Result of FASTA (omim) for pF1KB6634
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6634, 440 aa
  1>>>pF1KB6634 440 - 440 aa - 440 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1252+/-0.00029; mu= 16.4525+/- 0.018
 mean_var=156.3435+/-37.891, 0's: 0 Z-trim(121.5): 364  B-trim: 2179 in 1/51
 Lambda= 0.102573
 statistics sampled from 37550 (38102) to 37550 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.766), E-opt: 0.2 (0.447), width:  16
 Scan time:  9.930

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_000862 (OMIM: 601109) 5-hydroxytryptamine recep ( 440) 2977 452.1 1.3e-126
NP_062874 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine recep ( 432)  608 101.6 4.3e-21
NP_000863 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine recep ( 445)  608 101.6 4.4e-21
NP_062873 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine recep ( 479)  608 101.6 4.6e-21
XP_006716356 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 429)  600 100.4 9.7e-21
NP_150645 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 429)  600 100.4 9.7e-21
NP_150647 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 455)  600 100.4   1e-20
NP_000671 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 466)  600 100.4   1e-20
XP_016868583 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475)  600 100.4   1e-20
XP_016868584 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475)  600 100.4   1e-20
XP_006716355 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475)  600 100.4   1e-20
NP_150646 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 475)  600 100.4   1e-20
NP_000015 (OMIM: 109690,600807,601665) beta-2 adre ( 413)  581 97.5 6.7e-20
NP_076917 (OMIM: 601305) 5-hydroxytryptamine recep ( 357)  565 95.1 3.1e-19
NP_001035262 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine re ( 360)  543 91.9   3e-18
NP_955525 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine recep ( 378)  543 91.9 3.1e-18
NP_001035259 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine re ( 387)  543 91.9 3.2e-18
NP_000861 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine recep ( 388)  543 91.9 3.2e-18
NP_001273339 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine re ( 411)  543 91.9 3.3e-18
NP_001035263 (OMIM: 602164) 5-hydroxytryptamine re ( 428)  543 91.9 3.4e-18
NP_001309432 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 370)  501 85.7 2.3e-16
XP_011542713 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 324)  495 84.7 3.9e-16
XP_011532740 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 389)  489 83.9 8.1e-16
XP_011532739 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 402)  489 83.9 8.2e-16
NP_000675 (OMIM: 109630,607276) beta-1 adrenergic  ( 477)  490 84.2 8.3e-16
NP_000612 (OMIM: 103780,164230,181500,182135,60678 ( 471)  489 84.0 9.1e-16
XP_011542714 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 308)  486 83.3 9.5e-16
XP_016868585 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 317)  486 83.3 9.7e-16
XP_011532737 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 556)  489 84.1   1e-15
NP_001309433 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 342)  486 83.4   1e-15
NP_001309431 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 372)  486 83.4 1.1e-15
NP_000670 (OMIM: 104220) alpha-1B adrenergic recep ( 520)  477 82.3 3.3e-15
XP_005265876 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 328)  474 81.6 3.4e-15
XP_006714884 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 331)  474 81.6 3.4e-15
XP_005265875 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 366)  474 81.7 3.6e-15
NP_000016 (OMIM: 109691,601665) beta-3 adrenergic  ( 408)  472 81.4 4.8e-15
NP_000785 (OMIM: 126449) D(1A) dopamine receptor [ ( 446)  471 81.3 5.6e-15
NP_071640 (OMIM: 142703) histamine H2 receptor iso ( 359)  453 78.5 3.1e-14
XP_006714928 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 362)  453 78.5 3.1e-14
NP_001124527 (OMIM: 142703) histamine H2 receptor  ( 397)  453 78.6 3.3e-14
XP_006714927 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422)  453 78.6 3.4e-14
XP_011532851 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422)  453 78.6 3.4e-14
XP_016864915 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422)  453 78.6 3.4e-14
XP_005265961 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422)  453 78.6 3.4e-14
XP_011532850 (OMIM: 142703) PREDICTED: histamine H ( 422)  453 78.6 3.4e-14
NP_114142 (OMIM: 606916) probable G-protein couple ( 451)  452 78.5 3.9e-14
XP_016857927 (OMIM: 606916) PREDICTED: probable G- ( 451)  452 78.5 3.9e-14
NP_000669 (OMIM: 104219) alpha-1D adrenergic recep ( 572)  447 77.9 7.6e-14
NP_000674 (OMIM: 104250) alpha-2C adrenergic recep ( 462)  413 72.7 2.2e-12
NP_000672 (OMIM: 104210) alpha-2A adrenergic recep ( 465)  410 72.3   3e-12


