Result of FASTA (ccds) for pF1KB5045
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5045, 653 aa
  1>>>pF1KB5045 653 - 653 aa - 653 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2153+/-0.00131; mu= 4.0931+/- 0.077
 mean_var=177.1698+/-35.750, 0's: 0 Z-trim(105.1): 198  B-trim: 2 in 1/51
 Lambda= 0.096356
 statistics sampled from 8029 (8249) to 8029 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.6), E-opt: 0.2 (0.253), width:  16
 Scan time:  2.970

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7          ( 653) 4352 618.5 8.9e-177
CCDS31464.1 LRRC4C gene_id:57689|Hs108|chr11       ( 640) 2295 332.6   1e-90
CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19       ( 713) 2005 292.3 1.6e-78
CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15       ( 614)  505 83.7 8.2e-16
CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15       ( 620)  505 83.7 8.2e-16
CCDS6524.1 LINGO2 gene_id:158038|Hs108|chr9        ( 606)  468 78.6 2.9e-14
CCDS33783.1 LRIG1 gene_id:26018|Hs108|chr3         (1093)  460 77.6 9.8e-14
CCDS30855.1 LINGO4 gene_id:339398|Hs108|chr1       ( 593)  451 76.2 1.4e-13
CCDS5754.1 LRRN3 gene_id:54674|Hs108|chr7          ( 708)  450 76.1 1.8e-13
CCDS30808.1 LRIG2 gene_id:9860|Hs108|chr1          (1065)  453 76.7 1.9e-13
CCDS45905.1 LINGO3 gene_id:645191|Hs108|chr19      ( 592)  444 75.2 2.8e-13
CCDS44933.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12       (1059)  432 73.7 1.4e-12
CCDS8960.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12        (1119)  432 73.8 1.5e-12
CCDS3307.1 GP5 gene_id:2814|Hs108|chr3             ( 560)  420 71.9 2.7e-12
CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20        ( 649)  421 72.1 2.8e-12
CCDS9039.1 DCN gene_id:1634|Hs108|chr12            ( 359)  409 70.2 5.5e-12
CCDS47855.1 PXDNL gene_id:137902|Hs108|chr8        (1463)  416 71.6 8.6e-12
CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3           ( 545)  399 69.0   2e-11
CCDS31449.1 LGR4 gene_id:55366|Hs108|chr11         ( 951)  395 68.6 4.6e-11


>>CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7               (653 aa)
 initn: 4352 init1: 4352 opt: 4352  Z-score: 3287.2  bits: 618.5 E(32554): 8.9e-177
Smith-Waterman score: 4352; 100.0% identity (100.0% similar) in 653 aa overlap (1-653:1-653)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 DLNISEGRMAELKCRTPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 VYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 TGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 AAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSGEGAVVLPT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650   
pF1KB5 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 IHDHINYNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI
              610       620       630       640       650   

>>CCDS31464.1 LRRC4C gene_id:57689|Hs108|chr11            (640 aa)
 initn: 2312 init1: 1702 opt: 2295  Z-score: 1741.9  bits: 332.6 E(32554): 1e-90
Smith-Waterman score: 2399; 55.3% identity (81.3% similar) in 653 aa overlap (6-653:11-640)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB5      MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQ
                 :. .  .   :.. :.. .   . .:  ..:. . :  :.::::::::::
CCDS31 MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLL--VVAGLVRA--QTCPSVCSCSNQ
               10        20        30          40          50      

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB5 FSKVVCTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIE
       ::::.:.:..: :::.:: .::: ::: ::.::.:....:.::.:::.:::.:: :: ::
CCDS31 FSKVICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIE
         60        70        80        90       100       110      

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB5 VGAFNGLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMR
       .:::::::.::::::::: ::.::.::: :::::.:::::::::::::::::::.::: :
CCDS31 IGAFNGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRR
        120       130       140       150       160       170      

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB5 LDLGELKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRP
       :::::::.: :::::::::: ::.::::.:::....::::::. :.::..::::.  :::
CCDS31 LDLGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPNLTPLIKLDELDLSGNHLSAIRP
        180       190       200       210       220       230      

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB5 GSFHGLSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVEL
       :::.::  :.:::...::...:::::::.: ::::.:::::::. :::::::::..: ..
CCDS31 GSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERI
        240       250       260       270       280       290      

