Result of FASTA (ccds) for pF1KE0077
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0077, 1203 aa
  1>>>pF1KE0077 1203 - 1203 aa - 1203 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7132+/-0.000856; mu= 16.8393+/- 0.052
 mean_var=118.9727+/-24.233, 0's: 0 Z-trim(111.1): 23  B-trim: 292 in 1/50
 Lambda= 0.117585
 statistics sampled from 12114 (12133) to 12114 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.707), E-opt: 0.2 (0.373), width:  16
 Scan time:  4.370

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS516.1 PTCH2 gene_id:8643|Hs108|chr1            (1203) 8077 1382.0       0
CCDS53312.1 PTCH2 gene_id:8643|Hs108|chr1          (1146) 7644 1308.5       0
CCDS43851.1 PTCH1 gene_id:5727|Hs108|chr9          (1296) 2010 352.8 3.2e-96
CCDS47996.1 PTCH1 gene_id:5727|Hs108|chr9          (1381) 2010 352.8 3.4e-96
CCDS47995.1 PTCH1 gene_id:5727|Hs108|chr9          (1446) 2010 352.8 3.5e-96
CCDS6714.1 PTCH1 gene_id:5727|Hs108|chr9           (1447) 2010 352.8 3.5e-96
CCDS11878.1 NPC1 gene_id:4864|Hs108|chr18          (1278)  408 81.0   2e-14
CCDS43575.1 NPC1L1 gene_id:29881|Hs108|chr7        (1332)  372 74.9 1.5e-12
CCDS5491.1 NPC1L1 gene_id:29881|Hs108|chr7         (1359)  372 74.9 1.5e-12


>>CCDS516.1 PTCH2 gene_id:8643|Hs108|chr1                 (1203 aa)
 initn: 8077 init1: 8077 opt: 8077  Z-score: 7403.6  bits: 1382.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 8077; 100.0% identity (100.0% similar) in 1203 aa overlap (1-1203:1-1203)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MTRSPPLRELPPSYTPPARTAAPQILAGSLKAPLWLRAYFQGLLFSLGCGIQRHCGKVLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 MTRSPPLRELPPSYTPPARTAAPQILAGSLKAPLWLRAYFQGLLFSLGCGIQRHCGKVLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 LGLLAFGALALGLRMAIIETNLEQLWVEVGSRVSQELHYTKEKLGEEAAYTSQMLIQTAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 LGLLAFGALALGLRMAIIETNLEQLWVEVGSRVSQELHYTKEKLGEEAAYTSQMLIQTAR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 QEGENILTPEALGLHLQAALTASKVQVSLYGKSWDLNKICYKSGVPLIENGMIERMIEKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 QEGENILTPEALGLHLQAALTASKVQVSLYGKSWDLNKICYKSGVPLIENGMIERMIEKL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 FPCVILTPLDCFWEGAKLQGGSAYLPGRPDIQWTNLDPEQLLEELGPFASLEGFRELLDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 FPCVILTPLDCFWEGAKLQGGSAYLPGRPDIQWTNLDPEQLLEELGPFASLEGFRELLDK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 AQVGQAYVGRPCLHPDDLHCPPSAPNHHSRQAPNVAHELSGGCHGFSHKFMHWQEELLLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 AQVGQAYVGRPCLHPDDLHCPPSAPNHHSRQAPNVAHELSGGCHGFSHKFMHWQEELLLG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 GMARDPQGELLRAEALQSTFLLMSPRQLYEHFRGDYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRRFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 GMARDPQGELLRAEALQSTFLLMSPRQLYEHFRGDYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRRFV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE0 QLAQEALPENASQQIHAFSSTTLDDILHAFSEVSAARVVGGYLLMLAYACVTMLRWDCAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 QLAQEALPENASQQIHAFSSTTLDDILHAFSEVSAARVVGGYLLMLAYACVTMLRWDCAQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE0 SQGSVGLAGVLLVALAVASGLGLCALLGITFNAATTQVLPFLALGIGVDDVFLLAHAFTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 SQGSVGLAGVLLVALAVASGLGLCALLGITFNAATTQVLPFLALGIGVDDVFLLAHAFTE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE0 ALPGTPLQERMGECLQRTGTSVVLTSINNMAAFLMAALVPIPALRAFSLQAAIVVGCTFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 ALPGTPLQERMGECLQRTGTSVVLTSINNMAAFLMAALVPIPALRAFSLQAAIVVGCTFV
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE0 AVMLVFPAILSLDLRRRHCQRLDVLCCFSSPCSAQVIQILPQELGDGTVPVGIAHLTATV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 AVMLVFPAILSLDLRRRHCQRLDVLCCFSSPCSAQVIQILPQELGDGTVPVGIAHLTATV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE0 QAFTHCEASSQHVVTILPPQAHLVPPPSDPLGSELFSPGGSTRDLLGQEEETRQKAACKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 QAFTHCEASSQHVVTILPPQAHLVPPPSDPLGSELFSPGGSTRDLLGQEEETRQKAACKS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE0 LPCARWNLAHFARYQFAPLLLQSHAKAIVLVLFGALLGLSLYGATLVQDGLALTDVVPRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 LPCARWNLAHFARYQFAPLLLQSHAKAIVLVLFGALLGLSLYGATLVQDGLALTDVVPRG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE0 TKEHAFLSAQLRYFSLYEVALVTQGGFDYAHSQRALFDLHQRFSSLKAVLPPPATQAPRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 TKEHAFLSAQLRYFSLYEVALVTQGGFDYAHSQRALFDLHQRFSSLKAVLPPPATQAPRT
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE0 WLHYYRNWLQGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSEDGALAYKLLIQTGDAQEPLDFSQLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 WLHYYRNWLQGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSEDGALAYKLLIQTGDAQEPLDFSQLT
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE0 TRKLVDREGLIPPELFYMGLTVWVSSDPLGLAASQANFYPPPPEWLHDKYDTTGENLRIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 TRKLVDREGLIPPELFYMGLTVWVSSDPLGLAASQANFYPPPPEWLHDKYDTTGENLRIP
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE0 PAQPLEFAQFPFLLRGLQKTADFVEAIEGARAACAEAGQAGVHAYPSGSPFLFWEQYLGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 PAQPLEFAQFPFLLRGLQKTADFVEAIEGARAACAEAGQAGVHAYPSGSPFLFWEQYLGL
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KE0 RRCFLLAVCILLVCTFLVCALLLLNPWTAGLIVLVLAMMTVELFGIMGFLGIKLSAIPVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 RRCFLLAVCILLVCTFLVCALLLLNPWTAGLIVLVLAMMTVELFGIMGFLGIKLSAIPVV
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KE0 ILVASVGIGVEFTVHVALGFLTTQGSRNLRAAHALEHTFAPVTDGAISTLLGLLMLAGSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 ILVASVGIGVEFTVHVALGFLTTQGSRNLRAAHALEHTFAPVTDGAISTLLGLLMLAGSH
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KE0 FDFIVRYFFAALTVLTLLGLLHGLVLLPVLLSILGPPPEVIQMYKESPEILSPPAPQGGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 FDFIVRYFFAALTVLTLLGLLHGLVLLPVLLSILGPPPEVIQMYKESPEILSPPAPQGGG
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KE0 LRWGASSSLPQSFARVTTSMTVAIHPPPLPGAYIHPAPDEPPWSPAATSSGNLSSRGPGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 LRWGASSSLPQSFARVTTSMTVAIHPPPLPGAYIHPAPDEPPWSPAATSSGNLSSRGPGP
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

