Result of FASTA (omim) for pF1KE0394
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0394, 1120 aa
  1>>>pF1KE0394 1120 - 1120 aa - 1120 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1919+/-0.000413; mu= 18.1638+/- 0.026
 mean_var=89.6002+/-17.308, 0's: 0 Z-trim(112.1): 48  B-trim: 93 in 1/53
 Lambda= 0.135494
 statistics sampled from 20913 (20960) to 20913 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.597), E-opt: 0.2 (0.246), width:  16
 Scan time: 12.570

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001952 (OMIM: 130610,609306) elongation factor  ( 858)  440 97.0 5.1e-19
NP_001136077 (OMIM: 603892,610536) 116 kDa U5 smal ( 937)  432 95.5 1.6e-18
NP_004238 (OMIM: 603892,610536) 116 kDa U5 small n ( 972)  432 95.5 1.7e-18
NP_001245282 (OMIM: 603892,610536) 116 kDa U5 smal ( 972)  432 95.5 1.7e-18
NP_001332797 (OMIM: 617064,617065) translation fac ( 629)  381 85.4 1.2e-15
NP_068746 (OMIM: 617064,617065) translation factor ( 669)  381 85.4 1.2e-15
NP_001245283 (OMIM: 603892,610536) 116 kDa U5 smal ( 962)  383 85.9 1.3e-15
NP_733781 (OMIM: 606544) ribosome-releasing factor ( 513)  328 75.0 1.3e-12
XP_011541993 (OMIM: 606544) PREDICTED: ribosome-re ( 564)  328 75.0 1.4e-12
NP_733792 (OMIM: 606544) ribosome-releasing factor ( 732)  328 75.1 1.7e-12
XP_016865475 (OMIM: 606544) PREDICTED: ribosome-re ( 779)  328 75.1 1.8e-12
NP_115756 (OMIM: 606544) ribosome-releasing factor ( 779)  328 75.1 1.8e-12
NP_001268231 (OMIM: 606544) ribosome-releasing fac ( 811)  328 75.1 1.9e-12
NP_001295095 (OMIM: 606639,609060) elongation fact ( 591)  304 70.3 3.8e-11
NP_079272 (OMIM: 606639,609060) elongation factor  ( 751)  304 70.4 4.6e-11
NP_001295093 (OMIM: 606639,609060) elongation fact ( 770)  304 70.4 4.7e-11
XP_006713858 (OMIM: 606639,609060) PREDICTED: elon ( 712)  301 69.8 6.6e-11
XP_011544230 (OMIM: 602389,610678) PREDICTED: elon ( 427)  220 53.8 2.5e-06
NP_003312 (OMIM: 602389,610678) elongation factor  ( 455)  220 53.9 2.7e-06
XP_016879108 (OMIM: 602389,610678) PREDICTED: elon ( 455)  220 53.9 2.7e-06
NP_056988 (OMIM: 606086) eukaryotic translation in (1220)  193 48.8 0.00024


>>NP_001952 (OMIM: 130610,609306) elongation factor 2 [H  (858 aa)
 initn: 1670 init1: 432 opt: 440  Z-score: 462.4  bits: 97.0 E(85289): 5.1e-19
Smith-Waterman score: 1465; 30.5% identity (53.2% similar) in 1130 aa overlap (1-1100:1-844)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTLADCLISSNGIISSRLAGKLRYMDSR
       ::  ..:..  .. . :::::. :.:::::::.::.: :. . :::.:  ::. :. :.:
NP_001 MVNFTVDQIRAIMDKKANIRNMSVIAHVDHGKSTLTDSLVCKAGIIASARAGETRFTDTR
               10        20        30        40        50        60

               70        80                    90       100        
pF1KE0 EDEQIRGITMKSSAISLHYATGNEE------------YLINLIDSPGHVDFSSEVSTAVR
       .::: : ::.::.:::: :  ....            .:::::::::::::::::..:.:
NP_001 KDEQERCITIKSTAISLFYELSENDLNFIKQSKDGAGFLINLIDSPGHVDFSSEVTAALR
               70        80        90       100       110       120

      110       120       130       140       150       160        
pF1KE0 ICDGCIIVVDAVEGVCPQTQAVLRQAWLENIRPVLVINKIDRLIVELKFTPQEAYSHLKN
       . :: ..::: : ::: ::..:::::  : :.:::..::.:: ..::.. :.: :. .. 
NP_001 VTDGALVVVDCVSGVCVQTETVLRQAIAERIKPVLMMNKMDRALLELQLEPEELYQTFQR
              130       140       150       160       170       180

      170       180       190       200       210       220        
pF1KE0 ILEQINALTGTLFTSKVLEERAERETESQVNPNSEQGEQVYDWSTGLEDTDDSHLYFSPE
       :.:..:.. .:               :.. .:   .:. . :                : 
NP_001 IVENVNVIISTY-------------GEGESGP---MGNIMID----------------PV
              190                       200                        

      230       240       250                  260         270     
pF1KE0 QGNVVFTSAIDGWGFGIEHFARIYSQKIGIK-----------KEV--LMKTLWGDYYINM
        :.: : :.. ::.: ...::..:  :.. :           :.:  .:: :::: :.. 
NP_001 LGTVGFGSGLHGWAFTLKQFAEMYVAKFAAKGEGQLGPAERAKKVEDMMKKLWGDRYFDP
      210       220       230       240       250       260        

         280        290         300       310       320       330  
pF1KE0 KAKKIMKGDQA-KGKK-P-LFVQLILENIWSLYDAVLKKDKDKIDKIVTSLGLKIGAREA
          :. :.  . .::: :  : ::::. :....::...  :..  :.. .: .:. . : 
NP_001 ANGKFSKSATSPEGKKLPRTFCQLILDPIFKVFDAIMNFKKEETAKLIEKLDIKLDS-ED
      270       280       290       300       310       320        

            340       350       360       370       380       390  
pF1KE0 RHSDPKVQINAICSQWLPISHAVLAMVCQKLPSPLDITAERVERLMCTGSQTFDSFPPET
       . .. :  ..:.  .::: . :.: :.  .::::.     : : :.  :       ::. 
NP_001 KDKEGKPLLKAVMRRWLPAGDALLQMITIHLPSPVTAQKYRCE-LLYEG-------PPDD
       330       340       350       360       370                 

