Result of FASTA (ccds) for pF1KE2450
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2450, 321 aa
  1>>>pF1KE2450     321 - 321 aa - 321 aa
Library: human.CCDS.faa
  18921897 residues in 33420 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1459+/-0.00069; mu= 16.8685+/- 0.041
 mean_var=71.1046+/-14.014, 0's: 0 Z-trim(110.3): 54  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.152099
 statistics sampled from 11617 (11672) to 11617 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.724), E-opt: 0.2 (0.349), width:  16
 Scan time:  1.180

The best scores are:                                      opt bits E(33420)
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs109|chr15     ( 321) 2206 492.9 1.5e-139
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs109|chr15     ( 412) 2206 492.9 1.8e-139
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs109|chr15        ( 502) 2206 493.0 2.1e-139
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs109|chr15        ( 531) 2206 493.0 2.2e-139
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs109|chr8         ( 514)  682 158.6   1e-38
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs109|chr8          ( 529)  682 158.6   1e-38
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs109|chr15        ( 505)  656 152.9 5.2e-37
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs109|chr20        ( 627)  577 135.6   1e-31
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs109|chr15        ( 489)  567 133.3 3.8e-31
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs109|chr4         ( 479)  563 132.5 6.9e-31
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs109|chr11       ( 450)  557 131.1 1.6e-30
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs109|chr15        ( 498)  538 127.0 3.2e-29
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs109|chr1          ( 502)  525 124.1 2.3e-28
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs109|chr8         ( 479)  522 123.5 3.5e-28
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs109|chr8          ( 494)  522 123.5 3.6e-28
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs109|chr2          ( 457)  509 120.6 2.5e-27
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs109|chr2         ( 482)  509 120.6 2.6e-27
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs109|chr17        ( 501)  453 108.3 1.3e-23
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs109|chr2          ( 502)  437 104.8 1.5e-22
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs109|chr2           ( 517)  437 104.8 1.5e-22
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs109|chr15        ( 468)  428 102.8 5.6e-22
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs109|chr8          ( 458)  412 99.3 6.3e-21
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs109|chr11         ( 463)  375 91.2 1.8e-18
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs109|chr11          ( 484)  375 91.2 1.8e-18
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs109|chr2          ( 517)  367 89.5 6.5e-18
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs109|chr17         ( 493)  354 86.6 4.5e-17
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs109|chr3         ( 447)  271 68.4 1.3e-11
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs109|chr11          ( 516)  268 67.7 2.2e-11
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3        ( 441)  265 67.0 3.1e-11
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3        ( 456)  265 67.0 3.2e-11
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3        ( 456)  265 67.0 3.2e-11
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3         ( 471)  265 67.1 3.3e-11
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs109|chr3        ( 482)  265 67.1 3.4e-11


>>CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs109|chr15          (321 aa)
 initn: 2206 init1: 2206 opt: 2206  Z-score: 2619.1  bits: 492.9 E(33420): 1.5e-139
Smith-Waterman score: 2206; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 IIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 IIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 RRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 HGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 HGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTII
              250       260       270       280       290       300

              310       320 
pF1KE2 CTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
       :::::::::::::::::::::
CCDS42 CTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
              310       320 

>>CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs109|chr15          (412 aa)
 initn: 2206 init1: 2206 opt: 2206  Z-score: 2617.6  bits: 492.9 E(33420): 1.8e-139
Smith-Waterman score: 2206; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (1-321:92-412)

                                             10        20        30
pF1KE2                               MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE
              70        80        90       100       110       120 

               40        50        60        70        80        90
pF1KE2 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS
             130       140       150       160       170       180 

              100       110       120       130       140       150
pF1KE2 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT
             190       200       210       220       230       240 

              160       170       180       190       200       210
pF1KE2 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG
             250       260       270       280       290       300 

              220       230       240       250       260       270
pF1KE2 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD
             310       320       330       340       350       360 

              280       290       300       310       320 
pF1KE2 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
             370       380       390       400       410  

>>CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs109|chr15             (502 aa)
 initn: 2206 init1: 2206 opt: 2206  Z-score: 2616.4  bits: 493.0 E(33420): 2.1e-139
Smith-Waterman score: 2206; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (1-321:182-502)

                                             10        20        30
pF1KE2                               MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE
             160       170       180       190       200       210 

               40        50        60        70        80        90
pF1KE2 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS
             220       230       240       250       260       270 

