FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB0464, 986 aa 1>>>pF1KB0464 986 - 986 aa - 986 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2080+/-0.000388; mu= -5.5513+/- 0.024 mean_var=328.5930+/-70.203, 0's: 0 Z-trim(121.7): 63 B-trim: 0 in 0/61 Lambda= 0.070753 statistics sampled from 38618 (38681) to 38618 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.76), E-opt: 0.2 (0.454), width: 16 Scan time: 13.450 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001139784 (OMIM: 606127) myocardin isoform 1 [H ( 986) 6594 687.6 8.4e-197 XP_005256921 (OMIM: 606127) PREDICTED: myocardin i ( 907) 6083 635.4 3.9e-181 XP_016880831 (OMIM: 606127) PREDICTED: myocardin i ( 944) 5092 534.3 1.1e-150 XP_005256920 (OMIM: 606127) PREDICTED: myocardin i ( 943) 4922 516.9 1.9e-145 NP_705832 (OMIM: 606127) myocardin isoform 2 [Homo ( 938) 4597 483.8 1.9e-135 XP_006720975 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1070) 1321 149.4 9.5e-35 XP_011520870 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1099) 1320 149.3 1e-34 XP_016878990 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1099) 1320 149.3 1e-34 XP_006720972 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1099) 1320 149.3 1e-34 XP_006720971 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1099) 1320 149.3 1e-34 XP_016878991 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1099) 1320 149.3 1e-34 XP_005255510 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1099) 1320 149.3 1e-34 NP_001295071 (OMIM: 609463) MKL/myocardin-like pro (1099) 1320 149.3 1e-34 XP_005255509 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1099) 1320 149.3 1e-34 XP_016878992 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1062) 1318 149.1 1.2e-34 XP_005255512 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1088) 1317 149.0 1.3e-34 XP_016878994 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1020) 1307 148.0 2.5e-34 XP_006720977 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1049) 1306 147.9 2.7e-34 NP_054767 (OMIM: 609463) MKL/myocardin-like protei (1049) 1306 147.9 2.7e-34 XP_016878993 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1038) 1303 147.6 3.3e-34 XP_006720976 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1053) 1302 147.5 3.6e-34 XP_011520871 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocard (1028) 1205 137.6 3.4e-31 NP_001305068 (OMIM: 606078) MKL/myocardin-like pro ( 966) 974 114.0 4e-24 XP_005261749 (OMIM: 606078) PREDICTED: MKL/myocard ( 958) 966 113.1 7e-24 XP_016884377 (OMIM: 606078) PREDICTED: MKL/myocard ( 958) 966 113.1 7e-24 XP_011528585 (OMIM: 606078) PREDICTED: MKL/myocard ( 958) 966 113.1 7e-24 NP_001269589 (OMIM: 