Result of FASTA (omim) for pF1KB3462
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3462, 2033 aa
  1>>>pF1KB3462 2033 - 2033 aa - 2033 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.5598+/-0.000632; mu= -14.4932+/- 0.039
 mean_var=610.8783+/-125.395, 0's: 0 Z-trim(117.4): 417  B-trim: 0 in 0/59
 Lambda= 0.051892
 statistics sampled from 29024 (29459) to 29024 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.345), width:  16
 Scan time: 23.290

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001979 (OMIM: 601590) envoplakin isoform 2 [Hom (2033) 13068 996.0       0
NP_001307676 (OMIM: 601590) envoplakin isoform 1 [ (2055) 9652 740.3  5e-212
XP_016878864 (OMIM: 602871) PREDICTED: periplakin  (1772) 2820 228.8 4.2e-58
XP_016878863 (OMIM: 602871) PREDICTED: periplakin  (1785) 2803 227.5   1e-57
XP_006720965 (OMIM: 602871) PREDICTED: periplakin  (1769) 2214 183.4 1.9e-44
NP_002696 (OMIM: 602871) periplakin [Homo sapiens] (1756) 2212 183.2 2.1e-44
XP_011515434 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (3429)  881 83.9 3.3e-14
NP_958783 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4515)  881 84.0 4.1e-14
XP_005251041 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4520)  881 84.0 4.1e-14
XP_011515433 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4524)  881 84.0 4.1e-14
XP_005251040 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4524)  881 84.0 4.1e-14
NP_958781 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4525)  881 84.0 4.1e-14
XP_006716652 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4529)  881 84.0 4.1e-14
XP_006716653 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4529)  881 84.0 4.1e-14
XP_005251039 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4530)  881 84.0 4.1e-14
NP_958780 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4533)  881 84.0 4.1e-14
XP_005251038 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4538)  881 84.0 4.1e-14
NP_958786 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4547)  881 84.0 4.1e-14
NP_958784 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4547)  881 84.0 4.1e-14
NP_958785 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4551)  881 84.0 4.1e-14
XP_011515432 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4552)  881 84.0 4.1e-14
XP_005251036 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4552)  881 84.0 4.1e-14
XP_005251037 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4552)  881 84.0 4.1e-14
XP_005251035 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4556)  881 84.0 4.1e-14
NP_000436 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4574)  881 84.0 4.1e-14
XP_006716651 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4579)  881 84.0 4.1e-14
NP_958782 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61213 (4684)  881 84.0 4.2e-14
XP_005251033 (OMIM: 131950,226670,226730,601282,61 (4689)  881 84.0 4.2e-14
NP_001305963 (OMIM: 125647,605676,607450,607655,60 (2428)  624 64.5 1.6e-08
NP_001008844 (OMIM: 125647,605676,607450,607655,60 (2272)  567 60.2   3e-07
NP_004406 (OMIM: 125647,605676,607450,607655,60963 (2871)  569 60.4 3.2e-07
NP_009044 (OMIM: 190370) trichohyalin [Homo sapien (1943)  511 55.9 4.9e-06
NP_036222 (OMIM: 608271) microtubule-actin cross-l (5430)  515 56.7 8.2e-06
XP_016856370 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5496)  515 56.7 8.3e-06
XP_016856371 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5569)  515 56.7 8.3e-06
XP_016856369 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5635)  515 56.7 8.4e-06
XP_006710599 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5656)  515 56.7 8.4e-06
NP_001714 (OMIM: 113810,614653,615425) dystonin is (2649)  456 51.9 0.00011
XP_016866714 (OMIM: 113810,614653,615425) PREDICTE (3195)  456 52.0 0.00012
NP_001305148 (OMIM: 609689) centrosome-associated  (1810)  441 50.7 0.00018
XP_016883108 (OMIM: 609689) PREDICTED: centrosome- (1976)  441 50.7 0.00019
XP_011520804 (OMIM: 132900,160745) PREDICTED: myos (1929)  426 49.6  0.0004
NP_074035 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isoform  (1938)  426 49.6  0.0004
XP_016878739 (OMIM: 132900,160745) PREDICTED: myos (1945)  426 49.6  0.0004
NP_001035202 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isofo (1945)  426 49.6  0.0004
NP_002465 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isoform  (1972)  426 49.6 0.00041
NP_001035203 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isofo (1979)  426 49.6 0.00041
NP_003793 (OMIM: 603487) myosin-13 [Homo sapiens]  (1938)  414 48.7 0.00075
XP_011539444 (OMIM: 608271) PREDICTED: microtubule (5906)  429 50.3 0.00075
XP_016869381 (OMIM: 607553) PREDICTED: epiplakin i (4054)  419 49.4 0.00097


