Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4569
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4569, 548 aa
1>>>pF1KB4569 548 - 548 aa - 548 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3363+/-0.00112; mu= 18.2265+/- 0.066
mean_var=65.2300+/-13.420, 0's: 0 Z-trim(102.1): 66 B-trim: 0 in 0/47
Lambda= 0.158800
statistics sampled from 6725 (6791) to 6725 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 2.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS73520.1 SVOP gene_id:55530|Hs108|chr12 ( 548) 3649 845.4 0
CCDS47721.1 SVOPL gene_id:136306|Hs108|chr7 ( 492) 1236 292.5 7.5e-79
CCDS5848.1 SVOPL gene_id:136306|Hs108|chr7 ( 340) 806 194.0 2.5e-49
CCDS75261.1 SV2C gene_id:22987|Hs108|chr5 ( 676) 385 97.7 4.8e-20
CCDS43331.1 SV2C gene_id:22987|Hs108|chr5 ( 727) 385 97.7 5.1e-20
CCDS5276.1 SLC22A2 gene_id:6582|Hs108|chr6 ( 555) 366 93.3 8.4e-19
CCDS940.1 SV2A gene_id:9900|Hs108|chr1 ( 742) 359 91.7 3.2e-18
CCDS5275.1 SLC22A1 gene_id:6580|Hs108|chr6 ( 506) 355 90.7 4.4e-18
CCDS2676.1 SLC22A13 gene_id:9390|Hs108|chr3 ( 551) 341 87.5 4.4e-17
CCDS10370.1 SV2B gene_id:9899|Hs108|chr15 ( 683) 334 86.0 1.6e-16
CCDS53644.1 SLC22A8 gene_id:9376|Hs108|chr11 ( 451) 324 83.6 5.5e-16
CCDS8042.1 SLC22A8 gene_id:9376|Hs108|chr11 ( 542) 324 83.6 6.5e-16
CCDS53643.1 SLC22A8 gene_id:9376|Hs108|chr11 ( 419) 322 83.1 7.1e-16
CCDS4154.1 SLC22A5 gene_id:6584|Hs108|chr5 ( 557) 315 81.6 2.8e-15
CCDS2677.1 SLC22A14 gene_id:9389|Hs108|chr3 ( 594) 281 73.8 6.4e-13
CCDS76425.1 SLC22A11 gene_id:55867|Hs108|chr11 ( 442) 275 72.4 1.3e-12
CCDS8074.1 SLC22A11 gene_id:55867|Hs108|chr11 ( 550) 275 72.4 1.6e-12
CCDS5274.1 SLC22A1 gene_id:6580|Hs108|chr6 ( 554) 273 72.0 2.2e-12
CCDS44632.1 SLC22A6 gene_id:9356|Hs108|chr11 ( 506) 258 68.5 2.2e-11
CCDS44631.1 SLC22A6 gene_id:9356|Hs108|chr11 ( 519) 258 68.5 2.2e-11
CCDS4153.1 SLC22A4 gene_id:6583|Hs108|chr5 ( 551) 254 67.6 4.4e-11
>>CCDS73520.1 SVOP gene_id:55530|Hs108|chr12 (548 aa)
initn: 3649 init1: 3649 opt: 3649 Z-score: 4516.0 bits: 845.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3649; 100.0% identity (100.0% similar) in 548 aa overlap (1-548:1-548)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MEEDLFQLRQLPVVKFRRTGESARSEDDTASGEHEVQIEGVHVGLEAVELDDGAAVPKEF
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CCDS73 MEEDLFQLRQLPVVKFRRTGESARSEDDTASGEHEVQIEGVHVGLEAVELDDGAAVPKEF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ANPTDDTFMVEDAVEAIGFGKFQWKLSVLTGLAWMADAMEMMILSILAPQLHCEWRLPSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ANPTDDTFMVEDAVEAIGFGKFQWKLSVLTGLAWMADAMEMMILSILAPQLHCEWRLPSW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 QVALLTSVVFVGMMSSSTLWGNISDQYGRKTGLKISVLWTLYYGILSAFAPVYSWILVLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 QVALLTSVVFVGMMSSSTLWGNISDQYGRKTGLKISVLWTLYYGILSAFAPVYSWILVLR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 