>>NP_000862 (OMIM: 601109) 5-hydroxytryptamine receptor   (440 aa)
 initn: 2977 init1: 2977 opt: 2977  Z-score: 2394.2  bits: 452.1 E(85289): 1.3e-126
Smith-Waterman score: 2977; 100.0% identity (100.0% similar) in 440 aa overlap (1-440:1-440)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 SNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQC
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 RLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETLQVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETLQVP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 RTPRPGVESADSRRLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPFFVANIVQAVCDCISPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RTPRPGVESADSRRLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPFFVANIVQAVCDCISPG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLASPSLRTSHSGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLASPSLRTSHSGP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 RPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNF
              370       380       390       400       410       420

              430       440
pF1KB6 FNIDPAEPELRPHPLGIPTN
       ::::::::::::::::::::
NP_000 FNIDPAEPELRPHPLGIPTN
              430       440

>>NP_062874 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine receptor   (432 aa)
 initn: 411 init1: 229 opt: 608  Z-score: 499.7  bits: 101.6 E(85289): 4.3e-21
Smith-Waterman score: 630; 32.1% identity (59.1% similar) in 389 aa overlap (8-366:53-432)

                                      10        20                 
pF1KB6                        MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGW---------
                                     ::. .:.: : ::.  .: :          
NP_062 EVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDA-PPDNASGCGEQINYGRVEK
             30        40        50        60         70        80 

         30        40        50        60        70        80      
pF1KB6 --VAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLN
         ... : ..  :: :.: :..  .:    ::. ::...:::  .:: :...::: . ..
NP_062 VVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVT
              90       100       110       120       130       140 

         90        100       110       120       130       140     
pF1KB6 ALYG-RWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALA
        : : .:.... .: .. :.:::::.:::..::.::.:::: :  :: : .:..      
NP_062 DLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK
             150       160       170       180       190       200 

         150       160       170       180       190       200     
pF1KB6 LVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQCRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAIC
       ..:..: :.:  . :: :.:: . .     :   : .  .. ... .....:..: ... 
NP_062 MILSVWLLSASIT-LPPLFGWAQ-NVNDDKV---CLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVML
             210        220        230          240       250      

         210       220       230           240       250       260 
pF1KB6 FTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETL----QVPRTPRPGVESADSRRLATKHSR
       : : .:  ::::.:..      :.     ...     . .  .   : :.  ::  :: :
NP_062 FMYYQIYKAARKSAAK--HKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVEECANLSRL-LKHER
        260       270         280       290       300        310   

                    270       280            290       300         
pF1KB6 KAL-------KASLTLGILLGMFFVTWLPFFVAN-----IVQAVCDCISPGLFDVLTWLG
       : .       ::. ::::..: : : :::::. .     :  . :.::   .  .. :::
NP_062 KNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSCIPLWVERTFLWLG
           320       330       340       350       360       370   

     310       320       330       340       350         360       
pF1KB6 YCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLAS--PSLRTSHSGPRPGLSLQ
       : :: .::.:: .: ::.. .   .: :     .:. : :.   .:. ..   :: . : 
NP_062 YANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVL 
           380       390       400       410       420       430   

       370       380       390       400       410       420       
pF1KB6 QVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNFFNIDPAE

>>NP_000863 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine receptor   (445 aa)
 initn: 411 init1: 229 opt: 608  Z-score: 499.5  bits: 101.6 E(85289): 4.4e-21
Smith-Waterman score: 637; 32.3% identity (59.2% similar) in 390 aa overlap (8-367:53-433)

