Result of FASTA (ccds) for pF1KE0913
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0913, 254 aa
  1>>>pF1KE0913 254 - 254 aa - 254 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5895+/-0.000852; mu= 13.0231+/- 0.051
 mean_var=73.1291+/-14.339, 0's: 0 Z-trim(106.7): 61  B-trim: 3 in 1/52
 Lambda= 0.149979
 statistics sampled from 9061 (9124) to 9061 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.668), E-opt: 0.2 (0.28), width:  16
 Scan time:  2.250

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4750.1 DRA gene_id:3122|Hs108|chr6             ( 254) 1707 378.5 2.4e-105
CCDS4764.1 DPA1 gene_id:3113|Hs108|chr6            ( 260)  998 225.1 3.8e-59
CCDS4763.1 DOA gene_id:3111|Hs108|chr6             ( 250)  943 213.2 1.4e-55
CCDS4752.1 DQA1 gene_id:3117|Hs108|chr6            ( 255)  929 210.1 1.2e-54
CCDS4753.1 DQA2 gene_id:3118|Hs108|chr6            ( 255)  901 204.1 7.7e-53
CCDS4761.1 DMA gene_id:3108|Hs108|chr6             ( 261)  339 82.5 3.2e-16
CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6             ( 263)  263 66.0 2.9e-11


>>CCDS4750.1 DRA gene_id:3122|Hs108|chr6                  (254 aa)
 initn: 1707 init1: 1707 opt: 1707  Z-score: 2004.6  bits: 378.5 E(32554): 2.4e-105
Smith-Waterman score: 1707; 100.0% identity (100.0% similar) in 254 aa overlap (1-254:1-254)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 MAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 PVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 STEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIGTIFIIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 STEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIGTIFIIK
              190       200       210       220       230       240

              250    
pF1KE0 GLRKSNAAERRGPL
       ::::::::::::::
CCDS47 GLRKSNAAERRGPL
              250    

>>CCDS4764.1 DPA1 gene_id:3113|Hs108|chr6                 (260 aa)
 initn: 1002 init1: 976 opt: 998  Z-score: 1175.4  bits: 225.1 E(32554): 3.8e-59
Smith-Waterman score: 998; 59.9% identity (80.6% similar) in 247 aa overlap (8-254:14-260)

                     10        20        30        40        50    
pF1KE0       MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGD
                    .:  . .: :.: . . ::: .::   : :  .   .:::::.:: :
CCDS47 MRPEDRMFHIRAVILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYAAFVQTHRPTGEFMFEFDED
               10        20        30        40        50        60

           60        70        80        90       100       110    
pF1KE0 EIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEV
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CCDS47 EMFYVDLDKKETVWHLEEFGQAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQATNDPPEV
               70        80        90       100       110       120

          120       130       140       150       160       170    
pF1KE0 TVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFH
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CCDS47 TVFPKEPVELGQPNTLICHIDKFFPPVLNVTWLCNGELVTEGVAESLFLPRTDYSFHKFH
              130       140       150       160       170       180

          180       190       200       210       220       230    
pF1KE0 YLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIG
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CCDS47 YLTFVPSAEDFYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGIIVG
              190       200       210       220       230       240

          240       250    
pF1KE0 TIFIIKGLRKSNAAERRGPL
       :..:::.::...  . .: :
CCDS47 TVLIIKSLRSGHDPRAQGTL
              250       260

>>CCDS4763.1 DOA gene_id:3111|Hs108|chr6                  (250 aa)
 initn: 1000 init1: 887 opt: 943  Z-score: 1111.3  bits: 213.2 E(32554): 1.4e-55
Smith-Waterman score: 943; 54.7% identity (78.9% similar) in 247 aa overlap (1-246:1-247)

               10        20        30         40        50         
pF1KE0 MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHV-IIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHV
       ::. .  ::::  . .:.: ::. : : .:.      :: .   ::.:  .:: ...: :
CCDS47 MALRAGLVLGFHTLMTLLSPQEAGATKADHMGSYGPAFYQSYGASGQFTHEFDEEQLFSV
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE0 DMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTN
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CCDS47 DLKKSEAVWRLPEFGDFARFDPQGGLAGIAAIKAHLDILVERSNRSRAINVPPRVTVLPK
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 SPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFL
       : ::: .::.:::..:.. :::.:.::::::. :: ::..: :  . ::::::::::::.
CCDS47 SRVELGQPNILICIVDNIFPPVINITWLRNGQTVTEGVAQTSFYSQPDHLFRKFHYLPFV
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE0 PSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIGTIFII
       ::.::::::.::::::: :::.:::...: : :.. :..::::::..::::...::..::
CCDS47 PSAEDVYDCQVEHWGLDAPLLRHWELQVPIPPPDAMETLVCALGLAIGLVGFLVGTVLII
              190       200       210       220       230       240