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB5 HLHHNPWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFI
       :::::::::.::::::.::.... :.:..::.::..: ...:::. :.::  : : :: :
CCDS31 HLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVI
        300       310       320       330       340       350      

         360       370        380       390       400       410    
pF1KB5 MDAPRDLNISEGRMAELKCR-TPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHV
       .. : :::..::  :::::: .  ..::.:. :::::..:.. . ::.::.::::::..:
CCDS31 VEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTVMTHGAYKVRIAVLSDGTLNFTNV
        360       370       380       390       400       410      

          420       430       440       450       460       470    
pF1KB5 LLSDTGVYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYK
        ..:::.:::::.: .::..::: :::..:  .:. .:.:.:::::: : : ...    .
CCDS31 TVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAA--TTTPFSYFSTVTVETMEPSQDEARTTDN
        420       430       440         450       460       470    

           480       490        500       510       520       530  
pF1KB5 PV-PTTSTGYQPAYTTSTTVLIQTTR-VPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGC
        : ::  . .. . .: :..  :.:: . :  ..:.:: .. .  ..:::::::::::::
CCDS31 NVGPTPVVDWETTNVT-TSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINSGIP-GIDEVMKTTKIIIGC
          480       490        500       510        520       530  

            540       550       560       570       580       590  
pF1KB5 FVAVTLLAAAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSG
       :::.::.::.::..:::.::.:....  . .::::::.::..: . :             
CCDS31 FVAITLMAAVMLVIFYKMRKQHHRQNHHAPTRTVEIINVDDEITGDTPM-----------
            540       550       560       570       580            

            600         610       620       630       640       650
pF1KB5 EGAVVLPTI-HDHIN-YNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQE
       :. . .:.: :.:.: ::.::   .   : :.. ::.:   ... :: .:. ..::.:::
CCDS31 ESHLPMPAIEHEHLNHYNSYKSPFNHTTTVNTI-NSIH---SSVHEPLLIRMNSKDNVQE
             590       600       610           620       630       

          
pF1KB5 TQI
       :::
CCDS31 TQI
       640

>>CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19            (713 aa)
 initn: 2358 init1: 1721 opt: 2005  Z-score: 1523.4  bits: 292.3 E(32554): 1.6e-78
Smith-Waterman score: 2386; 58.4% identity (79.7% similar) in 639 aa overlap (34-624:42-680)

            10        20        30        40           50        60
pF1KB5 LWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAG-PQ--NCPSVCSCSNQFSKVV
                                     :...::..: :   .:: .:::::: :.:.
CCDS42 LPPGRMSWPHGALLFLWLFSPPLGAGGGGVAVTSAAGGGSPPATSCPVACSCSNQASRVI
              20        30        40        50        60        70 

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
       :::: :.::: .:: :::::::.::.::.:..:::.::.:::.:::..: .:.:::::::
CCDS42 CTRRDLAEVPASIPVNTRYLNLQENGIQVIRTDTFKHLRHLEILQLSKNLVRKIEVGAFN
              80        90       100       110       120       130 

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
       :: :::::::::: ::..:. :::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS42 GLPSLNTLELFDNRLTTVPTQAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLRRLDLGE
             140       150       160       170       180       190 

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHG
       ::.::::::.::::: ::.::::::::.::.:::: :: :::::.:::..  ::::::.:
CCDS42 LKRLEYISEAAFEGLVNLRYLNLGMCNLKDIPNLTALVRLEELELSGNRLDLIRPGSFQG
             200       210       220       230       240       250 

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 LSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHN
       :.::.:::.:..::. ::::::: : :: ::::.:::: ::::::::::. : ..::.::
CCDS42 LTSLRKLWLMHAQVATIERNAFDDLKSLEELNLSHNNLMSLPHDLFTPLHRLERVHLNHN
             260       270       280       290       300       310 

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFIMDAPR
       ::.:.::.:::.:::.: .:.:.:::.:::::  ..:::. :.::. : : :: :.. : 
CCDS42 PWHCNCDVLWLSWWLKETVPSNTTCCARCHAPAGLKGRYIGELDQSHFTCYAPVIVEPPT
             320       330       340       350       360       370 