          
pF1KE0 ATG
       :::
CCDS51 ATG
          

>>CCDS53312.1 PTCH2 gene_id:8643|Hs108|chr1               (1146 aa)
 initn: 7644 init1: 7644 opt: 7644  Z-score: 7006.9  bits: 1308.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7644; 100.0% identity (100.0% similar) in 1142 aa overlap (1-1142:1-1142)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MTRSPPLRELPPSYTPPARTAAPQILAGSLKAPLWLRAYFQGLLFSLGCGIQRHCGKVLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MTRSPPLRELPPSYTPPARTAAPQILAGSLKAPLWLRAYFQGLLFSLGCGIQRHCGKVLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 LGLLAFGALALGLRMAIIETNLEQLWVEVGSRVSQELHYTKEKLGEEAAYTSQMLIQTAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LGLLAFGALALGLRMAIIETNLEQLWVEVGSRVSQELHYTKEKLGEEAAYTSQMLIQTAR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 QEGENILTPEALGLHLQAALTASKVQVSLYGKSWDLNKICYKSGVPLIENGMIERMIEKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QEGENILTPEALGLHLQAALTASKVQVSLYGKSWDLNKICYKSGVPLIENGMIERMIEKL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 FPCVILTPLDCFWEGAKLQGGSAYLPGRPDIQWTNLDPEQLLEELGPFASLEGFRELLDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FPCVILTPLDCFWEGAKLQGGSAYLPGRPDIQWTNLDPEQLLEELGPFASLEGFRELLDK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 AQVGQAYVGRPCLHPDDLHCPPSAPNHHSRQAPNVAHELSGGCHGFSHKFMHWQEELLLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 AQVGQAYVGRPCLHPDDLHCPPSAPNHHSRQAPNVAHELSGGCHGFSHKFMHWQEELLLG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 GMARDPQGELLRAEALQSTFLLMSPRQLYEHFRGDYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRRFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GMARDPQGELLRAEALQSTFLLMSPRQLYEHFRGDYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRRFV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE0 QLAQEALPENASQQIHAFSSTTLDDILHAFSEVSAARVVGGYLLMLAYACVTMLRWDCAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QLAQEALPENASQQIHAFSSTTLDDILHAFSEVSAARVVGGYLLMLAYACVTMLRWDCAQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE0 SQGSVGLAGVLLVALAVASGLGLCALLGITFNAATTQVLPFLALGIGVDDVFLLAHAFTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SQGSVGLAGVLLVALAVASGLGLCALLGITFNAATTQVLPFLALGIGVDDVFLLAHAFTE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE0 ALPGTPLQERMGECLQRTGTSVVLTSINNMAAFLMAALVPIPALRAFSLQAAIVVGCTFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ALPGTPLQERMGECLQRTGTSVVLTSINNMAAFLMAALVPIPALRAFSLQAAIVVGCTFV
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE0 AVMLVFPAILSLDLRRRHCQRLDVLCCFSSPCSAQVIQILPQELGDGTVPVGIAHLTATV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 AVMLVFPAILSLDLRRRHCQRLDVLCCFSSPCSAQVIQILPQELGDGTVPVGIAHLTATV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE0 QAFTHCEASSQHVVTILPPQAHLVPPPSDPLGSELFSPGGSTRDLLGQEEETRQKAACKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QAFTHCEASSQHVVTILPPQAHLVPPPSDPLGSELFSPGGSTRDLLGQEEETRQKAACKS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE0 LPCARWNLAHFARYQFAPLLLQSHAKAIVLVLFGALLGLSLYGATLVQDGLALTDVVPRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LPCARWNLAHFARYQFAPLLLQSHAKAIVLVLFGALLGLSLYGATLVQDGLALTDVVPRG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE0 TKEHAFLSAQLRYFSLYEVALVTQGGFDYAHSQRALFDLHQRFSSLKAVLPPPATQAPRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TKEHAFLSAQLRYFSLYEVALVTQGGFDYAHSQRALFDLHQRFSSLKAVLPPPATQAPRT
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE0 WLHYYRNWLQGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSEDGALAYKLLIQTGDAQEPLDFSQLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 WLHYYRNWLQGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSEDGALAYKLLIQTGDAQEPLDFSQLT
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE0 TRKLVDREGLIPPELFYMGLTVWVSSDPLGLAASQANFYPPPPEWLHDKYDTTGENLRIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TRKLVDREGLIPPELFYMGLTVWVSSDPLGLAASQANFYPPPPEWLHDKYDTTGENLRIP
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE0 PAQPLEFAQFPFLLRGLQKTADFVEAIEGARAACAEAGQAGVHAYPSGSPFLFWEQYLGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PAQPLEFAQFPFLLRGLQKTADFVEAIEGARAACAEAGQAGVHAYPSGSPFLFWEQYLGL
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KE0 RRCFLLAVCILLVCTFLVCALLLLNPWTAGLIVLVLAMMTVELFGIMGFLGIKLSAIPVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RRCFLLAVCILLVCTFLVCALLLLNPWTAGLIVLVLAMMTVELFGIMGFLGIKLSAIPVV
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KE0 ILVASVGIGVEFTVHVALGFLTTQGSRNLRAAHALEHTFAPVTDGAISTLLGLLMLAGSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ILVASVGIGVEFTVHVALGFLTTQGSRNLRAAHALEHTFAPVTDGAISTLLGLLMLAGSH
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KE0 FDFIVRYFFAALTVLTLLGLLHGLVLLPVLLSILGPPPEVIQMYKESPEILSPPAPQGGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FDFIVRYFFAALTVLTLLGLLHGLVLLPVLLSILGPPPEVIQMYKESPEILSPPAPQGGG
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KE0 LRWGASSSLPQSFARVTTSMTVAIHPPPLPGAYIHPAPDEPPWSPAATSSGNLSSRGPGP
       ::                                                          
CCDS53 LRPEEI                                                      
                                                                   

>>CCDS43851.1 PTCH1 gene_id:5727|Hs108|chr9               (1296 aa)
 initn: 3291 init1: 1216 opt: 2010  Z-score: 1840.9  bits: 352.8 E(32554): 3.2e-96
Smith-Waterman score: 3975; 54.9% identity (81.1% similar) in 1086 aa overlap (110-1159:2-1081)

      80        90       100       110       120       130         
pF1KE0 TNLEQLWVEVGSRVSQELHYTKEKLGEEAAYTSQMLIQTARQEGENILTPEALGLHLQAA
                                     .. :..::: ..:: :.:: :::  ::..:
CCDS43                              MFNPQLMIQTPKEEGANVLTTEALLQHLDSA
                                            10        20        30 

     140       150       160       170       180       190         
pF1KE0 LTASKVQVSLYGKSWDLNKICYKSGVPLIENGMIERMIEKLFPCVILTPLDCFWEGAKLQ
       : ::.:.: .:...: :...:::::  . :.:.....:: :.::.:.:::::::::::::
CCDS43 LQASRVHVYMYNRQWKLEHLCYKSGELITETGYMDQIIEYLYPCLIITPLDCFWEGAKLQ
              40        50        60        70        80        90 

     200       210       220        230       240       250        
pF1KE0 GGSAYLPGRPDIQWTNLDPEQLLEELGPFA-SLEGFRELLDKAQVGQAYVGRPCLHPDDL
       .:.::: :.: ..:::.:: ..::::  .  ......:.:.::.::..:. ::::.: : 
CCDS43 SGTAYLLGKPPLRWTNFDPLEFLEELKKINYQVDSWEEMLNKAEVGHGYMDRPCLNPADP
             100       110       120       130       140       150 

      260       270       280       290       300       310        
pF1KE0 HCPPSAPNHHSRQAPNVAHELSGGCHGFSHKFMHWQEELLLGGMARDPQGELLRAEALQS
        :: .:::..: .  ..:  :.:::::.:.:.:::::::..:: ...  :.:. :.:::.
CCDS43 DCPATAPNKNSTKPLDMALVLNGGCHGLSRKYMHWQEELIVGGTVKNSTGKLVSAHALQT
             160       170       180       190       200       210 

      320       330        340       350       360       370       
pF1KE0 TFLLMSPRQLYEHFRG-DYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRRFVQLAQEALPENASQQIHA
        : ::.:.:.::::.: .: .: :.:.:..:...:.:::: .:....... .:..:.. .
CCDS43 MFQLMTPKQMYEHFKGYEYVSH-INWNEDKAAAILEAWQRTYVEVVHQSVAQNSTQKVLS
             220       230        240       250       260       270

       380       390       400       410       420       430       
pF1KE0 FSSTTLDDILHAFSEVSAARVVGGYLLMLAYACVTMLRWDCAQSQGSVGLAGVLLVALAV
       :..:::::::..::.::. ::..::::::::::.:::::::..:::.:::::::::::.:
CCDS43 FTTTTLDDILKSFSDVSVIRVASGYLLMLAYACLTMLRWDCSKSQGAVGLAGVLLVALSV
              280       290       300       310       320       330

       440       450       460       470       480         490     
pF1KE0 ASGLGLCALLGITFNAATTQVLPFLALGIGVDDVFLLAHAFTEALPGT--PLQERMGECL
       :.:::::.:.::.:::::::::::::::.::::::::::::.:.  .   :...: ::::
CCDS43 AAGLGLCSLIGISFNAATTQVLPFLALGVGVDDVFLLAHAFSETGQNKRIPFEDRTGECL
              340       350       360       370       380       390

