Result of FASTA (ccds) for pF1KB4894
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4894, 407 aa
  1>>>pF1KB4894 407 - 407 aa - 407 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2516+/-0.000726; mu= 12.7456+/- 0.044
 mean_var=84.3207+/-16.807, 0's: 0 Z-trim(110.8): 11  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.139671
 statistics sampled from 11876 (11883) to 11876 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.725), E-opt: 0.2 (0.365), width:  16
 Scan time:  3.350

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS12370.1 ARRDC2 gene_id:27106|Hs108|chr19       ( 407) 2741 561.8 4.1e-160
CCDS32956.1 ARRDC2 gene_id:27106|Hs108|chr19       ( 402) 2330 479.0 3.4e-135
CCDS34202.1 ARRDC3 gene_id:57561|Hs108|chr5        ( 414) 1449 301.5 9.7e-82
CCDS10377.1 ARRDC4 gene_id:91947|Hs108|chr15       ( 418) 1200 251.3 1.2e-66
CCDS72876.1 TXNIP gene_id:10628|Hs108|chr1         ( 391)  891 189.0 6.5e-48
CCDS81368.1 TXNIP gene_id:10628|Hs108|chr1         ( 336)  776 165.8 5.4e-41
CCDS7049.1 ARRDC1 gene_id:92714|Hs108|chr9         ( 433)  346 79.2 8.2e-15


>>CCDS12370.1 ARRDC2 gene_id:27106|Hs108|chr19            (407 aa)
 initn: 2741 init1: 2741 opt: 2741  Z-score: 2988.1  bits: 561.8 E(32554): 4.1e-160
Smith-Waterman score: 2741; 100.0% identity (100.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-407)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MLFDKVKAFSVQLDGATAGVEPVFSGGQAVAGRVLLELSSAARVGALRLRARGRAHVHWT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MLFDKVKAFSVQLDGATAGVEPVFSGGQAVAGRVLLELSSAARVGALRLRARGRAHVHWT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 ESRSAGSSTAYTQSYSERVEVVSHRATLLAPDTGETTTLPPGRHEFLFSFQLPPTLVTSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ESRSAGSSTAYTQSYSERVEVVSHRATLLAPDTGETTTLPPGRHEFLFSFQLPPTLVTSF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 EGKHGSVRYCIKATLHRPWVPARRARKVFTVIEPVDINTPALLAPQAGAREKVARSWYCN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EGKHGSVRYCIKATLHRPWVPARRARKVFTVIEPVDINTPALLAPQAGAREKVARSWYCN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 RGLVSLSAKIDRKGYTPGEVIPVFAEIDNGSTRPVLPRAAVVQTQTFMARGARKQKRAVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RGLVSLSAKIDRKGYTPGEVIPVFAEIDNGSTRPVLPRAAVVQTQTFMARGARKQKRAVV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ASLAGEPVGPGQRALWQGRALRIPPVGPSILHCRVLHVDYALKVCVDIPGTSKLLLELPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ASLAGEPVGPGQRALWQGRALRIPPVGPSILHCRVLHVDYALKVCVDIPGTSKLLLELPL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 VIGTIPLHPFGSRSSSVGSHASFLLDWRLGALPERPEAPPEYSEVVADTEEAALGQSPFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VIGTIPLHPFGSRSSSVGSHASFLLDWRLGALPERPEAPPEYSEVVADTEEAALGQSPFP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       
pF1KB4 LPQDPDMSLEGPFFAYIQEFRYRPPPLYSEEDPNPLLGDMRPRCMTC
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LPQDPDMSLEGPFFAYIQEFRYRPPPLYSEEDPNPLLGDMRPRCMTC
              370       380       390       400       

