Result of FASTA (omim) for pF1KB5045
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5045, 653 aa
  1>>>pF1KB5045 653 - 653 aa - 653 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6495+/-0.000563; mu= -4.0219+/- 0.034
 mean_var=265.5117+/-56.170, 0's: 0 Z-trim(112.2): 456  B-trim: 0 in 0/59
 Lambda= 0.078710
 statistics sampled from 20579 (21106) to 20579 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.247), width:  16
 Scan time:  9.120

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011514763 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 4352 509.1  2e-143
NP_071426 (OMIM: 610486) leucine-rich repeat-conta ( 653) 4352 509.1  2e-143
XP_016867994 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-ric ( 653) 4352 509.1  2e-143
XP_011518540 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873561 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518545 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518542 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518541 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873562 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873565 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873564 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873566 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518544 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873568 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873567 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
NP_001245348 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-co ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873559 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518546 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_011518543 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873560 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_016873563 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-ric ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
NP_065980 (OMIM: 608817) leucine-rich repeat-conta ( 640) 2295 275.5 4.1e-73
XP_005271426 (OMIM: 608869,615112) PREDICTED: leuc ( 958)  617 85.1 1.3e-15
NP_001288123 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288128 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288129 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288118 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288120 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288121 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288126 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288116 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_001288127 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614)  505 72.2 6.2e-12
XP_011520420 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614)  505 72.2 6.2e-12
NP_116197 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and i ( 620)  505 72.2 6.2e-12
XP_016869794 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  468 68.0 1.1e-10
XP_016869793 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  468 68.0 1.1e-10
XP_011516021 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  468 68.0 1.1e-10
XP_016869795 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  468 68.0 1.1e-10
NP_689783 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat and i ( 606)  468 68.0 1.1e-10
NP_001245211 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat an ( 606)  468 68.0 1.1e-10
XP_016869792 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  468 68.0 1.1e-10
XP_016869796 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  468 68.0 1.1e-10
XP_011516026 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  468 68.0 1.1e-10
XP_011516030 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  468 68.0 1.1e-10
XP_016861623 (OMIM: 608868) PREDICTED: leucine-ric (1068)  460 67.3 3.3e-10
NP_056356 (OMIM: 608868) leucine-rich repeats and  (1093)  460 67.3 3.3e-10
NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593)  451 66.1 4.2e-10


>>XP_011514763 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-rich re  (653 aa)
 initn: 4352 init1: 4352 opt: 4352  Z-score: 2695.8  bits: 509.1 E(85289): 2e-143
Smith-Waterman score: 4352; 100.0% identity (100.0% similar) in 653 aa overlap (1-653:1-653)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650   
pF1KB5 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
              610       620       630       640       650   

>>NP_071426 (OMIM: 610486) leucine-rich repeat-containin  (653 aa)
 initn: 4352 init1: 4352 opt: 4352  Z-score: 2695.8  bits: 509.1 E(85289): 2e-143
Smith-Waterman score: 4352; 100.0% identity (100.0% similar) in 653 aa overlap (1-653:1-653)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650   
pF1KB5 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
              610       620       630       640       650   

>>XP_016867994 (OMIM: 610486) PREDICTED: leucine-rich re  (653 aa)
 initn: 4352 init1: 4352 opt: 4352  Z-score: 2695.8  bits: 509.1 E(85289): 2e-143
Smith-Waterman score: 4352; 100.0% identity (100.0% similar) in 653 aa overlap (1-653:1-653)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
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pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
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pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
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pF1KB5 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
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pF1KB5 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
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pF1KB5 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
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pF1KB5 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650   
pF1KB5 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
              610       620       630       640       650   

>>XP_011518540 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-rich re  (640 aa)
 initn: 2312 init1: 1702 opt: 2295  Z-score: 1433.5  bits: 275.5 E(85289): 4.1e-73
Smith-Waterman score: 2399; 55.3% identity (81.3% similar) in 653 aa overlap (6-653:11-640)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB5      MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQ
                 :. .  .   :.. :.. .   . .:  ..:. . :  :.::::::::::
XP_011 MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLL--VVAGLVRA--QTCPSVCSCSNQ
               10        20        30          40          50      

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB5 FSKVVCTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIE
       ::::.:.:..: :::.:: .::: ::: ::.::.:....:.::.:::.:::.:: :: ::
XP_011 FSKVICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIE
         60        70        80        90       100       110      

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB5 VGAFNGLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMR
       .:::::::.::::::::: ::.::.::: :::::.:::::::::::::::::::.::: :
XP_011 IGAFNGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRR
        120       130       140       150       160       170      