              100       110       120       130       140       150
pF1KE2 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT
             280       290       300       310       320       330 

              160       170       180       190       200       210
pF1KE2 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG
             340       350       360       370       380       390 

              220       230       240       250       260       270
pF1KE2 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD
             400       410       420       430       440       450 

              280       290       300       310       320 
pF1KE2 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
             460       470       480       490       500  

>>CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs109|chr15             (531 aa)
 initn: 2206 init1: 2206 opt: 2206  Z-score: 2616.0  bits: 493.0 E(33420): 2.2e-139
Smith-Waterman score: 2206; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (1-321:211-531)

                                             10        20        30
pF1KE2                               MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 IDVRWFPFDVQHCKLKFGSWSYGGWSLDLQMQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE
              190       200       210       220       230       240

               40        50        60        70        80        90
pF1KE2 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS
              250       260       270       280       290       300

              100       110       120       130       140       150
pF1KE2 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT
              310       320       330       340       350       360

              160       170       180       190       200       210
pF1KE2 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG
              370       380       390       400       410       420

              220       230       240       250       260       270
pF1KE2 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQD
              430       440       450       460       470       480

              280       290       300       310       320 
pF1KE2 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
              490       500       510       520       530 

>>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs109|chr8              (514 aa)
 initn: 690 init1: 568 opt: 682  Z-score: 808.9  bits: 158.6 E(33420): 1e-38
Smith-Waterman score: 683; 39.4% identity (65.8% similar) in 322 aa overlap (2-313:203-510)

                                            10        20        30 
pF1KE2                              MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYEC
                                     : .:.. :  .::: .:.  :  . . :.:
CCDS64 TFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDC
            180       190       200       210       220       230  

              40        50        60        70        80        90 
pF1KE2 CKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSL
       : : :::::.. ..::  :.: .::.:::.::: :..::: ::.: ::::.: :.:::::
CCDS64 CAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSL
            240       250       260       270       280       290  

             100       110       120       130       140       150 
pF1KE2 TVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTR
       :::.::..::.:.::  .:::..:.  :::.: ::.:.::.::. ::..:.   ::.:.:
CCDS64 TVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVR
            300       310       320       330       340       350  

               160       170       180       190       200         
pF1KE2 VILLNWCA--WFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASN--GNLLYIG
         ::. :.  :.: :.::      :  .     :    ...:       ::  ..   . 
CCDS64 GALLG-CVPRWLL-MNRPP-----PPVE----LCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVV
             360             370           380       390       400 

       210         220           230       240       250       260 
pF1KE2 FRGLDGVHCVP--TPDSGVVC--GRM--ACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRY
        .  :   :.   .:. :..:  :..  . :  . : ::. :.    .: . : :: :.:
CCDS64 VEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGEL-LLSPHMQKALEGVHY
             410       420       430       440        450       460

             270       280       290       300       310       320 
pF1KE2 IANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
       ::...: .: . .:  .::..: :.::. :  : .  .. :::...  : :.        
CCDS64 IADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFL--PPFLAGMI    
              470       480       490       500         510        

>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs109|chr8               (529 aa)
 initn: 690 init1: 568 opt: 682  Z-score: 808.7  bits: 158.6 E(33420): 1e-38
Smith-Waterman score: 683; 39.4% identity (65.8% similar) in 322 aa overlap (2-313:218-525)

                                            10        20        30 
pF1KE2                              MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYEC
                                     : .:.. :  .::: .:.  :  . . :.:
CCDS60 TFFPFDQQNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDC
       190       200       210       220       230       240       

              40        50        60        70        80        90 
pF1KE2 CKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSL
       : : :::::.. ..::  :.: .::.:::.::: :..::: ::.: ::::.: :.:::::
CCDS60 CAEIYPDVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSL
       250       260       270       280       290       300       

             100       110       120       130       140       150 
pF1KE2 TVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTR
       :::.::..::.:.::  .:::..:.  :::.: ::.:.::.::. ::..:.   ::.:.:
CCDS60 TVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVR
       310       320       330       340       350       360       

               160       170       180       190       200         
pF1KE2 VILLNWCA--WFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASN--GNLLYIG
         ::. :.  :.: :.::      :  .     :    ...:       ::  ..   . 
CCDS60 GALLG-CVPRWLL-MNRPP-----PPVE----LCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVV
       370         380                390       400       410      

