seq1 = pF1KB8505.tfa, 2751 bp
seq2 = pF1KB8505/gi568815575r_70429098.tfa (gi568815575r:70429098_70980111), 551014 bp

>pF1KB8505 2751
>gi568815575r:70429098_70980111 (ChrX)

(complement)

1-135  (99990-100124)   95% ->
136-220  (106805-106889)   100% ->
221-300  (119176-119255)   100% ->
301-381  (126784-126864)   100% ->
382-501  (126959-127078)   100% ->
502-582  (146519-146599)   100% ->
583-668  (173322-173407)   100% ->
669-723  (235893-235947)   100% ->
724-819  (239316-239411)   100% ->
820-901  (254769-254850)   100% ->
902-980  (257416-257494)   100% ->
981-1132  (297287-297438)   100% ->
1133-1218  (301223-301308)   100% ->
1219-1356  (309598-309735)   99% ->
1357-1459  (328560-328662)   100% ->
1460-1584  (350377-350501)   100% ->
1585-1670  (355188-355273)   100% ->
1671-1727  (356106-356162)   100% ->
1728-1768  (369569-369609)   100% ->
1769-1855  (370935-371021)   100% ->
1856-1926  (373083-373153)   100% ->
1927-2043  (374595-374711)   100% ->
2044-2116  (388289-388361)   100% ->
2117-2266  (425312-425461)   99% ->
2267-2375  (426698-426806)   100% ->
2376-2496  (427866-427986)   99% ->
2497-2661  (450113-450277)   100% ->
2662-2751  (450925-451014)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAC TTTAAAGAAGTTGTTGAAATCCTGGTTACAAATGATAATTCAC
        || | |-||| -|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
  99990 ATTGTCATTTC AGAAGTTGTTGAAAACCTGGTTACAAATGATAATTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 CTAACATACCAGAGGCAATTGATAGACTCTTCAGCGACATAGCAAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100039 CTAACATACCAGAGGCAATTGATAGACTCTTCAGCGACATAGCAAATATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 AACAGGGAGTCTATGGCTGAAATAACAGACATTCAG         ATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100089 AACAGGGAGTCTATGGCTGAAATAACAGACATTCAGGTT...CAGATTGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 AGAAATGGCAGTAAACCTATGGAACTGGGCACTTACCATAGGAGGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106810 AGAAATGGCAGTAAACCTATGGAACTGGGCACTTACCATAGGAGGAGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 GGCTTGTAAATGAAGAGCAGAAAATTAGAT         TACATTATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106860 GGCTTGTAAATGAAGAGCAGAAAATTAGATGTA...CAGTACATTATGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 GCTTGCAAGTTGCTGAGTATGTGTGAAGCCTCATTTGCCTCAGAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119187 GCTTGCAAGTTGCTGAGTATGTGTGAAGCCTCATTTGCCTCAGAACAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 TATTCAACGACTGATTATG         ATGAATATGAGAATAGGAAAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119237 TATTCAACGACTGATTATGGTA...TAGATGAATATGAGAATAGGAAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 AATGGTTGGATGCTGGAAATTTTCTAATCGCTGATGAATGTTTTCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126806 AATGGTTGGATGCTGGAAATTTTCTAATCGCTGATGAATGTTTTCAAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 GCTGTGGCC         AGTCTGGAGCAATTATACGTCAAATTAATTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 126856 GCTGTGGCCGTA...CAGAGTCTGGAGCAATTATACGTCAAATTAATTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 AAGGAGCTCCCCTGAGGCTGACTTGACCATGGAGAAGATTACTGTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126991 AAGGAGCTCCCCTGAGGCTGACTTGACCATGGAGAAGATTACTGTTGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 GTGACCACTTCAGAGTGCTTTCTTACCAAGCAGAGTCA         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 127041 GTGACCACTTCAGAGTGCTTTCTTACCAAGCAGAGTCAGTA...CAGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 GTTGCTCAAGGGGATTTTCAAAGAGCATCTATGTGTGTACTGCAATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146522 GTTGCTCAAGGGGATTTTCAAAGAGCATCTATGTGTGTACTGCAATGTAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 AGATATGTTGATGAGGCTCCCCCAGATG         ACTTCAAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 146572 AGATATGTTGATGAGGCTCCCCCAGATGGTG...CAGACTTCAAGTCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596 ATCATCTCTGTTACAACTTTGGAGTAGAAACCCAGAAGAATAATAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173335 ATCATCTCTGTTACAACTTTGGAGTAGAAACCCAGAAGAATAATAAATAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 GAAGAAAGTTCTTTCTGGCTTAG         CCAAAGCTATGATATTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 173385 GAAGAAAGTTCTTTCTGGCTTAGGTA...TAGCCAAAGCTATGATATTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687 GAAGATGGATAAGAAATCTACTGGGCCAGAAATGCTG         GCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 235911 GAAGATGGATAAGAAATCTACTGGGCCAGAAATGCTGGTA...CAGGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728 