FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2443, 321 aa 1>>>pF1KE2443 321 - 321 aa - 321 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1979+/-0.000878; mu= 12.9085+/- 0.053 mean_var=110.8427+/-22.617, 0's: 0 Z-trim(110.0): 22 B-trim: 51 in 1/50 Lambda= 0.121821 statistics sampled from 11234 (11256) to 11234 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.346), width: 16 Scan time: 2.070 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 ( 321) 2145 387.4 7.8e-108 CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 ( 294) 433 86.5 2.7e-17 CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 433 86.7 3.7e-17 CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 428 85.7 5.6e-17 CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 422 84.7 1.4e-16 CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 417 83.9 2.6e-16 CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 416 83.6 2.7e-16 CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 403 81.3 1.2e-15 CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 399 80.8 2.7e-15 CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 391 79.3 7e-15 CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 377 76.7 2.5e-14 CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 358 73.3 2.1e-13 CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 358 73.4 3.1e-13 CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 355 72.8 3.4e-13 CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 348 71.6 7.9e-13 CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 338 69.8 2.7e-12 CCDS382.1 GJB5 gene_id:2709|Hs108|chr1 ( 273) 331 68.6 6.5e-12 CCDS5008.1 GJB7 gene_id:375519|Hs108|chr6 ( 223) 320 66.6 2.1e-11 >>CCDS10040.1 GJD2 gene_id:57369|Hs108|chr15 (321 aa) initn: 2145 init1: 2145 opt: 2145 Z-score: 2049.4 bits: 387.4 E(32554): 7.8e-108 Smith-Waterman score: 2145; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS10 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNK 250 260 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 DLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV ::::::::::::::::::::: CCDS10 DLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV 310 320 >>CCDS58547.1 GJD3 gene_id:125111|Hs108|chr17 (294 aa) initn: 692 init1: 396 opt: 433 Z-score: 423.8 bits: 86.5 E(32554): 2.7e-17 Smith-Waterman score: 592; 37.8% identity (60.5% similar) in 304 aa overlap (1-303:1-239) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP ::::..: ::.: :: .: ..::. :.:..:::::..: :: .:..::: :::::::: CCDS58 MGEWAFLGSLLDA-VQLQSPLVGRLWLVVMLIFRILVLATVGGAVFEDEQEEFVCNTLQP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP :: :.:::::::.:: :.:.:.:... .: . :..::.:...:. CCDS58 GCRQTCYDRAFPVSHYRFWLFHILLLSAPPVLFVVYSMHRAGKE---------------- 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG .::. . : : :. : .: : . CCDS58 -----------AGGA------EAAAQCA--PGL----------PEAQCA--------PCA 110 120 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV ::. :: . : :...:..: :. :: :: .:::: : . : :: . : CCDS58 LRA------RRAR---RCYLLSVALRLLAELTFLGGQALLYGFRVAPHFACAGPPCPHTV 130 140 150 160 170 250 260 270 280 290 pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWR-KIKLAVRGAQAKRKSIYEIRN .:.::::::::::..:.:::. . ..:..:::.:: :. . . . : . .: .: . CCDS58 DCFVSRPTEKTVFVLFYFAVGLLSALLSVAELGHLLWKGRPRAGERDNRCNR--AHEEAQ 180 190 200 210 220 230 300 310 320 pF1KE2 KDLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV : :: CCDS58 KLLPPPPPPPPPPALPSRRPGPEPCAPPAYAHPAPASLRECGSGRGKASPATGRRDLAI 240 250 260 270 280 290 >>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa) initn: 712 init1: 381 opt: 433 Z-score: 421.6 bits: 86.7 E(32554): 3.7e-17 Smith-Waterman score: 725; 40.6% identity (67.3% similar) in 315 aa overlap (1-314:1-264) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP ::.:..: .:: :..:::.:::. :::. ::::::.. ..: :. :::. ::::: :: CCDS30 MGDWSFLGNILEE-VNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP ::...:::.:::::::: ::.:::.: :::: .. ..:: ....:.: : :. CCDS30 GCENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLMYVGHAVHY-VRMEEKRKS-------REA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG : .: .::.:: :: ::. :: CCDS30 -EELGQQAGTNGG--------------------------------PDQGSVKK----SSG 120 130 190 200 210 220 230 pF1KE2 LRTASKSKLRRQEG-ISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKE . ..: .: :: . : :: ...:.. .:.::.::.:::::: . ::.:.:.:: . CCDS30 SKGTKKFRL---EGTLLRTYICHIIFKTLFEVGFIVGHYFLYGFRILPLYRCSRWPCPNV 140 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 VECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRN :.:.::::::::.:..::..:... . ::. ::.::: . :. :.. . .. . :: . CCDS30 VDCFVSRPTEKTIFILFMLSVASVSLFLNVMELGHLGLKGIRSALK--RPVEQPLGEIPE 200 210 220 230 240 300 310 320 pF1KE2 KDLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV :.: ..: .. ... CCDS30 KSLHSIAVSSIQKAKGYQLLEEEKIVSHYFPLTEVGMVETSPLPAKPFNQFEEKISTGPL 250 260 270 280 290 300 >>CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 (333 aa) initn: 694 init1: 381 opt: 428 Z-score: 418.4 bits: 85.7 E(32554): 5.6e-17 Smith-Waterman score: 624; 38.3% identity (65.5% similar) in 290 aa overlap (1-290:1-246) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP ::.: .::.::. ::.:::..:.: :::. ::::::....::.:. :::. : ::: :: CCDS30 MGDWGFLEKLLDQ-VQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP ::...:::.:::::::::::.:...: ::.: .. . .. : .::.: : . CCDS30 GCTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLS--RREER-------LRQKE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG : . :. .: ... :.. : .. CCDS30 GELRALPA------------KDPQVERALAAVERQMAK---------------------- 120 130 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV . .: ..:: . .. :. .:. ...:: ::: ::. :::... .. :.: :: : CCDS30 ISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLYGWTMEPVFVCQRAPCPYLV 140 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNK .:.::::::::.:..::..:. : .:::: :: :: : .. ..:. :.. CCDS30 DCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLSRGMRARQGQDAPPTQGTSS 200 210 220 230 240 250 310 320 pF1KE2 DLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV CCDS30 DPYTDQVFFYLPVGQGPSSPPCPTYNGLSSSEQNWANLTTEERLASSRPPLFLDPPPQNG 260 270 280 290 300 310 >>CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 (435 aa) initn: 679 init1: 371 opt: 422 Z-score: 411.1 bits: 84.7 E(32554): 1.4e-16 Smith-Waterman score: 712; 38.3% identity (65.3% similar) in 311 aa overlap (1-308:1-261) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP ::.:..: :::: : :.:::.::.. :::. :::::... ..: :. :::. :.::: :: CCDS92 MGDWSFLGRLLENA-QEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP ::...::::::::::::.:..:::.: ::.: .. . .: ....:.. .:. CCDS92 GCENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHI-VRMEEKKK-------EREE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG :.. :::. . :: : .::. CCDS92 EEQL--------------KRESP----------------SPKEPPQD---------NPSS 120 130 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV .....: .. : :.....:.. .:.::..:::::::: . ::.:.:.:: . : CCDS92 --RDDRGRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFELKPLYRCDRWPCPNTV 140 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVR---GAQAKRKSIYEI .:..:::::::.:..::.::. ..::. :. ::::.:.: .: : .:.. . CCDS92 DCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGVTSRLGPDASEAPLGTA 200 210 220 230 240 250 300 310 320 pF1KE2 RNKDLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV :: : : CCDS92 DPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPPPAADFKLLALTEARGKGQ 260 270 280 290 300 310 >>CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 (439 aa) initn: 753 init1: 379 opt: 417 Z-score: 406.3 bits: 83.9 E(32554): 2.6e-16 Smith-Waterman score: 772; 41.5% identity (69.8% similar) in 301 aa overlap (4-286:6-300) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTL :..: :::: ...:::..:.. :::.:.:::...:. ::..:.:::. :.::: CCDS15 