            400       410       420       430       440       450  
pF1KE0 QALKAAFMKCGSEDTAPVIIFVSKMFAVDAKALPQNKPRPLTQEEIAQRRERARQRHAEK
       .:   .. .:  .  .:.....:::                                   
NP_001 EA-AMGIKSC--DPKGPLMMYISKMV----------------------------------
     380          390       400                                    

            460       470       480       490       500       510  
pF1KE0 LAAAQGQAPLEPTQDGSAIETCPKGEEPRGDEQQVESMTPKPVLQEENNQESFIAFARVF
                  ::.:        ::.                          : ::.:::
NP_001 -----------PTSD--------KGR--------------------------FYAFGRVF
                                                         410       

            520       530       540       550       560       570  
pF1KE0 SGVARRGKKIFVLGPKYSPLEFLRRVPLGFSAPPDGLPQVPHMAYCALENLYLLMGRELE
       ::..  : :. ..::.:.:            .  . :   :      ..   :.::: .:
NP_001 SGLVSTGLKVRIMGPNYTP------------GKKEDLYLKP------IQRTILMMGRYVE
       420       430                   440             450         

            580       590       600       610       620       630  
pF1KE0 YLEEVPPGNVLGIGGLQDFVLKSATLCSLPSCPPFIPLNFEATPIVRVAVEPKHPSEMPQ
        .:.:: ::..:. :...:..:..:. ..     .  ..: ..:.:::::: :.:...:.
NP_001 PIEDVPCGNIVGLVGVDQFLVKTGTITTFEHAHNMRVMKFSVSPVVRVAVEAKNPADLPK
     460       470       480       490       500       510         

            640       650       660       670       680       690  
pF1KE0 LVKGMKLLNQADPCVQILIQETGEHVLVTAGEVHLQRCLDDLKERFAKIHISVSEPIIPF
       ::.:.: : ..:: :: .:.:.:::... :::.::. :: ::.:  : : :. :.:.. .
NP_001 LVEGLKRLAKSDPMVQCIIEESGEHIIAGAGELHLEICLKDLEEDHACIPIKKSDPVVSY
     520       530       540       550       560       570         

            700       710       720       730       740       750  
pF1KE0 RETITKPPKVDMVNEEIGKQQKVAVIHQMKEDQSKIPEGIQVDSDGLITITTPNKLATLS
       :::...                                    .:. :    .:::   : 
NP_001 RETVSE------------------------------------ESNVLCLSKSPNKHNRLY
     580                                           590       600   

            760       770       780       790       800       810  
pF1KE0 VRAMPLPEEVTQILEENSDLIRSMEQLTSSLNEGENTHMIHQKTQEKIWEFKGKLEQHLT
       ..: :.:.                  :. ....:: .   .:. ...   .  : :  ..
NP_001 MKARPFPD-----------------GLAEDIDKGEVS--ARQELKQRARYLAEKYEWDVA
           610                        620         630       640    

            820       830       840       850       860       870  
pF1KE0 GRRWRNIVDQIWSFGPRKCGPNILVNKSEDFQNSVWTGPADKASKEASRYRDLGNSIVSG
         :      .:: :::   :::::.. ..  :                   .. .:.:.:
NP_001 EAR------KIWCFGPDGTGPNILTDITKGVQ----------------YLNEIKDSVVAG
                650       660       670                       680  

            880       890       900       910       920       930  
pF1KE0 FQLATLSGPMCEEPLMGVCFVLEKWDLSKFEEQGASDLAKEGQEENETCSGGNENQELQD
       :: ::  : .::: . :: : ..   :        .:  ..:                  
NP_001 FQWATKEGALCEENMRGVRFDVHDVTLH-------ADAIHRG------------------
            690       700       710                                

            940       950       960       970         980       990
pF1KE0 GCSEAFEKRTSQKGESPLTDCYGPFSGQLIATMKEACRYA--LQVKPQRLMAAMYTCDIM
                                .::.: : .. : ::  : ..: :::  .:  .:.
NP_001 -------------------------GGQIIPTARR-CLYASVLTAQP-RLMEPIYLVEIQ
                                720        730        740       750

             1000      1010      1020      1030      1040      1050
pF1KE0 ATGDVLGRVYAVLSKREGRVLQEEMKEGTDMFIIKAVLPVAESFGFADEIRKRTSGLASP
          .:.: .:.::....:.:..: .  :: ::..:: ::: :::::. ..:. :.: : :
NP_001 CPEQVVGGIYGVLNRKRGHVFEESQVAGTPMFVVKAYLPVNESFGFTADLRSNTGGQAFP
              760       770       780       790       800       810

             1060      1070      1080      1090      1100      1110
pF1KE0 QLVFSHWEIIPSDPFWVPTTEEEYLHFGEKADSENQARKYMNAVRKRKGLYVEEKIVEHA
       : ::.::.:.:.:::                :. ..  . .  .::::::          
NP_001 QCVFDHWQILPGDPF----------------DNSSRPSQVVAETRKRKGLKEGIPALDNF
              820                       830       840       850    

             1120
pF1KE0 EKQRTLSKNK
                 
NP_001 LDKL      
                 

>>NP_001136077 (OMIM: 603892,610536) 116 kDa U5 small nu  (937 aa)
 initn: 1251 init1: 299 opt: 432  Z-score: 453.4  bits: 95.5 E(85289): 1.6e-18
Smith-Waterman score: 1012; 25.9% identity (51.1% similar) in 1102 aa overlap (6-1100:81-908)

                                        10        20        30     
pF1KE0                          MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTL
                                     .: . .:. :.  :::. . .:. :::: .
NP_001 TQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLADLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKTCF
               60        70        80        90       100       110

          40         50        60        70        80         90   
pF1KE0 ADCLI-SSNGIISSRLAGKLRYMDSREDEQIRGITMKSSAISLHYA-TGNEEYLINLIDS
       .:::: ...  : .:    : : :    :: ::. .::. ...    : .. ::.:..:.
NP_001 VDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVGIKSTPVTVVLPDTKGKSYLFNIMDT
              120       130       140       150       160       170