>>CCDS32956.1 ARRDC2 gene_id:27106|Hs108|chr19            (402 aa)
 initn: 2315 init1: 2184 opt: 2330  Z-score: 2540.6  bits: 479.0 E(32554): 3.4e-135
Smith-Waterman score: 2330; 86.6% identity (93.3% similar) in 402 aa overlap (6-407:6-402)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MLFDKVKAFSVQLDGATAGVEPVFSGGQAVAGRVLLELSSAARVGALRLRARGRAHVHWT
            :..:...:  . .:.   . ::. . :::::: ..  :: ::...::: : .:: 
CCDS32 MRSGGVRSFALELARGPGGA---YRGGERLCGRVLLEAAAPLRVRALEVKARGGAATHWL
               10        20           30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 ESRSAGSSTAYTQSYSERVEVVSHRATLLAPDTGETTTLPPGRHEFLFSFQLPPTLVTSF
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CCDS32 EGRSVGVN-AVSSDYAA-AETYLRRRQLLLRDTGETTTLPPGRHEFLFSFQLPPTLVTSF
        60         70         80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 EGKHGSVRYCIKATLHRPWVPARRARKVFTVIEPVDINTPALLAPQAGAREKVARSWYCN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EGKHGSVRYCIKATLHRPWVPARRARKVFTVIEPVDINTPALLAPQAGAREKVARSWYCN
         120       130       140       150       160       170     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 RGLVSLSAKIDRKGYTPGEVIPVFAEIDNGSTRPVLPRAAVVQTQTFMARGARKQKRAVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RGLVSLSAKIDRKGYTPGEVIPVFAEIDNGSTRPVLPRAAVVQTQTFMARGARKQKRAVV
         180       190       200       210       220       230     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ASLAGEPVGPGQRALWQGRALRIPPVGPSILHCRVLHVDYALKVCVDIPGTSKLLLELPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ASLAGEPVGPGQRALWQGRALRIPPVGPSILHCRVLHVDYALKVCVDIPGTSKLLLELPL
         240       250       260       270       280       290     

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 VIGTIPLHPFGSRSSSVGSHASFLLDWRLGALPERPEAPPEYSEVVADTEEAALGQSPFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VIGTIPLHPFGSRSSSVGSHASFLLDWRLGALPERPEAPPEYSEVVADTEEAALGQSPFP
         300       310       320       330       340       350     

              370       380       390       400       
pF1KB4 LPQDPDMSLEGPFFAYIQEFRYRPPPLYSEEDPNPLLGDMRPRCMTC
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LPQDPDMSLEGPFFAYIQEFRYRPPPLYSEEDPNPLLGDMRPRCMTC
         360       370       380       390       400  

>>CCDS34202.1 ARRDC3 gene_id:57561|Hs108|chr5             (414 aa)
 initn: 1434 init1: 951 opt: 1449  Z-score: 1580.9  bits: 301.5 E(32554): 9.7e-82
Smith-Waterman score: 1449; 53.6% identity (78.9% similar) in 412 aa overlap (1-404:1-411)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MLFDKVKAFSVQLDGATAGVEPVFSGGQAVAGRVLLELSSAARVGALRLRARGRAHVHWT
       :.. :::......:  . .  ::.:.:..:.::: ::...  :: .:...:::.:.:.::
CCDS34 MVLGKVKSLTISFDCLNDSNVPVYSSGDTVSGRVNLEVTGEIRVKSLKIHARGHAKVRWT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90             100       110    
pF1KB4 ESRSAGSSTAYTQSYSERVEVVSHRATLLA----PDTGETT--TLPPGRHEFLFSFQLPP
       :::.:::.:::::.:.:.::  .:.  :..     :..:    :.  ::::. :::.:: 
CCDS34 ESRNAGSNTAYTQNYTEEVEYFNHKDILIGHERDDDNSEEGFHTIHSGRHEYAFSFELPQ
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB4 T-LVTSFEGKHGSVRYCIKATLHRPWVPARRARKVFTVIEPVDINTPALLAPQAGAREKV
       : :.:::::.:::::: .:: :::::.   . .: :::.: .:::::.::.::::..::.
CCDS34 TPLATSFEGRHGSVRYWVKAELHRPWLLPVKLKKEFTVFEHIDINTPSLLSPQAGTKEKT
              130       140       150       160       170       180