              370        380       390       400       410         
pF1KB5 DLNISEGRMAELKCRT-PPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDT
       :::..::  :::::::   :.::.:: ::::...:.: . :::::.::::::..: ..::
CCDS42 DLNVTEGMAAELKCRTGTSMTSVNWLTPNGTLMTHGSYRVRISVLHDGTLNFTNVTVQDT
             380       390       400       410       420       430 

     420       430       440                            450        
pF1KB5 GVYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAEL---------------------NTSNYSFFTTVT
       : ::::::: :::..::: ::::...                      ....:..:::::
CCDS42 GQYTCMVTNSAGNTTASATLNVSAVDPVAAGGTGSGGGGPGGSGGVGGGSGGYTYFTTVT
             440       450       460       470       480       490 

      460             470       480               490       500    
pF1KB5 VETTEISPEDT------TRKYKPVPTTST---GYQPA-----YTTSTTVLIQTTRVP--K
       ::: : .: .       :.:  : :::.    : .:.      ..:::.    .  :  :
CCDS42 VETLETQPGEEALQPRGTEKEPPGPTTDGVWGGGRPGDAAGPASSSTTAPAPRSSRPTEK
             500       510       520       530       540       550 

            510       520       530       540       550       560  
pF1KB5 QVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLAAAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTA
         .:: ::.:..   .::.::::::::::::::.:..::.::..::::::.:: ..    
CCDS42 AFTVPITDVTENALKDLDDVMKTTKIIIGCFVAITFMAAVMLVAFYKLRKQHQLHKHHGP
             560       570       580       590       600       610 

            570       580            590       600        610      
pF1KB5 ARTVEIIQVDEDIPAATS-----AAATAAPSGVSGEGAVVLPTIH-DHINYNTY-KPAHG
       .::::::.:....:::..     :::.:. .::.:.. ..::... ::.:.. :   :  
CCDS42 TRTVEIINVEDELPAASAVSVAAAAAVASGGGVGGDSHLALPALERDHLNHHHYVAAAFK
             620       630       640       650       660       670 

         620       630       640       650       
pF1KB5 AHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQETQI    
       ::.. :  :                                 
CCDS42 AHYSSNPSGGGCGGKGPPGLNSIHEPLLFKSGSKENVQETQI
             680       690       700       710   

>>CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15            (614 aa)
 initn: 622 init1: 338 opt: 505  Z-score: 397.4  bits: 83.7 E(32554): 8.2e-16
Smith-Waterman score: 606; 27.6% identity (53.3% similar) in 544 aa overlap (19-477:9-545)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
                         .:   :.    ::  ..... :..  .::  : :: :   :.
CCDS73           MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGSATGCPPRCECSAQDRAVL
                         10        20        30        40        50

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pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
       : :. .  ::.:::..:: :.: .: :. .. : :  . ::: :.:..: .  .: ::::
CCDS73 CHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRIKTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEPGAFN
               60        70        80        90       100       110

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pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
       .: .: :: : .: : .:: :.:  ::.: .: . .: :  . .: :. . .:  :..:.
CCDS73 NLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSLEVGD
              120       130       140       150       160       170

              190       200       210                              
pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPN---------------------------
        . : :::. :: :: .:. :.:  ::. ..:.                           
CCDS73 -NDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRDYSF
               180       190       200       210       220         

                                                          220      
pF1KB5 -------------------LTP----------------------------LVGLEELEMS
                          .::                            :: :. :..:
CCDS73 KRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLNLTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRFLNLS
     230       240       250       260       270       280         

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB5 GNHFPEIRPGSFHGLSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLF
        : .  :. . .: :  :... ....:....:  :: ::  :  ::.. :.:..: ...:
CCDS73 YNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVGGQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGNQLTTLEESVF
     290       300       310       320       330       340         

        290       300       310         320       330       340    
pF1KB5 TPLRYLVELHLHHNPWNCDCDILWL--AWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVD
         .  :  : :  ::  ::: .::.    :  ..   . ::     .:  ..:. . .  
CCDS73 HSVGNLETLILDSNPLACDCRLLWVFRRRWRLNFNRQQPTCA----TPEFVQGKEFKDFP
     350       360       370       380       390           400     

