Result of FASTA (ccds) for pF1KB3981
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3981, 182 aa
  1>>>pF1KB3981 182 - 182 aa - 182 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5365+/-0.000931; mu= 11.6234+/- 0.057
 mean_var=86.8093+/-18.804, 0's: 0 Z-trim(106.1): 167  B-trim: 251 in 1/49
 Lambda= 0.137655
 statistics sampled from 8618 (8818) to 8618 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.655), E-opt: 0.2 (0.271), width:  16
 Scan time:  1.870

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10            ( 182) 1189 245.8 1.1e-65
CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11            ( 184)  663 141.4   3e-34
CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12            ( 181)  541 117.1 5.9e-27
CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1             ( 181)  536 116.1 1.2e-26
CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7            ( 180)  531 115.2 2.3e-26
CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12           ( 181)  524 113.8 6.1e-26
CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14            ( 175)  514 111.8 2.3e-25
CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10        ( 179)  506 110.2 7.2e-25
CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3             ( 180)  505 110.0 8.3e-25
CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5           ( 574)  509 111.2 1.2e-24
CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2          ( 179)  486 106.2 1.1e-23
CCDS55770.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11           ( 157)  481 105.2   2e-23
CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13        ( 196)  468 102.7 1.4e-22
CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3          ( 192)  467 102.5 1.6e-22
CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5          ( 569)  460 101.4 9.8e-22
CCDS73510.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12           ( 135)  425 94.0   4e-20
CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3           ( 186)  426 94.3 4.5e-20
CCDS3986.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5           ( 546)  428 95.1 7.7e-20
CCDS2512.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2          ( 192)  415 92.1 2.1e-19
CCDS63169.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2         ( 201)  415 92.2 2.2e-19
CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17       ( 179)  407 90.5   6e-19
CCDS11463.1 ARL4D gene_id:379|Hs108|chr17          ( 201)  405 90.2 8.6e-19
CCDS5359.1 ARL4A gene_id:10124|Hs108|chr7          ( 200)  401 89.4 1.5e-18
CCDS13533.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20       ( 201)  397 88.6 2.6e-18
CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2         ( 142)  391 87.3 4.5e-18
CCDS2566.1 ARL8B gene_id:55207|Hs108|chr3          ( 186)  370 83.2   1e-16
CCDS2925.1 ARL13B gene_id:200894|Hs108|chr3        ( 428)  371 83.7 1.6e-16
CCDS1421.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1         ( 186)  356 80.4 6.9e-16
CCDS46630.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20       ( 173)  346 78.4 2.6e-15
CCDS68172.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20       ( 154)  327 74.6 3.2e-14
CCDS4400.1 ARL10 gene_id:285598|Hs108|chr5         ( 244)  320 73.4 1.2e-13
CCDS54850.1 ARL15 gene_id:54622|Hs108|chr5         ( 204)  314 72.1 2.4e-13
CCDS7298.1 SAR1A gene_id:56681|Hs108|chr10         ( 198)  281 65.5 2.2e-11
CCDS4177.1 SAR1B gene_id:51128|Hs108|chr5          ( 198)  276 64.5 4.4e-11


>>CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10                 (182 aa)
 initn: 1189 init1: 1189 opt: 1189  Z-score: 1292.9  bits: 245.8 E(32554): 1.1e-65
Smith-Waterman score: 1189; 100.0% identity (100.0% similar) in 182 aa overlap (1-182:1-182)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQSQG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 FKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSCVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSCVP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNAK
              130       140       150       160       170       180

         
pF1KB3 KK
       ::
CCDS75 KK
         

>>CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11                 (184 aa)
 initn: 661 init1: 594 opt: 663  Z-score: 728.3  bits: 141.4 E(32554): 3e-34
Smith-Waterman score: 663; 53.3% identity (83.9% similar) in 180 aa overlap (1-180:1-179)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQSQG
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CCDS80 MGLLTILKKMKQK-ERELRLLMLGLDNAGKTTILKKFNGEDIDTISPTLGFNIKTLEHRG
               10         20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 FKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSCVP
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CCDS80 FKLNIWDVGGQKSLRSYWRNYFESTDGLIWVVDSADRQRMQDCQRELQSLLVEERLAGAT
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNAK
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CCDS80 LLIFANKQDLPGALSSNAIREVLELDSIRSHHWCIQGCSAVTGENLLPGIDWLLDDISSR
     120       130       140       150       160       170         