           100       110       120       130       140       150   
pF1KE0 PGHVDFSSEVSTAVRICDGCIIVVDAVEGVCPQTQAVLRQAWLENIRPVLVINKIDRLIV
       ::::.::.::....:: :: .. .::.:::  .:. ....:  : .  .. ::::::::.
NP_001 PGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTERLIKHAVQERLAVTVCINKIDRLIL
              180       190       200       210       220       230

           160       170       180       190       200       210   
pF1KE0 ELKFTPQEAYSHLKNILEQINALTGTLFTSKVLEERAERETESQVNPNSEQGEQVYDWST
       :::. : .:: .:..:....:.:  .....                              
NP_001 ELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLI-SMYST------------------------------
              240       250                                        

           220       230       240       250        260       270  
pF1KE0 GLEDTDDSHLYFSPEQGNVVFTSAIDGWGFGIEHFARIYSQKIG-IKKEVLMKTLWGDYY
             : .: .::  ::: :.:.  .  : .  ::.::.. .: :. . . : :::: :
NP_001 ------DENLILSPLLGNVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIY
           260       270       280       290       300       310   

            280       290       300       310       320       330  
pF1KE0 INMKAKKIMKGDQAKGKKPLFVQLILENIWSLYDAVLKKDKDKIDKIVTSLGLKIGAREA
       .: :..:. :   .....  ::..::: ....   :.     .. . .  ::... ..: 
NP_001 FNPKTRKFTKKAPTSSSQRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHL-TKEE
           320       330       340       350       360        370  

            340       350       360       370       380       390  
pF1KE0 RHSDPKVQINAICSQWLPISHAVLAMVCQKLPSPLDITAERVERLMCTGSQTFDSFPPET
        . . .  .  .:....    . . :  :..:::   .  ..:. .  :    ::     
NP_001 LKLNIRPLLRLVCKKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGG---VDS-----
            380       390       400       410       420            

            400       410       420       430       440       450  
pF1KE0 QALKAAFMKCGSEDTAPVIIFVSKMFAVDAKALPQNKPRPLTQEEIAQRRERARQRHAEK
         :  :.  :  .  .:..  ..::...:                               
NP_001 -DLGEAMSDC--DPDGPLMCHTTKMYSTD-------------------------------
           430         440       450                               

            460       470       480       490       500       510  
pF1KE0 LAAAQGQAPLEPTQDGSAIETCPKGEEPRGDEQQVESMTPKPVLQEENNQESFIAFARVF
                     ::                                   .: ::.::.
NP_001 --------------DGV----------------------------------QFHAFGRVL
                                                              460  

            520       530       540       550       560       570  
pF1KE0 SGVARRGKKIFVLGPKYSPLEFLRRVPLGFSAPPDGLPQVPHMAYCALENLYLLMGRELE
       ::. . :. . ::: .:. ::             :.  :.     :..  :.. ..:   
NP_001 SGTIHAGQPVKVLGENYT-LE----------DEEDS--QI-----CTVGRLWISVARYHI
            470       480                         490       500    

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pF1KE0 YLEEVPPGNVLGIGGLQDFVLKSATLCSLPS----CPPFIPLNFEATPIVRVAVEPKHPS
        ...:: :: . : :... ..:.::. . :        : ::.:..: ....:::: .::
NP_001 EVNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATI-TEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPS
          510       520       530        540       550       560   

      630       640       650       660       670       680        
pF1KE0 EMPQLVKGMKLLNQADPCVQILIQETGEHVLVTAGEVHLQRCLDDLKERFAKIHISVSEP
       :.:... :.. .:.. : .   ..:.::::.. .::..:.  . ::.. ...: :.:..:
NP_001 ELPKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADP
           570       580       590       600       610       620   

      690       700       710       720       730       740        
pF1KE0 IIPFRETITKPPKVDMVNEEIGKQQKVAVIHQMKEDQSKIPEGIQVDSDGLITITTPNKL
       .. : ::...  ..    :  .:..:...: .  :      .:.  :             
NP_001 VVTFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLE------KGLAED-------------
           630       640       650             660                 

      750       760       770       780       790       800        
pF1KE0 ATLSVRAMPLPEEVTQILEENSDLIRSMEQLTSSLNEGENTHMIHQKTQEKIWEFKGKLE
                . .::.::  . . :             ::               :. : .
NP_001 ---------IENEVVQITWNRKKL-------------GE--------------FFQTKYD
                   670                    680                      

      810       820       830       840       850       860        
pF1KE0 QHLTGRRWRNIVDQIWSFGPRKCGPNILVNKSEDFQNSVWTGPADKASKEASRYRDLGNS
         : . :      .::.:::   ::::::.          : :..  .   .  .:   :
NP_001 WDLLAAR------SIWAFGPDATGPNILVDD---------TLPSEVDKALLGSVKD---S
      690             700       710                720          730

      870       880       890       900       910       920        
pF1KE0 IVSGFQLATLSGPMCEEPLMGVCFVLEKWDLSKFEEQGASDLAKEGQEENETCSGGNENQ
       ::.::: .:  ::.:.: . .:          ::.   :  .:.:  ..     ::    
NP_001 IVQGFQWGTREGPLCDELIRNV----------KFKILDAV-VAQEPLHR-----GG----
              740       750                 760             770    

      930       940       950       960       970       980        
pF1KE0 ELQDGCSEAFEKRTSQKGESPLTDCYGPFSGQLIATMKEACRYALQVKPQRLMAAMYTCD
                                     ::.: : ...   :. .   :::  .:  .
NP_001 ------------------------------GQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVE
                                            780       790       800

      990      1000      1010      1020      1030      1040        
pF1KE0 IMATGDVLGRVYAVLSKREGRVLQEEMKEGTDMFIIKAVLPVAESFGFADEIRKRTSGLA
       ..: .: .. ::.::..:.:.: :.    :. .. ::: .:. .::::  ..: .:.: :
NP_001 VQAPADCVSAVYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQA
              810       820       830       840       850       860

     1050      1060      1070      1080      1090      1100        
pF1KE0 SPQLVFSHWEIIPSDPFWVPTTEEEYLHFGEKADSENQARKYMNAVRKRKGLYVEEKIVE
           :: ::.:.:.::.     .   ..  :   . . ::..:  .:.::::        
NP_001 FSLSVFHHWQIVPGDPL----DKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISK
              870           880       890       900       910      