                                      10        20                 
pF1KB6                        MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGW---------
                                     ::. .:.: : ::.  .: :          
NP_000 EVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDA-PPDNASGCGEQINYGRVEK
             30        40        50        60         70        80 

         30        40        50        60        70        80      
pF1KB6 --VAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLN
         ... : ..  :: :.: :..  .:    ::. ::...:::  .:: :...::: . ..
NP_000 VVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVT
              90       100       110       120       130       140 

         90        100       110       120       130       140     
pF1KB6 ALYG-RWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALA
        : : .:.... .: .. :.:::::.:::..::.::.:::: :  :: : .:..      
NP_000 DLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK
             150       160       170       180       190       200 

         150       160       170       180       190       200     
pF1KB6 LVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQCRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAIC
       ..:..: :.:  . :: :.:: . .     :   : .  .. ... .....:..: ... 
NP_000 MILSVWLLSASIT-LPPLFGWAQ-NVNDDKV---CLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVML
             210        220        230          240       250      

         210       220       230           240       250       260 
pF1KB6 FTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETL----QVPRTPRPGVESADSRRLATKHSR
       : : .:  ::::.:..      :.     ...     . .  .   : :.  ::  :: :
NP_000 FMYYQIYKAARKSAAK--HKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVEECANLSRL-LKHER
        260       270         280       290       300        310   

                    270       280            290       300         
pF1KB6 KAL-------KASLTLGILLGMFFVTWLPFFVAN-----IVQAVCDCISPGLFDVLTWLG
       : .       ::. ::::..: : : :::::. .     :  . :.::   .  .. :::
NP_000 KNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSCIPLWVERTFLWLG
           320       330       340       350       360       370   

     310       320       330       340       350         360       
pF1KB6 YCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLAS--PSLRTSHSGPRPGLSLQ
       : :: .::.:: .: ::.. .   .: :     .:. : :.   .:. ..   :: . ::
NP_000 YANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVLQ
           380       390       400       410       420       430   

       370       380       390       400       410       420       
pF1KB6 QVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNFFNIDPAE
                                                                   
NP_000 NADYCRKKGHDS                                                
           440                                                     

>>NP_062873 (OMIM: 182137) 5-hydroxytryptamine receptor   (479 aa)
 initn: 411 init1: 229 opt: 608  Z-score: 499.1  bits: 101.6 E(85289): 4.6e-21
Smith-Waterman score: 634; 32.2% identity (58.5% similar) in 407 aa overlap (8-378:53-450)

                                      10        20                 
pF1KB6                        MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAPGGSGW---------
                                     ::. .:.: : ::.  .: :          
NP_062 EVGRGLPDLSPDGGADPVAGSWAPHLLSEVTASPAPTWDA-PPDNASGCGEQINYGRVEK
             30        40        50        60         70        80 

         30        40        50        60        70        80      
pF1KB6 --VAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPALRNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLN
         ... : ..  :: :.: :..  .:    ::. ::...:::  .:: :...::: . ..
NP_062 VVIGSILTLITLLTIAGNCLVVISVCFVKKLRQPSNYLIVSLALADLSVAVAVMPFVSVT
              90       100       110       120       130       140 

         90        100       110       120       130       140     
pF1KB6 ALYG-RWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNLCLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALA
        : : .:.... .: .. :.:::::.:::..::.::.:::: :  :: : .:..      
NP_062 DLIGGKWIFGHFFCNVFIAMDVMCCTASIMTLCVISIDRYLGITRPLTYPVRQNGKCMAK
             150       160       170       180       190       200 

         150       160       170       180       190       200     
pF1KB6 LVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVPGQCRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAIC
       ..:..: :.:  . :: :.:: . .     :   : .  .. ... .....:..: ... 
NP_062 MILSVWLLSASIT-LPPLFGWAQ-NVNDDKV---CLISQDFGYTIYSTAVAFYIPMSVML
             210        220        230          240       250      