606078) MKL/myocardin-like pro ( 931) 862 102.5 1.1e-20 NP_065882 (OMIM: 606078) MKL/myocardin-like protei ( 931) 862 102.5 1.1e-20 XP_005261751 (OMIM: 606078) PREDICTED: MKL/myocard ( 931) 862 102.5 1.1e-20 NP_001269591 (OMIM: 606078) MKL/myocardin-like pro ( 798) 778 93.9 3.6e-18 NP_001269590 (OMIM: 606078) MKL/myocardin-like pro ( 881) 676 83.5 5.4e-15 XP_016884378 (OMIM: 606078) PREDICTED: MKL/myocard ( 890) 635 79.3 9.8e-14 XP_011528587 (OMIM: 606078) PREDICTED: MKL/myocard ( 890) 635 79.3 9.8e-14 XP_011528589 (OMIM: 606078) PREDICTED: MKL/myocard ( 766) 612 76.9 4.4e-13 >>NP_001139784 (OMIM: 606127) myocardin isoform 1 [Homo (986 aa) initn: 6594 init1: 6594 opt: 6594 Z-score: 3654.2 bits: 687.6 E(85289): 8.4e-197 Smith-Waterman score: 6594; 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XP_006 MWERVKGFQRHECICRSSWELKVLQLRLQQRRTREQLVDQGIMPPLKSPAAFHEQIKSLE 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB0 SDKAKNSLKRKARNRCNSADLVNMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRP ...: ::.: :.: . ..:: ::::. . :: :. ..:::::::::::::::::: :: XP_006 RARTENFLKHKIRSRPDRSELVRMHILEETFAEPSLQATQMKLKRARLADDLNEKIAQRP 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB0 GPLELVEKNILPVDSAVKEAIKG-NQVSFSKSTDAFAFEEDSSSDGLSPDQTRSEDPQNS ::.::::::::::::.::::: : .. .. .. :.:.:::: :.::::: :.. :.: XP_006 GPMELVEKNILPVDSSVKEAIIGVGKEDYPHTQGDFSFDEDSS-DALSPDQPASQESQGS 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB0 AGSPPDAKASDTPSTGSLGTNQDLASGSEN-----DRNDSASQPSHQSDAGKQGLGPPST :.:: . :.:..:: . .: ..:: : . .:.:: . : . :. XP_006 AASPSEPKVSESPSPVTTNTPAQFASVSPTVPEFLKTPPTADQPPPRPAAPVLPTNTVSS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KB0 PIAVHAAVKS---KSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDSAYA : ::. :. .: :.: :: :::::.:::::::::::::::.::. : ::: :: XP_006 AKPGPALVKQSHPKNPND-KHRSKKCKDPKPRVKKLKYHQYIPPDQKGEKNEPQMDSNYA 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KB0 RLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQHRFSYLGMHQAQLKEPNEQMVRNPNSSSTPLSN-TPL ::::::::::::::::::.:. ..: . : .: :. .: ::... :.: :: XP_006 RLLQQQQLFLQLQILSQQKQH----YNYQTILPAPFKPLND---KNSNSGNSALNNATPN 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KB0 SPVKNSFSGQTGVSSFKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALMDRLRPFQD .: .:. .: : :::::: .:::::::::. .:..::::::::: :..::.:.:. XP_006 TPRQNT---STPVR--KPGPLPSSLDDLKVSELKTELKLRGLPVSGTKPDLIERLKPYQE 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KB0 CSGNPVPNFGDIT-------------TVTFPVTPNTLPNYQSSSSTSALSNGFYHFGSTS ... . : .. ::..::: :: : .::.:.:. . :... XP_006 VNSSGLAAGGIVAVSSSAIVTSNPEVTVALPVT--TLHN-TVTSSVSTLKAELPPTGTSN 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 pF1KB0 