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB4 ARSWYCNRGLVSLSAKIDRKGYTPGEVIPVFAEIDNGSTRPVLPRAAVVQTQTFMARGAR
          :.:. : .::::::.:::::::: : .::::.: :.: :.:.::. :::.:.:.:  
CCDS34 LCCWFCTSGPISLSAKIERKGYTPGESIQIFAEIENCSSRMVVPKAAIYQTQAFYAKGKM
              190       200       210       220       230       240

           240       250       260       270       280       290   
pF1KB4 KQKRAVVASLAGEPVGPGQRALWQGRALRIPPVGPSILHCRVLHVDYALKVCVDIPGTSK
       :. . .::.: :: .. :.   :.:. :.::::.:::: : ...:.:.: : :::::.  
CCDS34 KEVKQLVANLRGESLSSGKTETWNGKLLKIPPVSPSILDCSIIRVEYSLMVYVDIPGAMD
              250       260       270       280       290       300

           300       310       320       330       340       350   
pF1KB4 LLLELPLVIGTIPLHPFGSRSSSVGSHASFLLDWRLGALPERPEAPPEYSEVVADTEEAA
       :.:.::::::::::::::::.:::.:. :. ..:   .::::::::: :.:::.. :.  
CCDS34 LFLNLPLVIGTIPLHPFGSRTSSVSSQCSMNMNWLSLSLPERPEAPPSYAEVVTE-EQRR
              310       320       330       340       350          

           360       370       380       390        400       
pF1KB4 LGQSPFPLPQDPDMSLEGPFFAYIQEFRYRPPPLYSEEDPNP-LLGDMRPRCMTC
        . .:    .: . .:.::.::::::::. ::::::: ::::   .: :: :   
CCDS34 NNLAPVSACDDFERALQGPLFAYIQEFRFLPPPLYSEIDPNPDQSADDRPSCPSR
     360       370       380       390       400       410    

>>CCDS10377.1 ARRDC4 gene_id:91947|Hs108|chr15            (418 aa)
 initn: 1140 init1: 843 opt: 1200  Z-score: 1309.7  bits: 251.3 E(32554): 1.2e-66
Smith-Waterman score: 1200; 48.1% identity (73.4% similar) in 395 aa overlap (5-395:16-405)

                          10        20        30        40         
pF1KB4            MLFDKVKAFSVQLDGATAGVEPVFSGGQAVAGRVLLELSSAARVGALRL
                      .::.... ..    :    .:.:..:::.:::: :  . . ::::
CCDS10 MGGEAGCAAAVGAEGRVKSLGLVFEDERKG---CYSSGETVAGHVLLEASEPVALRALRL
               10        20        30           40        50       

      50        60          70        80        90        100      
pF1KB4 RARGRAHVHWTESRS--AGSSTAYTQSYSERVEVVSHRATLLAPDTGE-TTTLPPGRHEF
       .:.::: . :  :    :..:::    .:: :: .. : .:  : .::    : ::.:::
CCDS10 EAQGRATAAWGPSTCPRASASTAALAVFSE-VEYLNVRLSLREPPAGEGIILLQPGKHEF
        60        70        80         90       100       110      

        110        120       130       140       150       160     
pF1KB4 LFSFQLPPT-LVTSFEGKHGSVRYCIKATLHRPWVPARRARKVFTVIEPVDINTPALLAP
        : ::::   ::::: ::.::..::..:.:.:: :: . ... . :.  ::.::::::.:
CCDS10 PFRFQLPSEPLVTSFTGKYGSIQYCVRAVLERPKVPDQSVKRELQVVSHVDVNTPALLTP
        120       130       140       150       160       170      