MTNMSWSFLTRLLEE-IHNHSTFVGKVWLTVLVVFRIVLTAVGGEAIYSDEQAKFTCNTR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 QPGCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAK--QRERRYSTVFLAL ::::...::: :.::.:.:::::... :::. .. :.::. :. ..::: . CCDS15 QPGCDNVCYDAFAPLSHVRFWVFQIVVISTPSVMYLGYAVHRLARASEQERRRALRRRPG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 DRD------PPESIGGPGGTGGGGS----GGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEP : :: : : . : : :..:... .: ..:. ...:... : CCDS15 PRRAPRAHLPPPHAGWPEPADLGEEEPMLGLGEEEEEEETGA-AEGAGEEAEEAGAEEA- 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 DCLEV------KELTPHPSGLRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFL : .. :: :.: . . . ...: ::. : :. :.: : :.:..::::::.: CCDS15 -CTKAVGADGKAAGTPGPTGQHDG-RRRIQR-EGLMRVYVAQLVARAAFEVAFLVGQYLL 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 YGFSVPGLYECNRYPCIKEVECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKI ::: : .. :.: :: . :.:.:::::::::::. :..:: .:..::: :. ::: . CCDS15 YGFEVRPFFPCSRQPCPHVVDCFVSRPTEKTVFLLVMYVVSCLCLLLNLCEMAHLGLGSA 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 pF1KE2 KLAVRGAQAKRKSIYEIRNKDLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV . :::: CCDS15 QDAVRGRRGPPASAPAPAPRPPPCAFPAAAAGLACPPDYSLVVRAAERARAHDQNLANLA 300 310 320 330 340 350 >>CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 (396 aa) initn: 680 init1: 385 opt: 416 Z-score: 405.9 bits: 83.6 E(32554): 2.7e-16 Smith-Waterman score: 737; 36.7% identity (70.3% similar) in 300 aa overlap (4-303:3-278) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP :..: :::: ...:::..:.: :::...:::...:. ::..: :::. ::::: :: CCDS11 MSWSFLTRLLEE-IHNHSTFVGKIWLTVLIVFRIVLTAVGGESIYYDEQSKFVCNTEQP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP ::...::: :.::.:.::::::.: :::. .. :..:. ::... . . :. CCDS11 GCENVCYDAFAPLSHVRFWVFQIILVATPSVMYLGYAIHKIAKMEHGEADK---KAARSK 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG : .. . . ..:: . . :.. ........: :. .: CCDS11 PYAMRWKQHRALEETEEDNEEDPMMYPEME---LESDKENKEQSQPK--------PKHDG 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV : :..:. ..:..:.. :...:.:::.::::::::.: .: :.: :: ... CCDS11 RRRI------REDGLMKIYVLQLLARTVFEVGFLIGQYFLYGFQVHPFYVCSRLPCPHKI 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNK .:..:::::::.::..:..:.:.:..::. :. :::. :. .. ..::. . . CCDS11 DCFISRPTEKTIFLLIMYGVTGLCLLLNIWEMLHLGFGTIRDSL---NSKRRELEDPGAY 220 230 240 250 260 270 310 320 pF1KE2 DLPRVSVPNFGRTQSSDSAYV . : CCDS11 NYPFTWNTPSAPPGYNIAVKPDQIQYTELSNAKIAYKQNKANTAQEQQYGSHEENLPADL 280 290 300 310 320 330 >>CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 (358 aa) initn: 643 init1: 350 opt: 403 Z-score: 394.2 bits: 81.3 E(32554): 1.2e-15 Smith-Waterman score: 657; 38.1% identity (66.5% similar) in 281 aa overlap (1-281:1-235) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MGEWTILERLLEAAVQQHSTMIGRILLTVVVIFRILIVAIVGETVYDDEQTMFVCNTLQP ::.:..: .:: :..:::..:.. :::. :::.:... ..:. . :::. : :.:.:: CCDS92 MGDWSFLGNFLEE-VHKHSTVVGKVWLTVLFIFRMLVLGTAAESSWGDEQADFRCDTIQP 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 GCNQACYDRAFPISHIRYWVFQIIMVCTPSLCFITYSVHQSAKQRERRYSTVFLALDRDP ::...:::.:::::::::::.:::.: :::: .. ...: :..:. CCDS92 GCQNVCYDQAFPISHIRYWVLQIIFVSTPSLVYMGHAMHTVRMQEKRKL----------- 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PESIGGPGGTGGGGSGGGKREDKKLQNAIVNGVLQNTENTSKETEPDCLEVKELTPHPSG :: .. .. : : . .....: .: : CCDS92 -------------------REAERAKE--VRGSGSYEYPVAEKAELSCWE---------- 110 120 130 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LRTASKSKLRRQEGISRFYIIQVVFRNALEIGFLVGQYFLYGFSVPGLYECNRYPCIKEV ..... : . :. ....:...:.::.:::::.::. . :. : : :: . : CCDS92 ---EGNGRIALQGTLLNTYVCSILIRTTMEVGFIVGQYFIYGIFLTTLHVCRRSPCPHPV 140 150 160 170 180 190 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 ECYVSRPTEKTVFLVFMFAVSGICVVLNLAELNHLGWRKIKLAVRGAQAKRKSIYEIRNK .:::::::::.::.:::.::... ..:.:::: ::::.::. 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