         500       510       520       530       540       550     
pF1KE0 QRTGTSVVLTSINNMAAFLMAALVPIPALRAFSLQAAIVVGCTFVAVMLVFPAILSLDLR
       .:::.::.::::.:..::.::::.:::::::::::::.::  .:. :.:.::::::.:: 
CCDS43 KRTGASVALTSISNVTAFFMAALIPIPALRAFSLQAAVVVVFNFAMVLLIFPAILSMDLY
              400       410       420       430       440       450

         560       570       580             590                   
pF1KE0 RRHCQRLDVLCCFSSPCSAQVIQILPQELGDG------TVPV-----GIAHLT-----AT
       ::. .:::..:::.::: ..:::. ::   :       . :      ..:: :     .:
CCDS43 RREDRRLDIFCCFTSPCVSRVIQVEPQAYTDTHDNTRYSPPPPYSSHSFAHETQITMQST
              460       470       480       490       500       510

     600       610       620           630       640       650     
pF1KE0 VQAFTHCEASSQHVVTILPPQAHLVPPP----SDPLGSELFSPGGSTRDLLGQEEETRQK
       ::  :. .  ..   :   :....   :    .: :. .     .::::::.:  ..  .
CCDS43 VQLRTEYDPHTHVYYTTAEPRSEISVQPVTVTQDTLSCQSPESTSSTRDLLSQFSDSSLH
              520       530       540       550       560       570

         660       670       680       690       700       710     
pF1KE0 AACKSLPCARWNLAHFARYQFAPLLLQSHAKAIVLVLFGALLGLSLYGATLVQDGLALTD
         :   ::..:.:. ::. ..::.::. .::..:. :: .:::.::::.: :.::: :::
CCDS43 --CLEPPCTKWTLSSFAEKHYAPFLLKPKAKVVVIFLFLGLLGVSLYGTTRVRDGLDLTD
                580       590       600       610       620        

         720       730       740       750       760       770     
pF1KE0 VVPRGTKEHAFLSAQLRYFSLYEVALVTQGGFDYAHSQRALFDLHQRFSSLKAVLPPPAT
       .::: :.:. :..::..:::.:.. .::: . :: . :. :.:::. ::..: :.     
CCDS43 IVPRETREYDFIAAQFKYFSFYNMYIVTQKA-DYPNIQHLLYDLHRSFSNVKYVMLEENK
      630       640       650        660       670       680       

         780       790       800       810       820       830     
pF1KE0 QAPRTWLHYYRNWLQGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSEDGALAYKLLIQTGDAQEPLD
       : :. ::::.:.::::.: :::.:: .:.:  ..:.:::.::.::::::.:::. ..:.:
CCDS43 QLPKMWLHYFRDWLQGLQDAFDSDWETGKIMPNNYKNGSDDGVLAYKLLVQTGSRDKPID
       690       700       710       720       730       740       

         840       850       860       870       880       890     
pF1KE0 FSQLTTRKLVDREGLIPPELFYMGLTVWVSSDPLGLAASQANFYPPPPEWLHDKYDTTGE
       .:::: ..::: .:.: :  ::. ::.:::.::.. ::::::. :  :::.::: :   :
CCDS43 ISQLTKQRLVDADGIINPSAFYIYLTAWVSNDPVAYAASQANIRPHRPEWVHDKADYMPE
       750       760       770       780       790       800       

          900       910       920       930       940       950    
pF1KE0 N-LRIPPAQPLEFAQFPFLLRGLQKTADFVEAIEGARAACAEAGQAGVHAYPSGSPFLFW
       . :::: :.:.:.::::: : ::. :.::::::: .:. :..  . :. .::.: :::::
CCDS43 TRLRIPAAEPIEYAQFPFYLNGLRDTSDFVEAIEKVRTICSNYTSLGLSSYPNGYPFLFW
       810       820       830       840       850       860       

          960       970       980       990      1000      1010    
pF1KE0 EQYLGLRRCFLLAVCILLVCTFLVCALLLLNPWTAGLIVLVLAMMTVELFGIMGFLGIKL
       :::.:::. .:: . ..:.:::::::..::::::::.::.:::.:::::::.::..::::
CCDS43 EQYIGLRHWLLLFISVVLACTFLVCAVFLLNPWTAGIIVMVLALMTVELFGMMGLIGIKL
       870       880       890       900       910       920       

         1020      1030      1040      1050      1060      1070    
pF1KE0 SAIPVVILVASVGIGVEFTVHVALGFLTTQGSRNLRAAHALEHTFAPVTDGAISTLLGLL
       ::.:::::.:::::::::::::::.:::. :..: ::. :::: :::: :::.:::::.:
CCDS43 SAVPVVILIASVGIGVEFTVHVALAFLTAIGDKNRRAVLALEHMFAPVLDGAVSTLLGVL
       930       940       950       960       970       980       

         1080      1090      1100      1110      1120              
pF1KE0 MLAGSHFDFIVRYFFAALTVLTLLGLLHGLVLLPVLLSILGPPPEVI------QMYKESP
       :::::.::::::::::.:..::.::.:.::::::::::..:: :::       ..   ::
CCDS43 MLAGSEFDFIVRYFFAVLAILTILGVLNGLVLLPVLLSFFGPYPEVSPANGLNRLPTPSP
       990      1000      1010      1020      1030      1040       

     1130           1140      1150      1160      1170      1180   
pF1KE0 EILSPP-----APQGGGLRWGASSSLPQSFARVTTSMTVAIHPPPLPGAYIHPAPDEPPW
       :   ::     :   :  . :..::  .  ...:.:                        
CCDS43 E--PPPSVVRFAMPPGHTHSGSDSSDSEYSSQTTVSGLSEELRHYEAQQGAGGPAHQVIV
        1050      1060      1070      1080      1090      1100     

          1190      1200                                           
pF1KE0 SPAATSSGNLSSRGPGPATG                                        
                                                                   
CCDS43 EATENPVFAHSTVVHPESRHHPPSNPRQQPHLDSGSLPPGRQGQQPRRDPPREGLWPPPY
        1110      1120      1130      1140      1150      1160     

>>CCDS47996.1 PTCH1 gene_id:5727|Hs108|chr9               (1381 aa)
 initn: 3662 init1: 1216 opt: 2010  Z-score: 1840.5  bits: 352.8 E(32554): 3.4e-96
Smith-Waterman score: 4346; 55.8% identity (81.6% similar) in 1165 aa overlap (31-1159:8-1166)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MTRSPPLRELPPSYTPPARTAAPQILAGSLKAPLWLRAYFQGLLFSLGCGIQRHCGKVLF
                                     :::::::: :: :::.::: ::..::: : 
CCDS47                        MGKATGRKAPLWLRAKFQRLLFKLGCYIQKNCGKFLV
                                      10        20        30       

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 LGLLAFGALALGLRMAIIETNLEQLWVEVGSRVSQELHYTKEKLGEEAAYTSQMLIQTAR
       .::: :::.:.::. : .:::.:.::::::.:::.::.::..:.:::: .. :..::: .
CCDS47 VGLLIFGAFAVGLKAANLETNVEELWVEVGGRVSRELNYTRQKIGEEAMFNPQLMIQTPK
        40        50        60        70        80        90       

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pF1KE0 QEGENILTPEALGLHLQAALTASKVQVSLYGKSWDLNKICYKSGVPLIENGMIERMIEKL
       .:: :.:: :::  ::..:: ::.:.: .:...: :...:::::  . :.:.....:: :
CCDS47 EEGANVLTTEALLQHLDSALQASRVHVYMYNRQWKLEHLCYKSGELITETGYMDQIIEYL
       100       110       120       130       140       150       

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pF1KE0 FPCVILTPLDCFWEGAKLQGGSAYLPGRPDIQWTNLDPEQLLEELGPFA-SLEGFRELLD
       .::.:.:::::::::::::.:.::: :.: ..:::.:: ..::::  .  ......:.:.
CCDS47 YPCLIITPLDCFWEGAKLQSGTAYLLGKPPLRWTNFDPLEFLEELKKINYQVDSWEEMLN
       160       170       180       190       200       210       