              350        360       370         380       390       
pF1KB5 QA----SFQCSAPFIMD-APRDLNISEGRMAELKCRTP--PMSSVKWLLPNGTVLSHASR
       ..     : :    : :   ... ..::. ... ::.   :  .. :: :   ..: :. 
CCDS73 DVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQFVCRADGDPPPAILWLSPRKHLVS-AKS
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       400       410       420       430       440       450       
pF1KB5 HPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTGVYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNY--SFFT
       . :..:. ::::.  .. ..:.:.: :...:..::..  :.:.: .   .  .   . :.
CCDS73 NGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAGGNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFA
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         460       470       480       490       500       510     
pF1KB5 TVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTSTGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKM
        .. .  : .  ..::   : :                                      
CCDS73 FISNQPGE-GEANSTRATVPFPFDIKTLIIATTMGFISFLGVVLFCLVLLFLWSRGKGNT
          530        540       550       560       570       580   

>>CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15            (620 aa)
 initn: 624 init1: 340 opt: 505  Z-score: 397.3  bits: 83.7 E(32554): 8.2e-16
Smith-Waterman score: 606; 27.6% identity (53.3% similar) in 544 aa overlap (19-477:15-551)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVV
                         .:   :.    ::  ..... :..  .::  : :: :   :.
CCDS45     MQVSKRMLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGSATGCPPRCECSAQDRAVL
                   10        20        30        40        50      

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pF1KB5 CTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFN
       : :. .  ::.:::..:: :.: .: :. .. : :  . ::: :.:..: .  .: ::::
CCDS45 CHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRIKTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEPGAFN
         60        70        80        90       100       110      

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pF1KB5 GLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGE
       .: .: :: : .: : .:: :.:  ::.: .: . .: :  . .: :. . .:  :..:.
CCDS45 NLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSLEVGD
        120       130       140       150       160       170      

              190       200       210                              
pF1KB5 LKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPN---------------------------
        . : :::. :: :: .:. :.:  ::. ..:.                           
CCDS45 -NDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRDYSF
         180       190       200       210       220       230     

                                                          220      
pF1KB5 -------------------LTP----------------------------LVGLEELEMS
                          .::                            :: :. :..:
CCDS45 KRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLNLTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRFLNLS
         240       250       260       270       280       290     

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pF1KB5 GNHFPEIRPGSFHGLSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLF
        : .  :. . .: :  :... ....:....:  :: ::  :  ::.. :.:..: ...:
CCDS45 YNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVGGQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGNQLTTLEESVF
         300       310       320       330       340       350     

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pF1KB5 TPLRYLVELHLHHNPWNCDCDILWL--AWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVD
         .  :  : :  ::  ::: .::.    :  ..   . ::     .:  ..:. . .  
CCDS45 HSVGNLETLILDSNPLACDCRLLWVFRRRWRLNFNRQQPTCA----TPEFVQGKEFKDFP
         360       370       380       390           400       410 

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pF1KB5 QA----SFQCSAPFIMD-APRDLNISEGRMAELKCRTP--PMSSVKWLLPNGTVLSHASR
       ..     : :    : :   ... ..::. ... ::.   :  .. :: :   ..: :. 
CCDS45 DVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQFVCRADGDPPPAILWLSPRKHLVS-AKS
             420       430       440       450       460        470

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pF1KB5 HPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTGVYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNY--SFFT
       . :..:. ::::.  .. ..:.:.: :...:..::..  :.:.: .   .  .   . :.
CCDS45 NGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAGGNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFA
              480       490       500       510       520       530

         460       470       480       490       500       510     
pF1KB5 TVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTSTGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDKM
        .. .  : .  ..::   : :                                      
CCDS45 FISNQPGE-GEANSTRATVPFPFDIKTLIIATTMGFISFLGVVLFCLVLLFLWSRGKGNT
               540       550       560       570       580         

>>CCDS6524.1 LINGO2 gene_id:158038|Hs108|chr9             (606 aa)
 initn: 709 init1: 263 opt: 468  Z-score: 369.7  bits: 78.6 E(32554): 2.9e-14
Smith-Waterman score: 581; 29.6% identity (54.1% similar) in 477 aa overlap (46-441:28-500)