GLVGFGIGGVPQSVTLYAEFLPMKARAKCILLIEVFWAIGTVFEVVLAVFVMPSLGWRWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GLVGFGIGGVPQSVTLYAEFLPMKARAKCILLIEVFWAIGTVFEVVLAVFVMPSLGWRWL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LILSAVPLLLFAVLCFWLPESARYDVLSGNQEKAIATLKRIATENGAPMPLGKLIISRQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LILSAVPLLLFAVLCFWLPESARYDVLSGNQEKAIATLKRIATENGAPMPLGKLIISRQE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 DRGKMRDLFTPHFRWTTLLLWFIWFSNAFSYYGLVLLTTELFQAGDVCGISSRKKAVEAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DRGKMRDLFTPHFRWTTLLLWFIWFSNAFSYYGLVLLTTELFQAGDVCGISSRKKAVEAK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 CSLACEYLSEEDYMDLLWTTLSEFPGVLVTLWIIDRLGRKKTMALCFVIFSFCSLLLFIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 CSLACEYLSEEDYMDLLWTTLSEFPGVLVTLWIIDRLGRKKTMALCFVIFSFCSLLLFIC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 VGRNVLTLLLFIARAFISGGFQAAYVYTPEVYPTATRALGLGTCSGMARVGALITPFIAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VGRNVLTLLLFIARAFISGGFQAAYVYTPEVYPTATRALGLGTCSGMARVGALITPFIAQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VMLESSVYLTLAVYSGCCLLAALASCFLPIETKGRGLQESSHREWGQEMVGRGMHGAGVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VMLESSVYLTLAVYSGCCLLAALASCFLPIETKGRGLQESSHREWGQEMVGRGMHGAGVT
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 RSNSGSQE
::::::::
CCDS73 RSNSGSQE
>>CCDS47721.1 SVOPL gene_id:136306|Hs108|chr7 (492 aa)
initn: 1225 init1: 867 opt: 1236 Z-score: 1529.1 bits: 292.5 E(32554): 7.5e-79
Smith-Waterman score: 1236; 39.1% identity (72.2% similar) in 478 aa overlap (49-519:16-490)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 TGESARSEDDTASGEHEVQIEGVHVGLEAVELDDGAAVPKEFANPTDDTFMVEDAVEAIG
.:. :.: :. .: :: ::::::.::
CCDS47 MATKPTEPVTILSLRKLSLGTAEPQ-VKEP--KTFTVEDAVETIG
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 FGKFQWKLSVLTGLAWMADAMEMMILSILAPQLHCEWRLPSWQVALLTSVVFVGMMSSST
::.:. : .. : . ...:::.:......: ..:::.: .:::::.:..:: :.: :
CCDS47 FGRFHIALFLIMGSTGVVEAMEIMLIAVVSPVIRCEWQLENWQVALVTTMVFFGYMVFSI
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 LWGNISDQYGRKTGLKISVLWTLYYGILSAFAPVYSWILVLRGLVGFGIGGVPQSVTLYA
:.: ..:.::: : :: :: :...:..::: : :.. :: .:: :..: :.. . .
CCDS47 LFGLLADRYGRWKILLISFLWGAYFSLLTSFAPSYIWFVFLRTMVGCGVSGHSQGLIIKT
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 EFLPMKARAKCILLIEVFWAIGTVFEVVLAVFVMPSLGWRWLLILSAVPLLLFAVLCFWL
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CCDS47 EFLPTKYRGYMLPLSQVFWLAGSLLIIGLASVIIPTIGWRWLIRVASIPGIILIVAFKFI
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 PESARYDVLSGNQEKAIATLKRIATENGAPMPLGKLIISRQEDRGKMRDLFTPHFRWTTL
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CCDS47 PESARFNVSTGNTRAALATLERVAKMNRSVMPEGKLVEPVLEKRGRFADLLDAKYLRTTL
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 LLWFIWFSNAFSYYGLVLLTTELFQAGDVCGISSRKKAV-------EAKCSLACEYLSEE
.: ::.. .:.:::..: ..::.. ::: .: . .: :.. :....
