Result of FASTA (omim) for pF1KB5507
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5507, 596 aa
  1>>>pF1KB5507 596 - 596 aa - 596 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1519+/-0.000385; mu= 15.4663+/- 0.024
 mean_var=108.9196+/-20.610, 0's: 0 Z-trim(115.2): 364  B-trim: 33 in 1/55
 Lambda= 0.122891
 statistics sampled from 25068 (25511) to 25068 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.299), width:  16
 Scan time: 11.080

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001040625 (OMIM: 606450) neuroepithelial cell-t ( 596) 3947 711.1 2.7e-204
NP_005854 (OMIM: 606450) neuroepithelial cell-tran ( 542) 3393 612.8 9.1e-175
XP_016861991 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 538) 1957 358.2   4e-98
XP_011532066 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 544) 1957 358.2   4e-98
XP_005265244 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 558) 1957 358.2 4.1e-98
XP_005265243 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 558) 1957 358.2 4.1e-98
NP_001122087 (OMIM: 612115) rho guanine nucleotide ( 558) 1957 358.2 4.1e-98
XP_011532068 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 527) 1954 357.7 5.7e-98
XP_011532067 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 527) 1954 357.7 5.7e-98
NP_001276627 (OMIM: 612115) rho guanine nucleotide ( 532) 1936 354.5 5.2e-97
NP_062455 (OMIM: 612115) rho guanine nucleotide ex ( 526) 1873 343.3 1.2e-93
NP_001122088 (OMIM: 612115) rho guanine nucleotide ( 532) 1867 342.3 2.5e-93
XP_016861993 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 463) 1697 312.1 2.7e-84
XP_016861992 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 483) 1697 312.1 2.8e-84
XP_016861994 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 451) 1613 297.2   8e-80
XP_016861995 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 457) 1607 296.1 1.7e-79
XP_011532069 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine ( 412) 1602 295.2 2.9e-79
XP_016883926 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1185)  366 76.4 5.9e-13
XP_016883925 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1608)  366 76.5 7.4e-13
XP_016883924 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1613)  366 76.5 7.5e-13
XP_016883923 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1645)  366 76.5 7.6e-13
XP_016883922 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1650)  366 76.5 7.6e-13
XP_016883919 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1679)  366 76.6 7.7e-13
XP_016883918 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1684)  366 76.6 7.7e-13
NP_001317939 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform  (1716)  366 76.6 7.8e-13
NP_003015 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform ITS (1721)  366 76.6 7.8e-13
XP_016883917 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1721)  366 76.6 7.8e-13
NP_062541 (OMIM: 604464) intersectin-2 isoform 3 [ (1670)  316 67.7 3.6e-10
NP_006268 (OMIM: 604464) intersectin-2 isoform 1 [ (1697)  316 67.7 3.6e-10
NP_079446 (OMIM: 612139) phosphatidylinositol 3,4, ( 979)  305 65.5 9.2e-10
XP_011515914 (OMIM: 612139) PREDICTED: phosphatidy (1157)  305 65.6   1e-09
NP_079146 (OMIM: 612139) phosphatidylinositol 3,4, (1606)  305 65.7 1.3e-09
NP_945328 (OMIM: 601855) rho guanine nucleotide ex ( 879)  293 63.4 3.7e-09
NP_004697 (OMIM: 601855) rho guanine nucleotide ex ( 912)  293 63.4 3.8e-09
NP_945353 (OMIM: 601855) rho guanine nucleotide ex ( 927)  293 63.4 3.9e-09
XP_005259447 (OMIM: 601855) PREDICTED: rho guanine ( 981)  293 63.4   4e-09
XP_011525770 (OMIM: 601855) PREDICTED: rho guanine ( 985)  293 63.4   4e-09
XP_005259443 (OMIM: 601855) PREDICTED: rho guanine (1041)  293 63.4 4.2e-09
NP_065871 (OMIM: 606905) phosphatidylinositol 3,4, (1659)  291 63.3 7.7e-09
XP_011529194 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho  ( 456)  282 61.2 8.7e-09
NP_001166950 (OMIM: 300429,300607) rho guanine nuc ( 463)  282 61.2 8.8e-09
XP_016884857 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho  ( 495)  282 61.2 9.3e-09
XP_016884856 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho  ( 495)  282 61.2 9.3e-09
NP_001317424 (OMIM: 300429,300607) rho guanine nuc ( 495)  282 61.2 9.3e-09
XP_005262307 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho  ( 495)  282 61.2 9.3e-09
XP_005262308 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho  ( 495)  282 61.2 9.3e-09
NP_056000 (OMIM: 300429,300607) rho guanine nucleo ( 516)  282 61.2 9.6e-09
XP_016884855 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho  ( 516)  282 61.2 9.6e-09
XP_011529192 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho  ( 516)  282 61.2 9.6e-09
XP_016884854 (OMIM: 300429,300607) PREDICTED: rho  ( 516)  282 61.2 9.6e-09


