seq1 = pF1KE1851.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KE1851/gi568815586f_48878718.tfa (gi568815586f:48878718_49081637), 202920 bp

>pF1KE1851 1110
>gi568815586f:48878718_49081637 (Chr12)

1-104  (99934-100037)   100% ->
105-358  (100751-101004)   100% ->
359-624  (101707-101972)   100% ->
625-1110  (102435-102920)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTCTGGGCGCTGTTGCCTGGCTGGGTTTCTGCTACGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99934 ATGGGGCTCTGGGCGCTGTTGCCTGGCTGGGTTTCTGCTACGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCTGGCCGCTCTGCCCGCAGCCCTGGCTGCCAACAGCAGTGGCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99984 GGCGCTGGCCGCTCTGCCCGCAGCCCTGGCTGCCAACAGCAGTGGCCGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTG         GGGTATTGTGAACGTAGCCTCCTCCACGAACCTGCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100034 GGTGGTA...CAGGGGTATTGTGAACGTAGCCTCCTCCACGAACCTGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGACTCCAAGAGTCTGCAACTGGTACTCGAGCCCAGTCTGCAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100788 ACAGACTCCAAGAGTCTGCAACTGGTACTCGAGCCCAGTCTGCAGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCCGCAAACAGCGGCGTCTGATACGCCAAAATCCGGGGATCCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100838 GAGCCGCAAACAGCGGCGTCTGATACGCCAAAATCCGGGGATCCTGCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGTGAGTGGGGGGCTGCAGAGTGCCGTGCGCGAGTGCAAGTGGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100888 GCGTGAGTGGGGGGCTGCAGAGTGCCGTGCGCGAGTGCAAGTGGCAGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGAATCGCCGCTGGAACTGTCCCACTGCTCCAGGGCCCCACCTCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100938 CGGAATCGCCGCTGGAACTGTCCCACTGCTCCAGGGCCCCACCTCTTCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGATCGTCAACCGAG         GCTGTCGAGAAACGGCGTTTATCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100988 CAAGATCGTCAACCGAGGTG...CAGGCTGTCGAGAAACGGCGTTTATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCGCTATCACCTCCGCCGGGGTCACCCATTCGGTGGCGCGCTCCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101731 TCGCTATCACCTCCGCCGGGGTCACCCATTCGGTGGCGCGCTCCTGCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAGGTTCCATCGAATCCTGCACGTGTGACTACCGGCGGCGCGGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101781 GAAGGTTCCATCGAATCCTGCACGTGTGACTACCGGCGGCGCGGCCCCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGCCCCGACTGGCACTGGGGGGGCTGCAGCGACAACATTGACTTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101831 GGGCCCCGACTGGCACTGGGGGGGCTGCAGCGACAACATTGACTTCGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCTCTTCGGCCGGGAGTTCGTGGACTCCGGGGAGAAGGGGCGGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101881 GCCTCTTCGGCCGGGAGTTCGTGGACTCCGGGGAGAAGGGGCGGGACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGCTTCCTCATGAACCTTCACAACAACGAGGCAGGCCGTACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101931 CGCTTCCTCATGAACCTTCACAACAACGAGGCAGGCCGTACGGTG...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    625  ACCGTATTCTCCGAGATGCGCCAGGAGTGCAAGTGCCACGGGATGTCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102434 GACCGTATTCTCCGAGATGCGCCAGGAGTGCAAGTGCCACGGGATGTCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTCATGCACGGTGCGCACGTGCTGGATGCGGCTGCCCACGCTGCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102484 GCTCATGCACGGTGCGCACGTGCTGGATGCGGCTGCCCACGCTGCGCGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGGGCGATGTGCTGCGCGACCGCTTCGACGGCGCCTCGCGCGTCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102534 GTGGGCGATGTGCTGCGCGACCGCTTCGACGGCGCCTCGCGCGTCCTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGGCAACCGCGGCAGCAACCGCGCTTCGCGGGCGGAGCTGCTGCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102584 CGGCAACCGCGGCAGCAACCGCGCTTCGCGGGCGGAGCTGCTGCGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGCCGGAAGACCCGGCCCACAAACCGCCCTCCCCCCACGACCTCGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102634 AGCCGGAAGACCCGGCCCACAAACCGCCCTCCCCCCACGACCTCGTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TTCGAGAAATCGCCCAACTTCTGCACGTACAGCGGACGCCTGGGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102684 TTCGAGAAATCGCCCAACTTCTGCACGTACAGCGGACGCCTGGGCACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGGCACGGCAGGGCGCGCCTGTAACAGCTCGTCGCCCGCGCTGGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102734 AGGCACGGCAGGGCGCGCCTGTAACAGCTCGTCGCCCGCGCTGGACGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCGAGCTGCTCTGCTGCGGCAGGGGCCACCGCACGCGCACGCAGCGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102784 GCGAGCTGCTCTGCTGCGGCAGGGGCCACCGCACGCGCACGCAGCGCGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACCGAGCGCTGCAACTGCACCTTCCACTGGTGCTGCCACGTCAGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102834 ACCGAGCGCTGCAACTGCACCTTCCACTGGTGCTGCCACGTCAGCTGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1074 CAACTGCACGCACACGCGCGTACTGCACGAGTGTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102884 CAACTGCACGCACACGCGCGTACTGCACGAGTGTCTG