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pF1KE0 KAQVGQAYVGRPCLHPDDLHCPPSAPNHHSRQAPNVAHELSGGCHGFSHKFMHWQEELLL
       ::.::..:. ::::.: :  :: .:::..: .  ..:  :.:::::.:.:.:::::::..
CCDS47 KAEVGHGYMDRPCLNPADPDCPATAPNKNSTKPLDMALVLNGGCHGLSRKYMHWQEELIV
       220       230       240       250       260       270       

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pF1KE0 GGMARDPQGELLRAEALQSTFLLMSPRQLYEHFRG-DYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRR
       :: ...  :.:. :.:::. : ::.:.:.::::.: .: .: :.:.:..:...:.:::: 
CCDS47 GGTVKNSTGKLVSAHALQTMFQLMTPKQMYEHFKGYEYVSH-INWNEDKAAAILEAWQRT
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      360       370       380       390       400       410        
pF1KE0 FVQLAQEALPENASQQIHAFSSTTLDDILHAFSEVSAARVVGGYLLMLAYACVTMLRWDC
       .:....... .:..:.. .:..:::::::..::.::. ::..::::::::::.:::::::
CCDS47 YVEVVHQSVAQNSTQKVLSFTTTTLDDILKSFSDVSVIRVASGYLLMLAYACLTMLRWDC
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pF1KE0 AQSQGSVGLAGVLLVALAVASGLGLCALLGITFNAATTQVLPFLALGIGVDDVFLLAHAF
       ..:::.:::::::::::.::.:::::.:.::.:::::::::::::::.::::::::::::
CCDS47 SKSQGAVGLAGVLLVALSVAAGLGLCSLIGISFNAATTQVLPFLALGVGVDDVFLLAHAF
        400       410       420       430       440       450      

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pF1KE0 TEALPGT--PLQERMGECLQRTGTSVVLTSINNMAAFLMAALVPIPALRAFSLQAAIVVG
       .:.  .   :...: ::::.:::.::.::::.:..::.::::.:::::::::::::.:: 
CCDS47 SETGQNKRIPFEDRTGECLKRTGASVALTSISNVTAFFMAALIPIPALRAFSLQAAVVVV
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pF1KE0 CTFVAVMLVFPAILSLDLRRRHCQRLDVLCCFSSPCSAQVIQILPQELGDG------TVP
        .:. :.:.::::::.:: ::. .:::..:::.::: ..:::. ::   :       . :
CCDS47 FNFAMVLLIFPAILSMDLYRREDRRLDIFCCFTSPCVSRVIQVEPQAYTDTHDNTRYSPP
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pF1KE0 V-----GIAHLT-----ATVQAFTHCEASSQHVVTILPPQAHLVPPP----SDPLGSELF
             ..:: :     .:::  :. .  ..   :   :....   :    .: :. .  
CCDS47 PPYSSHSFAHETQITMQSTVQLRTEYDPHTHVYYTTAEPRSEISVQPVTVTQDTLSCQSP
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pF1KE0 SPGGSTRDLLGQEEETRQKAACKSLPCARWNLAHFARYQFAPLLLQSHAKAIVLVLFGAL
          .::::::.:  ..  .  :   ::..:.:. ::. ..::.::. .::..:. :: .:
CCDS47 ESTSSTRDLLSQFSDSSLH--CLEPPCTKWTLSSFAEKHYAPFLLKPKAKVVVIFLFLGL
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pF1KE0 LGLSLYGATLVQDGLALTDVVPRGTKEHAFLSAQLRYFSLYEVALVTQGGFDYAHSQRAL
       ::.::::.: :.::: :::.::: :.:. :..::..:::.:.. .::: . :: . :. :
CCDS47 LGVSLYGTTRVRDGLDLTDIVPRETREYDFIAAQFKYFSFYNMYIVTQKA-DYPNIQHLL
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pF1KE0 FDLHQRFSSLKAVLPPPATQAPRTWLHYYRNWLQGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSED
       .:::. ::..: :.     : :. ::::.:.::::.: :::.:: .:.:  ..:.:::.:
CCDS47 YDLHRSFSNVKYVMLEENKQLPKMWLHYFRDWLQGLQDAFDSDWETGKIMPNNYKNGSDD
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pF1KE0 GALAYKLLIQTGDAQEPLDFSQLTTRKLVDREGLIPPELFYMGLTVWVSSDPLGLAASQA
       :.::::::.:::. ..:.:.:::: ..::: .:.: :  ::. ::.:::.::.. :::::
CCDS47 GVLAYKLLVQTGSRDKPIDISQLTKQRLVDADGIINPSAFYIYLTAWVSNDPVAYAASQA
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pF1KE0 NFYPPPPEWLHDKYDTTGEN-LRIPPAQPLEFAQFPFLLRGLQKTADFVEAIEGARAACA
       :. :  :::.::: :   :. :::: :.:.:.::::: : ::. :.::::::: .:. :.
CCDS47 NIRPHRPEWVHDKADYMPETRLRIPAAEPIEYAQFPFYLNGLRDTSDFVEAIEKVRTICS
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pF1KE0 EAGQAGVHAYPSGSPFLFWEQYLGLRRCFLLAVCILLVCTFLVCALLLLNPWTAGLIVLV
       .  . :. .::.: ::::::::.:::. .:: . ..:.:::::::..::::::::.::.:
CCDS47 NYTSLGLSSYPNGYPFLFWEQYIGLRHWLLLFISVVLACTFLVCAVFLLNPWTAGIIVMV
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pF1KE0 LAMMTVELFGIMGFLGIKLSAIPVVILVASVGIGVEFTVHVALGFLTTQGSRNLRAAHAL
       ::.:::::::.::..::::::.:::::.:::::::::::::::.:::. :..: ::. ::
CCDS47 LALMTVELFGMMGLIGIKLSAVPVVILIASVGIGVEFTVHVALAFLTAIGDKNRRAVLAL
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pF1KE0 EHTFAPVTDGAISTLLGLLMLAGSHFDFIVRYFFAALTVLTLLGLLHGLVLLPVLLSILG
       :: :::: :::.:::::.::::::.::::::::::.:..::.::.:.::::::::::..:
CCDS47 EHMFAPVLDGAVSTLLGVLMLAGSEFDFIVRYFFAVLAILTILGVLNGLVLLPVLLSFFG
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pF1KE0 PPPEVI------QMYKESPEILSPP-----APQGGGLRWGASSSLPQSFARVTTSMTVAI
       : :::       ..   :::   ::     :   :  . :..::  .  ...:.:     
CCDS47 PYPEVSPANGLNRLPTPSPE--PPPSVVRFAMPPGHTHSGSDSSDSEYSSQTTVSGLSEE
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pF1KE0 HPPPLPGAYIHPAPDEPPWSPAATSSGNLSSRGPGPATG                     
                                                                   