            
pF1KB3 KK   
            
CCDS80 IFTAD
     180    

>>CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12                 (181 aa)
 initn: 541 init1: 541 opt: 541  Z-score: 597.5  bits: 117.1 E(32554): 5.9e-27
Smith-Waterman score: 541; 46.4% identity (78.9% similar) in 166 aa overlap (16-181:16-181)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQSQG
                      .:.:::..::: :::::.: .:   .:    :: :::...:. ..
CCDS87 MGNIFGNLLKSLIGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 FKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSCVP
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CCDS87 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNAK
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CCDS87 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLANQLKNK
              130       140       150       160       170       180

         
pF1KB3 KK
       : 
CCDS87 K 
         

>>CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1                  (181 aa)
 initn: 554 init1: 536 opt: 536  Z-score: 592.1  bits: 116.1 E(32554): 1.2e-26
Smith-Waterman score: 536; 45.8% identity (78.3% similar) in 166 aa overlap (16-181:16-181)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQSQG
                      .:.:::..::: :::::.: .:   .:    :: :::...:. ..
CCDS15 MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 FKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSCVP
       ....:::.::: :::: :..::.::. ::.:.:: ::.: .:. .:: ..: :..:  . 
CCDS15 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNAK
       .:.::::::: .:  :.::.. :.::..: : : ::.  : .:.:. .:..:. ...  .
CCDS15 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQ
              130       140       150       160       170       180

         
pF1KB3 KK
       : 
CCDS15 K 
         

>>CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7                 (180 aa)
 initn: 549 init1: 531 opt: 531  Z-score: 586.8  bits: 115.2 E(32554): 2.3e-26
Smith-Waterman score: 531; 43.6% identity (79.4% similar) in 165 aa overlap (16-180:16-180)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQSQG
                      ...:::..::: :::::.: .:   .:    :: :::...:. ..
CCDS34 MGLTVSALFSRIFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 FKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSCVP
       . ..:::.::: :::: :..::.::. ::.:.:: ::.: .:...:: ..:.:..:  . 
CCDS34 ICFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVQESADELQKMLQEDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNAK
       .:.::::::. .: :.::... :.:. .:.:.: .:.  :  : :. ::..:. .... .
CCDS34 LLVFANKQDMPNAMPVSELTDKLGLQHLRSRTWYVQATCATQGTGLYDGLDWLSHELSKR
              130       140       150       160       170       180

         
pF1KB3 KK

>>CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12                (181 aa)
 initn: 524 init1: 524 opt: 524  Z-score: 579.2  bits: 113.8 E(32554): 6.1e-26
Smith-Waterman score: 524; 45.2% identity (78.3% similar) in 166 aa overlap (16-181:16-181)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQSQG
                      .:.:::.::::.:::::.: .:   ..    :: :::...:  ..
CCDS44 MGGFFSSIFSSLFGTREMRILILGLDGAGKTTILYRLQVGEVVTTIPTIGFNVETVTYKN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 FKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSCVP
       .:..:::.::: .:::::. :. ::: .:::.:: :: :.  . .::. .::::.:  . 
CCDS44 LKFQVWDLGGQTSIRPYWRCYYSNTDAVIYVVDSCDRDRIGISKSELVAMLEEEELRKAI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNAK
       ...::::::.  :  .::.:..:.: ...:: ::: . ::  : :....:.:. ......
CCDS44 LVVFANKQDMEQAMTSSEMANSLGLPALKDRKWQIFKTSATKGTGLDEAMEWLVETLKSR
              130       140       150       160       170       180

         
pF1KB3 KK
       . 
CCDS44 Q 
         

>>CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14                 (175 aa)
 initn: 519 init1: 501 opt: 514  Z-score: 568.7  bits: 111.8 E(32554): 2.3e-25
Smith-Waterman score: 514; 46.6% identity (76.1% similar) in 163 aa overlap (15-176:11-172)

               10        20        30         40        50         
pF1KB3 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLA-SEDISHITPTQGFNIKSVQSQ
                     ..:.:::.:::: :::::.: .:  ..... : :: :::...:  .
CCDS96     MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTI-PTVGFNVETVTYK
                   10        20        30        40         50     