         210       220       230           240       250       260 
pF1KB6 FTYCRILLAARKQAVQVASLTTGMASQASETL----QVPRTPRPGVESADSRRLATKHSR
       : : .:  ::::.:..      :.     ...     . .  .   : :.  ::  :: :
NP_062 FMYYQIYKAARKSAAK--HKFPGFPRVEPDSVIALNGIVKLQKEVEECANLSRL-LKHER
        260       270         280       290       300        310   

                    270       280            290       300         
pF1KB6 KAL-------KASLTLGILLGMFFVTWLPFFVAN-----IVQAVCDCISPGLFDVLTWLG
       : .       ::. ::::..: : : :::::. .     :  . :.::   .  .. :::
NP_062 KNISIFKREQKAATTLGIIVGAFTVCWLPFFLLSTARPFICGTSCSCIPLWVERTFLWLG
           320       330       340       350       360       370   

     310       320       330       340       350         360       
pF1KB6 YCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPRERQASLAS--PSLRTSHSGPRPGLSLQ
       : :: .::.:: .: ::.. .   .: :     .:. : :.   .:. ..   :: . :.
NP_062 YANSLINPFIYAFFNRDLRTTYRSLLQCQYRNINRKLSAAGMHEALKLAERPERPEFVLR
           380       390       400       410       420       430   

           370         380       390       400       410       420 
pF1KB6 ----QVL--PLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPGEATQDPPLPTRAAAAVNFF
           .::  :   :: :                                           
NP_062 ACTRRVLLRPEKRPPVSVWVLQSPDHHNWLADKMLTTVEKKVMIHD              
           440       450       460       470                       

>>XP_006716356 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A adrene  (429 aa)
 initn: 489 init1: 246 opt: 600  Z-score: 493.3  bits: 100.4 E(85289): 9.7e-21
Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)

               10        20           30        40        50       
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAP---GGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPAL
              ..:.. . .   : ::   . .  ... :  .: . . .: :.:  .  .  :
XP_006    MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHL
                  10        20        30        40        50       

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB6 RNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNL
       ........:.: ..::..  .:.: . .  . : :...: .: .:.: ::.::.:::..:
XP_006 HSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAFGRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGL
        60        70        80        90       100       110       

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB6 CLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVP
       :.::.:::. .  ::::   .:  :.:  .: .:.:. . :. ::. ::      : :.:
XP_006 CIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF-GW------RQPAP
       120       130       140       150       160              170

          180       190       200       210       220        230   
pF1KB6 GQ---CRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVAS-LTTGMASQA
        .   :..     .:: ..  .:.:: . :   :::. ..:....  . : : :  ... 
XP_006 EDETICQINEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESRGLKSGLKTDKSDSE
              180       190       200       210       220       230

           240           250            260       270       280    
pF1KB6 SETLQVPRTPRP----GVESADSR-----RLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPF
       . ::.. :   :    :. :: ..     ::  : ::.  ::. ::::..: : . ::::
XP_006 QVTLRIHRKNAPAGGSGMASAKTKTHFSVRL-LKFSREK-KAAKTLGIVVGCFVLCWLPF
              240       250       260         270       280        

          290       300         310       320       330       340  
pF1KB6 FVANIVQAVCDCISPG--LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPR
       :..  . .    ..:.  .: .. :::: :: .::::::   ..::.:.   :   .:  
XP_006 FLVMPIGSFFPDFKPSETVFKIVFWLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVLRI-QCLC
      290       300       310       320       330       340        

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB6 ERQASLASPSLRTSHSGPRPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPG
       ..:.:                                                       
XP_006 RKQSSKHALGYTLHPPSQAVEGQHKDMVRIPVGSRETFYRISKTDGVCEWKFFSSMPRGS
       350       360       370       380       390       400       

>>NP_150645 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic receptor   (429 aa)
 initn: 489 init1: 246 opt: 600  Z-score: 493.3  bits: 100.4 E(85289): 9.7e-21
Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)