     1110      1120         
pF1KE0 HAEKQRTLSKNK         
                            
NP_001 FFDDPMLLELAKQDVVLNYPM
        920       930       

>>NP_004238 (OMIM: 603892,610536) 116 kDa U5 small nucle  (972 aa)
 initn: 1251 init1: 299 opt: 432  Z-score: 453.1  bits: 95.5 E(85289): 1.7e-18
Smith-Waterman score: 1012; 25.9% identity (51.1% similar) in 1102 aa overlap (6-1100:116-943)

                                        10        20        30     
pF1KE0                          MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTL
                                     .: . .:. :.  :::. . .:. :::: .
NP_004 TQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLADLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKTCF
          90       100       110       120       130       140     

          40         50        60        70        80         90   
pF1KE0 ADCLI-SSNGIISSRLAGKLRYMDSREDEQIRGITMKSSAISLHYA-TGNEEYLINLIDS
       .:::: ...  : .:    : : :    :: ::. .::. ...    : .. ::.:..:.
NP_004 VDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVGIKSTPVTVVLPDTKGKSYLFNIMDT
         150       160       170       180       190       200     

           100       110       120       130       140       150   
pF1KE0 PGHVDFSSEVSTAVRICDGCIIVVDAVEGVCPQTQAVLRQAWLENIRPVLVINKIDRLIV
       ::::.::.::....:: :: .. .::.:::  .:. ....:  : .  .. ::::::::.
NP_004 PGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTERLIKHAVQERLAVTVCINKIDRLIL
         210       220       230       240       250       260     

           160       170       180       190       200       210   
pF1KE0 ELKFTPQEAYSHLKNILEQINALTGTLFTSKVLEERAERETESQVNPNSEQGEQVYDWST
       :::. : .:: .:..:....:.:  .....                              
NP_004 ELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLI-SMYST------------------------------
         270       280        290                                  

           220       230       240       250        260       270  
pF1KE0 GLEDTDDSHLYFSPEQGNVVFTSAIDGWGFGIEHFARIYSQKIG-IKKEVLMKTLWGDYY
             : .: .::  ::: :.:.  .  : .  ::.::.. .: :. . . : :::: :
NP_004 ------DENLILSPLLGNVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIY
                300       310       320       330       340        

            280       290       300       310       320       330  
pF1KE0 INMKAKKIMKGDQAKGKKPLFVQLILENIWSLYDAVLKKDKDKIDKIVTSLGLKIGAREA
       .: :..:. :   .....  ::..::: ....   :.     .. . .  ::... ..: 
NP_004 FNPKTRKFTKKAPTSSSQRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHL-TKEE
      350       360       370       380       390       400        

            340       350       360       370       380       390  
pF1KE0 RHSDPKVQINAICSQWLPISHAVLAMVCQKLPSPLDITAERVERLMCTGSQTFDSFPPET
        . . .  .  .:....    . . :  :..:::   .  ..:. .  :    ::     
NP_004 LKLNIRPLLRLVCKKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGG---VDS-----
       410       420       430       440       450                 

            400       410       420       430       440       450  
pF1KE0 QALKAAFMKCGSEDTAPVIIFVSKMFAVDAKALPQNKPRPLTQEEIAQRRERARQRHAEK
         :  :.  :  .  .:..  ..::...:                               
NP_004 -DLGEAMSDC--DPDGPLMCHTTKMYSTD-------------------------------
      460         470       480                                    

            460       470       480       490       500       510  
pF1KE0 LAAAQGQAPLEPTQDGSAIETCPKGEEPRGDEQQVESMTPKPVLQEENNQESFIAFARVF
                     ::                                   .: ::.::.
NP_004 --------------DGV----------------------------------QFHAFGRVL
                                                         490       

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pF1KE0 SGVARRGKKIFVLGPKYSPLEFLRRVPLGFSAPPDGLPQVPHMAYCALENLYLLMGRELE
       ::. . :. . ::: .:. ::             :.  :.     :..  :.. ..:   
NP_004 SGTIHAGQPVKVLGENYT-LE----------DEEDS--QI-----CTVGRLWISVARYHI
       500       510                  520              530         

            580       590       600           610       620        
pF1KE0 YLEEVPPGNVLGIGGLQDFVLKSATLCSLPS----CPPFIPLNFEATPIVRVAVEPKHPS
        ...:: :: . : :... ..:.::. . :        : ::.:..: ....:::: .::
NP_004 EVNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATI-TEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPS
     540       550       560        570       580       590        

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pF1KE0 EMPQLVKGMKLLNQADPCVQILIQETGEHVLVTAGEVHLQRCLDDLKERFAKIHISVSEP
       :.:... :.. .:.. : .   ..:.::::.. .::..:.  . ::.. ...: :.:..:
NP_004 ELPKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADP
      600       610       620       630       640       650        

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pF1KE0 IIPFRETITKPPKVDMVNEEIGKQQKVAVIHQMKEDQSKIPEGIQVDSDGLITITTPNKL
       .. : ::...  ..    :  .:..:...: .  :      .:.  :             
NP_004 VVTFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLE------KGLAED-------------
      660       670       680       690                            

      750       760       770       780       790       800        
pF1KE0 ATLSVRAMPLPEEVTQILEENSDLIRSMEQLTSSLNEGENTHMIHQKTQEKIWEFKGKLE
                . .::.::  . . :             ::               :. : .
NP_004 ---------IENEVVQITWNRKKL-------------GE--------------FFQTKYD
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pF1KE0 QHLTGRRWRNIVDQIWSFGPRKCGPNILVNKSEDFQNSVWTGPADKASKEASRYRDLGNS
         : . :      .::.:::   ::::::.          : :..  .   .  .:   :
NP_004 WDLLAAR------SIWAFGPDATGPNILVDD---------TLPSEVDKALLGSVKD---S
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pF1KE0 IVSGFQLATLSGPMCEEPLMGVCFVLEKWDLSKFEEQGASDLAKEGQEENETCSGGNENQ
       ::.::: .:  ::.:.: . .:          ::.   :  .:.:  ..     ::    
NP_004 IVQGFQWGTREGPLCDELIRNV----------KFKILDAV-VAQEPLHR-----GG----
         770       780                 790        800              

      930       940       950       960       970       980        
pF1KE0 ELQDGCSEAFEKRTSQKGESPLTDCYGPFSGQLIATMKEACRYALQVKPQRLMAAMYTCD
                                     ::.: : ...   :. .   :::  .:  .
NP_004 ------------------------------GQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVE
                                       810       820       830     

