>>>pF1KA1305 1898 - 1898 aa - 1898 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.3030+/-0.00128; mu= -4.1141+/- 0.075 mean_var=340.0969+/-71.055, 0's: 0 Z-trim(110.4): 59 B-trim: 273 in 1/51 Lambda= 0.069546 statistics sampled from 11545 (11584) to 11545 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.356), width: 16 Scan time: 6.330 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS45090.1 NYNRIN gene_id:57523|Hs108|chr14 (1898) 12924 1312.7 0 CCDS32058.1 KHNYN gene_id:23351|Hs108|chr14 ( 678) 879 103.8 2.3e-21 CCDS45479.1 N4BP1 gene_id:9683|Hs108|chr16 ( 896) 684 84.4 2.2e-15 >>CCDS45090.1 NYNRIN gene_id:57523|Hs108|chr14 (1898 aa) initn: 12924 init1: 12924 opt: 12924 Z-score: 7022.0 bits: 1312.7 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 12924; 100.0% identity (100.0% similar) in 1898 aa overlap (1-1898:1-1898) 10 20 30 40 50 60 pF1KA1 MLLSGGDPPAQEWFMVQTKSKPRVQRQRLQVQRIFRVKLNAFQSRPDTPYFWLQLEGPRE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 MLLSGGDPPAQEWFMVQTKSKPRVQRQRLQVQRIFRVKLNAFQSRPDTPYFWLQLEGPRE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KA1 NMGKAKEYLKGLCSPELWKEVRYPPILHCAFLGAQGLFLDCLCWSTLAYLVPGPPGSLMV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 NMGKAKEYLKGLCSPELWKEVRYPPILHCAFLGAQGLFLDCLCWSTLAYLVPGPPGSLMV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KA1 GGLTESFIMTQNWLEELVGRLRWGPAPLLTPRGIWEAEVTRAFGALVWIRGDQHAGDLLQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 GGLTESFIMTQNWLEELVGRLRWGPAPLLTPRGIWEAEVTRAFGALVWIRGDQHAGDLLQ 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KA1 LPPAVQELLLSLVRDAAGKEDIIEWLSRFGISDSHSDPEVLICPPQQQKEAPAMVSVGES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 LPPAVQELLLSLVRDAAGKEDIIEWLSRFGISDSHSDPEVLICPPQQQKEAPAMVSVGES 190 200 210 220 230 240 250 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CCDS32 MPTWGARPASPDRFAVSAEAENKVREQQPHVERIFSVGVSVLPKDCPDNPHIWLQLEGPK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KA1 ENMGKAKEYLKGLCSPELWKEVRYPPILHCAFLGAQGLFLDCLCWSTLAYLVPGPPGSLM :: ..::::::::::::: :..::: ::: ::::::.::::: ::: :.::: ::::: CCDS32 ENASRAKEYLKGLCSPELQDEIHYPPKLHCIFLGAQGFFLDCLAWSTSAHLVPRAPGSLM 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KA1 VGGLTESFIMTQNWLEELVGRLRWGPAPLLTPRGIWEAEVTRAFGALVWIRGDQHAGDLL ..::::.:.:.:. .:::. :: : .: . . . : : :.::. :: : :: CCDS32 ISGLTEAFVMAQSRVEELAERLSWDFTPGPSSGASQCTGVLRDFSALLQSPGDAHREALL 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KA1 QLPPAVQELLLSLVRDAAGKEDIIEWLSRFGISDSHSDPEVLICPPQQQKEAPAMVSVGE ::: :::: :::::..: : :. CCDS32 QLPLAVQEELLSLVQEA---------------------------------------SSGQ 190 200 240 250 260 270 280 290 pF1KA1 SPGPFVDMGTLQNRGPENSKRLSSLGATGSLITAQSTPQEAANQLVRVGSNNQDGMDSAQ .:: .. : : ...:. :: : ::. . :: .: CCDS32 GPGALA----------------SWEGRSSALLGAQC-------QGVRAPPS--DGRESL- 210 220 230 300 310 320 330 340 350 pF1KA1 EEGTVQATSSQDSTNHTQALLKQRQVQKIEDKLLFQPPVSALGVCPPWKAWTPGPAFGPL . :.. . . . . : :. :. : : :: CCDS32 DTGSMGPGDCRGARGDTYAVEKE-------------------G----------GKQGGPR 240 250 260 360 370 380 390 400 410 pF1KA1 WPGAIAATFWRINELHSLHLAWLLSQACFNFPFWQRPLGPIQLKLPGQNPLPLNLEWKQK .. : :. .:::.. : .. CCDS32 ------------------EMDWG----------WK--------ELPGEEA------W-ER 270 280 420 430 440 450 460 470 pF1KA1 ELAPLPSAESPAGRPDGGLGGEAALQNCPRPEISPKVTSLLVVPGSSDVKDKVSSDLPQI :.: :.. :: . :.: : CCDS32 EVALRPQSV-------GGGARESA---------------------------------PLK 290 300 480 490 500 510 520 530 pF1KA1 GPPLTSTPQLQAGGEPGDQGSMQLDFKGLEEGPAPVLPTGQGKPVAQGGLTDQSVPGAQT : : : :: .: :: :. CCDS32 GKAL-----------------------GKEE-------------IALGG-------GG-- 310 540 550 560 570 580 590 pF1KA1 VPETLKVPMAAAVPKAENPSRTQVPSAAPKLPTSRMMLAVHTEPAAPEVPLAPTKPTAQL . :: :: : :. CCDS32 -------------------------------------FCVHREP-----------PGAH- 320 600 610 620 630 640 650 pF1KA1 MATAQKTVVNQPVLVAQVEPTTPKTPQAQKMPVAKTSPAGPKTPKAQAGPAATVSKAPAA : ::. :. ... . CCDS32 ---------------------------------------GSCHRAAQSRGASLLQRLHNG 330 340 350 660 670 680 690 700 710 pF1KA1 SKAPAAPKVPVTPRVSRAPKTPAAQKVPTDAGPTLDVARLLSEVQPTSRASVSLLKGQGQ . .: :.:: : ::. : : : ::. .:.. : ::. CCDS32 NASP--PRVPSPPP---APEPPWHCGDRGDCGDRGDVG---------DRGD----KQQGM 360 370 380 390 720 730 740 750 760 770 pF1KA1 AGRQGPQSSGTLALSSKHQFQMEGLLGAWEGAPRQPPRHLQANSTVTSFQRYHEALNTPF : .::: :. : .... ::. ::..:::. :: CCDS32 ARGRGPQ---------------------WK-------RGARGGNLVTGTQRFKEALQDPF 400 410 420 780 790 800 810 820 830 pF1KA1 ELNLSGEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQFFWNRGHREVTVFVPTW : :.. ::. ::..:::::.:::::::::.:: ::::.:::.::.::::..::::: : CCDS32 TLCLANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIAVQYFWDRGHRDITVFVPQW 430 440 450 460 470 480 840 850 860 870 880 890 pF1KA1 QLKKNRRVRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAEETDGIIVTNEQ ...:. .::::::: ::.::..::.:::.. .::.:..:: :::::::::::::::.:.: CCDS32 RFSKDAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDGKRISSYDDRFMVKLAEETDGIIVSNDQ 490 500 510 520 530 540 900 910 920 930 940 950 pF1KA1 IHILMNSSKKLM--VKDRLLPFTFAGNLFMVPDDPLGRDGPTLDEFLKKPNRLDTDIGNF .. : . :.: : ...:::::::.:::::::::::::.::::::::::: : CCDS32 FRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPDDPLGRNGPTLDEFLKKPARTQGSSKAQ 550 560 570 580 590 600 960 970 980 990 1000 1010 pF1KA1 LKVWKTLPPSSASVTELSDDADSGPLESLPNMEEVREEKEERQDEEQRQGQGTQKAAEED CCDS32 HPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIRKTRETERLRRQLLEVFWGQDHKVDFILQREPYCR 610 620 630 640 650 660 >>CCDS45479.1 N4BP1 gene_id:9683|Hs108|chr16 (896 aa) initn: 947 init1: 511 opt: 684 Z-score: 389.5 bits: 84.4 E(32554): 2.2e-15 Smith-Waterman score: 773; 26.6% identity (52.6% similar) in 944 aa overlap (14-946:10-773) 10 20 30 40 50 pF1KA1 MLLSGGDPPAQEWFMVQTKSKPRVQRQRLQVQRIFRVKLNAFQS----RPDTPYFWLQLE : . ... ....: ... .: :.: .. . .: .:::: CCDS45 MAARAVLDEFTAPAEKAELLEQSRGRIEGLFGVSLAVLGALGAEEPLPARIWLQLC 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KA1 GPRENMGKAKEYLKGLCSPELWKEVRYPPILHCAFLGAQGLFLDCLCWSTLAYLVPGPPG : .: . .::::.::.: ::: .. :: .:: :.::..::: : .: : : : CCDS45 GAQEAVHSAKEYIKGICEPELEERECYPKDMHCIFVGAESLFLKSLIQDTCADLCILDIG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KA1 SLMVGGLTESFIMTQNWLEELVGRLRWGPAPLLTPRGIWEAEVTRAFGALVWIRGDQHAG : . : .:. .:... ....: .: . : : . :.:: : : .: ..:... 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