               10        20           30        40        50       
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAP---GGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPAL
              ..:.. . .   : ::   . .  ... :  .: . . .: :.:  .  .  :
NP_150    MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHL
                  10        20        30        40        50       

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB6 RNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNL
       ........:.: ..::..  .:.: . .  . : :...: .: .:.: ::.::.:::..:
NP_150 HSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAFGRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGL
        60        70        80        90       100       110       

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB6 CLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVP
       :.::.:::. .  ::::   .:  :.:  .: .:.:. . :. ::. ::      : :.:
NP_150 CIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF-GW------RQPAP
       120       130       140       150       160              170

          180       190       200       210       220        230   
pF1KB6 GQ---CRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVAS-LTTGMASQA
        .   :..     .:: ..  .:.:: . :   :::. ..:....  . : : :  ... 
NP_150 EDETICQINEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESRGLKSGLKTDKSDSE
              180       190       200       210       220       230

           240           250            260       270       280    
pF1KB6 SETLQVPRTPRP----GVESADSR-----RLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPF
       . ::.. :   :    :. :: ..     ::  : ::.  ::. ::::..: : . ::::
NP_150 QVTLRIHRKNAPAGGSGMASAKTKTHFSVRL-LKFSREK-KAAKTLGIVVGCFVLCWLPF
              240       250       260         270       280        

          290       300         310       320       330       340  
pF1KB6 FVANIVQAVCDCISPG--LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPR
       :..  . .    ..:.  .: .. :::: :: .::::::   ..::.:.   :   .:  
NP_150 FLVMPIGSFFPDFKPSETVFKIVFWLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVLRI-QCLC
      290       300       310       320       330       340        

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB6 ERQASLASPSLRTSHSGPRPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPG
       ..:.:                                                       
NP_150 RKQSSKHALGYTLHPPSQAVEGQHKDMVRIPVGSRETFYRISKTDGVCEWKFFSSMPRGS
       350       360       370       380       390       400       

>>NP_150647 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic receptor   (455 aa)
 initn: 489 init1: 246 opt: 600  Z-score: 493.0  bits: 100.4 E(85289): 1e-20
Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)

               10        20           30        40        50       
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAP---GGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPAL
              ..:.. . .   : ::   . .  ... :  .: . . .: :.:  .  .  :
NP_150    MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHL
                  10        20        30        40        50       

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB6 RNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNL
       ........:.: ..::..  .:.: . .  . : :...: .: .:.: ::.::.:::..:
NP_150 HSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAFGRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGL
        60        70        80        90       100       110       

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB6 CLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVP
       :.::.:::. .  ::::   .:  :.:  .: .:.:. . :. ::. ::      : :.:
NP_150 CIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF-GW------RQPAP
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pF1KB6 GQ---CRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVAS-LTTGMASQA
        .   :..     .:: ..  .:.:: . :   :::. ..:....  . : : :  ... 
NP_150 EDETICQINEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESRGLKSGLKTDKSDSE
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pF1KB6 SETLQVPRTPRP----GVESADSR-----RLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPF
       . ::.. :   :    :. :: ..     ::  : ::.  ::. ::::..: : . ::::
NP_150 QVTLRIHRKNAPAGGSGMASAKTKTHFSVRL-LKFSREK-KAAKTLGIVVGCFVLCWLPF
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       :..  . .    ..:.  .: .. :::: :: .::::::   ..::.:.   :   .:  
NP_150 FLVMPIGSFFPDFKPSETVFKIVFWLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVLRI-QCLC
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NP_150 RKQSSKHALGYTLHPPSQAVEGQHKDMVRIPVGSRETFYRISKTDGVCEWKFFSSMPRGS
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>>NP_000671 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic receptor   (466 aa)
 initn: 489 init1: 246 opt: 600  Z-score: 492.9  bits: 100.4 E(85289): 1e-20
Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)