         170       180       190       200       210       220     
pF1KB4 QAGAREKVARSWYCNRGLVSLSAKIDRKGYTPGEVIPVFAEIDNGSTRPVLPRAAVVQTQ
          ..::..  :. . : :::::::.::::  ::.::..:::.: :.: ..:.::. :::
CCDS10 VLKTQEKMVGCWFFTSGPVSLSAKIERKGYCNGEAIPIYAEIENCSSRLIVPKAAIFQTQ
        180       190       200       210       220       230      

         230       240       250       260       270       280     
pF1KB4 TFMARGARKQKRAVVASLAGEPVGPGQRALWQGRALRIPPVGPSILHCRVLHVDYALKVC
       :..: :  :  : .::.. :. .. :.   :.:..:.:::: :::: : ...:::.: : 
CCDS10 TYLASGKTKTIRHMVANVRGNHIASGSTDTWNGKTLKIPPVTPSILDCCIIRVDYSLAVY
        240       250       260       270       280       290      

         290       300       310       320       330       340     
pF1KB4 VDIPGTSKLLLELPLVIGTIPLHPFGSRSSSVGSHASFLLDWRLGALPERPEAPPEYSEV
       . :::..::.::::::::::: . ::::.::..:. :. ..:   .:::.:::::.:..:
CCDS10 IHIPGAKKLMLELPLVIGTIPYNGFGSRNSSIASQFSMDMSWLTLTLPEQPEAPPNYADV
        300       310       320       330       340       350      

         350       360       370       380       390       400     
pF1KB4 VADTEEAALGQSPFPLPQDPDMSLEGPFFAYIQEFRYRPPPLYSEEDPNPLLGDMRPRCM
       :.. :: .    :.: : . .  .  : :: :::::..::::::: ::.:          
CCDS10 VSE-EEFSRHIPPYPQPPNCEGEVCCPVFACIQEFRFQPPPLYSEVDPHPSDVEESQPVS
         360       370       380       390       400       410     

          
pF1KB4 TC 
          
CCDS10 FIL
          

>>CCDS72876.1 TXNIP gene_id:10628|Hs108|chr1              (391 aa)
 initn: 808 init1: 529 opt: 891  Z-score: 973.7  bits: 189.0 E(32554): 6.5e-48
Smith-Waterman score: 891; 38.6% identity (66.2% similar) in 399 aa overlap (1-393:2-383)