      990      1000      1010      1020      1030      1040        
pF1KE0 IMATGDVLGRVYAVLSKREGRVLQEEMKEGTDMFIIKAVLPVAESFGFADEIRKRTSGLA
       ..: .: .. ::.::..:.:.: :.    :. .. ::: .:. .::::  ..: .:.: :
NP_004 VQAPADCVSAVYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQA
         840       850       860       870       880       890     

     1050      1060      1070      1080      1090      1100        
pF1KE0 SPQLVFSHWEIIPSDPFWVPTTEEEYLHFGEKADSENQARKYMNAVRKRKGLYVEEKIVE
           :: ::.:.:.::.     .   ..  :   . . ::..:  .:.::::        
NP_004 FSLSVFHHWQIVPGDPL----DKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISK
         900       910           920       930       940       950 

     1110      1120         
pF1KE0 HAEKQRTLSKNK         
                            
NP_004 FFDDPMLLELAKQDVVLNYPM
             960       970  

>>NP_001245282 (OMIM: 603892,610536) 116 kDa U5 small nu  (972 aa)
 initn: 1251 init1: 299 opt: 432  Z-score: 453.1  bits: 95.5 E(85289): 1.7e-18
Smith-Waterman score: 1012; 25.9% identity (51.1% similar) in 1102 aa overlap (6-1100:116-943)

                                        10        20        30     
pF1KE0                          MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTL
                                     .: . .:. :.  :::. . .:. :::: .
NP_001 TQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLADLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKTCF
          90       100       110       120       130       140     

          40         50        60        70        80         90   
pF1KE0 ADCLI-SSNGIISSRLAGKLRYMDSREDEQIRGITMKSSAISLHYA-TGNEEYLINLIDS
       .:::: ...  : .:    : : :    :: ::. .::. ...    : .. ::.:..:.
NP_001 VDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVGIKSTPVTVVLPDTKGKSYLFNIMDT
         150       160       170       180       190       200     

           100       110       120       130       140       150   
pF1KE0 PGHVDFSSEVSTAVRICDGCIIVVDAVEGVCPQTQAVLRQAWLENIRPVLVINKIDRLIV
       ::::.::.::....:: :: .. .::.:::  .:. ....:  : .  .. ::::::::.
NP_001 PGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTERLIKHAVQERLAVTVCINKIDRLIL
         210       220       230       240       250       260     

           160       170       180       190       200       210   
pF1KE0 ELKFTPQEAYSHLKNILEQINALTGTLFTSKVLEERAERETESQVNPNSEQGEQVYDWST
       :::. : .:: .:..:....:.:  .....                              
NP_001 ELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLI-SMYST------------------------------
         270       280        290                                  

           220       230       240       250        260       270  
pF1KE0 GLEDTDDSHLYFSPEQGNVVFTSAIDGWGFGIEHFARIYSQKIG-IKKEVLMKTLWGDYY
             : .: .::  ::: :.:.  .  : .  ::.::.. .: :. . . : :::: :
NP_001 ------DENLILSPLLGNVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIY
                300       310       320       330       340        

            280       290       300       310       320       330  
pF1KE0 INMKAKKIMKGDQAKGKKPLFVQLILENIWSLYDAVLKKDKDKIDKIVTSLGLKIGAREA
       .: :..:. :   .....  ::..::: ....   :.     .. . .  ::... ..: 
NP_001 FNPKTRKFTKKAPTSSSQRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHL-TKEE
      350       360       370       380       390       400        

            340       350       360       370       380       390  
pF1KE0 RHSDPKVQINAICSQWLPISHAVLAMVCQKLPSPLDITAERVERLMCTGSQTFDSFPPET
        . . .  .  .:....    . . :  :..:::   .  ..:. .  :    ::     
NP_001 LKLNIRPLLRLVCKKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGG---VDS-----
       410       420       430       440       450                 

            400       410       420       430       440       450  
pF1KE0 QALKAAFMKCGSEDTAPVIIFVSKMFAVDAKALPQNKPRPLTQEEIAQRRERARQRHAEK
         :  :.  :  .  .:..  ..::...:                               
NP_001 -DLGEAMSDC--DPDGPLMCHTTKMYSTD-------------------------------
      460         470       480                                    

            460       470       480       490       500       510  
pF1KE0 LAAAQGQAPLEPTQDGSAIETCPKGEEPRGDEQQVESMTPKPVLQEENNQESFIAFARVF
                     ::                                   .: ::.::.
NP_001 --------------DGV----------------------------------QFHAFGRVL
                                                         490       

            520       530       540       550       560       570  
pF1KE0 SGVARRGKKIFVLGPKYSPLEFLRRVPLGFSAPPDGLPQVPHMAYCALENLYLLMGRELE
       ::. . :. . ::: .:. ::             :.  :.     :..  :.. ..:   
NP_001 SGTIHAGQPVKVLGENYT-LE----------DEEDS--QI-----CTVGRLWISVARYHI
       500       510                  520              530         

            580       590       600           610       620        
pF1KE0 YLEEVPPGNVLGIGGLQDFVLKSATLCSLPS----CPPFIPLNFEATPIVRVAVEPKHPS
        ...:: :: . : :... ..:.::. . :        : ::.:..: ....:::: .::
NP_001 EVNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATI-TEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPS
     540       550       560        570       580       590        

      630       640       650       660       670       680        
pF1KE0 EMPQLVKGMKLLNQADPCVQILIQETGEHVLVTAGEVHLQRCLDDLKERFAKIHISVSEP
       :.:... :.. .:.. : .   ..:.::::.. .::..:.  . ::.. ...: :.:..:
NP_001 ELPKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADP
      600       610       620       630       640       650        

      690       700       710       720       730       740        
pF1KE0 IIPFRETITKPPKVDMVNEEIGKQQKVAVIHQMKEDQSKIPEGIQVDSDGLITITTPNKL
       .. : ::...  ..    :  .:..:...: .  :      .:.  :             
NP_001 VVTFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLE------KGLAED-------------
      660       670       680       690                            

