Result of SIM4 for pF1KB5728

seq1 = pF1KB5728.tfa, 2193 bp
seq2 = pF1KB5728/gi568815597r_175847193.tfa (gi568815597r:175847193_176306978), 459786 bp

>pF1KB5728 2193
>gi568815597r:175847193_176306978 (Chr1)

(complement)

1-407  (100001-100407)   100% ->
408-467  (122287-122346)   100% ->
468-565  (130972-131069)   100% ->
566-642  (143088-143164)   100% ->
643-762  (143991-144110)   100% ->
763-831  (157905-157973)   100% ->
832-891  (170432-170491)   100% ->
892-968  (171893-171969)   100% ->
969-1026  (190298-190355)   100% ->
1027-1141  (221089-221203)   100% ->
1142-1277  (225692-225827)   100% ->
1278-1421  (260655-260798)   100% ->
1422-1530  (263161-263269)   100% ->
1531-1612  (263712-263793)   100% ->
1613-1729  (279291-279407)   100% ->
1730-1847  (317500-317617)   100% ->
1848-1972  (318567-318691)   100% ->
1973-2133  (319876-320036)   100% ->
2134-2184  (359740-359792)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGTAGCCGCCAGGCCGGGTCGGGCTCCGCTGGGACAAGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGGTAGCCGCCAGGCCGGGTCGGGCTCCGCTGGGACAAGCCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCTCGGCGGCCTCCTCGGTGACTTCCGCCTCCTCGTCTTTATCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCTCGGCGGCCTCCTCGGTGACTTCCGCCTCCTCGTCTTTATCCTCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCGTCGCCGCCTTCCGTGGCGGTTTCGGCGGCAGCGCTGGTGTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCGTCGCCGCCTTCCGTGGCGGTTTCGGCGGCAGCGCTGGTGTCCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGTGGCCCAGGCCGCCGGCTCGGGCGGCCTCGGGGGCCCGGTGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGTGGCCCAGGCCGCCGGCTCGGGCGGCCTCGGGGGCCCGGTGCGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTGTTGGTGGCGCCCGCCGTATCGGGTAGCGGCGGCGGGGCGGTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTGTTGGTGGCGCCCGCCGTATCGGGTAGCGGCGGCGGGGCGGTGTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGGCCTGTCCCGGCACAGCTGCGCGGCCAGGCCCAGCGCCGGCGTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGGCCTGTCCCGGCACAGCTGCGCGGCCAGGCCCAGCGCCGGCGTAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCAGCAGCTCCAGCCTAGGCAGCGGCAGCAGGAAGCGACCTCTCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCAGCAGCTCCAGCCTAGGCAGCGGCAGCAGGAAGCGACCTCTCCTCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCCCTCTGCAACGGGCTCATCAACTCCTACGAGGACAAAAGCAACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCCCTCTGCAACGGGCTCATCAACTCCTACGAGGACAAAAGCAACGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGTATG         CCCCATCTGCTTTGATATGATTGAAGAAGCATAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCGTATGGTG...TAGCCCCATCTGCTTTGATATGATTGAAGAAGCATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGACAAAATGTGGCCACAGCTTTTG         CTACAAGTGTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122321 ATGACAAAATGTGGCCACAGCTTTTGGTA...TAGCTACAAGTGTATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCAGAGTTTGGAGGACAATAATAGATGTCCCAAGTGTAACTATGTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130987 TCAGAGTTTGGAGGACAATAATAGATGTCCCAAGTGTAACTATGTTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACAATATTGACCATCTGTATCCTAATTTCTTGG         TGAATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 131037 ACAATATTGACCATCTGTATCCTAATTTCTTGGGTG...CAGTGAATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCATTCTTAAACAGAAGCAAAGATTTGAGGAAAAGAGGTTCAAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143096 CTCATTCTTAAACAGAAGCAAAGATTTGAGGAAAAGAGGTTCAAATTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCACTCAGTGAGTAGCACC         AATGGCCACAGGTGGCAGATAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 143146 CCACTCAGTGAGTAGCACCGTA...TAGAATGGCCACAGGTGGCAGATAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCAAGATTGGTTGGGAACTGACCAAGATAACCTTGATTTGGCCAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144013 TTCAAGATTGGTTGGGAACTGACCAAGATAACCTTGATTTGGCCAATGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATCTTATGTTGGAGTTACTAGTGCAGAAGAAGAAACAACTGGAAGCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 144063 AATCTTATGTTGGAGTTACTAGTGCAGAAGAAGAAACAACTGGAAGCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763        GAATCACATGCAGCCCAACTACAGATTCTTATGGAATTCCTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144113 A...TAGGAATCACATGCAGCCCAACTACAGATTCTTATGGAATTCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGTTGCAAGAAGAAATAAGAGAGAG         CAACTGGAACAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 157948 AGGTTGCAAGAAGAAATAAGAGAGAGGTA...CAGCAACTGGAACAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGAAGGAGCTAAGTGTTTTGGAAGAGGATATTAAGAGAGTGGAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 170447 CAGAAGGAGCTAAGTGTTTTGGAAGAGGATATTAAGAGAGTGGAAGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892     GAAATGAGTGGCTTATACTCTCCTGTCAGTGAGGATAGCACAGTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170497 .CAGGAAATGAGTGGCTTATACTCTCCTGTCAGTGAGGATAGCACAGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTCAATTTGAAGCTCCTTCTCCATCACACAG         TAGTATTATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 171939 CTCAATTTGAAGCTCCTTCTCCATCACACAGGTA...CAGTAGTATTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATTCCACAGAATACAGCCAACCTCCAGGTTTCAGTGGCAGTTCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 190308 