>>NP_001040625 (OMIM: 606450) neuroepithelial cell-trans  (596 aa)
 initn: 3947 init1: 3947 opt: 3947  Z-score: 3788.9  bits: 711.1 E(85289): 2.7e-204
Smith-Waterman score: 3947; 100.0% identity (100.0% similar) in 596 aa overlap (1-596:1-596)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MEPELAAQKQPRPRRRSRRASGLSTEGATGPSADTSGSELDGRCSLRRGSSFTFLTPGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEPELAAQKQPRPRRRSRRASGLSTEGATGPSADTSGSELDGRCSLRRGSSFTFLTPGPN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 WDFTLKRKRREKDDDVVSLSSLDLKEPSNKRVRPLARVTSLANLISPVRNGAVRRFGQTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WDFTLKRKRREKDDDVVSLSSLDLKEPSNKRVRPLARVTSLANLISPVRNGAVRRFGQTI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 QSFTLRGDHRSPASAQKFSSRSTVPTPAKRRSSALWSEMLDITMKESLTTREIRRQEAIY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QSFTLRGDHRSPASAQKFSSRSTVPTPAKRRSSALWSEMLDITMKESLTTREIRRQEAIY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 EMSRGEQDLIEDLKLARKAYHDPMLKLSIMSEEELTHIFGDLDSYIPLHEDLLTRIGEAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EMSRGEQDLIEDLKLARKAYHDPMLKLSIMSEEELTHIFGDLDSYIPLHEDLLTRIGEAT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 KPDGTVEQIGHILVSWLPRLNAYRGYCSNQLAAKALLDQKKQDPRVQDFLQRCLESPFSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPDGTVEQIGHILVSWLPRLNAYRGYCSNQLAAKALLDQKKQDPRVQDFLQRCLESPFSR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 KLDLWSFLDIPRSRLVKYPLLLKEILKHTPKEHPDVQLLEDAILIIQGVLSDINLKKGES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLDLWSFLDIPRSRLVKYPLLLKEILKHTPKEHPDVQLLEDAILIIQGVLSDINLKKGES
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 ECQYYIDKLEYLDEKQRDPRIEASKVLLCHGELRSKSGHKLYIFLFQDILVLTRPVTRNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ECQYYIDKLEYLDEKQRDPRIEASKVLLCHGELRSKSGHKLYIFLFQDILVLTRPVTRNE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 RHSYQVYRQPIPVQELVLEDLQDGDVRMGGSFRGAFSNSEKAKNIFRIRFHDPSPAQSHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RHSYQVYRQPIPVQELVLEDLQDGDVRMGGSFRGAFSNSEKAKNIFRIRFHDPSPAQSHT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 LQANDVFHKQQWFNCIRAAIAPFQSAGSPPELQGLPELHEECEGNHPSARKLTAQRRAST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LQANDVFHKQQWFNCIRAAIAPFQSAGSPPELQGLPELHEECEGNHPSARKLTAQRRAST
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590      
pF1KB5 VSSVTQVEVDENAYRCGSGMQMAEDSKSLKTHQTQPGIRRARDKALSGGKRKETLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSSVTQVEVDENAYRCGSGMQMAEDSKSLKTHQTQPGIRRARDKALSGGKRKETLV
              550       560       570       580       590      

