Result of FASTA (ccds) for pF1KB6538
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6538, 391 aa
  1>>>pF1KB6538     391 - 391 aa - 391 aa
Library: human.CCDS.faa
  18921897 residues in 33420 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6906+/-0.000807; mu= 2.5535+/- 0.049
 mean_var=172.1850+/-34.756, 0's: 0 Z-trim(114.5): 6  B-trim: 269 in 2/49
 Lambda= 0.097741
 statistics sampled from 15268 (15274) to 15268 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.778), E-opt: 0.2 (0.457), width:  16
 Scan time:  1.770

The best scores are:                                      opt bits E(33420)
CCDS8159.1 RAD9A gene_id:5883|Hs109|chr11          ( 391) 2618 380.7 1.3e-105
CCDS73527.1 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12       ( 345)  533 86.6 3.7e-17
CCDS73526.1 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12       ( 417)  464 77.0 3.7e-14
CCDS9148.2 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12        ( 429)  464 77.0 3.8e-14


>>CCDS8159.1 RAD9A gene_id:5883|Hs109|chr11               (391 aa)
 initn: 2618 init1: 2618 opt: 2618  Z-score: 2009.8  bits: 380.7 E(33420): 1.3e-105
Smith-Waterman score: 2618; 100.0% identity (100.0% similar) in 391 aa overlap (1-391:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MKCLVTGGNVKVLGKAVHSLSRIGDELYLEPLEDGLSLRTVNSSRSAYACFLFAPLFFQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MKCLVTGGNVKVLGKAVHSLSRIGDELYLEPLEDGLSLRTVNSSRSAYACFLFAPLFFQQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 YQAATPGQDLLRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCISLNGRSSRLVVQLHCKFGVRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YQAATPGQDLLRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCISLNGRSSRLVVQLHCKFGVRK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 THNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFSPALAEVTLGIGRGRRVILRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 THNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFSPALAEVTLGIGRGRRVILRS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 YHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLKEFRGLLSFAESANLNLSIHF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLKEFRGLLSFAESANLNLSIHF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 DAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHSQDLGSPERHQPVPQLQAHSTPHPDDFAN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHSQDLGSPERHQPVPQLQAHSTPHPDDFAN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 DDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSPGPHSEEEDEAEPSTVPGTPPPKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSPGPHSEEEDEAEPSTVPGTPPPKK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390 
pF1KB6 FRSLFFGSILAPVRSPQGPSPVLAEDSEGEG
       :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FRSLFFGSILAPVRSPQGPSPVLAEDSEGEG
              370       380       390 

>>CCDS73527.1 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12            (345 aa)
 initn: 321 init1: 275 opt: 533  Z-score: 421.6  bits: 86.6 E(33420): 3.7e-17
Smith-Waterman score: 533; 31.0% identity (61.3% similar) in 326 aa overlap (71-390:12-334)

               50        60        70        80        90       100
pF1KB6 VNSSRSAYACFLFAPLFFQQYQAATPGQDLLRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCIS
                                     :.::. :::.: .:: :  ::...::: : 
CCDS73                    MSENELDTTLHLKCKLGMKSILPIFRCLNSLERNIEKCRIF
                                  10        20        30        40 

              110       120       130       140       150       160
pF1KB6 LNGRSSRLVVQLHCKFGVRKTHNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFS
         . . ..:.:.  . :...:::. ::. . ::..::   : . :    :.:..:.. :.
CCDS73 TRSDKCKVVIQFFYRHGIKRTHNICFQESQPLQVIFDKNVCTNTLMIQPRLLADAIVLFT
              50        60        70        80        90       100 

              170       180       190       200       210       220
pF1KB6 PALAEVTLGIGRGRRVILRSYHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLK
        .  ::::..       :.: .::  :  ..:. .:: .: ..:. .:    . ::::.:
CCDS73 SSQEEVTLAV-TPLNFCLKSSNEESMD-LSNAVHSEMFVGSDEFDFFQIGMDTEITFCFK
             110        120        130       140       150         