      750       760       770       780       790       800        
pF1KE0 ATLSVRAMPLPEEVTQILEENSDLIRSMEQLTSSLNEGENTHMIHQKTQEKIWEFKGKLE
                . .::.::  . . :             ::               :. : .
NP_001 ---------IENEVVQITWNRKKL-------------GE--------------FFQTKYD
              700       710                                  720   

      810       820       830       840       850       860        
pF1KE0 QHLTGRRWRNIVDQIWSFGPRKCGPNILVNKSEDFQNSVWTGPADKASKEASRYRDLGNS
         : . :      .::.:::   ::::::.          : :..  .   .  .:   :
NP_001 WDLLAAR------SIWAFGPDATGPNILVDD---------TLPSEVDKALLGSVKD---S
           730             740                750       760        

      870       880       890       900       910       920        
pF1KE0 IVSGFQLATLSGPMCEEPLMGVCFVLEKWDLSKFEEQGASDLAKEGQEENETCSGGNENQ
       ::.::: .:  ::.:.: . .:          ::.   :  .:.:  ..     ::    
NP_001 IVQGFQWGTREGPLCDELIRNV----------KFKILDAV-VAQEPLHR-----GG----
         770       780                 790        800              

      930       940       950       960       970       980        
pF1KE0 ELQDGCSEAFEKRTSQKGESPLTDCYGPFSGQLIATMKEACRYALQVKPQRLMAAMYTCD
                                     ::.: : ...   :. .   :::  .:  .
NP_001 ------------------------------GQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVE
                                       810       820       830     

      990      1000      1010      1020      1030      1040        
pF1KE0 IMATGDVLGRVYAVLSKREGRVLQEEMKEGTDMFIIKAVLPVAESFGFADEIRKRTSGLA
       ..: .: .. ::.::..:.:.: :.    :. .. ::: .:. .::::  ..: .:.: :
NP_001 VQAPADCVSAVYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQA
         840       850       860       870       880       890     

     1050      1060      1070      1080      1090      1100        
pF1KE0 SPQLVFSHWEIIPSDPFWVPTTEEEYLHFGEKADSENQARKYMNAVRKRKGLYVEEKIVE
           :: ::.:.:.::.     .   ..  :   . . ::..:  .:.::::        
NP_001 FSLSVFHHWQIVPGDPL----DKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISK
         900       910           920       930       940       950 

     1110      1120         
pF1KE0 HAEKQRTLSKNK         
                            
NP_001 FFDDPMLLELAKQDVVLNYPM
             960       970  

>>NP_001332797 (OMIM: 617064,617065) translation factor   (629 aa)
 initn: 364 init1: 260 opt: 381  Z-score: 402.1  bits: 85.4 E(85289): 1.2e-15
Smith-Waterman score: 381; 38.8% identity (65.7% similar) in 201 aa overlap (18-210:67-260)

                            10        20        30        40       
pF1KE0              MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTLADCLISSNGIIS
                                     ::::. ..:::::::.:::: :.  .: :.
NP_001 GAAPESWATDRLYSSAEFKEKLDMSRFPVENIRNFSIVAHVDHGKSTLADRLLELTGTID
         40        50        60        70        80        90      

        50        60        70        80        90       100       
pF1KE0 SRLAGKLRYMDSREDEQIRGITMKSSAISLHYATGNEEYLINLIDSPGHVDFSSEVSTAV
       .   .: . .:. . :. ::::.:... :: :   ...::.::::.::::::: ::: ..
NP_001 KTKNNK-QVLDKLQVERERGITVKAQTASLFYNCEGKQYLLNLIDTPGHVDFSYEVSRSL
        100        110       120       130       140       150     

       110       120       130       140       150        160      
pF1KE0 RICDGCIIVVDAVEGVCPQTQAVLRQAWLENIRPVLVINKIDRLIVELKFT-PQEAYSHL
         :.: ..:::: ::.  :: : .  :.  ..  . ::::::     :: . :... ...
NP_001 SACQGVLLVVDANEGIQAQTVANFFLAFEAQLSVIPVINKID-----LKNADPERVENQI
         160       170       180       190            200       210

        170              180       190       200       210         
pF1KE0 KNILE-------QINALTGTLFTSKVLEERAERETESQVNPNSEQGEQVYDWSTGLEDTD
       .....       .:.:  ::   : ::.   ::    .:. ..     :.:         
NP_001 EKVFDIPSDECIKISAKLGTNVES-VLQAIIERIPPPKVHRKNPLRALVFDSTFDQYRGV
              220       230        240       250       260         

     220       230       240       250       260       270         
pF1KE0 DSHLYFSPEQGNVVFTSAIDGWGFGIEHFARIYSQKIGIKKEVLMKTLWGDYYINMKAKK
                                                                   
NP_001 IANVALFDGVVSKGDKIVSAHTQKTYEVNEVGVLNPNEQPTHKLYAGQVGYLIAGMKDVT
     270       280       290       300       310       320         

>>NP_068746 (OMIM: 617064,617065) translation factor GUF  (669 aa)
 initn: 364 init1: 260 opt: 381  Z-score: 401.7  bits: 85.4 E(85289): 1.2e-15
Smith-Waterman score: 381; 38.8% identity (65.7% similar) in 201 aa overlap (18-210:67-260)

                            10        20        30        40       
pF1KE0              MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTLADCLISSNGIIS
                                     ::::. ..:::::::.:::: :.  .: :.
NP_068 GAAPESWATDRLYSSAEFKEKLDMSRFPVENIRNFSIVAHVDHGKSTLADRLLELTGTID
         40        50        60        70        80        90      

        50        60        70        80        90       100       
pF1KE0 SRLAGKLRYMDSREDEQIRGITMKSSAISLHYATGNEEYLINLIDSPGHVDFSSEVSTAV
       .   .: . .:. . :. ::::.:... :: :   ...::.::::.::::::: ::: ..
NP_068 KTKNNK-QVLDKLQVERERGITVKAQTASLFYNCEGKQYLLNLIDTPGHVDFSYEVSRSL
        100        110       120       130       140       150     

       110       120       130       140       150        160      
pF1KE0 RICDGCIIVVDAVEGVCPQTQAVLRQAWLENIRPVLVINKIDRLIVELKFT-PQEAYSHL
         :.: ..:::: ::.  :: : .  :.  ..  . ::::::     :: . :... ...
NP_068 SACQGVLLVVDANEGIQAQTVANFFLAFEAQLSVIPVINKID-----LKNADPERVENQI
         160       170       180       190            200       210