GATTCCACAGAATACAGCCAACCTCCAGGTTTCAGTGGCAGTTCTCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1027        ACAAAGAAACAGCCTTGGTATAATAGCACGTTAGCATCAAGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190358 A...TAGACAAAGAAACAGCCTTGGTATAATAGCACGTTAGCATCAAGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAAAACGACTTACTGCTCATTTTGAAGACTTGGAGCAGTGTTACTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221132 GAAAACGACTTACTGCTCATTTTGAAGACTTGGAGCAGTGTTACTTTTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACAAGGATGTCTCGTATCTCAG         ATGACAGTCGAACTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 221182 ACAAGGATGTCTCGTATCTCAGGTA...TAGATGACAGTCGAACTGCAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCAGTTGGATGAATTTCAGGAATGCTTGTCCAAGTTTACTCGATATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225711 CCAGTTGGATGAATTTCAGGAATGCTTGTCCAAGTTTACTCGATATAATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGTACGACCTTTAGCCACATTGTCATATGCTAGTGATCTCTATAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225761 CAGTACGACCTTTAGCCACATTGTCATATGCTAGTGATCTCTATAATGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCCAGTATAGTCTCTAG         TATTGAATTTGACCGGGATTGTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 225811 TCCAGTATAGTCTCTAGGTA...TAGTATTGAATTTGACCGGGATTGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTATTTTGCGATTGCTGGAGTTACAAAGAAGATTAAAGTCTATGAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260679 CTATTTTGCGATTGCTGGAGTTACAAAGAAGATTAAAGTCTATGAATATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACACTGTCATCCAGGATGCAGTGGATATTCATTACCCTGAGAATGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260729 ACACTGTCATCCAGGATGCAGTGGATATTCATTACCCTGAGAATGAAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACCTGCAATTCGAAAATCAG         CTGTATCAGTTGGAGTAGTTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 260779 ACCTGCAATTCGAAAATCAGGTA...CAGCTGTATCAGTTGGAGTAGTTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCATAAGAACCTGTTAGCTAGCAGTGATTATGAAGGCACTGTTATTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263182 CCATAAGAACCTGTTAGCTAGCAGTGATTATGAAGGCACTGTTATTTTAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GGGATGGATTCACAGGACAGAGGTCAAAGGTCTATCAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 263232 GGGATGGATTCACAGGACAGAGGTCAAAGGTCTATCAGGTA...CAGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CATGAGAAGAGGTGTTGGAGTGTTGACTTTAATTTGATGGATCCTAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263715 CATGAGAAGAGGTGTTGGAGTGTTGACTTTAATTTGATGGATCCTAAACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CTTGGCTTCAGGTTCTGATGATGCAAAAG         TGAAGCTGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 263765 CTTGGCTTCAGGTTCTGATGATGCAAAAGGTA...TAGTGAAGCTGTGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTACCAATCTAGACAACTCAGTGGCAAGCATTGAGGCAAAGGCTAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279303 CTACCAATCTAGACAACTCAGTGGCAAGCATTGAGGCAAAGGCTAATGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TGCTGTGTTAAATTCAGCCCCTCTTCCAGATACCATTTGGCTTTCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279353 TGCTGTGTTAAATTCAGCCCCTCTTCCAGATACCATTTGGCTTTCGGCTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGCAG         ATCACTGTGTCCACTACTATGATCTTCGTAACACTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279403 TGCAGGTA...TAGATCACTGTGTCCACTACTATGATCTTCGTAACACTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 AACAGCCAATCATGGTATTCAAAGGACACCGTAAAGCAGTCTCTTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317536 AACAGCCAATCATGGTATTCAAAGGACACCGTAAAGCAGTCTCTTATGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAGTTTGTGAGTGGTGAGGAAATTGTCTCTGC         CTCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 317586 AAGTTTGTGAGTGGTGAGGAAATTGTCTCTGCGTG...CAGCTCAACAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CAGTCAGCTAAAACTGTGGAATGTAGGGAAACCATACTGCCTACGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318576 CAGTCAGCTAAAACTGTGGAATGTAGGGAAACCATACTGCCTACGTTCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TCAAGGGTCATATCAATGAAAAAAACTTTGTAGGCCTGGCTTCCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318626 TCAAGGGTCATATCAATGAAAAAAACTTTGTAGGCCTGGCTTCCAATGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GATTATATAGCTTGTG         GAAGTGAAAATAACTCTCTCTACCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 318676 GATTATATAGCTTGTGGTA...CAGGAAGTGAAAATAACTCTCTCTACCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GTACTATAAAGGACTTTCTAAGACTTTGCTAACTTTTAAGTTTGATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319901 GTACTATAAAGGACTTTCTAAGACTTTGCTAACTTTTAAGTTTGATACAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TCAAAAGTGTTCTCGACAAAGACCGAAAAGAAGATGATACAAATGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319951 TCAAAAGTGTTCTCGACAAAGACCGAAAAGAAGATGATACAAATGAATTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GTTAGTGCTGTGTGCTGGAGGGCACTACCAGATGGG         GAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 320001 GTTAGTGCTGTGTGCTGGAGGGCACTACCAGATGGGGTA...TAGGAGTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2139 CAATGTGCTGATTGCTGCTAACAGTCAGGGTACAATTAAGGT  GCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--||||
 359745 CAATGTGCTGATTGCTGCTAACAGTCAGGGTACAATTAAGGTAAGCTA

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