S-------SP-PISPASSDLSVAGS----LPDTFNDA----SPSFGLHPSPVHVCTEESL . :: ::::. :. : .. . :::.. ::: : ::... ..:. XP_006 ATRVENVHSPLPISPSPSEQSSLSTDDTNMADTFTEIMTMMSPSQFLSSSPLRMTNNEDS 470 480 490 500 510 520 500 510 520 530 540 550 pF1KB0 MSSLNGGSVPSELDGLDSEKDKMLVEKQKVINELTWKLQQEQRQVEELRMQLQKQKRNNC .: .. :::. .:::. : ::.: :.:: ::.:::. :: :.:::. .::. XP_006 LSPTSSTLSNLELDA--AEKDRKLQEKEKQIEELKRKLEQEQKLVEVLKMQLEVEKRG-- 530 540 550 560 570 560 570 580 590 pF1KB0 SEKKPL---PF--------------LAASIKQEEAVSSCPFASQ-VPVKRQSSSSECHPP ....:: : :..:::.: .. .: . : .:: .: : XP_006 QQQRPLEAQPSAPGHSVKSDQKHGSLGSSIKDEASLPDCSSSRQPIPV----ASHAVGQP 580 590 600 610 620 630 600 610 620 630 640 pF1KB0 ACEAAQLQPLGNAHCVES------SDQTNVLSSTFLSPQCSPQHSPLGAVKSPQ------ . ..: .: ... ..: .:.:. ..: : .: : ..: .:: XP_006 VSTGGQTLVAKKAVVIKQEVPVGQAEQQSVVSQFYVSSQGQP---PPAVVAQPQALLTTQ 640 650 660 670 680 690 650 660 670 680 690 pF1KB0 --HISLPPSPNNPHF----LPSSSGAQGEGHRVSSPISSQVCTAQN---SGAHDGHPPSF .. :: : .. :: .: . ... . :. :: . .. .: :. XP_006 TAQLLLPVSIQGSSVTSVQLPVGSLKLQTSPQAGMQTQPQIATAAQIPTAALASGLAPTV 700 710 720 730 740 750 700 710 720 730 740 pF1KB0 SPHSSSLHPPFSGAQADS-----SHGAGGN---PCPK--SPCVQQKMAG------LHSSD :.... : .: .. ...:..: : . .: ::: . . :.: . XP_006 -PQTQDTFPQHVLSQPQQVRKVFTNSASSNTVLPYQRHPAPAVQQPFINKASNSVLQSRN 760 770 780 790 800 810 750 760 770 780 pF1KB0 ------KVGP----KFSIPSPT------FSKSSSAISEVTQPPSYEDAVKQQMT------ . :: : : : : : .: .... .:: ::.:.:: . XP_006 APLPSLQNGPNTPNKPSSPPPPQQFVVQHSLFGSPVAKTKDPPRYEEAIKQTRSTQAPLP 820 830 840 850 860 870 790 800 810 820 830 pF1KB0 -----RSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKVPKIPRS-SRSPT-AVLTKPSASF .:::::.:.:.::.:::. .:. : ..:. . : . :. .:...: . XP_006 EISNAHSQQMDDLFDILIKSGEISLPIKEEPSPISKMRPVTASITTMPVNTVVSRPPPQV 880 890 900 910 920 930 840 850 860 870 880 890 pF1KB0 EQASSGSQIPFDPYATDSDEHLEVLLNSQSPLGKMSDVTLLKIGSE--EPHFDGIMDGFS ..: : :. ... ...::..:.. : . ... :. .:: :: :. : : XP_006 QMAPPVSLEPMGSLSASLENQLEAFLDGTLP--SANEIPPLQSSSEDREP-FSLIED--- 940 950 960 970 980 900 910 920 930 940 950 pF1KB0 GKAAEDLFNAHEILPGPLSPMQTQFSPSSVDSNGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPNSTPG .::.. .: :::.:. . .. . :.:.. 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XP_011 DLSDSNLDNMEWLDITMPNSSSGLTPLSTTAPSMFSADFLDPQDLPLPWD 1050 1060 1070 1080 1090 >>XP_016878990 (OMIM: 609463) PREDICTED: MKL/myocardin-l (1099 aa) initn: 1572 init1: 643 opt: 1320 Z-score: 744.1 bits: 149.3 E(85289): 1e-34 Smith-Waterman score: 1612; 36.5% identity (60.9% similar) in 1052 aa overlap (4-930:37-1051) 10 20 30 pF1KB0 MTLLGSEHSLLIRSKFRSVLQLRLQQRRTQEQL : : ..: .. ..:::::::::::.::: XP_016 IDTEDEVGPLAHLAPSPQSEAVAHEFQELSLQSSQNLPPLNERKNVLQLRLQQRRTREQL 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KB0 ANQGIIPPLKRPAEFHEQRKHLDSDKAKNSLKRKARNRCNSADLVNMHILQASTAERSIP ..:::.:::: :: :::: : :. ...: ::.: :.: . ..:: ::::. . :: :. XP_016 VDQGIMPPLKSPAAFHEQIKSLERARTENFLKHKIRSRPDRSELVRMHILEETFAEPSLQ 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KB0 TAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPVDSAVKEAIKG-NQVSFSKSTDAFA ..:::::::::::::::::: ::::.::::::::::::.::::: : .. .. .. :. 