CCDS47 LRHYEAQQGAGGPAHQVIVEATENPVFAHSTVVHPESRHHPPSNPRQQPHLDSGSLPPGR
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>>CCDS47995.1 PTCH1 gene_id:5727|Hs108|chr9               (1446 aa)
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CCDS47 GEEEEENGGEEKDDRGDKETRSDKGKATGRKAPLWLRAKFQRLLFKLGCYIQKNCGKFLV
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pF1KE0 LGLLAFGALALGLRMAIIETNLEQLWVEVGSRVSQELHYTKEKLGEEAAYTSQMLIQTAR
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CCDS47 VGLLIFGAFAVGLKAANLETNVEELWVEVGGRVSRELNYTRQKIGEEAMFNPQLMIQTPK
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pF1KE0 QEGENILTPEALGLHLQAALTASKVQVSLYGKSWDLNKICYKSGVPLIENGMIERMIEKL
       .:: :.:: :::  ::..:: ::.:.: .:...: :...:::::  . :.:.....:: :
CCDS47 EEGANVLTTEALLQHLDSALQASRVHVYMYNRQWKLEHLCYKSGELITETGYMDQIIEYL
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pF1KE0 FPCVILTPLDCFWEGAKLQGGSAYLPGRPDIQWTNLDPEQLLEELGPFA-SLEGFRELLD
       .::.:.:::::::::::::.:.::: :.: ..:::.:: ..::::  .  ......:.:.
CCDS47 YPCLIITPLDCFWEGAKLQSGTAYLLGKPPLRWTNFDPLEFLEELKKINYQVDSWEEMLN
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pF1KE0 KAQVGQAYVGRPCLHPDDLHCPPSAPNHHSRQAPNVAHELSGGCHGFSHKFMHWQEELLL
       ::.::..:. ::::.: :  :: .:::..: .  ..:  :.:::::.:.:.:::::::..
CCDS47 KAEVGHGYMDRPCLNPADPDCPATAPNKNSTKPLDMALVLNGGCHGLSRKYMHWQEELIV
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pF1KE0 GGMARDPQGELLRAEALQSTFLLMSPRQLYEHFRG-DYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRR
       :: ...  :.:. :.:::. : ::.:.:.::::.: .: .: :.:.:..:...:.:::: 
CCDS47 GGTVKNSTGKLVSAHALQTMFQLMTPKQMYEHFKGYEYVSH-INWNEDKAAAILEAWQRT
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CCDS47 YVEVVHQSVAQNSTQKVLSFTTTTLDDILKSFSDVSVIRVASGYLLMLAYACLTMLRWDC
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CCDS47 SKSQGAVGLAGVLLVALSVAAGLGLCSLIGISFNAATTQVLPFLALGVGVDDVFLLAHAF
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CCDS47 SETGQNKRIPFEDRTGECLKRTGASVALTSISNVTAFFMAALIPIPALRAFSLQAAVVVV
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CCDS47 FNFAMVLLIFPAILSMDLYRREDRRLDIFCCFTSPCVSRVIQVEPQAYTDTHDNTRYSPP
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pF1KE0 V-----GIAHLT-----ATVQAFTHCEASSQHVVTILPPQAHLVPPP----SDPLGSELF
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CCDS47 PPYSSHSFAHETQITMQSTVQLRTEYDPHTHVYYTTAEPRSEISVQPVTVTQDTLSCQSP
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          .::::::.:  ..  .  :   ::..:.:. ::. ..::.::. .::..:. :: .:
CCDS47 ESTSSTRDLLSQFSDSSLH--CLEPPCTKWTLSSFAEKHYAPFLLKPKAKVVVIFLFLGL
             710       720         730       740       750         

        700       710       720       730       740       750      
pF1KE0 LGLSLYGATLVQDGLALTDVVPRGTKEHAFLSAQLRYFSLYEVALVTQGGFDYAHSQRAL
       ::.::::.: :.::: :::.::: :.:. :..::..:::.:.. .::: . :: . :. :
CCDS47 LGVSLYGTTRVRDGLDLTDIVPRETREYDFIAAQFKYFSFYNMYIVTQKA-DYPNIQHLL
     760       770       780       790       800        810        

        760       770       780       790       800       810      
pF1KE0 FDLHQRFSSLKAVLPPPATQAPRTWLHYYRNWLQGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSED
       .:::. ::..: :.     : :. ::::.:.::::.: :::.:: .:.:  ..:.:::.:
CCDS47 YDLHRSFSNVKYVMLEENKQLPKMWLHYFRDWLQGLQDAFDSDWETGKIMPNNYKNGSDD
      820       830       840       850       860       870        

        820       830       840       850       860       870      
pF1KE0 GALAYKLLIQTGDAQEPLDFSQLTTRKLVDREGLIPPELFYMGLTVWVSSDPLGLAASQA
       :.::::::.:::. ..:.:.:::: ..::: .:.: :  ::. ::.:::.::.. :::::
CCDS47 GVLAYKLLVQTGSRDKPIDISQLTKQRLVDADGIINPSAFYIYLTAWVSNDPVAYAASQA
      880       890       900       910       920       930        

        880       890        900       910       920       930     
pF1KE0 NFYPPPPEWLHDKYDTTGEN-LRIPPAQPLEFAQFPFLLRGLQKTADFVEAIEGARAACA
       :. :  :::.::: :   :. :::: :.:.:.::::: : ::. :.::::::: .:. :.
CCDS47 NIRPHRPEWVHDKADYMPETRLRIPAAEPIEYAQFPFYLNGLRDTSDFVEAIEKVRTICS
      940       950       960       970       980       990        

         940       950       960       970       980       990     
pF1KE0 EAGQAGVHAYPSGSPFLFWEQYLGLRRCFLLAVCILLVCTFLVCALLLLNPWTAGLIVLV
       .  . :. .::.: ::::::::.:::. .:: . ..:.:::::::..::::::::.::.:
CCDS47 NYTSLGLSSYPNGYPFLFWEQYIGLRHWLLLFISVVLACTFLVCAVFLLNPWTAGIIVMV
     1000      1010      1020      1030      1040      1050        

        1000      1010      1020      1030      1040      1050     
pF1KE0 LAMMTVELFGIMGFLGIKLSAIPVVILVASVGIGVEFTVHVALGFLTTQGSRNLRAAHAL
       ::.:::::::.::..::::::.:::::.:::::::::::::::.:::. :..: ::. ::
CCDS47 LALMTVELFGMMGLIGIKLSAVPVVILIASVGIGVEFTVHVALAFLTAIGDKNRRAVLAL
     1060      1070      1080      1090      1100      1110        

        1060      1070      1080      1090      1100      1110     
pF1KE0 EHTFAPVTDGAISTLLGLLMLAGSHFDFIVRYFFAALTVLTLLGLLHGLVLLPVLLSILG
       :: :::: :::.:::::.::::::.::::::::::.:..::.::.:.::::::::::..:
CCDS47 EHMFAPVLDGAVSTLLGVLMLAGSEFDFIVRYFFAVLAILTILGVLNGLVLLPVLLSFFG
     1120      1130      1140      1150      1160      1170        

        1120            1130           1140      1150      1160    
pF1KE0 PPPEVI------QMYKESPEILSPP-----APQGGGLRWGASSSLPQSFARVTTSMTVAI
       : :::       ..   :::   ::     :   :  . :..::  .  ...:.:     
CCDS47 PYPEVSPANGLNRLPTPSPE--PPPSVVRFAMPPGHTHSGSDSSDSEYSSQTTVSGLSEE
     1180      1190        1200      1210      1220      1230      

         1170      1180      1190      1200                        
pF1KE0 HPPPLPGAYIHPAPDEPPWSPAATSSGNLSSRGPGPATG                     
                                                                   
CCDS47 LRHYEAQQGAGGPAHQVIVEATENPVFAHSTVVHPESRHHPPSNPRQQPHLDSGSLPPGR
       1240      1250      1260      1270      1280      1290      

>>CCDS6714.1 PTCH1 gene_id:5727|Hs108|chr9                (1447 aa)
 initn: 3662 init1: 1216 opt: 2010  Z-score: 1840.2  bits: 352.8 E(32554): 3.5e-96
Smith-Waterman score: 4357; 55.4% identity (80.9% similar) in 1187 aa overlap (12-1159:53-1232)

                                  10        20        30           
pF1KE0                    MTRSPPLRELPPSYTPPARTAAPQILAGSL---KAPLWLRA
                                     :::   :  :  ::  :.    ::::::::
CCDS67 APGRPAGGGRRRRTGGLRRAAAPDRDYLHRPSYCDAA-FALEQISKGKATGRKAPLWLRA
             30        40        50         60        70        80 

       40        50        60        70        80        90        
pF1KE0 YFQGLLFSLGCGIQRHCGKVLFLGLLAFGALALGLRMAIIETNLEQLWVEVGSRVSQELH
        :: :::.::: ::..::: : .::: :::.:.::. : .:::.:.::::::.:::.::.
CCDS67 KFQRLLFKLGCYIQKNCGKFLVVGLLIFGAFAVGLKAANLETNVEELWVEVGGRVSRELN
              90       100       110       120       130       140 

      100       110       120       130       140       150        
pF1KE0 YTKEKLGEEAAYTSQMLIQTARQEGENILTPEALGLHLQAALTASKVQVSLYGKSWDLNK
       ::..:.:::: .. :..::: ..:: :.:: :::  ::..:: ::.:.: .:...: :..
CCDS67 YTRQKIGEEAMFNPQLMIQTPKEEGANVLTTEALLQHLDSALQASRVHVYMYNRQWKLEH
             150       160       170       180       190       200 

      160       170       180       190       200       210        
pF1KE0 ICYKSGVPLIENGMIERMIEKLFPCVILTPLDCFWEGAKLQGGSAYLPGRPDIQWTNLDP
       .:::::  . :.:.....:: :.::.:.:::::::::::::.:.::: :.: ..:::.::
CCDS67 LCYKSGELITETGYMDQIIEYLYPCLIITPLDCFWEGAKLQSGTAYLLGKPPLRWTNFDP
             210       220       230       240       250       260 