              230       240       250       260       270          
pF1KB6 EFRGLLSFAESANLNLSIHFDAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHS---QDLGS
       :..:.:.:.:...  .::.:: ::.:  ..: : :....:.::::.: .:..   :.:  
CCDS73 ELKGILTFSEATHAPISIYFDFPGKPLALSIDDMLVEANFILATLADEQSRASSPQSLCL
     160       170       180       190       200       210         

       280       290       300       310       320       330       
pF1KB6 PERHQPVPQLQAHSTPHPDDFANDDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSP
        ....    .. ..  .    : . : :   : .    .:    . ..    .:   .  
CCDS73 SQKRKRSDLIEKKAGKNVTGQALECI-SKKAAPRRLYPKETLTNISALENCGSPAMKRVD
     220       230       240        250       260       270        

       340       350         360       370        380       390    
pF1KB6 GPHSEEEDEAEPST--VPGTPPPKKFRSLFFGSILAPVRSP-QGPSPVLAEDSEGEG   
       :  ::  . .  .:  :::.   .::  .:::.. .  .   . :   ::. :..:    
CCDS73 GDVSEVSESSVSNTEEVPGSLCLRKFSCMFFGAVSSDQQEHFNHPFDSLARASDSEEDMN
      280       290       300       310       320       330        

CCDS73 NGSFSIF
      340     

>>CCDS73526.1 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12            (417 aa)
 initn: 585 init1: 278 opt: 464  Z-score: 367.8  bits: 77.0 E(33420): 3.7e-14
Smith-Waterman score: 774; 34.8% identity (64.9% similar) in 405 aa overlap (1-390:5-406)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB6     MKCLVTGGNVKVLGKAVHSLSRIGDELYLEPLEDGLSLRTVNSSRSAYACFLFAPL
           .::...:..:::.::::..::::.::..:.: . ::.:: ::::::::.: ::.:.
CCDS73 MAAMLKCVMSGSQVKVFGKAVQALSRISDEFWLDPSKKGLALRCVNSSRSAYGCVLFSPV
               10        20        30        40        50        60

         60            70             80        90       100       
pF1KB6 FFQQYQAAT----PGQDL-----LRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCISLNGRSSR
       :::.:: ..      ..:     :.::. :::.: .:: :  ::...::: :   . . .
CCDS73 FFQHYQWSALVKMSENELDTTLHLKCKLGMKSILPIFRCLNSLERNIEKCRIFTRSDKCK
               70        80        90       100       110       120

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB6 LVVQLHCKFGVRKTHNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFSPALAEVT
       .:.:.  . :...:::. ::. . ::..::   : . :    :.:..:.. :. .  :::
CCDS73 VVIQFFYRHGIKRTHNICFQESQPLQVIFDKNVCTNTLMIQPRLLADAIVLFTSSQEEVT
              130       140       150       160       170       180

       170       180       190       200       210       220       
pF1KB6 LGIGRGRRVILRSYHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLKEFRGLLS
       :..       :.: .::  :  ..:. .:: .: ..:. .:    . ::::.::..:.:.
CCDS73 LAV-TPLNFCLKSSNEESMD-LSNAVHSEMFVGSDEFDFFQIGMDTEITFCFKELKGILT
               190        200       210       220       230        

       230       240       250       260       270          280    
pF1KB6 FAESANLNLSIHFDAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHS---QDLGSPERHQPV
       :.:...  .::.:: ::.:  ..: : :....:.::::.: .:..   :.:   ....  
CCDS73 FSEATHAPISIYFDFPGKPLALSIDDMLVEANFILATLADEQSRASSPQSLCLSQKRKRS
      240       250       260       270       280       290        

          290       300       310       320       330       340    
pF1KB6 PQLQAHSTPHPDDFANDDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSPGPHSEEE
         .. ..  .    : . : :   : .    .:    . ..    .:   .  :  ::  
CCDS73 DLIEKKAGKNVTGQALECI-SKKAAPRRLYPKETLTNISALENCGSPAMKRVDGDVSEVS
      300       310        320       330       340       350       