CCDS47 QIWVIWLGISFAYYGVILASAELLERDLVCGSKSDSAVVVTGGDSGESQSPCYCHMFAPS
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 DYMDLLWTTLSEFPGVLVTLWIIDRLGRKKTMALCFVIFSFCSLLLFICVGRNVLTLLLF
:: .. .:..:. ... :. :::. .... . .. ::: ::.. : .::
CCDS47 DYRTMIISTIGEIALNPLNILGINFLGRRLSLSITMGCTALFFLLLNICTSSAGLIGFLF
350 360 370 380 390 400
440 450 460 470 480 490
pF1KB4 IARAFISGGFQAAYVYTPEVYPTATRALGLGTCSGMARVGALITPFIAQVMLESSVYLTL
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CCDS47 MLRALVAANFNTVYIYTAEVYPTTMRALGMGTSGSLCRIGAMVAPFISQVLMSASILGAL
410 420 430 440 450 460
500 510 520 530 540
pF1KB4 AVYSGCCLLAALASCFLPIETKGRGLQESSHREWGQEMVGRGMHGAGVTRSNSGSQE
..:. :.. :... ::::::::.::.
CCDS47 CLFSSVCVVCAISAFTLPIETKGRALQQIK
470 480 490
>>CCDS5848.1 SVOPL gene_id:136306|Hs108|chr7 (340 aa)
initn: 800 init1: 442 opt: 806 Z-score: 999.1 bits: 194.0 E(32554): 2.5e-49
Smith-Waterman score: 806; 37.2% identity (71.0% similar) in 328 aa overlap (199-519:11-338)
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 FAPVYSWILVLRGLVGFGIGGVPQSVTLYAEFLPMKARAKCILLIEVFWAIGTVFEVVLA
:::: : :. . : .::: :... . ::
CCDS58 MAAGRLIIKTEFLPTKYRGYMLPLSQVFWLAGSLLIIGLA
10 20 30 40
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 VFVMPSLGWRWLLILSAVPLLLFAVLCFWLPESARYDVLSGNQEKAIATLKRIATENGAP
..:..:::::. ....: ... : ..:::::..: .:: . :.:::.:.: : .
CCDS58 SVIIPTIGWRWLIRVASIPGIILIVAFKFIPESARFNVSTGNTRAALATLERVAKMNRSV
50 60 70 80 90 100
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 MPLGKLIISRQEDRGKMRDLFTPHFRWTTLLLWFIWFSNAFSYYGLVLLTTELFQAGDVC
:: :::. : ::.. ::. .. ::: .: ::.. .:.:::..: ..::.. ::
CCDS58 MPEGKLVEPVLEKRGRFADLLDAKYLRTTLQIWVIWLGISFAYYGVILASAELLERDLVC
110 120 130 140 150 160
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 GISSRKKAV-------EAKCSLACEYLSEEDYMDLLWTTLSEFPGVLVTLWIIDRLGRKK
: .: . .: :.. :.... :: .. .:..:. ... :. :::.
CCDS58 GSKSDSAVVVTGGDSGESQSPCYCHMFAPSDYRTMIISTIGEIALNPLNILGINFLGRRL
170 180 190 200 210 220
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 TMALCFVIFSFCSLLLFICVGRNVLTLLLFIARAFISGGFQAAYVYTPEVYPTATRALGL
.... . .. ::: ::.. : .::. ::.....:...:.:: :::::. ::::.
CCDS58 SLSITMGCTALFFLLLNICTSSAGLIGFLFMLRALVAANFNTVYIYTAEVYPTTMRALGM
230 240 250 260 270 280
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 GTCSGMARVGALITPFIAQVMLESSVYLTLAVYSGCCLLAALASCFLPIETKGRGLQESS
:: ... :.::...:::.::.. .:. .: ..:. :.. :... ::::::::.::.
CCDS58 GTSGSLCRIGAMVAPFISQVLMSASILGALCLFSSVCVVCAISAFTLPIETKGRALQQIK
290 300 310 320 330 340
530 540
pF1KB4 HREWGQEMVGRGMHGAGVTRSNSGSQE
>>CCDS75261.1 SV2C gene_id:22987|Hs108|chr5 (676 aa)
initn: 507 init1: 287 opt: 385 Z-score: 473.3 bits: 97.7 E(32554): 4.8e-20
Smith-Waterman score: 422; 27.9% identity (55.8% similar) in 312 aa overlap (71-334:139-450)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 VHVGLEAVELDDGAAVPKEFANPTDDTFMVEDAVEAIGFGKFQWKLSVLTGLAWMADAME
: .. : :.::: : . :.: :::..:
CCDS75 VGQPKGDEYKDRRELESERRADEEELAQQYELIIQECGHGRFQWALFFVLGMALMADGVE
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 MMILSILAPQLHCEWRLPSWQVALLTSVVFVGMMSSSTLWGNISDQYGRKTGLKISVLWT
....... :. . . .:. . : :.:..::: .. .::...:. ::: .: : . .