      220        230       240       250       260       270       
pF1KE0 EQLLEELGPFA-SLEGFRELLDKAQVGQAYVGRPCLHPDDLHCPPSAPNHHSRQAPNVAH
        ..::::  .  ......:.:.::.::..:. ::::.: :  :: .:::..: .  ..: 
CCDS67 LEFLEELKKINYQVDSWEEMLNKAEVGHGYMDRPCLNPADPDCPATAPNKNSTKPLDMAL
             270       280       290       300       310       320 

       280       290       300       310       320       330       
pF1KE0 ELSGGCHGFSHKFMHWQEELLLGGMARDPQGELLRAEALQSTFLLMSPRQLYEHFRG-DY
        :.:::::.:.:.:::::::..:: ...  :.:. :.:::. : ::.:.:.::::.: .:
CCDS67 VLNGGCHGLSRKYMHWQEELIVGGTVKNSTGKLVSAHALQTMFQLMTPKQMYEHFKGYEY
             330       340       350       360       370       380 

        340       350       360       370       380       390      
pF1KE0 QTHDIGWSEEQASTVLQAWQRRFVQLAQEALPENASQQIHAFSSTTLDDILHAFSEVSAA
        .: :.:.:..:...:.:::: .:....... .:..:.. .:..:::::::..::.::. 
CCDS67 VSH-INWNEDKAAAILEAWQRTYVEVVHQSVAQNSTQKVLSFTTTTLDDILKSFSDVSVI
              390       400       410       420       430       440

        400       410       420       430       440       450      
pF1KE0 RVVGGYLLMLAYACVTMLRWDCAQSQGSVGLAGVLLVALAVASGLGLCALLGITFNAATT
       ::..::::::::::.:::::::..:::.:::::::::::.::.:::::.:.::.::::::
CCDS67 RVASGYLLMLAYACLTMLRWDCSKSQGAVGLAGVLLVALSVAAGLGLCSLIGISFNAATT
              450       460       470       480       490       500

        460       470       480         490       500       510    
pF1KE0 QVLPFLALGIGVDDVFLLAHAFTEALPGT--PLQERMGECLQRTGTSVVLTSINNMAAFL
       :::::::::.::::::::::::.:.  .   :...: ::::.:::.::.::::.:..::.
CCDS67 QVLPFLALGVGVDDVFLLAHAFSETGQNKRIPFEDRTGECLKRTGASVALTSISNVTAFF
              510       520       530       540       550       560

          520       530       540       550       560       570    
pF1KE0 MAALVPIPALRAFSLQAAIVVGCTFVAVMLVFPAILSLDLRRRHCQRLDVLCCFSSPCSA
       ::::.:::::::::::::.::  .:. :.:.::::::.:: ::. .:::..:::.::: .
CCDS67 MAALIPIPALRAFSLQAAVVVVFNFAMVLLIFPAILSMDLYRREDRRLDIFCCFTSPCVS
              570       580       590       600       610       620

          580             590                 600       610        
pF1KE0 QVIQILPQELGDG------TVPV-----GIAHLT-----ATVQAFTHCEASSQHVVTILP
       .:::. ::   :       . :      ..:: :     .:::  :. .  ..   :   
CCDS67 RVIQVEPQAYTDTHDNTRYSPPPPYSSHSFAHETQITMQSTVQLRTEYDPHTHVYYTTAE
              630       640       650       660       670       680

      620           630       640       650       660       670    
pF1KE0 PQAHLVPPP----SDPLGSELFSPGGSTRDLLGQEEETRQKAACKSLPCARWNLAHFARY
       :....   :    .: :. .     .::::::.:  ..  .  :   ::..:.:. ::. 
CCDS67 PRSEISVQPVTVTQDTLSCQSPESTSSTRDLLSQFSDSSLH--CLEPPCTKWTLSSFAEK
              690       700       710       720         730        

          680       690       700       710       720       730    
pF1KE0 QFAPLLLQSHAKAIVLVLFGALLGLSLYGATLVQDGLALTDVVPRGTKEHAFLSAQLRYF
       ..::.::. .::..:. :: .:::.::::.: :.::: :::.::: :.:. :..::..::
CCDS67 HYAPFLLKPKAKVVVIFLFLGLLGVSLYGTTRVRDGLDLTDIVPRETREYDFIAAQFKYF
      740       750       760       770       780       790        

          740       750       760       770       780       790    
pF1KE0 SLYEVALVTQGGFDYAHSQRALFDLHQRFSSLKAVLPPPATQAPRTWLHYYRNWLQGIQA
       :.:.. .::: . :: . :. :.:::. ::..: :.     : :. ::::.:.::::.: 
CCDS67 SFYNMYIVTQKA-DYPNIQHLLYDLHRSFSNVKYVMLEENKQLPKMWLHYFRDWLQGLQD
      800       810        820       830       840       850       

          800       810       820       830       840       850    
pF1KE0 AFDQDWASGRITRHSYRNGSEDGALAYKLLIQTGDAQEPLDFSQLTTRKLVDREGLIPPE
       :::.:: .:.:  ..:.:::.::.::::::.:::. ..:.:.:::: ..::: .:.: : 
CCDS67 AFDSDWETGKIMPNNYKNGSDDGVLAYKLLVQTGSRDKPIDISQLTKQRLVDADGIINPS
       860       870       880       890       900       910       

          860       870       880       890        900       910   
pF1KE0 LFYMGLTVWVSSDPLGLAASQANFYPPPPEWLHDKYDTTGEN-LRIPPAQPLEFAQFPFL
        ::. ::.:::.::.. ::::::. :  :::.::: :   :. :::: :.:.:.::::: 
CCDS67 AFYIYLTAWVSNDPVAYAASQANIRPHRPEWVHDKADYMPETRLRIPAAEPIEYAQFPFY
       920       930       940       950       960       970       

           920       930       940       950       960       970   
pF1KE0 LRGLQKTADFVEAIEGARAACAEAGQAGVHAYPSGSPFLFWEQYLGLRRCFLLAVCILLV
       : ::. :.::::::: .:. :..  . :. .::.: ::::::::.:::. .:: . ..:.
CCDS67 LNGLRDTSDFVEAIEKVRTICSNYTSLGLSSYPNGYPFLFWEQYIGLRHWLLLFISVVLA
       980       990      1000      1010      1020      1030       

           980       990      1000      1010      1020      1030   
pF1KE0 CTFLVCALLLLNPWTAGLIVLVLAMMTVELFGIMGFLGIKLSAIPVVILVASVGIGVEFT
       :::::::..::::::::.::.:::.:::::::.::..::::::.:::::.::::::::::
CCDS67 CTFLVCAVFLLNPWTAGIIVMVLALMTVELFGMMGLIGIKLSAVPVVILIASVGIGVEFT
      1040      1050      1060      1070      1080      1090       

          1040      1050      1060      1070      1080      1090   
pF1KE0 VHVALGFLTTQGSRNLRAAHALEHTFAPVTDGAISTLLGLLMLAGSHFDFIVRYFFAALT
       :::::.:::. :..: ::. :::: :::: :::.:::::.::::::.::::::::::.:.
CCDS67 VHVALAFLTAIGDKNRRAVLALEHMFAPVLDGAVSTLLGVLMLAGSEFDFIVRYFFAVLA
      1100      1110      1120      1130      1140      1150       

          1100      1110      1120            1130           1140  
pF1KE0 VLTLLGLLHGLVLLPVLLSILGPPPEVI------QMYKESPEILSPP-----APQGGGLR
       .::.::.:.::::::::::..:: :::       ..   :::   ::     :   :  .
CCDS67 ILTILGVLNGLVLLPVLLSFFGPYPEVSPANGLNRLPTPSPE--PPPSVVRFAMPPGHTH
      1160      1170      1180      1190        1200      1210     

           1150      1160      1170      1180      1190      1200  
pF1KE0 WGASSSLPQSFARVTTSMTVAIHPPPLPGAYIHPAPDEPPWSPAATSSGNLSSRGPGPAT
        :..::  .  ...:.:                                           
CCDS67 SGSDSSDSEYSSQTTVSGLSEELRHYEAQQGAGGPAHQVIVEATENPVFAHSTVVHPESR
        1220      1230      1240      1250      1260      1270     