>>NP_005854 (OMIM: 606450) neuroepithelial cell-transfor  (542 aa)
 initn: 3393 init1: 3393 opt: 3393  Z-score: 3258.6  bits: 612.8 E(85289): 9.1e-175
Smith-Waterman score: 3393; 97.5% identity (98.3% similar) in 529 aa overlap (68-596:14-542)

        40        50        60        70        80        90       
pF1KB5 SELDGRCSLRRGSSFTFLTPGPNWDFTLKRKRREKDDDVVSLSSLDLKEPSNKRVRPLAR
                                     ::  .  :: . :  . .::::::::::::
NP_005                  MVAHDETGGLLPIKRTIRVLDVNNQSFREQEEPSNKRVRPLAR
                                10        20        30        40   

       100       110       120       130       140       150       
pF1KB5 VTSLANLISPVRNGAVRRFGQTIQSFTLRGDHRSPASAQKFSSRSTVPTPAKRRSSALWS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VTSLANLISPVRNGAVRRFGQTIQSFTLRGDHRSPASAQKFSSRSTVPTPAKRRSSALWS
            50        60        70        80        90       100   

       160       170       180       190       200       210       
pF1KB5 EMLDITMKESLTTREIRRQEAIYEMSRGEQDLIEDLKLARKAYHDPMLKLSIMSEEELTH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EMLDITMKESLTTREIRRQEAIYEMSRGEQDLIEDLKLARKAYHDPMLKLSIMSEEELTH
           110       120       130       140       150       160   

       220       230       240       250       260       270       
pF1KB5 IFGDLDSYIPLHEDLLTRIGEATKPDGTVEQIGHILVSWLPRLNAYRGYCSNQLAAKALL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IFGDLDSYIPLHEDLLTRIGEATKPDGTVEQIGHILVSWLPRLNAYRGYCSNQLAAKALL
           170       180       190       200       210       220   

       280       290       300       310       320       330       
pF1KB5 DQKKQDPRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWSFLDIPRSRLVKYPLLLKEILKHTPKEHPDVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 DQKKQDPRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWSFLDIPRSRLVKYPLLLKEILKHTPKEHPDVQ
           230       240       250       260       270       280   

       340       350       360       370       380       390       
pF1KB5 LLEDAILIIQGVLSDINLKKGESECQYYIDKLEYLDEKQRDPRIEASKVLLCHGELRSKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LLEDAILIIQGVLSDINLKKGESECQYYIDKLEYLDEKQRDPRIEASKVLLCHGELRSKS
           290       300       310       320       330       340   

       400       410       420       430       440       450       
pF1KB5 GHKLYIFLFQDILVLTRPVTRNERHSYQVYRQPIPVQELVLEDLQDGDVRMGGSFRGAFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GHKLYIFLFQDILVLTRPVTRNERHSYQVYRQPIPVQELVLEDLQDGDVRMGGSFRGAFS
           350       360       370       380       390       400   

       460       470       480       490       500       510       
pF1KB5 NSEKAKNIFRIRFHDPSPAQSHTLQANDVFHKQQWFNCIRAAIAPFQSAGSPPELQGLPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NSEKAKNIFRIRFHDPSPAQSHTLQANDVFHKQQWFNCIRAAIAPFQSAGSPPELQGLPE
           410       420       430       440       450       460   

       520       530       540       550       560       570       
pF1KB5 LHEECEGNHPSARKLTAQRRASTVSSVTQVEVDENAYRCGSGMQMAEDSKSLKTHQTQPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LHEECEGNHPSARKLTAQRRASTVSSVTQVEVDENAYRCGSGMQMAEDSKSLKTHQTQPG
           470       480       490       500       510       520   