          20        30        40        50        60        70     
pF1KB5 AILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVVCTRRGLSEVPQGIPS
                                     ::. : :: : ..: : :: :  .:.::: 
CCDS65    MLHTAISCWQPFLGLAVVLIFMGSTIGCPARCECSAQNKSVSCHRRRLIAIPEGIPI
                  10        20        30        40        50       

          80        90       100       110       120       130     
pF1KB5 NTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFNGLASLNTLELFDNWL
       .:. :.: .: .. .. . :     :: ..:. : : ..: ::::.: .: .:.:  : :
CCDS65 ETKILDLSKNRLKSVNPEEFISYPLLEEIDLSDNIIANVEPGAFNNLFNLRSLRLKGNRL
        60        70        80        90       100       110       

         140       150       160       170       180       190     
pF1KB5 TVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGELKKLEYISEGAFEGL
        ..: :.:  ::.: .: . .: :  . .: :. . .:  :..:. . : :::. :: ::
CCDS65 KLVPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLHNLKSLEVGD-NDLVYISHRAFSGL
       120       130       140       150       160        170      

         200                               210                     
pF1KB5 FNLKYLNLGMCN------------------------IKDMP-------------------
       ..:. :.:  ::                        :..::                   
CCDS65 LSLEQLTLEKCNLTAVPTEALSHLRSLISLHLKHLNINNMPVYAFKRLFHLKHLEIDYWP
        180       190       200       210       220       230      

                                           220       230       240 
pF1KB5 -------------NLT------------P------LVGLEELEMSGNHFPEIRPGSFHGL
                    :::            :      :: : .:..: : .  :. : :  :
CCDS65 LLDMMPANSLYGLNLTSLSVTNTNLSTVPFLAFKHLVYLTHLNLSYNPISTIEAGMFSDL
        240       250       260       270       280       290      

             250       260       270       280       290       300 
pF1KB5 SSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHNP
         :..: ....:.  :: ..:.::  :  ::...: : .: ...:.  : :  : ...::
CCDS65 IRLQELHIVGAQLRTIEPHSFQGLRFLRVLNVSQNLLETLEENVFSSPRALEVLSINNNP
        300       310       320       330       340       350      

             310       320       330       340           350       
pF1KB5 WNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQAS----FQCSAPFIMD
         ::: .::.    :.     .     : .:  .: : . .  ...    : :. : : .
CCDS65 LACDCRLLWILQ--RQPTLQFGGQQPMCAGPDTIRERSFKDFHSTALSFYFTCKKPKIRE
        360         370       380       390       400       410    

        360       370         380       390       400       410    
pF1KB5 AP-RDLNISEGRMAELKCRTP--PMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHV
          . : ..::. ..:.: .   :.  ..:. :    ..  : . : .::.::::..  .
CCDS65 KKLQHLLVDEGQTVQLECSADGDPQPVISWVTPRRRFITTKS-NGRATVLGDGTLEIRFA
          420       430       440       450        460       470   

          420       430       440       450       460       470    
pF1KB5 LLSDTGVYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYK
         .:.:.:.:...:.:::.. .: :.:                                 
CCDS65 QDQDSGMYVCIASNAAGNDTFTASLTVKGFASDRFLYANRTPMYMTDSNDTISNGTNANT
           480       490       500       510       520       530   

>>CCDS33783.1 LRIG1 gene_id:26018|Hs108|chr3              (1093 aa)
 initn: 359 init1: 216 opt: 460  Z-score: 360.0  bits: 77.6 E(32554): 9.8e-14
Smith-Waterman score: 494; 28.9% identity (57.8% similar) in 429 aa overlap (73-477:210-628)

             50        60        70        80        90       100  
pF1KB5 PQNCPSVCSCSNQFSKVVCTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLE
                                     .:  :. :.: .: :..:.. ::. :. ::
CCDS33 LGAFDGLSRSLLTLRLSKNRITQLPVRAFKLPRLTQ-LDLNRNRIRLIEGLTFQGLNSLE
     180       190       200       210        220       230        

            110       120       130       140       150       160  
pF1KB5 VLQLGRNSIRQIEVGAFNGLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESI
       ::.: ::.: ..  ::: ::.....:.:  : :. . ::..  :. :..: : :: :  :
CCDS33 VLKLQRNNISKLTDGAFWGLSKMHVLHLEYNSLVEVNSGSLYGLTALHQLHLSNNSIARI
      240       250       260       270       280       290        