AAGTTCTACGGCTATTAGCCACGAATTATTTGGATTGGGATGACACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239320 AAGTTCTACGGCTATTAGCCACGAATTATTTGGATTGGGATGACACCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 TATTATGATAAGGCTCTCAATGCTGTAAACCTAGCAAACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 239370 TATTATGATAAGGCTCTCAATGCTGTAAACCTAGCAAACAAGGTA...TA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820  GAACATTTAAGTTCTCCTGGGCTTTTCTTAAAAATGAAAATCCTCTTGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254768 GGAACATTTAAGTTCTCCTGGGCTTTTCTTAAAAATGAAAATCCTCTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    869 AAGGCGAAACATCTAATGAAGAACTCCTTGAAG         CTGTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 254818 AAGGCGAAACATCTAATGAAGAACTCCTTGAAGGTA...TAGCTGTCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    910 GAAATACTACATCTTGACATGCCCTTAGACTTCTGTCTGAACATTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257424 GAAATACTACATCTTGACATGCCCTTAGACTTCTGTCTGAACATTGCTAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    960 ACTGCTGATGGATCATGAAAG         AGAATCTGTTGGGTTTCATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 257474 ACTGCTGATGGATCATGAAAGGTA...CAGAGAATCTGTTGGGTTTCATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCCTGACGATTATTCATGAACGTTTTAAGTCATCGGAAAATATTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297307 TCCTGACGATTATTCATGAACGTTTTAAGTCATCGGAAAATATTGGAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GTTCTGATACTCCATACTGACATGCTTTTACAAAGGAAGGAAGAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297357 GTTCTGATACTCCATACTGACATGCTTTTACAAAGGAAGGAAGAACTTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGCCAAGGAGAAGATTGAAGAAATCTTTTTAG         CTCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 297407 TGCCAAGGAGAAGATTGAAGAAATCTTTTTAGGTC...CAGCTCACCAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CAGGAAGACAACTGACAGCAGAATCAATGAACTGGTTACACAACATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301232 CAGGAAGACAACTGACAGCAGAATCAATGAACTGGTTACACAACATTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TGGAGACAAGCTGCCAGTAGTTTTGAG         GTACAAAATTACAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 301282 TGGAGACAAGCTGCCAGTAGTTTTGAGGTT...TAGGTACAAAATTACAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TGATGCCCTACAATGGTACTATTATTCTCTGAGGTTTTATTCAACTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 309612 TGATGCCCTACAATGGTACTATTATTCTCTGAGGTTTTATTCAACTGATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AAATGGATCTGGACTTCACCAAGCTGCAGAGGAACATGGCTTGCTGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 309662 AAATGGATCTGGACTTCACCAAGCTGCAGAGGAACATGGCTTGCTGTTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CTGAATTTGCAACAACTTGATAAG         GCCAAAGAGGCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 309712 CTGAATTTGCAACAACTTGATAAGGTC...CAGGCCAAAGAGGCAGTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AGAAGCTGAACGACATGACCCTAGGAACGTTTTCACTCAATTTTATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328577 AGAAGCTGAACGACATGACCCTAGGAACGTTTTCACTCAATTTTATATAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TCAAGATTGCAGTCATAGAGGGCAACTCTGAAAGAG         CTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 328627 TCAAGATTGCAGTCATAGAGGGCAACTCTGAAAGAGGTA...CAGCTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CAGGCAATAATTACTTTAGAGAATATATTAACAGATGAAGAGTCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350382 CAGGCAATAATTACTTTAGAGAATATATTAACAGATGAAGAGTCAGAAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TAATGATCTAGTTGCAGAGAGAGGTTCACCTACCATGCTTCTAAGTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350432 TAATGATCTAGTTGCAGAGAGAGGTTCACCTACCATGCTTCTAAGTTTAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CTGCCCAGTTTGCTCTAGAG         AATGGACAACAAATTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 350482 CTGCCCAGTTTGCTCTAGAGGTA...TAGAATGGACAACAAATTGTGGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GAAAAAGCTTTGGAATATTTAGCTCAACATTCAGAAGACCAGGAACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 355209 GAAAAAGCTTTGGAATATTTAGCTCAACATTCAGAAGACCAGGAACAAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TCTTACAGCTGTAAA         GTGTTTGCTTCGTTTTCTTCTTCCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 355259 TCTTACAGCTGTAAAGTA...CAGGTGTTTGCTTCGTTTTCTTCTTCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 AAATTGCTGAAATGCCGGAATCTGAAGATAA         GAAGAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 356132 AAATTGCTGAAATGCCGGAATCTGAAGATAAGTG...TAGGAAGAAAGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 