Result of FASTA (omim) for pF1KB9928
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9928, 626 aa
  1>>>pF1KB9928 626 - 626 aa - 626 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5580+/-0.000438; mu= 18.6581+/- 0.027
 mean_var=83.5989+/-16.855, 0's: 0 Z-trim(111.2): 63  B-trim: 857 in 1/55
 Lambda= 0.140273
 statistics sampled from 19704 (19736) to 19704 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.231), width:  16
 Scan time: 10.730

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_071336 (OMIM: 300315) nuclear RNA export factor ( 626) 4249 870.4       0
NP_006353 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor ( 619) 2410 498.2 3.5e-140
NP_116564 (OMIM: 300319) nuclear RNA export factor ( 365) 1809 376.4 9.4e-104
NP_001074960 (OMIM: 602647) nuclear RNA export fac ( 356) 1214 256.0 1.6e-67
NP_071335 (OMIM: 300316) nuclear RNA export factor ( 531) 1181 249.5 2.3e-65


>>NP_071336 (OMIM: 300315) nuclear RNA export factor 2 [  (626 aa)
 initn: 4249 init1: 4249 opt: 4249  Z-score: 4649.0  bits: 870.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4249; 100.0% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTFQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTFQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 NDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 NDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 TRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 SYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 PDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 PDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 LNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 LSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEAC
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 FSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQHD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 FSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQHD
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 LSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 LSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELF
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 VRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNEWN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 VRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNEWN
              550       560       570       580       590       600

              610       620      
pF1KB9 YTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
       ::::::::::::::::::::::::::
NP_071 YTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
              610       620      

>>NP_006353 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor 1 i  (619 aa)
 initn: 2303 init1: 2303 opt: 2410  Z-score: 2637.8  bits: 498.2 E(85289): 3.5e-140
Smith-Waterman score: 2410; 59.3% identity (82.8% similar) in 609 aa overlap (16-622:9-617)

               10        20         30        40        50         
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTF-QGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQ
                      .:  :.  .: : .::: . :: .. . . .  .::     :. .
NP_006        MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLE
                      10        20        30        40        50   

      60        70        80        90        100       110        
pF1KB9 ENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMK-WHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQD
       :.::.: : :..   ..:..::. : .::   ::..:.:..:. :.: ::::  . ..::
NP_006 EDDGDVAMSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQD
            60        70        80        90       100       110   

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB9 GYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALK
       : ..::::.::::: :::::::.. :::.::  :::..:::  .:: :::.:::.:::::
NP_006 GTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALK
           120       130       140       150       160       170   

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB9 DVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLR
        :.::: : ::..: :..: :. :... :.::: :.:.::: :.:::. :::::::..::
NP_006 AVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLR
           180       190       200       210       220       230   

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB9 FDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKV
        ::::....::..::::.::::::.:::.:.:::::::: ::.::.:: .:.:..:::..
NP_006 SDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNL
           240       250       260       270       280       290   

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB9 KTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDG
       : :::: :.:.:  :: :.::::::::::.:: ::.:: :::.:.::::. :::::::::
NP_006 KILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDG
           300       310       320       330       340       350   

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB9 RELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDE
       .::  :.  :...  :. ::: .. :.:.:: :::.::::::.::::::::::: :::: 
NP_006 HELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDG
           360       370       380       390       400       410   

      420       430       440       450       460       470        
pF1KB9 ACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQ
       :: ::.::: :.. : ::: .::.::::.: :::: :. .::..:. ..:  :. :::::
NP_006 ACCSLSIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQ
           420       430       440       450       460       470   

      480       490       500       510       520       530        
pF1KB9 HDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDE
       ::..:..::.  ::  .::::::::::::.:.:. :. ::::::::.:.:.:.:::::::
NP_006 HDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDE
           480       490       500       510       520       530   

      540       550       560       570       580       590        
pF1KB9 LFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNE
       ::::.:: .: : ::..:. : :::  :.:: :::::.::::.::::.:::::::::::.
NP_006 LFVRNASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNN
           540       550       560       570       580       590   

      600       610       620      
pF1KB9 WNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
       :.:::..:::: :...:.::  ::    
NP_006 WDYTRSAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK  
           600       610           

>>NP_116564 (OMIM: 300319) nuclear RNA export factor 5 [  (365 aa)
 initn: 2063 init1: 1809 opt: 1809  Z-score: 1983.7  bits: 376.4 E(85289): 9.4e-104
Smith-Waterman score: 1996; 81.5% identity (85.9% similar) in 389 aa overlap (112-498:1-351)

              90       100       110       120       130       140 
pF1KB9 SIRCERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQDGYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLM
                                     : .::::   :.::::::::::::::::::
NP_116                               MRRNTQDENMRKWFKVTIPYGIKYDKAWLM
                                             10        20        30

             150       160       170       180       190       200 
pF1KB9 NSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVNHSTA
       :::::.::  ::::::::.::::::::: ::::::::::::::::::::::::::.: ::
NP_116 NSIQSNCSVPFTPVDFHYIRNRACFFVQVASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVSHFTA
               40        50        60        70        80        90

             210       220       230       240       250       260 
pF1KB9 PYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 PYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAAT
              100       110       120       130       140       150