       210         220           230       240       250       260 
pF1KE2 FRGLDGVHCVP--TPDSGVVC--GRM--ACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRY
        .  :   :.   .:. :..:  :..  . :  . : ::. :.    .: . : :: :.:
CCDS60 VEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGEL-LLSPHMQKALEGVHY
        420       430       440       450       460        470     

             270       280       290       300       310       320 
pF1KE2 IANRFRCQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
       ::...: .: . .:  .::..: :.::. :  : .  .. :::...  : :.        
CCDS60 IADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFL--PPFLAGMI    
         480       490       500       510       520               

>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs109|chr15             (505 aa)
 initn: 655 init1: 544 opt: 656  Z-score: 778.2  bits: 152.9 E(33420): 5.2e-37
Smith-Waterman score: 656; 34.6% identity (66.0% similar) in 309 aa overlap (5-307:197-496)

                                         10        20        30    
pF1KE2                           MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKE
                                     ... :  .::: ..  :: . .  :.::.:
CCDS10 PFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEE
        170       180       190       200       210       220      

           40        50        60        70        80        90    
pF1KE2 PYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVF
        :::.:... .::  :.: .::.:::.::: :..::: ::.: :::..: :.::::::::
CCDS10 IYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVF
        230       240       250       260       270       280      

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE2 MLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVIL
       .:...: .:.::  .:::..:.  :::.: ::.:.::.::. :.. :    ::.:.....
CCDS10 LLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVF
        290       300       310       320       330       340      

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE2 LNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGV
       ::     . : ::  ..      . :.   : ..:.: .     ....    :.   ::.
CCDS10 LNLLPRVMFMTRPTSNE-----GNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGM
        350       360            370       380       390       400 

                220       230       240       250       260        
pF1KE2 --HC----VPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRC
         .:    .   . ..   : . : . :  :  ..  ::    . . .. :.:::. .. 
CCDS10 CGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPE----IKEAIQSVKYIAENMKA
             410       420       430       440           450       

      270       280       290       300       310       320 
pF1KE2 QDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
       :.:.. . ..::..: :.::. : .:..  :. : :...              
CCDS10 QNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA     
       460       470       480       490       500          

>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs109|chr20             (627 aa)
 initn: 709 init1: 554 opt: 577  Z-score: 683.2  bits: 135.6 E(33420): 1e-31
Smith-Waterman score: 577; 40.9% identity (65.2% similar) in 247 aa overlap (5-249:199-438)

                                         10        20        30    
pF1KE2                           MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKE
                                     :   .  .::: .:   :  . : :::: :
CCDS13 PFDQQNCTMKFGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAE
      170       180       190       200       210       220        

           40        50        60        70        80        90    
pF1KE2 PYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVF
        :::.:.. ..::  :.: .::.:::.::: :..::: ::.. ::::.: :.::::::::
CCDS13 IYPDITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVF
      230       240       250       260       270       280        

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE2 MLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVIL
       .::..::.:.::  .:::..:.  :::.: ::.:.::.::. ::..:    :: :.: ..
CCDS13 LLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVF
      290       300       310       320       330       340        

          160         170       180       190       200       210  
pF1KE2 LNWCAWFLRMKRPG--EDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLD
       :.    .: ::::.  .:. :   .  ..  :         . :::..:.    ...  .
CCDS13 LDIVPRLLLMKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQ---SLHPPS
      350       360       370       380       390          400     

            220       230       240       250       260       270  
pF1KE2 GVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRCQDES
          :::  :  .  :  .:.   :.  :   :: :..                       
CCDS13 PSFCVPL-DVPAEPGP-SCKSPSDQ--LPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHGTQAPGLA
         410        420          430       440       450       460 

            280       290       300       310       320            
pF1KE2 EAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA           
                                                                   
CCDS13 KARSLSVQHMSSPGEAVEGGVRCRSRSIQYCVPRDDAAPEADGQAAGALASRNTHSAELP
             470       480       490       500       510       520 

>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs109|chr15             (489 aa)
 initn: 544 init1: 544 opt: 567  Z-score: 672.8  bits: 133.3 E(33420): 3.8e-31
Smith-Waterman score: 567; 34.9% identity (65.1% similar) in 275 aa overlap (5-273:197-462)

                                         10        20        30    
pF1KE2                           MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYECCKE
                                     ... :  .::: ..  :: . .  :.::.:
CCDS53 PFDYQNCTMKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEE
        170       180       190       200       210       220      