>>CCDS11878.1 NPC1 gene_id:4864|Hs108|chr18               (1278 aa)
 initn: 678 init1: 201 opt: 408  Z-score: 372.3  bits: 81.0 E(32554): 2e-14
Smith-Waterman score: 654; 24.3% identity (50.6% similar) in 1115 aa overlap (38-1116:329-1253)

        10        20        30        40            50        60   
pF1KE0 RELPPSYTPPARTAAPQILAGSLKAPLWLRAYFQGLLFSL----GCGIQRHCGKVLFLGL
                                     : :.: :  :    :    :. : :.:..:
CCDS11 VSEYTPIDSNIAFSVNASDKGEASCCDPVSAAFEGCLRRLFTRWGSFCVRNPGCVIFFSL
      300       310       320       330       340       350        

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pF1KE0 LAFGALALGLRMAIIETNLEQLWVEVGSRVSQELHYTKEKLGEEAAYTSQMLIQTARQEG
       . . : . :: .. . ::  .::   .:..  : .:  ...:    . ...::  :    
CCDS11 VFITACSSGLVFVRVTTNPVDLWSAPSSQARLEKEYFDQHFGPF--FRTEQLIIRAPLTD
      360       370       380       390       400         410      

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pF1KE0 ENILTPEALGLHLQAALTASKVQVSLYGKSWDLNKICYKSGVPLIENGMIERMIEKLFPC
       ..:  :   :  .     .  .....  .  :: .:        :::             
CCDS11 KHIYQPYPSGADVP---FGPPLDIQILHQVLDL-QIA-------IEN-------------
        420       430          440               450               

           190       200       210       220        230       240  
pF1KE0 VILTPLDCFWEGAKLQGGSAYLPGRPDIQWTNLDPEQL-LEELGPFASLEGFRELLDKAQ
        : .  :   : . ::          ::  . :.: .     :. .  ... . .::. .
CCDS11 -ITASYDN--ETVTLQ----------DICLAPLSPYNTNCTILSVLNYFQNSHSVLDHKK
               460                 470       480       490         

            250       260       270       280        290       300 
pF1KE0 VGQAYVGRPCLHPDDLHCPPSAPNHHSRQAPNVAHELSGGCHG-FSHKFMHWQEELLLGG
        :. .      :   :.:   ::   : .  .. :.    : : :.   . :   :.:::
CCDS11 -GDDFFVYADYHTHFLYCV-RAPA--SLNDTSLLHD---PCLGTFGGPVFPW---LVLGG
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pF1KE0 MARDPQGELLRAEALQSTFLLMSPRQLYEHFRGDYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRRFVQ
       .  : :.    : ::  ::    : . :             ... .     :::...:..
CCDS11 Y--DDQN-YNNATALVITF----PVNNY-------------YNDTEKLQRAQAWEKEFIN
     550          560           570                    580         

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pF1KE0 LAQEALPENASQQIHAFSSTTLDDILHAFSEVSAARVVGGYLLMLAYACVTMLRW-DC--
       ....   .: .  :   .  ...: :.  :. ..  :: .: .:. :  ... .  .:  
CCDS11 FVKNY--KNPNLTISFTAERSIEDELNRESDSDVFTVVISYAIMFLYISLALGHMKSCRR
     590         600       610       620       630       640       

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pF1KE0 --AQSQGSVGLAGVLLVALAVASGLGLCALLGITFNAATTQVLPFLALGIGVDDVFLLAH
         ..:. :.:.::.:.:  .:: .::. . .:. ..  . .:.:::.:..:::..:.:..
CCDS11 LLVDSKVSLGIAGILIVLSSVACSLGVFSYIGLPLTLIVIEVIPFLVLAVGVDNIFILVQ
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pF1KE0 AFT--EALPGTPLQERMGECLQRTGTSVVLTSINNMAAFLMAALVPIPALRAFSLQAAIV
       :.   : : :  :....:. : ... :. :.:... .::...::  .::...::: :...
CCDS11 AYQRDERLQGETLDQQLGRVLGEVAPSMFLSSFSETVAFFLGALSVMPAVHTFSLFAGLA
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pF1KE0 VGCTFVAVMLVFPAILSLDLRRRHCQRLDVLCCFSSPCSAQVIQILPQELGDGTVPVGIA
       :   :.  .  : ..:.::..:.. .:::..::  .   :.          :::      
CCDS11 VFIDFLLQITCFVSLLGLDIKRQEKNRLDIFCCVRG---AE----------DGT------
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pF1KE0 HLTATVQAFTHCEASSQHVVTILPPQAHLVPPPSDPLGSELFSPGGSTRDLLGQEEETRQ
           .:::   :                            ::                  
CCDS11 ----SVQASESC----------------------------LF------------------
          810                                                      

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pF1KE0 KAACKSLPCARWNLAHFARYQFAPLLLQSHAKAIVLVLFGALLGLSLYGATLVQDGLALT
                      .: . ...::::..  . ::...: ..:..:.   . :. ::  .
CCDS11 ---------------RFFKNSYSPLLLKDWMRPIVIAIFVGVLSFSIAVLNKVDIGLDQS
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pF1KE0 DVVPRGTKEHAFLSAQLRYFSLYE-VALVTQGGFDYAHS--QRALFD---------LHQR
         .:  .    ....  .:.     : .: . : ::. :  :  .           ..: 
CCDS11 LSMPDDSYMVDYFKSISQYLHAGPPVYFVLEEGHDYTSSKGQNMVCGGMGCNNDSLVQQI
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pF1KE0 FSSLKAVLPPPATQAPRTWLHYYRNWLQGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSEDGALAYK
       :.. .         :: .:.  : .:..  ..    :     ::  .. :.:        
CCDS11 FNAAQLDNYTRIGFAPSSWIDDYFDWVKPQSSCCRVD----NIT-DQFCNASV-------
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pF1KE0 LLIQTGDAQEPLDFSQLTTRKLVDREGLIPPEL--FYMGLTVWVSSDPLGLAASQANFYP
                  .: . .  : :.  ::   :.   :.  : ...:..:           :
CCDS11 -----------VDPACVRCRPLTP-EGKQRPQGGDFMRFLPMFLSDNP----------NP
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pF1KE0 PPPEWLHDKYDTTGENLRIPPAQPLEFAQFPFLLRGLQKTADFVEAIEGARAACAEAGQA
          .  :  : ... :. .  .  .  . :      :: .:::..:.. ::   ... ..
CCDS11 KCGKGGHAAY-SSAVNILLGHGTRVGATYFMTYHTVLQTSADFIDALKKARLIASNVTET
    1010       1020      1030      1040      1050      1060        

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pF1KE0 -GVHA-----YPSGSPFLFWEQYLGLRRCFLLAVCILLVCTFLVCALLL-LNPWTAGLIV
        :...     .: .  ..:.:::: .    .. . . :   :::  .::  . :.: .. 
CCDS11 MGINGSAYRVFPYSVFYVFYEQYLTIIDDTIFNLGVSLGAIFLVTMVLLGCELWSAVIMC
     1070      1080      1090      1100      1110      1120        

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pF1KE0 LVLAMMTVELFGIMGFLGIKLSAIPVVILVASVGIGVEFTVHVALGF-LTTQGSRNLRAA
        ..::. :..::.: . ::.:.:. .: :: : ::.:::  :.. .: .. .:::  :: 
CCDS11 ATIAMVLVNMFGVMWLWGISLNAVSLVNLVMSCGISVEFCSHITRAFTVSMKGSRVERAE
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pF1KE0 HALEHTFAPVTDG-AISTLLGLLMLAGSHFDFIVRYFFAALTVLTLLGLLHGLVLLPVLL
       .:: :  . : .: ... . :...:: .. ...  ..:    ...:::  :::..:::::
CCDS11 EALAHMGSSVFSGITLTKFGGIVVLAFAKSQIFQIFYFRMYLAMVLLGATHGLIFLPVLL
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pF1KE0 SILGPPPEVIQMYKESPEILSPPAPQGGGLRWGASSSLPQSFARVTTSMTVAIHPPPLPG
       : .::                                                       
CCDS11 SYIGPSVNKAKSCATEERYKGTERERLLNF                              
     1250      1260      1270                                      