       580       590      
pF1KB5 IRRARDKALSGGKRKETLV
       :::::::::::::::::::
NP_005 IRRARDKALSGGKRKETLV
           530       540  

>>XP_016861991 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine nuc  (538 aa)
 initn: 1918 init1: 1693 opt: 1957  Z-score: 1882.7  bits: 358.2 E(85289): 4e-98
Smith-Waterman score: 1957; 62.5% identity (87.3% similar) in 456 aa overlap (47-499:5-459)

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                                     .: ..:  . :.:. :.:   :::.  .:.
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       :::: :                                                      
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>>XP_011532066 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine nuc  (544 aa)
 initn: 1918 init1: 1693 opt: 1957  Z-score: 1882.6  bits: 358.2 E(85289): 4e-98
Smith-Waterman score: 1957; 62.5% identity (87.3% similar) in 456 aa overlap (47-499:11-465)

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       :.::: :..: .:::::.:::::::.:::: :::::::::::::::::::::.:::::::
XP_011 VGWLPCLSSYDSYCSNQVAAKALLDHKKQDHRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWNFLDIPRS
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       ..:.:::::::.::.:::.::::::.:. ::.::. :.. : .:.:.:::::.:.::::.
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pF1KB5 NCIRAAIAPFQSAGSPPELQGLPELHEECEGNHPSARKLTAQRRASTVSSVTQVEVDENA
       :::: :                                                      
XP_011 NCIRQAKETVLCAAGQAGVLDSEGSFLNPTTGSRELQGETKLEQMDQSDSESDCSMDTSE
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>>XP_005265244 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine nuc  (558 aa)
 initn: 1918 init1: 1693 opt: 1957  Z-score: 1882.5  bits: 358.2 E(85289): 4.1e-98
Smith-Waterman score: 1957; 62.5% identity (87.3% similar) in 456 aa overlap (47-499:25-479)

         20        30        40        50        60          70    
pF1KB5 SRRASGLSTEGATGPSADTSGSELDGRCSLRRGSSFTFLTPGPN-WDFT-LKRKRREKDD
                                     .: ..:  . :.:. :.:   :::.  .:.
XP_005       MDSSTAMNQCSCRGMEENKERPKRQRQNNFP-MFPSPKAWNFRGRKRKQSTQDE
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pF1KB5 DVVSLSSLDLKEPSNKRVRPLARVTSLANLISPVRNGAVRRFGQTIQ-SFTLRGDHRSPA
       :.::: :::..:::::::.::.::::::::: ::.   ..::.::.: :...:.. :   
XP_005 DAVSLCSLDISEPSNKRVKPLSRVTSLANLIPPVKATPLKRFSQTLQRSISFRSESRPDI
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pF1KB5 SAQKFSSRSTVPTPAKRRSSALWSEMLDITMKESLTTREIRRQEAIYEMSRGEQDLIEDL
        : .  ::...:. .:::.: :::: .:. ... ::..::.:::::.:.:.::.::::::
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pF1KB5 VSWLPRLNAYRGYCSNQLAAKALLDQKKQDPRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWSFLDIPRS
       :.::: :..: .:::::.:::::::.:::: :::::::::::::::::::::.:::::::
XP_005 VGWLPCLSSYDSYCSNQVAAKALLDHKKQDHRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWNFLDIPRS
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pF1KB5 RLVKYPLLLKEILKHTPKEHPDVQLLEDAILIIQGVLSDINLKKGESECQYYIDKLEYLD
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pF1KB5 EKQRDPRIEASKVLLCHGELRSKSGHKLYIFLFQDILVLTRPVTRNERHSYQVYRQPIPV
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XP_005 EGQKDSLIDSSRVLCCHGELKNNRGVKLHVFLFQEVLVITRAVTHNEQLCYQLYRQPIPV
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pF1KB5 QELVLEDLQDGDVRMGGSFRGAFSNSEKAKNIFRIRFHDPSPAQSHTLQANDVFHKQQWF
       ..:.:::::::.::.:::.::::::.:. ::.::. :.. : .:.:.:::::.:.::::.
XP_005 KDLLLEDLQDGEVRLGGSLRGAFSNNERIKNFFRVSFKNGSQSQTHSLQANDTFNKQQWL
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pF1KB5 NCIRAAIAPFQSAGSPPELQGLPELHEECEGNHPSARKLTAQRRASTVSSVTQVEVDENA
       :::: :                                                      
XP_005 NCIRQAKETVLCAAGQAGVLDSEGSFLNPTTGSRELQGETKLEQMDQSDSESDCSMDTSE
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>>XP_005265243 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine nuc  (558 aa)
 initn: 1918 init1: 1693 opt: 1957  Z-score: 1882.5  bits: 358.2 E(85289): 4.1e-98
Smith-Waterman score: 1957; 62.5% identity (87.3% similar) in 456 aa overlap (47-499:25-479)