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XP_016 HN-TVTSSVSTLKAELPPTGTSNATRVENVHSPLPISPSPSEQSSLSTDDTNMADTFTEI 480 490 500 510 520 480 490 500 510 520 530 pF1KB0 ----SPSFGLHPSPVHVCTEESLMSSLNGGSVPSELDGLDSEKDKMLVEKQKVINELTWK ::: : ::... ..:. .: .. :::. .:::. : ::.: :.:: : XP_016 MTMMSPSQFLSSSPLRMTNNEDSLSPTSSTLSNLELDA--AEKDRKLQEKEKQIEELKRK 530 540 550 560 570 580 540 550 560 570 pF1KB0 LQQEQRQVEELRMQLQKQKRNNCSEKKPL---PF--------------LAASIKQEEAVS :.:::. :: :.:::. .::.. ...:: : :..:::.: .. XP_016 LEQEQKLVEVLKMQLEVEKRGQ--QQRPLEAQPSAPGHSVKSDQKHGSLGSSIKDEASLP 590 600 610 620 630 640 580 590 600 610 620 630 pF1KB0 SCPFASQ-VPVKRQSSSSECHPPACEAAQLQPLGNAHCVES------SDQTNVLSSTFLS .: . : .:: .: :. ..: .: ... ..: .:.:. ..: XP_016 DCSSSRQPIPV----ASHAVGQPVSTGGQTLVAKKAVVIKQEVPVGQAEQQSVVSQFYVS 650 660 670 680 690 700 640 650 660 670 pF1KB0 PQCSPQHSPLGAVKSPQ--------HISLPPSPNNPHF----LPSSSGAQGEGHRVSSPI : .: : ..: .:: .. :: : .. :: .: . ... XP_016 SQGQP---PPAVVAQPQALLTTQTAQLLLPVSIQGSSVTSVQLPVGSLKLQTSPQAGMQT 710 720 730 740 750 680 690 700 710 720 pF1KB0 SSQVCTAQN---SGAHDGHPPSFSPHSSSLHPPFSGAQADS-----SHGAGGN---PCPK . :. :: . .. .: :. :.... : .: .. ...:..: : . XP_016 QPQIATAAQIPTAALASGLAPTV-PQTQDTFPQHVLSQPQQVRKVFTNSASSNTVLPYQR 760 770 780 790 800 810 730 740 750 760 pF1KB0 --SPCVQQKMAG------LHSSD------KVGP----KFSIPSPT------FSKSSSAIS .: ::: . . :.: . . :: : : : : : .: .. XP_016 HPAPAVQQPFINKASNSVLQSRNAPLPSLQNGPNTPNKPSSPPPPQQFVVQHSLFGSPVA 820 830 840 850 860 870 770 780 790 800 810 pF1KB0 EVTQPPSYEDAVKQQMT-----------RSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKV .. .:: ::.:.:: . .:::::.:.:.::.:::. .:. : ..:. XP_016 KTKDPPRYEEAIKQTRSTQAPLPEISNAHSQQMDDLFDILIKSGEISLPIKEEPSPISKM 880 890 900 910 920 930 820 830 840 850 860 870 pF1KB0 PKIPRS-SRSPT-AVLTKPSASFEQASSGSQIPFDPYATDSDEHLEVLLNSQSPLGKMSD . : . :. .:...: . ..: : :. ... ...::..:.. : . .. XP_016 RPVTASITTMPVNTVVSRPPPQVQMAPPVSLEPMGSLSASLENQLEAFLDGTLP--SANE 940 950 960 970 980 990 880 890 900 910 920 pF1KB0 VTLLKIGSE--EPHFDGIMDGFSGKAAEDLFNAHEILPGPLSPMQTQFSPSSVDSNGLQL . :. .:: :: :. : : .::.. .: :::.:. . .. . :.: XP_016 IPPLQSSSEDREP-FSLIED-----LQNDLLSHSGMLDHSHSPMETSETQFAAGTPCLSL 1000 1010 1020 1030 1040 930 940 950 960 970 980 pF1KB0 SFTESPWETMEWLDLTPPNSTPGFSALTTSSPSIFNIDFLDVTDLNLNSSMDLHLQQW .. 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