             270       280       290       300       310       320 
pF1KB9 LKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLK
       ::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 LKITERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLK
              160       170       180       190       200       210

             330       340       350       360       370       380 
pF1KB9 LEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 LEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKEN
              220       230       240       250       260       270

             390       400       410       420       430       440 
pF1KB9 FTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDEACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYF
       :::::::::::::::::                                    :.:::::
NP_116 FTGSETLKHLVLQFLQQ------------------------------------SNLCKYF
              280                                           290    

             450       460         470       480       490         
pF1KB9 EDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTK--RDIVDSLSALPKTQHDLSSILVDVWCQTERMLCFS
       .::::.: ::::::. .::..::  :. ::::::::.::::..:::::.: ::    :: 
NP_116 KDSRNIKILKDPYLQRKLLKHTKCPRN-VDSLSALPETQHDFTSILVDMWYQTVNT-CFL
          300       310       320        330       340        350  

     500       510       520       530       540       550         
pF1KB9 VNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDELFVRDASPQETQSAFSIPVST
                                                                   
NP_116 PRAGPESQSLRPL                                               
            360                                                    

>>NP_001074960 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor   (356 aa)
 initn: 1207 init1: 1099 opt: 1214  Z-score: 1333.0  bits: 256.0 E(85289): 1.6e-67
Smith-Waterman score: 1214; 54.5% identity (80.4% similar) in 336 aa overlap (16-349:9-344)

               10        20         30        40        50         
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTF-QGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQ
                      .:  :.  .: : .::: . :: .. . . .  .::     :. .
NP_001        MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLE
                      10        20        30        40        50   

      60        70        80        90        100       110        
pF1KB9 ENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMK-WHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQD
       :.::.: : :..   ..:..::. : .::   ::..:.:..:. :.: ::::  . ..::
NP_001 EDDGDVAMSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQD
            60        70        80        90       100       110   

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB9 GYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALK
       : ..::::.::::: :::::::.. :::.::  :::..:::  .:: :::.:::.:::::
NP_001 GTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALK
           120       130       140       150       160       170   

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB9 DVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLR
        :.::: : ::..: :..: :. :... :.::: :.:.::: :.:::. :::::::..::
NP_001 AVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLR
           180       190       200       210       220       230   

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB9 FDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKV
        ::::....::..::::.::::::.:::.:.:::::::: ::.::.:: .:.:..:::..
NP_001 SDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNL
           240       250       260       270       280       290   

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB9 KTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDG
       : :::: :.:.:  :: :.::::::::::.:: ::.:: :::.:. ..  :         
NP_001 KILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYIRSVVACVSPPGDLHP
           300       310       320       330       340       350   

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB9 RELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDE
                                                                   
NP_001 LGG                                                         
                                                                   

>>NP_071335 (OMIM: 300316) nuclear RNA export factor 3 [  (531 aa)
 initn: 1852 init1: 1181 opt: 1181  Z-score: 1294.5  bits: 249.5 E(85289): 2.3e-65
Smith-Waterman score: 1800; 52.1% identity (73.1% similar) in 562 aa overlap (19-576:7-529)

               10        20           30        40        50       
pF1KB9 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGST---FQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSH
                         :  : :    : : .  . ..  :..::   . : .    ::
NP_071             MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHS--SSH
                           10        20        30        40        

        60        70        80         90       100       110      
pF1KB9 CQENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIR-CERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNT
        :..::.. :. .: :. .:.:::.:   .:. .....:. ...  :..:::::.:  : 
NP_071 -QQQDGDAAMHGAHMDSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNM
          50        60        70        80        90       100     

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB9 QDGYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASA
        ::   .:::.:.:.::::.. ::.: ::..::  :.::.:::   .: :::..:: : :
NP_071 PDGTLGSWFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYA
         110       120       130       140       150       160     

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB9 LKDVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQN
       ::.:: ::.:..:.:: :::: .  :. :. .::  ..:..::.::.. .:::.:::.: 
NP_071 LKNVSGKIWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQR
         170       180       190       200       210       220     

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB9 LRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAP
       : : ::...::  .  : :.::::.: . :.:.: ..:                      
NP_071 LPFYPDMVNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMS----------------------
         230       240       250       260                         

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB9 KVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRL
                     : :. : ::..  :   . .:.:.:::: :. ...: . ::::: :
NP_071 --------------AGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCL
                         270       280       290       300         

        360       370       380       390       400       410      
pF1KB9 DGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYH
       ::..    ..   .. . .  :: .: ::: ::.:::::::::: :::::::::::.:::
NP_071 DGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYH
     310       320       330       340       350       360         

        420       430       440       450       460       470      
pF1KB9 DEACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPK
       :::::::.:::.:.::::::.::.:.::::.: ::::::.::::..:: :::::::::::
NP_071 DEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDIVDSLSALPK
     370       380       390       400       410       420         

        480       490       500       510       520       530      
pF1KB9 TQHDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
       :::::::.:::.: ::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
     430       440       450       460       470       480         

        540       550       560       570       580       590      
pF1KB9 DELFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQD
       :.:::::.: : ::::.   : :  ::: :..:::::.:.                    
NP_071 DKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS                  
     490       500       510       520       530                   

        600       610       620      
pF1KB9 NEWNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS




626 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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