         20        30        40        50        60          70    
pF1KB5 SRRASGLSTEGATGPSADTSGSELDGRCSLRRGSSFTFLTPGPN-WDFT-LKRKRREKDD
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XP_005       MDSSTAMNQCSCRGMEENKERPKRQRQNNFP-MFPSPKAWNFRGRKRKQSTQDE
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pF1KB5 DVVSLSSLDLKEPSNKRVRPLARVTSLANLISPVRNGAVRRFGQTIQ-SFTLRGDHRSPA
       :.::: :::..:::::::.::.::::::::: ::.   ..::.::.: :...:.. :   
XP_005 DAVSLCSLDISEPSNKRVKPLSRVTSLANLIPPVKATPLKRFSQTLQRSISFRSESRPDI
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pF1KB5 SAQKFSSRSTVPTPAKRRSSALWSEMLDITMKESLTTREIRRQEAIYEMSRGEQDLIEDL
        : .  ::...:. .:::.: :::: .:. ... ::..::.:::::.:.:.::.::::::
XP_005 LAPRPWSRNAAPSSTKRRDSKLWSETFDVCVNQMLTSKEIKRQEAIFELSQGEEDLIEDL
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           200       210       220       230       240       250   
pF1KB5 KLARKAYHDPMLKLSIMSEEELTHIFGDLDSYIPLHEDLLTRIGEATKPDGTVEQIGHIL
       :::.:::::::::::::.:.::..::: ::: :::::.::... .. ::::..:..: ::
XP_005 KLAKKAYHDPMLKLSIMTEQELNQIFGTLDSLIPLHEELLSQLRDVRKPDGSTEHVGPIL
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pF1KB5 VSWLPRLNAYRGYCSNQLAAKALLDQKKQDPRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWSFLDIPRS
       :.::: :..: .:::::.:::::::.:::: :::::::::::::::::::::.:::::::
XP_005 VGWLPCLSSYDSYCSNQVAAKALLDHKKQDHRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWNFLDIPRS
           240       250       260       270       280       290   

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pF1KB5 RLVKYPLLLKEILKHTPKEHPDVQLLEDAILIIQGVLSDINLKKGESECQYYIDKLEYLD
       :::::::::.:::.:::...:: : ::.:: ::::....:: : :::::.:: ..: ::.
XP_005 RLVKYPLLLREILRHTPNDNPDQQHLEEAINIIQGIVAEINTKTGESECRYYKERLLYLE
           300       310       320       330       340       350   