CCDS75 VFVVGFVLPSAETDLCIPNSGSGWLGSIVYLGMMVGAFFWGGLADKVGRKQSLLICMSVN
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210
pF1KB4 LYYGILSAFAPVYSWILVLRGLVGFGIGG-VPQSVTLYAEFLPMKARAKCILLIEVFWAI
....::.:. :...: : : :::::: .: . .:: : . :.. . . .:: :
CCDS75 GFFAFLSSFVQGYGFFLFCRLLSGFGIGGAIPTVFSYFAEVLAREKRGEHLSWLCMFWMI
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260
pF1KB4 GTVFEVVLAVFVMPSLGWR-----------W--LLILSAVPLLLFAVLCFWLPESARYDV
: .. ..: ..: :: : ..:. :.: . .: ..::: :. .
CCDS75 GGIYASAMAWAIIPHYGWSFSMGSAYQFHSWRVFVIVCALPCVSSVVALTFMPESPRFLL
290 300 310 320 330 340
270 280 290 300
pF1KB4 LSGNQEKAIATLKRIATEN----GAP---MPLGKLIISRQED------------------
:....: :: : : : : . ..:. .: :
CCDS75 EVGKHDEAWMILKLIHDTNMRARGQPEKVFTVNKIKTPKQIDELIEIESDTGTWYRRCFV
350 360 370 380 390 400
310 320 330 340 350
pF1KB4 --RGKMRDL-------FTPHFRWTTLLLWFIWFSNAFSYYGLVLLTTELFQAGDVCGISS
: .. . :. : .:. : ..::. .:.::::
CCDS75 RIRTELYGIWLTFMRCFNYPVRDNTIKLTIVWFTLSFGYYGLSVWFPDVIKPLQSDEYAL
410 420 430 440 450 460
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 RKKAVEAKCSLACEYLSEEDYMDLLWTTLSEFPGVLVTLWIIDRLGRKKTMALCFVIFSF
CCDS75 LTRNVERDKYANFTINFTMENQIHTGMEYDNGRFIGVKFKSVTFKDSVFKSCTFEDVTSV
470 480 490 500 510 520
>>CCDS43331.1 SV2C gene_id:22987|Hs108|chr5 (727 aa)
initn: 545 init1: 287 opt: 385 Z-score: 472.8 bits: 97.7 E(32554): 5.1e-20
Smith-Waterman score: 422; 27.9% identity (55.8% similar) in 312 aa overlap (71-334:139-450)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 VHVGLEAVELDDGAAVPKEFANPTDDTFMVEDAVEAIGFGKFQWKLSVLTGLAWMADAME
: .. : :.::: : . :.: :::..:
CCDS43 VGQPKGDEYKDRRELESERRADEEELAQQYELIIQECGHGRFQWALFFVLGMALMADGVE
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 MMILSILAPQLHCEWRLPSWQVALLTSVVFVGMMSSSTLWGNISDQYGRKTGLKISVLWT
....... :. . . .:. . : :.:..::: .. .::...:. ::: .: : . .
CCDS43 VFVVGFVLPSAETDLCIPNSGSGWLGSIVYLGMMVGAFFWGGLADKVGRKQSLLICMSVN
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210
pF1KB4 LYYGILSAFAPVYSWILVLRGLVGFGIGG-VPQSVTLYAEFLPMKARAKCILLIEVFWAI
....::.:. :...: : : :::::: .: . .:: : . :.. . . .:: :
CCDS43 GFFAFLSSFVQGYGFFLFCRLLSGFGIGGAIPTVFSYFAEVLAREKRGEHLSWLCMFWMI
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260
pF1KB4 GTVFEVVLAVFVMPSLGWR-----------W--LLILSAVPLLLFAVLCFWLPESARYDV
: .. ..: ..: :: : ..:. :.: . .: ..::: :. .