ATGGATCGACTTTTGACTTGCCTGAATAGAG         CCTTTGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 369579 ATGGATCGACTTTTGACTTGCCTGAATAGAGGTA...CAGCCTTTGTGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 ACTTTCTCAGCCTTTTGGTGAAGAAGCCTTAAGTTTGGAGTCAAGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370945 ACTTTCTCAGCCTTTTGGTGAAGAAGCCTTAAGTTTGGAGTCAAGAGCTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 ATGAAGCTCAGTGGTTTCGAAAAACAG         CTTGGAACTTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 370995 ATGAAGCTCAGTGGTTTCGAAAAACAGGTA...CAGCTTGGAACTTGGCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GTGCAATGTGACAAAGATCCAGTGATGATGAGAGAGTTTTTTATACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373097 GTGCAATGTGACAAAGATCCAGTGATGATGAGAGAGTTTTTTATACTTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TTATAAG         ATGTCCCAGTTTTGTCCTTCTGATCAAGTAATTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373147 TTATAAGGTA...CAGATGTCCCAGTTTTGTCCTTCTGATCAAGTAATTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 TGATTGCACGGAAAACATGTTTACTTATGGCAGTTGCAGTTGATCTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 374629 TGATTGCACGGAAAACATGTTTACTTATGGCAGTTGCAGTTGATCTAGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CAAGGGAGAAAAGCTTCAACAGCTTTTGAACAG         ACCATGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 374679 CAAGGGAGAAAAGCTTCAACAGCTTTTGAACAGGTA...CAGACCATGTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 CCTGAGTCGTGCACTTGAGGAGATCCAGACATGCAATGACATCCATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 388297 CCTGAGTCGTGCACTTGAGGAGATCCAGACATGCAATGACATCCATAATT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TCCTGAAACAAACAG         GGACCTTCTCAAATGATTCATGTGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 388347 TCCTGAAACAAACAGGTA...TAGGGACCTTCTCAAATGATTCATGTGAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 AAATTGCTTCTGCTGTACGAGTTTGAAGTTAGAGCCAAATTGAATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 425338 AAATTGCTTCTGCTGTACGAGTTTGAAGTTAGAGCCAAATTGAATGATCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 ATTACTGGAAAGCTTCCTGGAATCAGTGTGGGAGTTGCCTCATTTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 425388 ATTACTGGAAAGCTTCCTGGAATCAGTGTGGGAGTTGCCTCATTTAGAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 CTAAAACATTTGAAACAATTGCAA         TAATAGCAATGGAAAAG
        ||||||| ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 425438 CTAAAACTTTTGAAACAATTGCAAGTA...TAGTAATAGCAATGGAAAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CCTGCACACTATCCTTTGATTGCTCTCAAGGCCTTGAAAAAGGCTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426715 CCTGCACACTATCCTTTGATTGCTCTCAAGGCCTTGAAAAAGGCTTTATT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 GCTCTACAAAAAGGAAGAACCAATTGATATATCACAATACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 426765 GCTCTACAAAAAGGAAGAACCAATTGATATATCACAATACAGGTT...CA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2376  CAAATGTATGCACAACTTGGTTAACCTCTCAGTGCCAGATGGGGCGTCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 427865 GCAAATGTATGCACAACTTGGTTAACCTCTCAGTGCCAGATGGGGCGTCG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 AATGTAGAGCTCTGTCCCCTGGAAGAAGTTTGGGGCTATTTTGAAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 427915 AATGTAGAGCTCTGTCCCCTGGAAGAAGTTTGGGGCTATTTTGAAGATGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 TCTGAGCCACATTAGCCGCACT         AAAGACTACCCAGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 427965 TCTGAGCCACATTAGCCGCACTGTA...TAGAAAGACTACCCAGAAATGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 AGATTCTCTGGCTGATGGTCAAGTCCTGGAATACCGGAGTACTTATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450132 AGATTCTCTGGCTGATGGTCAAGTCCTGGAATACCGGAGTACTTATGTTT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 AGCAGGAGCAAGTATGCATCTGCTGAAAAGTGGTGTGGCCTGGCCTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450182 AGCAGGAGCAAGTATGCATCTGCTGAAAAGTGGTGTGGCCTGGCCTTGCG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 TTTCCTTAACCACCTTACCTCCTTCAAGGAAAGCTATGAAACTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 450232 TTTCCTTAACCACCTTACCTCCTTCAAGGAAAGCTATGAAACTCAGGTA.

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662      ATGAATATGCTGTATAGTCAGCTTGTGGAAGCATTGAGTAACAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450282 ..CAGATGAATATGCTGTATAGTCAGCTTGTGGAAGCATTGAGTAACAAC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2707 AAGGGCCCAGTTTTTCATGAACATGGCTACTGGAGCAAGTCAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450970 AAGGGCCCAGTTTTTCATGAACATGGCTACTGGAGCAAGTCAGAT