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pF1KB5 EKQRDPRIEASKVLLCHGELRSKSGHKLYIFLFQDILVLTRPVTRNERHSYQVYRQPIPV
       : :.:  :..:.:: :::::... : ::..::::..::.:: ::.::.  ::.:::::::
XP_005 EGQKDSLIDSSRVLCCHGELKNNRGVKLHVFLFQEVLVITRAVTHNEQLCYQLYRQPIPV
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pF1KB5 QELVLEDLQDGDVRMGGSFRGAFSNSEKAKNIFRIRFHDPSPAQSHTLQANDVFHKQQWF
       ..:.:::::::.::.:::.::::::.:. ::.::. :.. : .:.:.:::::.:.::::.
XP_005 KDLLLEDLQDGEVRLGGSLRGAFSNNERIKNFFRVSFKNGSQSQTHSLQANDTFNKQQWL
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pF1KB5 NCIRAAIAPFQSAGSPPELQGLPELHEECEGNHPSARKLTAQRRASTVSSVTQVEVDENA
       :::: :                                                      
XP_005 NCIRQAKETVLCAAGQAGVLDSEGSFLNPTTGSRELQGETKLEQMDQSDSESDCSMDTSE
           480       490       500       510       520       530   

>>NP_001122087 (OMIM: 612115) rho guanine nucleotide exc  (558 aa)
 initn: 1918 init1: 1693 opt: 1957  Z-score: 1882.5  bits: 358.2 E(85289): 4.1e-98
Smith-Waterman score: 1957; 62.5% identity (87.3% similar) in 456 aa overlap (47-499:25-479)

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pF1KB5 SRRASGLSTEGATGPSADTSGSELDGRCSLRRGSSFTFLTPGPN-WDFT-LKRKRREKDD
                                     .: ..:  . :.:. :.:   :::.  .:.
NP_001       MDSSTAMNQCSCRGMEENKERPKRQRQNNFP-MFPSPKAWNFRGRKRKQSTQDE
                     10        20        30         40        50   

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pF1KB5 DVVSLSSLDLKEPSNKRVRPLARVTSLANLISPVRNGAVRRFGQTIQ-SFTLRGDHRSPA
       :.::: :::..:::::::.::.::::::::: ::.   ..::.::.: :...:.. :   
NP_001 DAVSLCSLDISEPSNKRVKPLSRVTSLANLIPPVKATPLKRFSQTLQRSISFRSESRPDI
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pF1KB5 SAQKFSSRSTVPTPAKRRSSALWSEMLDITMKESLTTREIRRQEAIYEMSRGEQDLIEDL
        : .  ::...:. .:::.: :::: .:. ... ::..::.:::::.:.:.::.::::::
NP_001 LAPRPWSRNAAPSSTKRRDSKLWSETFDVCVNQMLTSKEIKRQEAIFELSQGEEDLIEDL
           120       130       140       150       160       170   

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pF1KB5 KLARKAYHDPMLKLSIMSEEELTHIFGDLDSYIPLHEDLLTRIGEATKPDGTVEQIGHIL
       :::.:::::::::::::.:.::..::: ::: :::::.::... .. ::::..:..: ::
NP_001 KLAKKAYHDPMLKLSIMTEQELNQIFGTLDSLIPLHEELLSQLRDVRKPDGSTEHVGPIL
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pF1KB5 VSWLPRLNAYRGYCSNQLAAKALLDQKKQDPRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWSFLDIPRS
       :.::: :..: .:::::.:::::::.:::: :::::::::::::::::::::.:::::::
NP_001 VGWLPCLSSYDSYCSNQVAAKALLDHKKQDHRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWNFLDIPRS
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pF1KB5 RLVKYPLLLKEILKHTPKEHPDVQLLEDAILIIQGVLSDINLKKGESECQYYIDKLEYLD
       :::::::::.:::.:::...:: : ::.:: ::::....:: : :::::.:: ..: ::.
NP_001 RLVKYPLLLREILRHTPNDNPDQQHLEEAINIIQGIVAEINTKTGESECRYYKERLLYLE
           300       310       320       330       340       350   