          350         360       370        380       390           
pF1KB6 DEAEPST--VPGTPPPKKFRSLFFGSILAPVRSP-QGPSPVLAEDSEGEG          
       . .  .:  :::.   .::  .:::.. .  .   . :   ::. :..:           
CCDS73 ESSVSNTEEVPGSLCLRKFSCMFFGAVSSDQQEHFNHPFDSLARASDSEEDMNNGSFSIF
       360       370       380       390       400       410       

>>CCDS9148.2 RAD9B gene_id:144715|Hs109|chr12             (429 aa)
 initn: 585 init1: 278 opt: 464  Z-score: 367.6  bits: 77.0 E(33420): 3.8e-14
Smith-Waterman score: 774; 34.8% identity (64.9% similar) in 405 aa overlap (1-390:5-406)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB6     MKCLVTGGNVKVLGKAVHSLSRIGDELYLEPLEDGLSLRTVNSSRSAYACFLFAPL
           .::...:..:::.::::..::::.::..:.: . ::.:: ::::::::.: ::.:.
CCDS91 MAAMLKCVMSGSQVKVFGKAVQALSRISDEFWLDPSKKGLALRCVNSSRSAYGCVLFSPV
               10        20        30        40        50        60

         60            70             80        90       100       
pF1KB6 FFQQYQAAT----PGQDL-----LRCKILMKSFLSVFRSLAMLEKTVEKCCISLNGRSSR
       :::.:: ..      ..:     :.::. :::.: .:: :  ::...::: :   . . .
CCDS91 FFQHYQWSALVKMSENELDTTLHLKCKLGMKSILPIFRCLNSLERNIEKCRIFTRSDKCK
               70        80        90       100       110       120

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB6 LVVQLHCKFGVRKTHNLSFQDCESLQAVFDPASCPHMLRAPARVLGEAVLPFSPALAEVT
       .:.:.  . :...:::. ::. . ::..::   : . :    :.:..:.. :. .  :::
CCDS91 VVIQFFYRHGIKRTHNICFQESQPLQVIFDKNVCTNTLMIQPRLLADAIVLFTSSQEEVT
              130       140       150       160       170       180

       170       180       190       200       210       220       
pF1KB6 LGIGRGRRVILRSYHEEEADSTAKAMVTEMCLGEEDFQQLQAQEGVAITFCLKEFRGLLS
       :..       :.: .::  :  ..:. .:: .: ..:. .:    . ::::.::..:.:.
CCDS91 LAV-TPLNFCLKSSNEESMD-LSNAVHSEMFVGSDEFDFFQIGMDTEITFCFKELKGILT
               190        200       210       220       230        

       230       240       250       260       270          280    
pF1KB6 FAESANLNLSIHFDAPGRPAIFTIKDSLLDGHFVLATLSDTDSHS---QDLGSPERHQPV
       :.:...  .::.:: ::.:  ..: : :....:.::::.: .:..   :.:   ....  
CCDS91 FSEATHAPISIYFDFPGKPLALSIDDMLVEANFILATLADEQSRASSPQSLCLSQKRKRS
      240       250       260       270       280       290        

          290       300       310       320       330       340    
pF1KB6 PQLQAHSTPHPDDFANDDIDSYMIAMETTIGNEGSRVLPSISLSPGPQPPKSPGPHSEEE
         .. ..  .    : . : :   : .    .:    . ..    .:   .  :  ::  
CCDS91 DLIEKKAGKNVTGQALECI-SKKAAPRRLYPKETLTNISALENCGSPAMKRVDGDVSEVS
      300       310        320       330       340       350       

          350         360       370        380       390           
pF1KB6 DEAEPST--VPGTPPPKKFRSLFFGSILAPVRSP-QGPSPVLAEDSEGEG          
       . .  .:  :::.   .::  .:::.. .  .   . :   ::. :..:           
CCDS91 ESSVSNTEEVPGSLCLRKFSCMFFGAVSSDQQEHFNHPFDSLARASDSEEDMNNVCCRKE
       360       370       380       390       400       410       

CCDS91 FNGSDAKYFCII
       420         




391 residues in 1 query   sequences
18921897 residues in 33420 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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