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pF1KB4  MLFDKVKAFSVQLDGATAGVEPVFSGGQAVAGRVLLELSSAARVGALRLRARGRAHVHW
        ..: :.:.: : ..      : :...:. :::::..:.  ..:: :.:. : : :.: :
CCDS72 MVMFKKIKSFEVVFNDP----EKVYGSGEKVAGRVIVEVCEVTRVKAVRILACGVAKVLW
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pF1KB4 TESRSAGSSTAYTQSYSERVEVVSHRATLLAPD--TGETTTL---PPGRHEFLFSFQLPP
        .    ::     :. ..  : . .. :::  :  :::.  .   : ...:. :.:.:: 
CCDS72 MQ----GS-----QQCKQTSEYLRYEDTLLLEDQPTGENEMVIMRPGNKYEYKFGFELPQ
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pF1KB4 -TLVTSFEGKHGSVRYCIKATLHRPWVPARRARKVFTVIEPVDINTPALLAPQAGAREKV
         : :::.::.: : : .:: : ::  :.....: : :.. ::.::: :.:: .. .:: 
CCDS72 GPLGTSFKGKYGCVDYWVKAFLDRPSQPTQETKKNFEVVDLVDVNTPDLMAPVSAKKEKK
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       .   .   : ::.::.:::::.  :. : . :...:  .: :.:.::.:  .:..: :  
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pF1KB4 KQKRAVVASLAGEPVGPGQRALWQGRALRIPPVGPSILHCRVLHVDYALKVCVDIPGTSK
       :     ..:. :. .  :  : :.:..::.  . :::: : .:.:.:.: . :..::..:
CCDS72 KVLTQKLSSVRGNHIISGTCASWRGKSLRVQKIRPSILGCNILRVEYSLLIYVSVPGSKK
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pF1KB4 LLLELPLVIGTIPLHPFGSRSSSVGSHASFLLDWRLGALPERPEAPPEYSEVVADTEEAA
       ..:.::::::.     ..::.::..:..:  ..:    .:. ::::: : .:.   :.  
CCDS72 VILDLPLVIGS--RSGLSSRTSSMASRTSSEMSWVDLNIPDTPEAPPCYMDVIP--EDHR
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       : .   :: .: : : ..:.: :  ::.. ::: :.: ::              
CCDS72 LESPTTPLLDDMDGSQDSPIFMYAPEFKFMPPPTYTEVDPCILNNNVQ      
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>>CCDS81368.1 TXNIP gene_id:10628|Hs108|chr1              (336 aa)
 initn: 733 init1: 529 opt: 776  Z-score: 849.4  bits: 165.8 E(32554): 5.4e-41
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                                     .: :.:  ..:  :.:.:      .::.  
CCDS81                           MPPKHSLSHRC-ILSVTASLMATRFSFPSGENEM
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       . . :: ..:. :.:.::   : :::.::.: : : .:: : ::  :.....: : :.. 
CCDS81 VIMRPGNKYEYKFGFELPQGPLGTSFKGKYGCVDYWVKAFLDRPSQPTQETKKNFEVVDL
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       ::.::: :.:: .. .:: .   .   : ::.::.:::::.  :. : . :...:  .: 
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       :.:.::.:  .:..: :  :     ..:. :. .  :  : :.:..::.  . :::: : 
CCDS81 VVPKAAIVARHTYLANGQTKVLTQKLSSVRGNHIISGTCASWRGKSLRVQKIRPSILGCN
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       .:.:.:.: . :..::..:..:.::::::.     ..::.::..:..:  ..:    .:.
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        ::::: : .:.   :.  : .   :: .: : : ..:.: :  ::.. ::: :.: :: 
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CCDS81 ILNNNVQ      
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>>CCDS7049.1 ARRDC1 gene_id:92714|Hs108|chr9              (433 aa)
 initn: 161 init1: 136 opt: 346  Z-score: 379.4  bits: 79.2 E(32554): 8.2e-15
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CCDS70 ---NKANDTAWV------VEEGYFNSSLSLADKG---SLPAGEHSFPFQFLLPATAPTSF
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pF1KB4 EGKHGSVRYCIKATLHRP-WVPARRARKVFTVIEPVDINT-PALLAPQAGAREKVARSWY
       ::  :.. . ..:..: : .   ..   :: .. :...:. : .  :....  :      
CCDS70 EGPFGKIVHQVRAAIHTPRFSKDHKCSLVFYILSPLNLNSIPDIEQPNVASATKKFSYKL
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pF1KB4 CNRGLVSLSAKIDRKGYTPGEVIPVFAEIDNGSTRPVLPR-AAVVQTQTFMARGARKQKR
        . : : :.:. : .::. :... . :...: : . . :  :...:  .. :.   .. :
CCDS70 VKTGSVVLTASTDLRGYVVGQALQLHADVENQSGKDTSPVVASLLQKVSYKAKRWIHDVR
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pF1KB4 AVVASLAGEPVGPGQRALWQGRALRIPPVGPSILH-CRVLHVDYALKVCVDIPGTSKLLL
       .. : . :  :   .:: :. . : .: .  : :  : ..:.:: :.: .  : ..   .
CCDS70 TI-AEVEGAGVKAWRRAQWHEQIL-VPALPQSALPGCSLIHIDYYLQVSLKAPEAT---V
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        :   :  :   .  . : . :..: ..     : :    .: .:    ..:  :..   
CCDS70 AGGPHFLDPVFLSTKSHSQRQPLLATLSSVPGAPEP--CPQDGSPASHPLHPPLCISTGA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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