FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2317, 1051 aa 1>>>pF1KE2317 1051 - 1051 aa - 1051 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7132+/-0.000382; mu= 20.1507+/- 0.024 mean_var=79.8608+/-15.669, 0's: 0 Z-trim(113.7): 96 B-trim: 262 in 2/55 Lambda= 0.143518 statistics sampled from 23071 (23170) to 23071 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.272), width: 16 Scan time: 10.600 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002195 (OMIM: 605025,614748) integrin alpha-3 p (1051) 7114 1483.4 0 XP_005257365 (OMIM: 605025,614748) PREDICTED: inte ( 916) 4468 935.5 0 NP_001278423 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha- (1048) 1113 240.8 3e-62 NP_002198 (OMIM: 603963) integrin alpha-9 precurso (1035) 1010 219.5 7.8e-56 NP_000876 (OMIM: 192975) integrin alpha-4 isoform (1032) 962 209.6 7.6e-53 XP_005268907 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte ( 979) 955 208.1 2e-52 XP_005268906 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1023) 955 208.1 2.1e-52 XP_005268905 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1023) 955 208.1 2.1e-52 XP_005268903 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1024) 955 208.1 2.1e-52 XP_016874754 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1051) 955 208.1 2.1e-52 XP_005268901 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1068) 955 208.1 2.1e-52 NP_001138469 (OMIM: 600536,613204) integrin alpha- (1044) 953 207.7 2.8e-52 NP_002201 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isoform (1048) 947 206.5 6.6e-52 NP_001138471 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1002) 900 196.7 5.4e-49 NP_003629 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha-8 I (1063) 863 189.1 1.2e-46 NP_001138472 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1012) 846 185.5 1.3e-45 XP_011523052 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1000) 722 159.9 6.7e-38 XP_011523051 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1005) 722 159.9 6.8e-38 NP_000410 (OMIM: 187800,273800,607759) integrin al (1039) 722 159.9 7e-38 XP_011544151 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1074) 679 151.0 3.4e-35 XP_006721107 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1087) 679 151.0 3.5e-35 NP_002200 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isoform (1170) 679 151.0 3.7e-35 XP_016858117 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 796) 670 149.0 9.7e-35 XP_011508385 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1002) 670 149.1 1.2e-34 NP_001289970 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1024) 670 149.1 1.2e-34 NP_001289969 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1036) 670 149.1 1.2e-34 NP_002196 (OMIM: 135620) integrin alpha-5 precurso (1049) 670 149.1 1.2e-34 XP_016858115 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1100) 670 149.1 1.3e-34 XP_005277493 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1105) 670 149.1 1.3e-34 XP_016858113 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 670 149.1 1.3e-34 XP_016858114 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 670 149.1 1.3e-34 NP_003628 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isoform (1167) 670 149.1 1.3e-34 XP_016858111 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1181) 670 149.1 1.3e-34 XP_016858112 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1180) 665 148.1 2.8e-34 XP_005254285 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1086) 656 146.2 9.4e-34 XP_011519665 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1119) 656 146.2 9.6e-34 NP_001004439 (OMIM: 604789) integrin alpha-11 prec (1188) 656 146.2 1e-33 NP_001107852 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isofo (1086) 655 146.0 1.1e-33 XP_005255370 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1169) 655 146.0 1.1e-33 XP_011522127 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1185) 639 142.7 1.2e-32 XP_011522125 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1217) 639 142.7 1.2e-32 XP_011518054 (OMIM: 191830,604063) PREDICTED: inte ( 799) 636 142.0 1.3e-32 XP_016858116 