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pF1KB5 EKQRDPRIEASKVLLCHGELRSKSGHKLYIFLFQDILVLTRPVTRNERHSYQVYRQPIPV
       : :.:  :..:.:: :::::... : ::..::::..::.:: ::.::.  ::.:::::::
NP_001 EGQKDSLIDSSRVLCCHGELKNNRGVKLHVFLFQEVLVITRAVTHNEQLCYQLYRQPIPV
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pF1KB5 QELVLEDLQDGDVRMGGSFRGAFSNSEKAKNIFRIRFHDPSPAQSHTLQANDVFHKQQWF
       ..:.:::::::.::.:::.::::::.:. ::.::. :.. : .:.:.:::::.:.::::.
NP_001 KDLLLEDLQDGEVRLGGSLRGAFSNNERIKNFFRVSFKNGSQSQTHSLQANDTFNKQQWL
           420       430       440       450       460       470   

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pF1KB5 NCIRAAIAPFQSAGSPPELQGLPELHEECEGNHPSARKLTAQRRASTVSSVTQVEVDENA
       :::: :                                                      
NP_001 NCIRQAKETVLCAAGQAGVLDSEGSFLNPTTGSRELQGETKLEQMDQSDSESDCSMDTSE
           480       490       500       510       520       530   

>>XP_011532068 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine nuc  (527 aa)
 initn: 1918 init1: 1693 opt: 1954  Z-score: 1879.9  bits: 357.7 E(85289): 5.7e-98
Smith-Waterman score: 1954; 63.2% identity (87.7% similar) in 448 aa overlap (55-499:1-448)

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pF1KB5 TEGATGPSADTSGSELDGRCSLRRGSSFTFLTPGPN-WDFT-LKRKRREKDDDVVSLSSL
                                     . :.:. :.:   :::.  .:.:.::: ::
XP_011                               MFPSPKAWNFRGRKRKQSTQDEDAVSLCSL
                                             10        20        30

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pF1KB5 DLKEPSNKRVRPLARVTSLANLISPVRNGAVRRFGQTIQ-SFTLRGDHRSPASAQKFSSR
       :..:::::::.::.::::::::: ::.   ..::.::.: :...:.. :    : .  ::
XP_011 DISEPSNKRVKPLSRVTSLANLIPPVKATPLKRFSQTLQRSISFRSESRPDILAPRPWSR
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pF1KB5 STVPTPAKRRSSALWSEMLDITMKESLTTREIRRQEAIYEMSRGEQDLIEDLKLARKAYH
       ...:. .:::.: :::: .:. ... ::..::.:::::.:.:.::.:::::::::.::::
XP_011 NAAPSSTKRRDSKLWSETFDVCVNQMLTSKEIKRQEAIFELSQGEEDLIEDLKLAKKAYH
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pF1KB5 DPMLKLSIMSEEELTHIFGDLDSYIPLHEDLLTRIGEATKPDGTVEQIGHILVSWLPRLN
       :::::::::.:.::..::: ::: :::::.::... .. ::::..:..: :::.::: :.
XP_011 DPMLKLSIMTEQELNQIFGTLDSLIPLHEELLSQLRDVRKPDGSTEHVGPILVGWLPCLS
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pF1KB5 AYRGYCSNQLAAKALLDQKKQDPRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWSFLDIPRSRLVKYPLL
       .: .:::::.:::::::.:::: :::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
XP_011 SYDSYCSNQVAAKALLDHKKQDHRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWNFLDIPRSRLVKYPLL
              220       230       240       250       260       270

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pF1KB5 LKEILKHTPKEHPDVQLLEDAILIIQGVLSDINLKKGESECQYYIDKLEYLDEKQRDPRI
       :.:::.:::...:: : ::.:: ::::....:: : :::::.:: ..: ::.: :.:  :
XP_011 LREILRHTPNDNPDQQHLEEAINIIQGIVAEINTKTGESECRYYKERLLYLEEGQKDSLI
              280       290       300       310       320       330