>>NP_001979 (OMIM: 601590) envoplakin isoform 2 [Homo sa  (2033 aa)
 initn: 13068 init1: 13068 opt: 13068  Z-score: 5309.6  bits: 996.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 13068; 100.0% identity (100.0% similar) in 2033 aa overlap (1-2033:1-2033)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MFKGLSKGSQGKGSPKGSPAKGSPKGSPSRHSRAATQELALLISRMQANADQVERDILET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MFKGLSKGSQGKGSPKGSPAKGSPKGSPSRHSRAATQELALLISRMQANADQVERDILET
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 QKRLQQDRLNSEQSQALQHQQETGRSLKEAEVLLKDLFLDVDKARRLKHPQAEEIEKDIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QKRLQQDRLNSEQSQALQHQQETGRSLKEAEVLLKDLFLDVDKARRLKHPQAEEIEKDIK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 QLHERVTQECAEYRALYEKMVLPPDVGPRVDWARVLEQKQKQVCAGQYGPGMAELEQQIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLHERVTQECAEYRALYEKMVLPPDVGPRVDWARVLEQKQKQVCAGQYGPGMAELEQQIA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 EHNILQKEIDAYGQQLRSLVGPDAATIRSQYRDLLKAASWRGQSLGSLYTHLQGCTRQLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EHNILQKEIDAYGQQLRSLVGPDAATIRSQYRDLLKAASWRGQSLGSLYTHLQGCTRQLS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 ALAEQQRRILQQDWSDLMADPAGVRREYEHFKQHELLSQEQSVNQLEDDGERMVELRHPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALAEQQRRILQQDWSDLMADPAGVRREYEHFKQHELLSQEQSVNQLEDDGERMVELRHPA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 VGPIQAHQEALKMEWQNFLNLCICQETQLQHVEDYRRFQEEADSVSQTLAKLNSNLDAKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VGPIQAHQEALKMEWQNFLNLCICQETQLQHVEDYRRFQEEADSVSQTLAKLNSNLDAKY
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 SPAPGGPPGAPTELLQQLEAEEKRLAVTERATGDLQRRSRDVAPLPQRRNPPQQPLHVDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPAPGGPPGAPTELLQQLEAEEKRLAVTERATGDLQRRSRDVAPLPQRRNPPQQPLHVDS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 ICDWDSGEVQLLQGERYKLVDNTDPHAWVVQGPGGETKRAPAACFCIPAPDPDAVARASR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ICDWDSGEVQLLQGERYKLVDNTDPHAWVVQGPGGETKRAPAACFCIPAPDPDAVARASR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 LASELQALKQKLATVQSRLKASAVESLRPSQQAPSGSDLANPQAQKLLTQMTRLDGDLGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LASELQALKQKLATVQSRLKASAVESLRPSQQAPSGSDLANPQAQKLLTQMTRLDGDLGQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 IERQVLAWARAPLSRPTPLEDLEGRIHSHEGTAQRLQSLGTEKETAQKECEAFLSTRPVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IERQVLAWARAPLSRPTPLEDLEGRIHSHEGTAQRLQSLGTEKETAQKECEAFLSTRPVG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 PAALQLPVALNSVKNKFSDVQVLCSLYGEKAKAALDLERQIQDADRVIRGFEATLVQEAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PAALQLPVALNSVKNKFSDVQVLCSLYGEKAKAALDLERQIQDADRVIRGFEATLVQEAP
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 IPAEPGALQERVSELQRQRRELLEQQTCVLRLHRALKASEHACAALQNNFQEFCQDLPRQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IPAEPGALQERVSELQRQRRELLEQQTCVLRLHRALKASEHACAALQNNFQEFCQDLPRQ
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 QRQVRALTDRYHAVGDQLDLREKVVQDAALTYQQFKNCKDNLSSWLEHLPRSQVRPSDGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRQVRALTDRYHAVGDQLDLREKVVQDAALTYQQFKNCKDNLSSWLEHLPRSQVRPSDGP
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 SQIAYKLQAQKRLTQEIQSRERDRATASHLSQALQAALQDYELQADTYRCSLEPTLAVSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQIAYKLQAQKRLTQEIQSRERDRATASHLSQALQAALQDYELQADTYRCSLEPTLAVSA
              790       800       810       820       830       840