>>CCDS43575.1 NPC1L1 gene_id:29881|Hs108|chr7             (1332 aa)
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pF1KE0 HHSRQAPNVAHELSGGCHGFSHKFMHWQEELLLGGMARDPQGELLRAEALQSTFLLMSPR
                                     : .::.     .:   ::::  ::      
CCDS43 YCANAPLTFKDGTALALSCMADYGAPVFPFLAIGGYKGKDYSE---AEALIMTF------
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pF1KE0 QLYEHFRGDYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRRFVQLAQEALPENASQQIHAFSSTTLDDI
       .: ..  :: .  .    ::     ..:.:::.. . : ..  . : . .   .:. :  
CCDS43 SLNNYPAGDPRLAQAKLWEEAFLEEMRAFQRRMAGMFQVTFMAERSLEDEINRTTAEDLP
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pF1KE0 LHAFSEVSAARVVGGYLLMLAYACVTMLRWD--CAQSQGSVGLAGVLLVALAVASGLGLC
       . : : .    :.   .:... :  ..  :.   ..:....::.:: .:  :: ...:. 
CCDS43 IFATSYI----VI---FLYISLALGSYSSWSRVMVDSKATLGLGGVAVVLGAVMAAMGFF
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       . :::  . .  ::.:::.:..:.:..:...  . .    :: : . ..:. : :.. :.
CCDS43 SYLGIRSSLVILQVVPFLVLSVGADNIFIFVLEYQRLPRRPGEPREVHIGRALGRVAPSM
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       .: :...   :...::.:.::.:.:.: ....:   :.  : .: :.:::: .:.. .::
CCDS43 LLCSLSEAICFFLGALTPMPAVRTFALTSGLAVILDFLLQMSAFVALLSLDSKRQEASRL
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pF1KE0 DVLCCFSSPCSAQVIQILPQELGDGTVPVGIAHLTATVQAFTHCEASSQHVVTILPPQAH
       :: ::           . ::::                                      
CCDS43 DVCCC-----------VKPQEL--------------------------------------
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pF1KE0 LVPPPSDPLGSELFSPGGSTRDLLGQEEETRQKAACKSLPCARWNLAHFARYQFAPLLLQ
         :::..  :            :::      :::                   .::.::.
CCDS43 --PPPGQGEGL-----------LLG----FFQKA-------------------YAPFLLH
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pF1KE0 SHAKAIVLVLFGALLGLSLYGATLVQDGLALTDVVPRGTKEHAFLSAQLRYFSL-YEVAL
         ....::.:: ::.:.:::.   .. ::    ..:. .    ..    ::: .   : .
CCDS43 WITRGVVLLLFLALFGVSLYSMCHISVGLDQELALPKDSYLLDYFLFLNRYFEVGAPVYF
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       ::  :....   .. :.        :.. :...   . .:  .  : :  .:.  . .::
CCDS43 VTTLGYNFSSEAGMNAICSSAGCNNFSFTQKIQ-YATEFPEQSYLAIPASSWVDDFIDWL
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pF1KE0 QGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSEDGALAYK--LLIQTGDAQEPLD-FSQLTTRKLVD
           ..  . . ::  .. ..  .. ..    :  . :  :...  .. : .     : :
CCDS43 T--PSSCCRLYISGP-NKDKFCPSTVNSLNCLKNCMSITMGSVRPSVEQFHKYLPWFLND
               970        980       990      1000      1010        

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pF1KE0 REGLIPPE--LFYMGLTVWVSSDPLGLAASQANFYPPPPEWLHDKYDTTGENLRIPPAQP
       : ..  :.  :  .. .: ..::   ::.    .. :    :... : : : ::   :. 
CCDS43 RPNIKCPKGGLAAYSTSVNLTSDGQVLASRFMAYHKP----LKNSQDYT-EALRA--ARE
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pF1KE0 LEFAQFPFLLRGLQKTADFVEAIEGARAACAEAGQAGVHAYPSGSPFLFWEQYLGL--RR
       :          . . :::. . . :.  :         ...:     .:.:::: .  . 
CCDS43 L----------AANITADL-RKVPGTDPA--------FEVFPYTITNVFYEQYLTILPEG
                      1080               1090      1100      1110  

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pF1KE0 CFLLAVCILLVCTFLVCALLLLNPWTAGLI-VLVLAMMTVELFGIMGFLGIKLSAIPVVI
        :.:..:  :: :: :  :::     .::. .: ..:. :.  :.:.. ::. .:. .. 
CCDS43 LFMLSLC--LVPTFAVSCLLLGLDLRSGLLNLLSIVMILVDTVGFMALWGISYNAVSLIN
             1120      1130      1140      1150      1160      1170

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pF1KE0 LVASVGIGVEFTVHVALGF-LTTQGSRNLRAAHALEHTFAPVTDG-AISTLLGLLMLAGS
       ::..::..:::. :.. .: ..:. .   :: .:     . :  : :...: :.:.:. .
CCDS43 LVSAVGMSVEFVSHITRSFAISTKPTWLERAKEATISMGSAVFAGVAMTNLPGILVLGLA
             1180      1190      1200      1210      1220      1230

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pF1KE0 HFDFIVRYFFAALTVLTLLGLLHGLVLLPVLLSILGPP--PEVIQMYKESPEILSPPAPQ
       . ..:  .::    ..::::::::::.:::.:: .::   : .    :.. : ..     
CCDS43 KAQLIQIFFFRLNLLITLLGLLHGLVFLPVILSYVGPDVNPALALEQKRAEEAVAAVMVA
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CCDS43 SCPNHPSRVSTADNIYVNHSFEGSIKGAGAISNFLPNNGRQF                  
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pF1KE0 QLYEHFRGDYQTHDIGWSEEQASTVLQAWQRRFVQLAQEALPENASQQIHAFSSTTLDDI
       .: ..  :: .  .    ::     ..:.:::.. . : ..  . : . .   .:. :  
CCDS54 SLNNYPAGDPRLAQAKLWEEAFLEEMRAFQRRMAGMFQVTFMAERSLEDEINRTTAEDLP
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pF1KE0 LHAFSEVSAARVVGGYLLMLAYACVTMLRWD--CAQSQGSVGLAGVLLVALAVASGLGLC
       . : : .    :.   .:... :  ..  :.   ..:....::.:: .:  :: ...:. 
CCDS54 IFATSYI----VI---FLYISLALGSYSSWSRVMVDSKATLGLGGVAVVLGAVMAAMGFF
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       . :::  . .  ::.:::.:..:.:..:...  . .    :: : . ..:. : :.. :.
CCDS54 SYLGIRSSLVILQVVPFLVLSVGADNIFIFVLEYQRLPRRPGEPREVHIGRALGRVAPSM
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       .: :...   :...::.:.::.:.:.: ....:   :.  : .: :.:::: .:.. .::
CCDS54 LLCSLSEAICFFLGALTPMPAVRTFALTSGLAVILDFLLQMSAFVALLSLDSKRQEASRL
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pF1KE0 DVLCCFSSPCSAQVIQILPQELGDGTVPVGIAHLTATVQAFTHCEASSQHVVTILPPQAH
       :: ::           . ::::                                      
CCDS54 DVCCC-----------VKPQEL--------------------------------------
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         :::..  :            :::      :::                   .::.::.
CCDS54 --PPPGQGEGL-----------LLG----FFQKA-------------------YAPFLLH
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         ....::.:: ::.:.:::.   .. ::    ..:. .    ..    ::: .   : .
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       ::  :....   .. :.        :.. :...   . .:  .  : :  .:.  . .::
CCDS54 VTTLGYNFSSEAGMNAICSSAGCNNFSFTQKIQ-YATEFPEQSYLAIPASSWVDDFIDWL
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pF1KE0 QGIQAAFDQDWASGRITRHSYRNGSEDGALAYK--LLIQTGDAQEPLD-FSQLTTRKLVD
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CCDS54 T--PSSCCRLYISGP-NKDKFCPSTVNSLNCLKNCMSITMGSVRPSVEQFHKYLPWFLND
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CCDS54 RPNIKCPKGGLAAYSTSVNLTSD--GQVLDTVAILSPRLE--YSGTISAHCNLYLLDST-
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          ..:    . :... :..::...::   :.   : ..  :. .: :         .:.
CCDS54 ---SRFMAYHKPLKNSQDYTEALRAARELAANI-TADLRKVPGTDPAFEVFPYTITNVFY
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CCDS54 EQYLTILPEGLFMLSLC--LVPTFAVSCLLLGLDLRSGLLNLLSIVMILVDTVGFMALWG
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CCDS54 EEAVAAVMVASCPNHPSRVSTADNIYVNHSFEGSIKGAGAISNFLPNNGRQF        
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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