     240       250    
pF1KE0 KGLRKSNAAERRGPL
        :   :.        
CCDS47 MGTYVSSVPR     
              250     

>>CCDS4752.1 DQA1 gene_id:3117|Hs108|chr6                 (255 aa)
 initn: 931 init1: 913 opt: 929  Z-score: 1094.8  bits: 210.1 E(32554): 1.2e-54
Smith-Waterman score: 929; 53.3% identity (78.0% similar) in 255 aa overlap (1-254:1-255)

               10        20        30         40        50         
pF1KE0 MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVI-IQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHV
       : .. . .:: . ....::   .  :  .::    ...:     ::..  .::::: :.:
CCDS47 MILNKALLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLYQFYGPSGQYTHEFDGDEQFYV
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE0 DMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTN
       :. .:::.::  ::..:..:. :::: :.:: : ::.:: :: : :  ::  :::::...
CCDS47 DLERKETAWRWPEFSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAATNEVPEVTVFSK
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 SPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFL
       ::: : .::.:::..:.. :::::.::: ::. :: ::::: :: . :: : :. :: ::
CCDS47 SPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFL
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE0 PSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIGTIFII
       ::....:::.:::::::.::::::: . :.:. : ::.:::::::.:::.::..::.:::
CCDS47 PSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVVGTVFII
              190       200       210       220       230       240

     240       250    
pF1KE0 KGLRKSNAAERRGPL
       .:::. .:....:::
CCDS47 QGLRSVGASRHQGPL
              250     

>>CCDS4753.1 DQA2 gene_id:3118|Hs108|chr6                 (255 aa)
 initn: 976 init1: 882 opt: 901  Z-score: 1062.1  bits: 204.1 E(32554): 7.7e-53
Smith-Waterman score: 901; 52.2% identity (77.3% similar) in 255 aa overlap (1-254:1-255)

               10        20        30         40        50         
pF1KE0 MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVI-IQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHV
       : .. . .:: . ....::   .  :  .::    ..:: .   ::..  .::::: :.:
CCDS47 MILNKALLLGALALTAVMSPCGGEDIVADHVASYGVNFYQSHGPSGQYTHEFDGDEEFYV
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE0 DMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTN
       :.  :::::.:  :..: ::. :.:: :.:: : .::.: ..:: :  ::  :::::...
CCDS47 DLETKETVWQLPMFSKFISFDPQSALRNMAVGKHTLEFMMRQSNSTAATNEVPEVTVFSK
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 SPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFL
        :: : .::.:::..:.. :::::.::: ::. :: ::::: :: . :: : :. :: ::
CCDS47 FPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKISYLTFL
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE0 PSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIGTIFII
       ::....:::.::::::::::::::: . :.:. : ::..::::::.:::.::..::.:::
CCDS47 PSADEIYDCKVEHWGLDEPLLKHWEPEIPAPMSELTETLVCALGLSVGLMGIVVGTVFII
              190       200       210       220       230       240

     240       250    
pF1KE0 KGLRKSNAAERRGPL
       .:::. .:....: :
CCDS47 QGLRSVGASRHQGLL
              250     

>>CCDS4761.1 DMA gene_id:3108|Hs108|chr6                  (261 aa)
 initn: 199 init1: 126 opt: 339  Z-score: 404.7  bits: 82.5 E(32554): 3.2e-16
Smith-Waterman score: 341; 28.9% identity (58.1% similar) in 246 aa overlap (13-239:14-252)

                10        20                   30        40        
pF1KE0  MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKE-----------EHVIIQAEFYLNPDQSGEFM
                    .. .:    .:::. :           .:..... .  . . :  . 
CCDS47 MGHEQNQGAALLQMLPLLWLLPHSWAVPEAPTPMWPDDLQNHTFLHTVYCQDGSPSVGLS
               10        20        30        40        50        60

       50        60        70        80        90       100        
pF1KE0 FDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKR-----SN
         .: :..:  :....  : :: ::. .:  . ::    :  ::   : : ..     ..
CCDS47 EAYDEDQLFFFDFSQNTRVPRLPEFADWA--QEQGDAPAILFDKEFCEWMIQQIGPKLDG
               70        80          90       100       110        

           110       120       130       140       150       160   
pF1KE0 YTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFL
         :..   : . :.: .:.:. .::.:.::.... ::...:.: ... ::  : . : :.
CCDS47 KIPVSRGFPIAEVFTLKPLEFGKPNTLVCFVSNLFPPMLTVNWQHHSVPVE-GFGPT-FV
      120       130       140       150       160        170       

            170       180       190       200        210        220
pF1KE0 PREDHL-FRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAP-SPLP-ETTENVVC
          : : :. : :: : :   :...: : :       . .:   .: . :: .  :::.:
CCDS47 SAVDGLSFQAFSYLNFTPEPSDIFSCIVTHEIDRYTAIAYW---VPRNALPSDLLENVLC
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       .... .:..:::.: ..::               
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        :..:: .::: :    : . .  :  :  .. . .: . ::  :.: : ::: :  ::.
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CCDS47 IS
         




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