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 835) 630 140.8 3.2e-32 XP_005268898 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1162) 630 140.9 4.1e-32 XP_005268897 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1175) 630 140.9 4.2e-32 XP_005268896 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1181) 630 140.9 4.2e-32 NP_002199 (OMIM: 604682) integrin alpha-E precurso (1179) 621 139.0 1.5e-31 XP_016880075 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1191) 613 137.3 4.8e-31 XP_011522130 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1137) 608 136.3 9.5e-31 XP_011522129 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1163) 608 136.3 9.7e-31 >>NP_002195 (OMIM: 605025,614748) integrin alpha-3 prepr (1051 aa) initn: 7114 init1: 7114 opt: 7114 Z-score: 7953.8 bits: 1483.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7114; 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NP_001 GYAVDFHIPDARTAS--VLVGAPKANTSQPD--IVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIPFDT 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 --NITVKNDPGHHIIE---DMWLGVTVASQGPAGRVLVCAHRYTQVLWSGSEDQRRMVGK : .. . .. :: ..:.:.:: .. :.:..:: : . . . . :: NP_001 TNNRKIRVNGTKEPIEFKSNQWFGATVKAH--KGKVVACAPLYHWRTLKPTPE-KDPVGT 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 pF1KE2 CYVRGNDLELDSSDDWQTYHN-EMC-NSNTDYLETGMCQLGTSGGFTQN-TVYFGAPGAY ::: . .....: . : :::.: :.:: : : : .: . :.::.. NP_001 CYV--------AIQNFSAYAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSF 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KE2 NWKGNSYMIQRKEWDL-SEYSYKDPEDQGNLYIGYTMQVGSFILHPKNITIVTGAPRH-R :.:. .: . :. ..::.:: . : .:. . . .:.: :: . NP_001 YWQGQ--VITASVADIIANYSFKDILRK--LAGEKQTEVAPASYDDSYLELVAGIPRGAQ 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE2 HMGAVFLLSQEAGGDLRRRQVLEGSQVGAYFGSAIALADLNNDGWQDLLVGAPYYFERKE ..: : .... :. : . : :...::: .....:.:.:: .:.::::: ..::. NP_001 NFGYVSIINST---DMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFMEREF 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 EVG----GAIYVFMNQAGTSFPAHPSLLLHGPSGSAFGLSVASIGDINQDGFQDIAVGAP : . : ::... :... . :..: . . :: ..: .::.::::..:::.:.: NP_001 ESNPREVGQIYLYL-QVSSLLFRDPQILTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIAIGVP 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KE2 FEGL---GKVYIYHSSSKGLLRQPQQVIHGEKLGLPGLATFGYSLSGQMDVDENFYPDLL : : ::: ::.... :: .:.::..: . . ::..: :. :.:.: ::::. NP_001 FAGKDQRGKVLIYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDYPDLI 400 410 420 430 440 450 450 460 470 480 490 500 pF1KE2 VGSL-SDHIVLLRARPVINIVHKTLV-PRPAVLDPALCTATSCVQVELCFAYN--QSAGN ::.. . .... :::::... . :. : :. : . . . ::. :. . 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NP_002 GKTCREDRDDEWMGVSLARQPKADGRVLACAHRWKNIYYEA--DHILPHGFCYIIPSNLQ 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 LDSSDDWQTYHNEMCNSNTDYLETGMCQLGTSGGFTQNTVYFGAPGAYNWKGNSYMIQRK . :. :. .. . : : :: : .: ::.. : .::::.. : :. .. NP_002 AKGRTLIPCYE-EYKKKYGE--EHGSCQAGIAGFFTEELVVMGAPGSFYWAGTIKVL--- 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 pF1KE2 EWDLSEYSYKDPEDQGNL-----YIGYTMQVGSFILHPKNITIVTGAPRHRHMGAVFLL- .:.. .: .:. . :.::.. .: : ::..: .: :::. . .: :... NP_002 --NLTDNTYLKLNDEVIMNRRYTYLGYAVTAGHFS-HPSTIDVVGGAPQDKGIGKVYIFR 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 SQEAGGDLRRRQVLEGSQVGAYFGSAIALADLNNDGWQDLLVGAPYYFERKEEVGGAIYV ... .: : . :...:.::::.. .:::.:: .:::::::.. : ..: : . : NP_002 ADRRSGTLIKIFQASGKKMGSYFGSSLCAVDLNGDGLSDLLVGAPMFSEIRDE--GQVTV 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 FMNQAGTSFPAHPSLLLHGPSGSAFGLSVASIGDINQDGFQDIAVGAPFEG--LGKVYIY ..:... .. . .: : .. :: :.::. :...::: :.:.::: : : :::: NP_002 YINRGNGALEEQLALTGDGAYNAHFGESIASLDDLDNDGFPDVAIGAPKEDDFAGAVYIY 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 HSSSKGLLRQPQQVIHGEKLGLPGLATFGYSLSGQMDVDENFYPDLLVGS-LSDHIVLLR :... :.. : .. . :.:.. : : :: :.:: .:.: : :::. ::. .:: .:::: NP_002 HGDAGGIVPQYSMKLSGQKIN-PVLRMFGQSISGGIDMDGNGYPDVTVGAFMSDSVVLLR 400 410 420 430 440 450 470 480 490 500 510 pF1KE2 ARPVINIVHKTLVPRPAVLDPALC----TATSCVQVELCFAYNQSAGNPNYRRNITLAYT :::::.. . ..: . : ..:..: ::... . :. .: : :. 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