FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0680, 399 aa 1>>>pF1KE0680 399 - 399 aa - 399 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4058+/-0.000966; mu= 11.8350+/- 0.058 mean_var=97.6055+/-19.780, 0's: 0 Z-trim(107.3): 107 B-trim: 355 in 1/49 Lambda= 0.129819 statistics sampled from 9356 (9466) to 9356 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.291), width: 16 Scan time: 2.000 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 ( 399) 2686 513.6 1.3e-145 CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 397) 2275 436.6 2e-122 CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 ( 398) 2263 434.3 9.3e-122 CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 ( 399) 2224 427.0 1.5e-119 CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 ( 394) 1939 373.6 1.7e-103 CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849) 617 126.4 2.1e-28 CCDS13411.1 ARFGEF2 gene_id:10564|Hs108|chr20 (1785) 588 121.0 8.8e-27 CCDS33703.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 ( 963) 565 116.5 1e-25 CCDS74902.1 IQSEC1 gene_id:9922|Hs108|chr3 (1114) 565 116.6 1.2e-25 CCDS31725.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 ( 759) 539 111.6 2.5e-24 CCDS53728.1 IQSEC3 gene_id:440073|Hs108|chr12 (1182) 539 111.7 3.6e-24 CCDS35298.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX ( 949) 517 107.5 5.3e-23 CCDS48130.1 IQSEC2 gene_id:23096|Hs108|chrX (1488) 517 107.6 7.6e-23 CCDS7533.1 GBF1 gene_id:8729|Hs108|chr10 (1859) 482 101.1 8.6e-21 CCDS33276.1 PSD4 gene_id:23550|Hs108|chr2 (1056) 367 79.5 1.6e-14 CCDS34854.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 ( 513) 358 77.6 2.9e-14 CCDS73187.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 ( 645) 358 77.7 3.5e-14 CCDS31272.1 PSD gene_id:5662|Hs108|chr10 (1024) 358 77.8 5.2e-14 CCDS43720.1 PSD3 gene_id:23362|Hs108|chr8 (1047) 358 77.8 5.3e-14 CCDS4216.1 PSD2 gene_id:84249|Hs108|chr5 ( 771) 354 77.0 6.8e-14 CCDS3820.1 FBXO8 gene_id:26269|Hs108|chr4 ( 319) 319 70.2 3.1e-12 >>CCDS12722.1 CYTH2 gene_id:9266|Hs108|chr19 (399 aa) initn: 2686 init1: 2686 opt: 2686 Z-score: 2727.6 bits: 513.6 E(32554): 1.3e-145 Smith-Waterman score: 2686; 100.0% identity (100.0% similar) in 399 aa overlap (1-399:1-399) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 RNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 RNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 LNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVFQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 LNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVFQ 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 STDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIRN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 STDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIRN 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE0 EPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 EPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPR 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE0 GIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPTQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 GIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPTQ 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE0 EEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS12 EEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP 370 380 390 >>CCDS32754.1 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (397 aa) initn: 2300 init1: 2275 opt: 2275 Z-score: 2311.6 bits: 436.6 E(32554): 2e-122 Smith-Waterman score: 2275; 83.0% identity (94.4% similar) in 395 aa overlap (2-396:3-397) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTL :: : : ::: :::.:::::::::::::..::::..:..:. .:.:.: ..: :.. CCDS32 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 QRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGERE :::...::::::::::::::::::.::.::.:: :.::.::::::::::::::::::::. CCDS32 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 ELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVF :.:. ::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: ::: CCDS32 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 QSTDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIR ::::::::::::.::::::::::::.::: .:::.:::::::.:::::::::::::.::. 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CCDS32 PEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH 370 380 390 >>CCDS42392.2 CYTH1 gene_id:9267|Hs108|chr17 (398 aa) initn: 2277 init1: 1533 opt: 2263 Z-score: 2299.4 bits: 434.3 E(32554): 9.3e-122 Smith-Waterman score: 2263; 82.8% identity (94.2% similar) in 396 aa overlap (2-396:3-398) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTL :: : : ::: :::.:::::::::::::..::::..:..:. .:.:.: ..: :.. CCDS42 MEEDDSYVPSDLTAEERQELENIRRRKQELLADIQRLKDEIAEVANEIENLGSTEERKNM 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 QRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGERE :::...::::::::::::::::::.::.::.:: :.::.::::::::::::::::::::. CCDS42 QRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLKNTCEDIAQFLYKGEGLNKTAIGDYLGERD 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 ELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVF :.:. ::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: ::: CCDS42 EFNIQVLHAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCQCNNGVF 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 QSTDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIR ::::::::::::.::::::::::::.::: .:::.:::::::.:::::::::::::.::. 