            170       180       190       200       210         220
pF1KB5 PSYAFNRVPSLMRLDLGELKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPN--LTPLVGL
          ...   .: .: :. ...:  ..: ..  : .:. : :.  .:. . .  .  : .:
CCDS33 HRKGWSFCQKLHELVLS-FNNLTRLDEESLAELSSLSVLRLSHNSISHIAEGAFKGLRSL
      300       310        320       330       340       350       

              230          240       250       260       270       
pF1KB5 EELEMSGNHFP---EIRPGSFHGLSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNN
       . :... :..    :   :.: ::.::.:: ....... . . ::.:: .: .:::. : 
CCDS33 RVLDLDHNEISGTIEDTSGAFSGLDSLSKLTLFGNKIKSVAKRAFSGLEGLEHLNLGGNA
       360       370       380       390       400       410       

       280       290       300       310       320       330       
pF1KB5 LSSLPHDLFTPLRYLVELHLHHNPWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRG
       . :.  : :. .. : :::.  . . :::.. ::  ::   .  ..   . :  :  ..:
CCDS33 IRSVQFDAFVKMKNLKELHISSDSFLCDCQLKWLPPWLIGRM-LQAFVTATCAHPESLKG
       420       430       440       450        460       470      

       340       350          360       370       380           390
pF1KB5 RYLVEVDQASFQCS---APFIMDAPRDLNISEGRMAELKCRTPPMSS----VKWLLPNGT
       . .  :   :: :.    : :.  :.      :.  .. : .   ::      :   :  
CCDS33 QSIFSVPPESFVCDDFLKPQIITQPETTMAMVGKDIRFTCSAASSSSSPMTFAWKKDN-E
        480       490       500       510       520       530      

              400               410       420       430        440 
pF1KB5 VLSHASRHPRISV-LNDGT-------LNFSHVLLSDTGVYTCMVTNVAGNSNA-SAYLNV
       ::..:. .  . :  .::        :.. .: ..  : : :..::  :.. . .: :.:
CCDS33 VLTNADMENFVHVHAQDGEVMEYTTILHLRQVTFGHEGRYQCVITNHFGSTYSHKARLTV
         540       550       560       570       580       590     

             450          460       470       480       490        
pF1KB5 STAELNTSNYSFFTT---VTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTSTGYQPAYTTSTTVLIQTT
       ..        ::  :   .:..:: ..  . .   .: :                     
CCDS33 NVLP------SFTKTPHDITIRTTTMARLECAATGHPNPQIAWQKDGGTDFPAARERRMH
               600       610       620       630       640         

      500       510       520       530       540       550        
pF1KB5 RVPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGCFVAVTLLAAAMLIVFYKLRKRHQQRS
                                                                   
CCDS33 VMPDDDVFFITDVKIDDAGVYSCTAQNSAGSISANATLTVLETPSLVVPLEDRVVSVGET
     650       660       670       680       690       700         

>>CCDS30855.1 LINGO4 gene_id:339398|Hs108|chr1            (593 aa)
 initn: 535 init1: 297 opt: 451  Z-score: 357.0  bits: 76.2 E(32554): 1.4e-13
Smith-Waterman score: 606; 31.1% identity (55.6% similar) in 505 aa overlap (27-445:9-505)

               10        20             30        40        50     
pF1KB5 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVW-----ILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQ
                                 :.:     .:   .  ..:.:  .::.::.:..:
CCDS30                   MDAATAPKQAWPPWPPLLFLLLLPGGSGG--SCPAVCDCTSQ
                                 10        20          30        40

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB5 FSKVVCTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIE
        . :.: .: :  :: :.: .:. :.:  : .  .:   . .:  :. :.:. :..  .:
CCDS30 PQAVLCGHRQLEAVPGGLPLDTELLDLSGNRLWGLQQGMLSRLSLLQELDLSYNQLSTLE
               50        60        70        80        90       100

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB5 VGAFNGLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMR
        :::.:: :: ::.:  : : ..  :.:  :: :  : :: : :  . . ::... ::..
CCDS30 PGAFHGLQSLLTLRLQGNRLRIMGPGVFSGLSALTLLDLRLNQIVLFLDGAFGELGSLQK
              110       120       130       140       150       160