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB5 LDLGELKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRP
       :::::::.: :::::::::: ::.::::.:::....::::::. :.::..::::.  :::
XP_011 LDLGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPNLTPLIKLDELDLSGNHLSAIRP
        180       190       200       210       220       230      

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB5 GSFHGLSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVEL
       :::.::  :.:::...::...:::::::.: ::::.:::::::. :::::::::..: ..
XP_011 GSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERI
        240       250       260       270       280       290      

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB5 HLHHNPWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFI
       :::::::::.::::::.::.... :.:..::.::..: ...:::. :.::  : : :: :
XP_011 HLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVI
        300       310       320       330       340       350      

         360       370        380       390       400       410    
pF1KB5 MDAPRDLNISEGRMAELKCR-TPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHV
       .. : :::..::  :::::: .  ..::.:. :::::..:.. . ::.::.::::::..:
XP_011 VEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTVMTHGAYKVRIAVLSDGTLNFTNV
        360       370       380       390       400       410      

          420       430       440       450       460       470    
pF1KB5 LLSDTGVYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYK
        ..:::.:::::.: .::..::: :::..:  .:. .:.:.:::::: : : ...    .
XP_011 TVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAA--TTTPFSYFSTVTVETMEPSQDEARTTDN
        420       430       440         450       460       470    

           480       490        500       510       520       530  
pF1KB5 PV-PTTSTGYQPAYTTSTTVLIQTTR-VPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGC
        : ::  . .. . .: :..  :.:: . :  ..:.:: .. .  ..:::::::::::::
XP_011 NVGPTPVVDWETTNVT-TSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINSGIP-GIDEVMKTTKIIIGC
          480       490        500       510        520       530  

            540       550       560       570       580       590  
pF1KB5 FVAVTLLAAAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSG
       :::.::.::.::..:::.::.:....  . .::::::.::..: . :             
XP_011 FVAITLMAAVMLVIFYKMRKQHHRQNHHAPTRTVEIINVDDEITGDTPM-----------
            540       550       560       570       580            

            600         610       620       630       640       650
pF1KB5 EGAVVLPTI-HDHIN-YNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQE
       :. . .:.: :.:.: ::.::   .   : :.. ::.:   ... :: .:. ..::.:::
XP_011 ESHLPMPAIEHEHLNHYNSYKSPFNHTTTVNTI-NSIH---SSVHEPLLIRMNSKDNVQE
             590       600       610           620       630       

          
pF1KB5 TQI
       :::
XP_011 TQI
       640

>>XP_016873561 (OMIM: 608817) PREDICTED: leucine-rich re  (640 aa)
 initn: 2312 init1: 1702 opt: 2295  Z-score: 1433.5  bits: 275.5 E(85289): 4.1e-73
Smith-Waterman score: 2399; 55.3% identity (81.3% similar) in 653 aa overlap (6-653:11-640)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB5      MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQ
                 :. .  .   :.. :.. .   . .:  ..:. . :  :.::::::::::
XP_016 MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLL--VVAGLVRA--QTCPSVCSCSNQ
               10        20        30          40          50      

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB5 FSKVVCTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIE
       ::::.:.:..: :::.:: .::: ::: ::.::.:....:.::.:::.:::.:: :: ::
XP_016 FSKVICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIE
         60        70        80        90       100       110      

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB5 VGAFNGLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMR
       .:::::::.::::::::: ::.::.::: :::::.:::::::::::::::::::.::: :
XP_016 IGAFNGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRR
        120       130       140       150       160       170      

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB5 LDLGELKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRP
       :::::::.: :::::::::: ::.::::.:::....::::::. :.::..::::.  :::
XP_016 LDLGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPNLTPLIKLDELDLSGNHLSAIRP
        180       190       200       210       220       230      

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB5 GSFHGLSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVEL
       :::.::  :.:::...::...:::::::.: ::::.:::::::. :::::::::..: ..
XP_016 GSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERI
        240       250       260       270       280       290      

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB5 HLHHNPWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFI
       :::::::::.::::::.::.... :.:..::.::..: ...:::. :.::  : : :: :
XP_016 HLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVI
        300       310       320       330       340       350      

         360       370        380       390       400       410    
pF1KB5 MDAPRDLNISEGRMAELKCR-TPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHV
       .. : :::..::  :::::: .  ..::.:. :::::..:.. . ::.::.::::::..:
XP_016 VEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTVMTHGAYKVRIAVLSDGTLNFTNV
        360       370       380       390       400       410      

          420       430       440       450       460       470    
pF1KB5 LLSDTGVYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYK
        ..:::.:::::.: .::..::: :::..:  .:. .:.:.:::::: : : ...    .
XP_016 TVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAA--TTTPFSYFSTVTVETMEPSQDEARTTDN
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pF1KB5 TQI
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653 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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