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pF1KB3 PKRPRVAPLQESIQAQEKNLAKAYTEVAAAQQQLLQQLEFARKMLEKKELSEDIRRTHDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PKRPRVAPLQESIQAQEKNLAKAYTEVAAAQQQLLQQLEFARKMLEKKELSEDIRRTHDA
              850       860       870       880       890       900

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pF1KB3 KQGSESPAQAGRESEALKAQLEEERKRVARVQHELEAQRSQLLQLRTQRPLERLEEKEVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KQGSESPAQAGRESEALKAQLEEERKRVARVQHELEAQRSQLLQLRTQRPLERLEEKEVV
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB3 EFYRDPQLEGSLSRVKAQVEEEGKRRAGLQADLEVAAQKVVQLESKRKTMQPHLLTKEVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EFYRDPQLEGSLSRVKAQVEEEGKRRAGLQADLEVAAQKVVQLESKRKTMQPHLLTKEVT
              970       980       990      1000      1010      1020

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pF1KB3 QVERDPGLDSQAAQLRIQIQQLRGEDAVISARLEGLKKELLALEKREVDVKEKVVVKEVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QVERDPGLDSQAAQLRIQIQQLRGEDAVISARLEGLKKELLALEKREVDVKEKVVVKEVV
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

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pF1KB3 KVEKNLEMVKAAQALRLQMEEDAARRKQAEEAVAKLQARIEDLERAISSVEPKVIVKEVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KVEKNLEMVKAAQALRLQMEEDAARRKQAEEAVAKLQARIEDLERAISSVEPKVIVKEVK
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>>NP_001307676 (OMIM: 601590) envoplakin isoform 1 [Homo  (2055 aa)
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NP_001 RCYRSASPTVPRSLR
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NP_002 ADSLGSQYRSVRQKAAGSKRTLQ-QRYEVLK-TENPGDASDL---QGRQLLAGLDKVASD
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NP_002 PGSGTTPLLRTRVEDTNRKYEHLLQLLDLAQEKVDVANRLEKSLQQSWELLATHENHLNQ
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NP_002 DDTVPESSRVLDSKGQELAAMACELQAQKSLLGEVEQNLQAAKQCSSTLASRFQEHCPDL
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NP_002 RSSHVSKRARLQSPATKVKEEEAALAAKFTEVYAINRQRLQNLEFALNLLRQQP---EVE
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NP_002 EILQFQEDPQTKEEVASLRAKLSEEQKKQVDLERERASQEEQIARKEEELSRVKERVVQQ
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XP_011 P----VGGFKGRTVTVWELISSEYFT--AEQRQELLRQFRTGKVTVEKVIKILITIVEEV
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NP_958 KKGLLSAEVARLLLEAQAATGFLLDPVKGERLTVDEAVRKGLVGPELHDRLLSAERAVTG
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NP_958 YRDPYTEQTISLFQAMKKELIPTEEALRLLDAQLATGGIVDPRLGFHLPLEVAYQRGYLN
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NP_958 KDTHDQLSEPSEVRSYVDPSTDERLSYTQLLRRCRRDDGTGQLLLPLSDARKLTFRGLRK
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