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB3 GFKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSCV
       . :.::::.::: :::: :..:. .:. ::.:.: ::: :..:. ::: ........  .
CCDS96 NVKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDA
          60        70        80        90       100       110     

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB3 PVLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNA
        .:::::::::  :    :: : :.:  :::: : .:   : .:.:. .:..:. .:   
CCDS96 IILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS
         120       130       140       150       160       170     

     180  
pF1KB3 KKK

>>CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10             (179 aa)
 initn: 517 init1: 499 opt: 506  Z-score: 560.0  bits: 110.2 E(32554): 7.2e-25
Smith-Waterman score: 506; 43.1% identity (74.6% similar) in 181 aa overlap (1-180:1-179)

               10         20        30        40        50         
pF1KB3 MGLLSILRKLKSAP-DQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQSQ
       :::  :. :: :   .:: .....:::::::::.: :.  ... : .:: : :.. .  .
CCDS71 MGL--IFAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVK
                 10        20        30        40        50        

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pF1KB3 GFKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSCV
       . .. .::::::...:  :..:. ::...: :.:: ::.:.  : .:: ..: .: :  .
CCDS71 NTHFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKA
       60        70        80        90       100       110        

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pF1KB3 PVLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNA
        :::::::::.     :.::.. :.: .:.:. :.:::: ::::::. .:..:. . ...
CCDS71 AVLIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGV
      120       130       140       150       160       170        

     180  
pF1KB3 KKK
       .  
CCDS71 R  
          

>>CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3                  (180 aa)
 initn: 522 init1: 504 opt: 505  Z-score: 558.9  bits: 110.0 E(32554): 8.3e-25
Smith-Waterman score: 505; 41.2% identity (75.8% similar) in 182 aa overlap (1-180:1-180)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB3 MGLL--SILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQS
       :::   :.. .: .   ...:::..::: :::::.: .:   .:    :: :::...:. 
CCDS28 MGLTISSLFSRLFGK--KQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEY
               10          20        30        40        50        

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB3 QGFKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELAELLEEEKLSC
       ... ..:::.::: .::: ::.::.::. ::.:.:: ::.:..:...:: ..:  ..:  
CCDS28 KNICFTVWDVGGQDRIRPLWKHYFQNTQGLIFVVDSNDRERIQEVADELQKMLLVDELRD
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pF1KB3 VPVLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVN
       . .:.::::::: .:   ::... :.:...:.:.: .:.  :  : :. .:..:. ....
CCDS28 AVLLLFANKQDLPNAMAISEMTDKLGLQSLRNRTWYVQATCATQGTGLYEGLDWLSNELS
      120       130       140       150       160       170        

      180  
pF1KB3 AKKK
        .  
CCDS28 KR  
      180  

>>CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5                (574 aa)
 initn: 397 init1: 397 opt: 509  Z-score: 556.3  bits: 111.2 E(32554): 1.2e-24
Smith-Waterman score: 509; 41.9% identity (77.9% similar) in 172 aa overlap (9-179:396-567)

                                     10        20        30        
pF1KB3                       MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLA
                                     ... .: .:.:.. ::::.:::::.: .: 
CCDS39 TLQKQQQQFTEVADHIQLDASIPVTFTKDNRVHIGPKMEIRVVTLGLDGAGKTTILFKLK
         370       380       390       400       410       420     

       40        50        60        70        80        90        
pF1KB3 SEDISHITPTQGFNIKSVQSQGFKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRK
       .... .  :: :::...:. ...:...::.::..:.:: ::.:. ::. ...:.::. : 
CCDS39 QDEFMQPIPTIGFNVETVEYKNLKFTIWDVGGKHKLRPLWKHYYLNTQAVVFVVDSSHRD
         430       440       450       460       470       480     

      100       110       120       130       140        150       
pF1KB3 RFEETGQELAELLEEEKLSCVPVLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIR-DRVWQIQS
       :. :. .:::.:: :..:  . .::::::::.  :  . ::.: :.:: .   : : ::.
CCDS39 RISEAHSELAKLLTEKELRDALLLIFANKQDVAGALSVEEITELLSLHKLCCGRSWYIQG
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pF1KB3 CSALTGEGVQDGMNWVCKNVNAKKK    
       :.: .: :. .:..:. ... :       
CCDS39 CDARSGMGLYEGLDWLSRQLVAAGVLDVA
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182 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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