        170              180       190       200       210         
pF1KE0 KNILE-------QINALTGTLFTSKVLEERAERETESQVNPNSEQGEQVYDWSTGLEDTD
       .....       .:.:  ::   : ::.   ::    .:. ..     :.:         
NP_068 EKVFDIPSDECIKISAKLGTNVES-VLQAIIERIPPPKVHRKNPLRALVFDSTFDQYRGV
              220       230        240       250       260         

     220       230       240       250       260       270         
pF1KE0 DSHLYFSPEQGNVVFTSAIDGWGFGIEHFARIYSQKIGIKKEVLMKTLWGDYYINMKAKK
                                                                   
NP_068 IANVALFDGVVSKGDKIVSAHTQKTYEVNEVGVLNPNEQPTHKLYAGQVGYLIAGMKDVT
     270       280       290       300       310       320         

>>NP_001245283 (OMIM: 603892,610536) 116 kDa U5 small nu  (962 aa)
 initn: 1220 init1: 299 opt: 383  Z-score: 401.4  bits: 85.9 E(85289): 1.3e-15
Smith-Waterman score: 963; 25.5% identity (50.4% similar) in 1101 aa overlap (6-1100:116-933)

                                        10        20        30     
pF1KE0                          MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTL
                                     .: . .:. :.  :::. . .:. ::::  
NP_001 TQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLADLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKT--
          90       100       110       120       130       140     

          40        50        60        70        80         90    
pF1KE0 ADCLISSNGIISSRLAGKLRYMDSREDEQIRGITMKSSAISLHYA-TGNEEYLINLIDSP
              .  : .:    : : :    :: ::. .::. ...    : .. ::.:..:.:
NP_001 -------HPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVGIKSTPVTVVLPDTKGKSYLFNIMDTP
                  150       160       170       180       190      

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE0 GHVDFSSEVSTAVRICDGCIIVVDAVEGVCPQTQAVLRQAWLENIRPVLVINKIDRLIVE
       :::.::.::....:: :: .. .::.:::  .:. ....:  : .  .. ::::::::.:
NP_001 GHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTERLIKHAVQERLAVTVCINKIDRLILE
        200       210       220       230       240       250      

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE0 LKFTPQEAYSHLKNILEQINALTGTLFTSKVLEERAERETESQVNPNSEQGEQVYDWSTG
       ::. : .:: .:..:....:.:  .....                               
NP_001 LKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLI-SMYST-------------------------------
        260       270        280                                   

          220       230       240       250        260       270   
pF1KE0 LEDTDDSHLYFSPEQGNVVFTSAIDGWGFGIEHFARIYSQKIG-IKKEVLMKTLWGDYYI
            : .: .::  ::: :.:.  .  : .  ::.::.. .: :. . . : :::: :.
NP_001 -----DENLILSPLLGNVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIYF
               290       300       310       320       330         

           280       290       300       310       320       330   
pF1KE0 NMKAKKIMKGDQAKGKKPLFVQLILENIWSLYDAVLKKDKDKIDKIVTSLGLKIGAREAR
       : :..:. :   .....  ::..::: ....   :.     .. . .  ::... ..:  
NP_001 NPKTRKFTKKAPTSSSQRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHL-TKEEL
     340       350       360       370       380       390         

           340       350       360       370       380       390   
pF1KE0 HSDPKVQINAICSQWLPISHAVLAMVCQKLPSPLDITAERVERLMCTGSQTFDSFPPETQ
       . . .  .  .:....    . . :  :..:::   .  ..:. .  :    ::      
NP_001 KLNIRPLLRLVCKKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGG---VDS------
      400       410       420       430       440                  

           400       410       420       430       440       450   
pF1KE0 ALKAAFMKCGSEDTAPVIIFVSKMFAVDAKALPQNKPRPLTQEEIAQRRERARQRHAEKL
        :  :.  :  .  .:..  ..::...:                                
NP_001 DLGEAMSDC--DPDGPLMCHTTKMYSTD--------------------------------
     450         460       470                                     

           460       470       480       490       500       510   
pF1KE0 AAAQGQAPLEPTQDGSAIETCPKGEEPRGDEQQVESMTPKPVLQEENNQESFIAFARVFS
                    ::                                   .: ::.::.:
NP_001 -------------DGV----------------------------------QFHAFGRVLS
                                                        480        

           520       530       540       550       560       570   
pF1KE0 GVARRGKKIFVLGPKYSPLEFLRRVPLGFSAPPDGLPQVPHMAYCALENLYLLMGRELEY
       :. . :. . ::: .:. ::             :.  :.     :..  :.. ..:    
NP_001 GTIHAGQPVKVLGENYT-LE----------DEEDS--QI-----CTVGRLWISVARYHIE
      490       500                  510              520       530

           580       590       600           610       620         
pF1KE0 LEEVPPGNVLGIGGLQDFVLKSATLCSLPS----CPPFIPLNFEATPIVRVAVEPKHPSE
       ...:: :: . : :... ..:.::. . :        : ::.:..: ....:::: .:::
NP_001 VNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATI-TEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPSE
              540       550        560       570       580         

     630       640       650       660       670       680         
pF1KE0 MPQLVKGMKLLNQADPCVQILIQETGEHVLVTAGEVHLQRCLDDLKERFAKIHISVSEPI
       .:... :.. .:.. : .   ..:.::::.. .::..:.  . ::.. ...: :.:..:.
NP_001 LPKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADPV
     590       600       610       620       630       640         

     690       700       710       720       730       740         
pF1KE0 IPFRETITKPPKVDMVNEEIGKQQKVAVIHQMKEDQSKIPEGIQVDSDGLITITTPNKLA
       . : ::...  ..    :  .:..:...: .  :      .:.  :              
NP_001 VTFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLE------KGLAED--------------
     650       660       670       680                             

     750       760       770       780       790       800         
pF1KE0 TLSVRAMPLPEEVTQILEENSDLIRSMEQLTSSLNEGENTHMIHQKTQEKIWEFKGKLEQ
               . .::.::  . . :             ::               :. : . 
NP_001 --------IENEVVQITWNRKKL-------------GE--------------FFQTKYDW
             690       700                                  710    