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pF1KB5 EASKVLLCHGELRSKSGHKLYIFLFQDILVLTRPVTRNERHSYQVYRQPIPVQELVLEDL
       ..:.:: :::::... : ::..::::..::.:: ::.::.  ::.:::::::..:.::::
XP_011 DSSRVLCCHGELKNNRGVKLHVFLFQEVLVITRAVTHNEQLCYQLYRQPIPVKDLLLEDL
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pF1KB5 QDGDVRMGGSFRGAFSNSEKAKNIFRIRFHDPSPAQSHTLQANDVFHKQQWFNCIRAAIA
       :::.::.:::.::::::.:. ::.::. :.. : .:.:.:::::.:.::::.:::: :  
XP_011 QDGEVRLGGSLRGAFSNNERIKNFFRVSFKNGSQSQTHSLQANDTFNKQQWLNCIRQAKE
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pF1KB5 PFQSAGSPPELQGLPELHEECEGNHPSARKLTAQRRASTVSSVTQVEVDENAYRCGSGMQ
                                                                   
XP_011 TVLCAAGQAGVLDSEGSFLNPTTGSRELQGETKLEQMDQSDSESDCSMDTSEVSLDCERM
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>>XP_011532067 (OMIM: 612115) PREDICTED: rho guanine nuc  (527 aa)
 initn: 1918 init1: 1693 opt: 1954  Z-score: 1879.9  bits: 357.7 E(85289): 5.7e-98
Smith-Waterman score: 1954; 63.2% identity (87.7% similar) in 448 aa overlap (55-499:1-448)

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pF1KB5 TEGATGPSADTSGSELDGRCSLRRGSSFTFLTPGPN-WDFT-LKRKRREKDDDVVSLSSL
                                     . :.:. :.:   :::.  .:.:.::: ::
XP_011                               MFPSPKAWNFRGRKRKQSTQDEDAVSLCSL
                                             10        20        30

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pF1KB5 DLKEPSNKRVRPLARVTSLANLISPVRNGAVRRFGQTIQ-SFTLRGDHRSPASAQKFSSR
       :..:::::::.::.::::::::: ::.   ..::.::.: :...:.. :    : .  ::
XP_011 DISEPSNKRVKPLSRVTSLANLIPPVKATPLKRFSQTLQRSISFRSESRPDILAPRPWSR
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pF1KB5 STVPTPAKRRSSALWSEMLDITMKESLTTREIRRQEAIYEMSRGEQDLIEDLKLARKAYH
       ...:. .:::.: :::: .:. ... ::..::.:::::.:.:.::.:::::::::.::::
XP_011 NAAPSSTKRRDSKLWSETFDVCVNQMLTSKEIKRQEAIFELSQGEEDLIEDLKLAKKAYH
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pF1KB5 DPMLKLSIMSEEELTHIFGDLDSYIPLHEDLLTRIGEATKPDGTVEQIGHILVSWLPRLN
       :::::::::.:.::..::: ::: :::::.::... .. ::::..:..: :::.::: :.
XP_011 DPMLKLSIMTEQELNQIFGTLDSLIPLHEELLSQLRDVRKPDGSTEHVGPILVGWLPCLS
              160       170       180       190       200       210

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pF1KB5 AYRGYCSNQLAAKALLDQKKQDPRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWSFLDIPRSRLVKYPLL
       .: .:::::.:::::::.:::: :::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
XP_011 SYDSYCSNQVAAKALLDHKKQDHRVQDFLQRCLESPFSRKLDLWNFLDIPRSRLVKYPLL
              220       230       240       250       260       270

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pF1KB5 LKEILKHTPKEHPDVQLLEDAILIIQGVLSDINLKKGESECQYYIDKLEYLDEKQRDPRI
       :.:::.:::...:: : ::.:: ::::....:: : :::::.:: ..: ::.: :.:  :
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       :::.::.:::.::::::.:. ::.::. :.. : .:.:.:::::.:.::::.:::: :  
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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