           40        50        60        70        80        90    
pF1KE2 PYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLSLTVF
        :::.:... .::  :.: .::.:::.::: :..::: ::.: :::..: :.::::::::
CCDS53 IYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVF
        230       240       250       260       270       280      

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE2 MLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWTRVIL
       .:...: .:.::  .:::..:.  :::.: ::.:.::.::. :.. :    ::.:.....
CCDS53 LLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVF
        290       300       310       320       330       340      

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE2 LNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRGLDGV
       ::     . : ::  ..      . :.   : ..:.: .     ....    :.   ::.
CCDS53 LNLLPRVMFMTRPTSNE-----GNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGM
        350       360            370       380       390       400 

                220       230       240       250       260        
pF1KE2 --HC----VPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLAKILEEVRYIANRFRC
         .:    .   . ..   : . : . :  :  ..  ::    . . .. :.:::. .. 
CCDS53 CGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPE----IKEAIQSVKYIAENMKA
             410       420       430       440           450       

      270       280       290       300       310       320 
pF1KE2 QDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
       :.:..                                                
CCDS53 QNEAKEEQKAQEIQQLKRKEKSTETSDQEPGL                     
       460       470       480                              

>>CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs109|chr4              (479 aa)
 initn: 656 init1: 431 opt: 563  Z-score: 668.2  bits: 132.5 E(33420): 6.9e-31
Smith-Waterman score: 608; 36.2% identity (67.0% similar) in 312 aa overlap (1-309:189-478)

                                             10        20        30
pF1KE2                               MQEADISGYIPNGEWDLVGIPGKRSERFYE
                                     .. .:.: .: . ::.. :.:. ..   : 
CCDS34 VTYFPFDNQQCNLTFGSWTYNGNQVDIFNALDSGDLSDFIEDVEWEVHGMPAVKNVISYG
      160       170       180       190       200       210        

               40        50        60        70        80        90
pF1KE2 CCKEPYPDVTFTVTMRRRTLYYGLNLLIPCVLISALALLVFLLPADSGEKISLGITVLLS
       ::.:::::::::. ..::. .: .:::::::::: :: : : ::: ::::.:::.:.::.
CCDS34 CCSEPYPDVTFTLLLKRRSSFYIVNLLIPCVLISFLAPLSFYLPAASGEKVSLGVTILLA
      220       230       240       250       260       270        

              100       110       120       130       140       150
pF1KE2 LTVFMLLVAEIMPATSDSVPLIAQYFASTMIIVGLSVVVTVIVLQYHHHDPDGGKMPKWT
       .:::.:.::::::: :..::::..:. .:: ..  :...:..:.. :    ..  .:.:.
CCDS34 MTVFQLMVAEIMPA-SENVPLIGKYYIATMALITASTALTIMVMNIHFCGAEARPVPHWA
      280       290        300       310       320       330       

              160       170       180       190       200       210
pF1KE2 RVILLNWCAWFLRMKRPGEDKVRPACQHKQRRCSLASVEMSAVAPPPASNGNLLYIGFRG
       ::..:.. .  : .   ::. . :  .:...:  :..:     .  : :: .    . :.
CCDS34 RVVILKYMSRVLFVYDVGESCLSP--HHSRERDHLTKV----YSKLPESNLK----AARN
       340       350       360         370           380           

              220       230       240       250          260       
pF1KE2 LDGVHCVPTPDSGVVCGRMACSPTHDEHLLHGGQPPEGDPDLA--KIL-EEVRYIANRFR
        :  .      .  . . ..:         .: .: :..   :  :.: ....:::. ..
CCDS34 KDLSR--KKDMNKRLKNDLGC---------QGKNPQEAESYCAQYKVLTRNIEYIAKCLK
       390         400                410       420       430      

       270       280       290       300       310       320 
pF1KE2 CQDESEAVCSEWKFAACVVDRLCLMAFSVFTIICTIGILMSAPNFVEAVSKDFA
        .  ...  :::: .: :.::. .  : ..... :: :.  :            
CCDS34 DHKATNSKGSEWKKVAKVIDRFFMWIFFIMVFVMTILIIARAD           
        440       450       460       470                    




321 residues in 1 query   sequences
18921897 residues in 33420 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Tue Jul 16 16:07:16 2019 done: Tue Jul 16 16:07:17 2019
 Total Scan time:  1.180 Total Display time:  0.040

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com