     810       820       830       840       850       860         
pF1KE0 HLTGRRWRNIVDQIWSFGPRKCGPNILVNKSEDFQNSVWTGPADKASKEASRYRDLGNSI
        : . :      .::.:::   ::::::.          : :..  .   .  .:   ::
NP_001 DLLAAR------SIWAFGPDATGPNILVDD---------TLPSEVDKALLGSVKD---SI
          720             730                740       750         

     870       880       890       900       910       920         
pF1KE0 VSGFQLATLSGPMCEEPLMGVCFVLEKWDLSKFEEQGASDLAKEGQEENETCSGGNENQE
       :.::: .:  ::.:.: . .:          ::.   :  .:.:  ..     ::     
NP_001 VQGFQWGTREGPLCDELIRNV----------KFKILDAV-VAQEPLHR-----GG-----
        760       770                 780        790               

     930       940       950       960       970       980         
pF1KE0 LQDGCSEAFEKRTSQKGESPLTDCYGPFSGQLIATMKEACRYALQVKPQRLMAAMYTCDI
                                    ::.: : ...   :. .   :::  .:  ..
NP_001 -----------------------------GQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVEV
                                      800       810       820      

     990      1000      1010      1020      1030      1040         
pF1KE0 MATGDVLGRVYAVLSKREGRVLQEEMKEGTDMFIIKAVLPVAESFGFADEIRKRTSGLAS
       .: .: .. ::.::..:.:.: :.    :. .. ::: .:. .::::  ..: .:.: : 
NP_001 QAPADCVSAVYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQAF
        830       840       850       860       870       880      

    1050      1060      1070      1080      1090      1100         
pF1KE0 PQLVFSHWEIIPSDPFWVPTTEEEYLHFGEKADSENQARKYMNAVRKRKGLYVEEKIVEH
          :: ::.:.:.::.     .   ..  :   . . ::..:  .:.::::         
NP_001 SLSVFHHWQIVPGDPL----DKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISKF
        890       900           910       920       930       940  

    1110      1120         
pF1KE0 AEKQRTLSKNK         
                           
NP_001 FDDPMLLELAKQDVVLNYPM
            950       960  

>>NP_733781 (OMIM: 606544) ribosome-releasing factor 2,   (513 aa)
 initn: 284 init1: 213 opt: 328  Z-score: 347.4  bits: 75.0 E(85289): 1.3e-12
Smith-Waterman score: 328; 29.0% identity (56.2% similar) in 283 aa overlap (17-293:68-342)

                             10        20        30        40      
pF1KE0               MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTLADCLISSNGII
                                     :.:::: ..::.: :::: .. ..  .:  
NP_733 HVPLGRNCSSLPGLIGNDIKSLHSIINPPIAKIRNIGIMAHIDAGKTTTTERILYYSGY-
        40        50        60        70        80        90       

         50        60            70        80        90       100  
pF1KE0 SSRLAGKLRYMDSRED----EQIRGITMKSSAISLHYATGNEEYLINLIDSPGHVDFSSE
        .:  : .   :.  :    :. ::::..:.:... .    . : .::::.::::::. :
NP_733 -TRSLGDVDDGDTVTDFMAQERERGITIQSAAVTFDW----KGYRVNLIDTPGHVDFTLE
         100       110       120       130           140       150 

            110       120       130       140       150       160  
pF1KE0 VSTAVRICDGCIIVVDAVEGVCPQTQAVLRQAWLENIRPVLVINKIDRLIVELKFTPQEA
       :   .:. :: . : ::  ::  :: .: :::  .::  .  .::.:.  . .:.. .  
NP_733 VERCLRVLDGAVAVFDASAGVEAQTLTVWRQADKHNIPRICFLNKMDKTGASFKYAVESI
             160       170       180       190       200       210 

            170       180       190       200       210       220  
pF1KE0 YSHLKNILEQINALTGTLFTSKVLEERAERETESQVNPNSEQGEQVYDWSTGLEDTDDSH
         .::     ..   :   : : . . . .: .   : ::..:.. .. .  :: .:   
NP_733 REKLKAKPLLLQLPIGEAKTFKGVVDVVMKE-KLLWNCNSNDGKD-FERKPLLEMNDPEL
             220       230       240        250        260         

            230       240       250       260       270       280  
pF1KE0 LYFSPEQGNVVFTSAIDGWGFGIEHFARIYSQKIGIKKEVLMKTLWGDYYINMKAKKIMK
       :  . :  :... .. :      .   . .:... .     ..:      . . :  .. 
NP_733 LKETTEARNALIEQVADLDDEFADLVLEEFSENFDLLPAEKLQTAIHRVTLAQTAVPVLC
     270       280       290       300       310       320         

              290       300       310       320       330       340
pF1KE0 GD--QAKGKKPLFVQLILENIWSLYDAVLKKDKDKIDKIVTSLGLKIGAREARHSDPKVQ
       :.  . :: .::.                                               
NP_733 GSALKNKGIQPLLDAVTMYLPSPEERNYEFLQWYKDDLCALAFKVLHDKQRGPLVFMRIY
     330       340       350       360       370       380         

>>XP_011541993 (OMIM: 606544) PREDICTED: ribosome-releas  (564 aa)
 initn: 284 init1: 213 opt: 328  Z-score: 346.8  bits: 75.0 E(85289): 1.4e-12
Smith-Waterman score: 328; 29.0% identity (56.2% similar) in 283 aa overlap (17-293:68-342)

                             10        20        30        40      
pF1KE0               MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTLADCLISSNGII
                                     :.:::: ..::.: :::: .. ..  .:  
XP_011 HVPLGRNCSSLPGLIGNDIKSLHSIINPPIAKIRNIGIMAHIDAGKTTTTERILYYSGY-
        40        50        60        70        80        90       

         50        60            70        80        90       100  
pF1KE0 SSRLAGKLRYMDSRED----EQIRGITMKSSAISLHYATGNEEYLINLIDSPGHVDFSSE
        .:  : .   :.  :    :. ::::..:.:... .    . : .::::.::::::. :
XP_011 -TRSLGDVDDGDTVTDFMAQERERGITIQSAAVTFDW----KGYRVNLIDTPGHVDFTLE
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         .::     ..   :   : : . . . .: .   : ::..:.. .. .  :: .:   
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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