CCDS43 GGIYASAMAWAIIPHYGWSFSMGSAYQFHSWRVFVIVCALPCVSSVVALTFMPESPRFLL
290 300 310 320 330 340
270 280 290 300
pF1KB4 LSGNQEKAIATLKRIATEN----GAP---MPLGKLIISRQED------------------
:....: :: : : : : . ..:. .: :
CCDS43 EVGKHDEAWMILKLIHDTNMRARGQPEKVFTVNKIKTPKQIDELIEIESDTGTWYRRCFV
350 360 370 380 390 400
310 320 330 340 350
pF1KB4 --RGKMRDL-------FTPHFRWTTLLLWFIWFSNAFSYYGLVLLTTELFQAGDVCGISS
: .. . :. : .:. : ..::. .:.::::
CCDS43 RIRTELYGIWLTFMRCFNYPVRDNTIKLTIVWFTLSFGYYGLSVWFPDVIKPLQSDEYAL
410 420 430 440 450 460
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 RKKAVEAKCSLACEYLSEEDYMDLLWTTLSEFPGVLVTLWIIDRLGRKKTMALCFVIFSF
CCDS43 LTRNVERDKYANFTINFTMENQIHTGMEYDNGRFIGVKFKSVTFKDSVFKSCTFEDVTSV
470 480 490 500 510 520
>>CCDS5276.1 SLC22A2 gene_id:6582|Hs108|chr6 (555 aa)
initn: 471 init1: 136 opt: 366 Z-score: 451.1 bits: 93.3 E(32554): 8.4e-19
Smith-Waterman score: 541; 28.9% identity (59.2% similar) in 412 aa overlap (119-520:146-525)
90 100 110 120 130 140
pF1KB4 LTGLAWMADAMEMMILSILAPQLHCEWRLPSWQVALLTSVVFVGMMSSSTLWGNISDQYG
::.. :. : : ::.. .: : :.:..:
CCDS52 RLPLGPCRDGWVYETPGSSIVTEFNLVCANSWMLDLFQSSVNVGFFIGSMSIGYIADRFG
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB4 RKTGLKISVLWTLYYGILSAFAPVYSWILVLRGLVGF-GIGGVPQSVTLYAEFLPMKARA
:: : .:: . :.: :..:.:.:.:..: . :. . .: . : .::. . :
CCDS52 RKLCLLTTVLINAAAGVLMAISPTYTWMLIFRLIQGLVSKAGWLIGYILITEFVGRRYRR
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB4 KCILLIEVFWAIGTVFEVVLAVFVMPSLGWRWLLILSAVPLLLFAVLCFW-LPESARYDV
.. .: ...: . . .: ...: :::: . ..: ..: .: .: .::: :. .
CCDS52 TVGIFYQVAYTVGLLVLAGVA-YALPH--WRWLQFTVSLPNFFF-LLYYWCIPESPRWLI
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
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.... .:. .:.:: .:: .: . . .:. :: . :: ::..: :..:
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300 310 320 330 340 350
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. ::... : ::.. .. ::: . :.:.....
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: :::.... . :::.::. : .: . : .:: . : ... ..: :.
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... . . . :.::: : ::. ::.: .:..::::.. . . . : : :..
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:.:. .:: ::::..: :.
CCDS52 LVAGGLVLLLP-ETKGKALPETIEEAENMQRPRKNKEKMIYLQVQKLDIPLN
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. :. . . . ::: : :.::: : . ::: :::..:....... :. .
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. .: : : : :::: .: . ..::: .. :.. . . .:: :: :. ...: ..
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: :: : .... : : . ::. . ::: :. . .:....: .:
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:.. : : : . . .. .::: : .: :
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: :..: ::.. .::. .::::::.. .... .. .:: :
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CCDS94 VTFNFTLENQIHRGGQYFNDKFIGLRLKSVSFEDSLFEECYFEDVTSSNTFFRNCTFINT
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. . .:: . .:: .:: : ..: .:: .. ::: ::..: :..:
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CCDS52 IAIQMICLVNAELYPTFVSGVG-PACRGSDATSSRDQGGRFARDHEGRREPWEKSKAQRK
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......:.::: .. .:. .. : ...:: . :. :.: ... ...: .:::
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. :..:: : :.: . ..:.:...::.. .. : . : . .:.. ..:.: .
CCDS26 SAELFPTILRQTGMGLVGIFSRIGGILTPLVI-LLGEYHAALPMLIYGSLPIVAGLLCTL
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CCDS26 LP-ETHGQGLKDTLQDLELGPHPRSPKSVPSEKETEAKGRTSSPGVAFVSSTYF
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