         180       190       200       210            220       230
pF1KB5 LDLGELKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLT----P-LVGLEELEMSGNHF
       :..:. ..: ... ::: :: .:. :.:  ::.. .:.:.    : ::.:.  :.. ...
CCDS30 LEVGD-NHLVFVAPGAFAGLAKLSTLTLERCNLSTVPGLALARLPALVALRLRELDIGRL
               170       180       190       200       210         

                                    240                            
pF1KB5 P-------------EIR---------PGSFHGL--SSL----------------------
       :             ::.         :::. ::  :::                      
CCDS30 PAGALRGLGQLKELEIHLWPSLEALDPGSLVGLNLSSLAITRCNLSSVPFQALYHLSFLR
     220       230       240       250       260       270         

                                 250       260       270       280 
pF1KB5 -----------------------KKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSL
                              ..: . .. .. :  .:: ::...  :..: : :..:
CCDS30 VLDLSQNPISAIPARRLSPLVRLQELRLSGACLTSIAAHAFHGLTAFHLLDVADNALQTL
     280       290       300       310       320       330         

             290       300       310       320       330       340 
pF1KB5 PHDLFTPLRYLVELHLHHNPWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLV
        .  :     :: :.:  :: .::: .:::   ::...  . .    : .: :..:. : 
CCDS30 EETAFPSPDKLVTLRLSGNPLTCDCRLLWLLR-LRRHLDFGMSP-PACAGPHHVQGKSLK
     340       350       360       370        380        390       

                 350        360       370         380       390    
pF1KB5 EVDQ----ASFQCSAPFIMDA-PRDLNISEGRMAELKCRTP--PMSSVKWLLPNGTVLSH
       : ..    . : :.  .:  . :: .   ::  : ..:     :  .:.:. :.:. :..
CCDS30 EFSDILPPGHFTCKPALIRKSGPRWVIAEEGGHAVFSCSGDGDPAPTVSWMRPHGAWLGR
       400       410       420       430       440       450       

          400       410       420       430       440       450    
pF1KB5 ASRHPRISVLNDGTLNFSHVLLSDTGVYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFF
       :.:   . ::.::::..  : : : :.:.:.:.:::::..  ..:.:  .:         
CCDS30 AGR---VRVLEDGTLEIRSVQLRDRGAYVCVVSNVAGNDSLRTWLEVIQVEPPNGTLSDP
       460          470       480       490       500       510    

          460       470       480       490       500       510    
pF1KB5 TTVTVETTEISPEDTTRKYKPVPTTSTGYQPAYTTSTTVLIQTTRVPKQVAVPATDTTDK
                                                                   
CCDS30 NITVPGIPGPFFLDSRGVAMVLAVGFLPFLTSVTLCFGLIALWSKGKGRVKHHMTFDFVA
          520       530       540       550       560       570    

>>CCDS5754.1 LRRN3 gene_id:54674|Hs108|chr7               (708 aa)
 initn: 362 init1: 131 opt: 450  Z-score: 355.2  bits: 76.1 E(32554): 1.8e-13
Smith-Waterman score: 474; 26.4% identity (56.5% similar) in 478 aa overlap (43-506:132-577)

             20        30        40        50        60        70  
pF1KB5 TWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQFSKVVCTRRGLSEVPQG
                                     :..: :  :   .....  ..  :: .  :
CCDS57 NNLSSVTNINVKKMPQLLSVYLEENKLTELPEKCLSELS---NLQELYINHNLLSTISPG
             110       120       130       140          150        

                80        90       100       110       120         
pF1KB5 IP---SNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIEVGAFNGLASLNTLE
             :   :.:  : .:::..  :  : .::.:..:.: : .:.   :. : .: .: 
CCDS57 AFIGLHNLLRLHLNSNRLQMINSKWFDALPNLEILMIGENPIIRIKDMNFKPLINLRSLV
      160       170       180       190       200       210        

     130       140       150       160       170       180         
pF1KB5 LFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMRLDLGELKKLEYISE
       .    :: ::..:.  : .:. . . .: . ..:  :...: .:  :::.. . .. : .
CCDS57 IAGINLTEIPDNALVGLENLESISFYDNRLIKVPHVALQKVVNLKFLDLNK-NPINRIRR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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