seq1 = pF1KE2554.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE2554/gi568815592f_35311088.tfa (gi568815592f:35311088_35524784), 213697 bp

>pF1KE2554 1083
>gi568815592f:35311088_35524784 (Chr6)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-285  (109040-109194)   100% ->
286-424  (110733-110871)   100% ->
425-627  (112859-113061)   99% ->
628-1083  (113242-113697)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAGCCACAGGAGGAAGCCCCTGAGGTCCGGGAAGAGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCAGCCACAGGAGGAAGCCCCTGAGGTCCGGGAAGAGGAGGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGGAAGTGGCAGAGGCAGAAGGAGCCCCAGAGCTCAATGGGGGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGGAAGTGGCAGAGGCAGAAGGAGCCCCAGAGCTCAATGGGGGACCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCATGCACTTCCTTCCAGCAGCTACACAG         ACCTCTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 AGCATGCACTTCCTTCCAGCAGCTACACAGGTG...CAGACCTCTCCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTCCTCGCCACCCTCACTGCTGGACCAACTGCAGATGGGCTGTGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109051 AGCTCCTCGCCACCCTCACTGCTGGACCAACTGCAGATGGGCTGTGACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCTCATGCGGCAGCCTCAACATGGAGTGCCGGGTGTGCGGGGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109101 GGCCTCATGCGGCAGCCTCAACATGGAGTGCCGGGTGTGCGGGGACAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATCGGGCTTCCACTACGGTGTTCATGCATGTGAGGGGTGCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109151 CATCGGGCTTCCACTACGGTGTTCATGCATGTGAGGGGTGCAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    GGCTTCTTCCGTCGTACGATCCGCATGAAGCTGGAGTACGAGAAGTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110730 CAGGGCTTCTTCCGTCGTACGATCCGCATGAAGCTGGAGTACGAGAAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGCGCAGCTGCAAGATTCAGAAGAAGAACCGCAACAAGTGCCAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110780 TGAGCGCAGCTGCAAGATTCAGAAGAAGAACCGCAACAAGTGCCAGTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCGCTTCCAGAAGTGCCTGGCACTGGGCATGTCACACAACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110830 GCCGCTTCCAGAAGTGCCTGGCACTGGGCATGTCACACAACGGTG...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425  CTATCCGTTTTGGTCGGATGCCGGAGGCTGAGAAGAGGAAGCTGGTGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112858 GCTATCCGTTTTGGTCGGATGCCGGAGGCTGAGAAGAGGAAGCTGGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGGCTGACTGCAAATGAGGGGAGCCAGTACAACCCACAGGTGGCCGACC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112908 AGGGCTGACTGCAAACGAGGGGAGCCAGTACAACCCACAGGTGGCCGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAGGCCTTCTCCAAGCACATCTACAATGCCTACCTGAAAAACTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112958 TGAAGGCCTTCTCCAAGCACATCTACAATGCCTACCTGAAAAACTTCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGACCAAAAAGAAGGCCCGCAGCATCCTCACCGGCAAAGCCAGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113008 ATGACCAAAAAGAAGGCCCGCAGCATCCTCACCGGCAAAGCCAGCCACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGCG         CCCTTTGTGATCCACGACATCGAGACATTGTGGCAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113058 GGCGGTG...CAGCCCTTTGTGATCCACGACATCGAGACATTGTGGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGAGAAGGGGCTGGTGTGGAAGCAGTTGGTGAATGGCCTGCCTCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113279 CAGAGAAGGGGCTGGTGTGGAAGCAGTTGGTGAATGGCCTGCCTCCCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGGAGATCAGCGTGCACGTCTTCTACCGCTGCCAGTGCACCACAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113329 AAGGAGATCAGCGTGCACGTCTTCTACCGCTGCCAGTGCACCACAGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GACCGTGCGGGAGCTCACTGAGTTCGCCAAGAGCATCCCCAGCTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113379 GACCGTGCGGGAGCTCACTGAGTTCGCCAAGAGCATCCCCAGCTTCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCCTCTTCCTCAACGACCAGGTTACCCTTCTCAAGTATGGCGTGCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113429 GCCTCTTCCTCAACGACCAGGTTACCCTTCTCAAGTATGGCGTGCACGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCCATCTTCGCCATGCTGGCCTCTATCGTCAACAAGGACGGGCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113479 GCCATCTTCGCCATGCTGGCCTCTATCGTCAACAAGGACGGGCTGCTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGCCAACGGCAGTGGCTTTGTCACCCGTGAGTTCCTGCGCAGCCTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113529 AGCCAACGGCAGTGGCTTTGTCACCCGTGAGTTCCTGCGCAGCCTCCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AACCCTTCAGTGATATCATTGAGCCTAAGTTTGAATTTGCTGTCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113579 AACCCTTCAGTGATATCATTGAGCCTAAGTTTGAATTTGCTGTCAAGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AACGCCCTGGAACTTGATGACAGTGACCTGGCCCTATTCATTGCGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113629 AACGCCCTGGAACTTGATGACAGTGACCTGGCCCTATTCATTGCGGCCAT

   1100     .    :    .
   1065 CATTCTGTGTGGAGGTGAG
        |||||||||||||||||||
 113679 CATTCTGTGTGGAGGTGAG