               10        20           30        40        50       
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              ..:.. . .   : ::   . .  ... :  .: . . .: :.:  .  .  :
NP_000    MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHL
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       ........:.: ..::..  .:.: . .  . : :...: .: .:.: ::.::.:::..:
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       :.::.:::. .  ::::   .:  :.:  .: .:.:. . :. ::. ::      : :.:
NP_000 CIISIDRYIGVSYPLRYPTIVTQRRGLMALLCVWALSLVISIGPLF-GW------RQPAP
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pF1KB6 FVANIVQAVCDCISPG--LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPR
       :..  . .    ..:.  .: .. :::: :: .::::::   ..::.:.   :   .:  
NP_000 FLVMPIGSFFPDFKPSETVFKIVFWLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVLRI-QCLC
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NP_000 RKQSSKHALGYTLHPPSQAVEGQHKDMVRIPVGSRETFYRISKTDGVCEWKFFSSMPRGS
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>>XP_016868583 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A adrene  (475 aa)
 initn: 489 init1: 246 opt: 600  Z-score: 492.8  bits: 100.4 E(85289): 1e-20
Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)

               10        20           30        40        50       
pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAP---GGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPAL
              ..:.. . .   : ::   . .  ... :  .: . . .: :.:  .  .  :
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pF1KB6 CLISLDRYLLILSPLRYKLRMTPLRALALVLGAWSLAALASFLPLLLGWHELGHARPPVP
       :.::.:::. .  ::::   .:  :.:  .: .:.:. . :. ::. ::      : :.:
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pF1KB6 GQ---CRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVAS-LTTGMASQA
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pF1KB6 SETLQVPRTPRP----GVESADSR-----RLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPF
       . ::.. :   :    :. :: ..     ::  : ::.  ::. ::::..: : . ::::
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pF1KB6 FVANIVQAVCDCISPG--LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPR
       :..  . .    ..:.  .: .. :::: :: .::::::   ..::.:.   :   .:  
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XP_016 RKQSSKHALGYTLHPPSQAVEGQHKDMVRIPVGSRETFYRISKTDGVCEWKFFSSMPRGS
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>>XP_016868584 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A adrene  (475 aa)
 initn: 489 init1: 246 opt: 600  Z-score: 492.8  bits: 100.4 E(85289): 1e-20
Smith-Waterman score: 600; 31.8% identity (62.6% similar) in 358 aa overlap (8-347:5-352)

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pF1KB6 MVPEPGPTANSTPAWGAGPPSAP---GGSGWVAAALCVVIALTAAANSLLIALICTQPAL
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XP_016    MVFLSGNASDSSNCTQPPAPVNISKAILLGVILGGLILFGVLGNILVILSVACHRHL
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pF1KB6 RNTSNFFLVSLFTSDLMVGLVVMPPAMLNALYGRWVLARGLCLLWTAFDVMCCSASILNL
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XP_016 HSVTHYYIVNLAVADLLLTSTVLPFSAIFEVLGYWAFGRVFCNIWAAVDVLCCTASIMGL
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pF1KB6 GQ---CRLLASLPFVLVASGLTFFLPSGAICFTYCRILLAARKQAVQVAS-LTTGMASQA
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XP_016 EDETICQINEEPGYVLFSALGSFYLPLAIILVMYCRVYVVAKRESRGLKSGLKTDKSDSE
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pF1KB6 SETLQVPRTPRP----GVESADSR-----RLATKHSRKALKASLTLGILLGMFFVTWLPF
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XP_016 QVTLRIHRKNAPAGGSGMASAKTKTHFSVRL-LKFSREK-KAAKTLGIVVGCFVLCWLPF
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pF1KB6 FVANIVQAVCDCISPG--LFDVLTWLGYCNSTMNPIIYPLFMRDFKRALGRFLPCPRCPR
       :..  . .    ..:.  .: .. :::: :: .::::::   ..::.:.   :   .:  
XP_016 FLVMPIGSFFPDFKPSETVFKIVFWLGYLNSCINPIIYPCSSQEFKKAFQNVLRI-QCLC
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pF1KB6 ERQASLASPSLRTSHSGPRPGLSLQQVLPLPLPPDSDSDSDAGSGGSSGLRLTAQLLLPG
       ..:.:                                                       
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440 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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