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CCDS42 TPEEKEEWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH 370 380 390 >>CCDS5346.1 CYTH3 gene_id:9265|Hs108|chr7 (399 aa) initn: 2221 init1: 2221 opt: 2224 Z-score: 2259.9 bits: 427.0 E(32554): 1.5e-119 Smith-Waterman score: 2224; 80.9% identity (94.0% similar) in 397 aa overlap (2-394:3-399) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MEDGVYE----PPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEG ::: : : ::. ::: :: .:::::.::. .:.::. :..:.:.:...: . : CCDS53 MDEDGGGEGGGVPEDLSLEEREELLDIRRRKKELIDDIERLKYEIAEVMTEIDNLTSVEE 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 SKTLQRNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYL ::: :::...::::::::::::::::::.::.:::..::..:.:::::::::::.::::: CCDS53 SKTTQRNKQIAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENDLLQSSPEDVAQFLYKGEGLNKTVIGDYL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 GEREELNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCN :::.:.:. ::.:::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::: CCDS53 GERDEFNIKVLQAFVELHEFADLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFASRYCLCN 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 PGVFQSTDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLY ::::::::::::::::.::::::::: :::::: :::.::::::::::::::::::::: CCDS53 PGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFIAMNRGINEGGDLPEELLRNLY 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 DSIRNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT .::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 ESIKNEPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTT 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 350 pF1KE0 DKEPRGIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRI ::::::::::::::::::.::::::::::: :..:::.:::::::::::::::::.:::: CCDS53 DKEPRGIIPLENLSIREVEDPRKPNCFELYNPSHKGQVIKACKTEADGRVVEGNHVVYRI 310 320 330 340 350 360 360 370 380 390 pF1KE0 SAPTQEEKDEWIKSIQAAVSVDPFYEMLAARKKRISVKKKQEQP :::. :::.::.:::.:..: ::::.:::.::.::. :: CCDS53 SAPSPEEKEEWMKSIKASISRDPFYDMLATRKRRIANKK 370 380 390 >>CCDS13946.1 CYTH4 gene_id:27128|Hs108|chr22 (394 aa) initn: 1939 init1: 1939 opt: 1939 Z-score: 1971.5 bits: 373.6 E(32554): 1.7e-103 Smith-Waterman score: 1939; 69.6% identity (90.5% similar) in 388 aa overlap (7-394:7-394) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MEDGVYEPPDLTPEERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQ :: .:. : ::. :. ....:: .::.:..:......... .:. : :. : CCDS13 MDLCHPEPAELSSGETEELQRIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESAEESRMAQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 RNRKMAMGRKKFNMDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREE ..... .::::::::: ::::...:..:: ..::::::::::::::::: :::::. CCDS13 KEKELCIGRKKFNMDPAKGIQYFIEHKLLTPDVQDIARFLYKGEGLNKTAIGTYLGERDP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 LNLAVLHAFVDLHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPGVFQ .:: ::.:::: :::..::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::: CCDS13 INLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFATRYCLCNPGVFQ 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 STDTCYVLSFAVIMLNTSLHNPNVRDKPGLERFVAMNRGINEGGDLPEELLRNLYDSIRN ::::::::::..::::::::::::::.: .::::.::::::.:.::::. ::::.:::.. CCDS13 STDTCYVLSFSIIMLNTSLHNPNVRDRPPFERFVSMNRGINNGSDLPEDQLRNLFDSIKS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE0 EPFKIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEYTTDKEPR :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::: CCDS13 EPFSIPEDDGNDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEPR 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE0 GIIPLENLSIREVDDPRKPNCFELYIPNNKGQLIKACKTEADGRVVEGNHMVYRISAPTQ :::::::::...::::.:: :.::: :. .:: ::::::..:::::::.: ::::: . 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CCDS13 EERDQWIESIRASITRVPFYDLVSTRKKKIASKQ 370 380 390 >>CCDS6199.1 ARFGEF1 gene_id:10565|Hs108|chr8 (1849 aa) initn: 591 init1: 396 opt: 617 Z-score: 623.4 bits: 126.4 E(32554): 2.1e-28 Smith-Waterman score: 617; 45.1% identity (77.2% similar) in 206 aa overlap (45-247:681-886) 20 30 40 50 60 70 pF1KE0 ERMELENIRRRKQELLVEIQRLREELSEAMSEVEGLEANEGSKTLQRNRKMA-MGRKKFN ... : . : ..:...... .: :: CCDS61 SEIKHPETINRYGSLNSLESTSSSGIGSYSTQMSGTDNPEQFEVLKQQKEIIEQGIDLFN 660 670 680 690 700 710 80 90 100 110 120 130 pF1KE0 MDPKKGIQFLVENELLQNTPEEIARFLYKGEGLNKTAIGDYLGEREELNLAVLHAFVDLH ::.:::.: :. .: .:::.::.::.. : :..: .:..::. ...: :..:.:: : CCDS61 KKPKRGIQYLQEQGMLGTTPEDIAQFLHQEERLDSTQVGEFLGDNDKFNKEVMYAYVDQH 720 730 740 750 760 770 140 150 160 170 180 190 pF1KE0 EFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAQRYCLCNPG--VFQSTDTCYVLSFA .:. ..:.:::.:: .::::::::::::.:: :: :: :: : .: :.:: :::... 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