Result of FASTA (omim) for pF1KB9906
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9906, 589 aa
  1>>>pF1KB9906 589 - 589 aa - 589 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4370+/-0.000394; mu= 0.8099+/- 0.025
 mean_var=217.8508+/-45.030, 0's: 0 Z-trim(120.0): 99  B-trim: 985 in 1/57
 Lambda= 0.086895
 statistics sampled from 34622 (34729) to 34622 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.407), width:  16
 Scan time: 11.660

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Ho ( 589) 3824 492.3 1.9e-138
NP_444295 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 2 [Ho ( 561) 2718 353.6   1e-96
XP_005252005 (OMIM: 605046) PREDICTED: ubiquilin-1 ( 449) 2694 350.5 6.7e-96
NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo  ( 624) 2617 341.0 7.1e-93
NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2  ( 581) 2031 267.5 8.7e-71
NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Ho ( 601) 2029 267.3 1.1e-70
XP_005245405 (OMIM: 605440) PREDICTED: ubiquilin-4 ( 427) 1293 174.9 4.8e-43
XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 655) 1150 157.1 1.7e-37
NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens ( 655) 1150 157.1 1.7e-37
XP_011518447 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 502) 1138 155.5 3.9e-37


>>NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Homo s  (589 aa)
 initn: 3824 init1: 3824 opt: 3824  Z-score: 2606.5  bits: 492.3 E(85289): 1.9e-138
Smith-Waterman score: 3824; 100.0% identity (100.0% similar) in 589 aa overlap (1-589:1-589)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 IPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 IPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580         
pF1KB9 QNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 QNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
              550       560       570       580         

>>NP_444295 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 2 [Homo s  (561 aa)
 initn: 2710 init1: 2710 opt: 2718  Z-score: 1857.5  bits: 353.6 E(85289): 1e-96
Smith-Waterman score: 3565; 95.2% identity (95.2% similar) in 589 aa overlap (1-589:1-561)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::   
NP_444 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQM---
              370       380       390       400       410          

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
                                :::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 -------------------------QNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
                                420       430       440       450  

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 IPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 IPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQL
            460       470       480       490       500       510  

              550       560       570       580         
pF1KB9 QNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 QNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
            520       530       540       550       560 

>>XP_005252005 (OMIM: 605046) PREDICTED: ubiquilin-1 iso  (449 aa)
 initn: 2694 init1: 2694 opt: 2694  Z-score: 1842.6  bits: 350.5 E(85289): 6.7e-96
Smith-Waterman score: 2694; 100.0% identity (100.0% similar) in 416 aa overlap (1-416:1-416)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::    
XP_005 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQRPQL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
                                                                   
XP_005 RKLGILMLAEHSGSLGKLYRQYRWLGPHP                               
              430       440                                        

>>NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo sapi  (624 aa)
 initn: 3022 init1: 1826 opt: 2617  Z-score: 1788.4  bits: 341.0 E(85289): 7.1e-93
Smith-Waterman score: 2931; 74.5% identity (87.1% similar) in 628 aa overlap (1-582:1-617)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
       :::.:::.:::  . . :.:.:.    ::: :::::.:::::::::::::::::::::::
NP_038 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGS----AAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
               10        20            30        40        50      

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
       ::: :::::::.::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: .:.: .
NP_038 FKEAISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPS
         60        70        80        90       100       110      

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
       :.::.:.:..::: ::::  :..:::::::.::::::::::::..:::::::::::.::.
NP_038 NAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLM
        120       130       140       150       160       170      

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
       ..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
NP_038 ASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLE
        180       190       200       210       220       230      

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
       .::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::. 
NP_038 IARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVG
        240       250       260       270       280       290      

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
       :..:::::.:::::::::::::::::  . .:::...:....:. .:...:...:....:
NP_038 SSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAA
        300       310       320       330       340       350      

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
        : :    ::.:.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 ANYV----ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
        360           370       380       390       400       410  

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
       .:::..::::::::: :::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_038 SPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGL
            420       430       440       450       460       470  

              490                                             500  
pF1KB9 IPGFTPGLGA---------------------------------LGSTG-----GSSGTNG
       ::.::::.:.                                 .: ::     ::.:..:
NP_038 IPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGG
            480       490       500       510       520       530  

                  510       520        530        540       550    
pF1KB9 ------SNATPSENTSPTAGTTEPG-HQQFIQQMLQALAGVN-PQLQNPEVRFQQQLEQL
             :.:.:::.::::   .: : .:::::::.:::::.: ::: :::::::::::::
NP_038 PTGPTVSSAAPSETTSPT---SESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQL
            540       550          560       570       580         

          560       570       580         
pF1KB9 SAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
       .:::::::::::::::::::::::::::       
NP_038 NAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
     590       600       610       620    

>>NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2 [Hom  (581 aa)
 initn: 2191 init1: 870 opt: 2031  Z-score: 1391.8  bits: 267.5 E(85289): 8.7e-71
Smith-Waterman score: 2373; 64.9% identity (85.6% similar) in 589 aa overlap (26-589:4-581)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
                                :..: .  :  ..:::::::.:::... . .::..
NP_001                       MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
                                     10          20        30      

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
       ::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .:  .
NP_001 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
         40        50        60        70        80        90      

                      130        140       150             160     
pF1KB9 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSNPFGLG------GLGGLAGLSSLGLNT
       ..        : :.. .: .:: . ::::::.:.  : :      :.::. ::.::::..
NP_001 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDA-GSGSRRSSAGFGGILGLGSLGLGS
        100       110       120       130        140       150     

         170       180       190       200       210       220     
pF1KB9 TNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEI
       .:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::..::::::::::..:::::
NP_001 ANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEI
         160       170       180       190       200       210     

         230       240       250       260       270       280     
pF1KB9 SHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLS
       :::::::..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
NP_001 SHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFS
         220       230       240       250       260       270     

         290       300       310       320       330       340     
pF1KB9 AAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGT
       ::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:.   :.. .::  .: ::.
NP_001 AAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPTSQAPGSGGEGT-GGS
         280       290        300       310       320       330    

         350       360       370       380       390       400     
pF1KB9 TGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQ
        :..    . ..  . : . ..:..:::.: ::.:::::.::::::::..::::::::::
NP_001 -GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQ
            340        350       360       370       380       390 

         410       420       430       440       450       460     
pF1KB9 SLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQ
       .:.::::.:::::.: ::::::::::::.: :::.::::::::..:: ..::::::::::
NP_001 TLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQ
             400       410       420       430       440       450 

         470       480              490         500       510      
pF1KB9 IQQGLQTLATEAPGLIPGF-------TPGLGALGSTGGSS--GTNGSNATPSENTSPTAG
       :::::::: ::::::.:..       ::. .: ::..::.  . ..: :::. ..:::..
NP_001 IQQGLQTLQTEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSA-GSNAGSTPEAPTSSPATPA-TSSPTGA
             460       470       480        490       500          

        520       530        540       550       560       570     
pF1KB9 TTEPGHQQFIQQMLQALAGV-NPQLQNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATGGD
       ..  ..::..:::.: :::  : :.:.::::::::::::..:::.:::::::::::::::
NP_001 SS--AQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGD
     510         520       530       540       550       560       

         580         
pF1KB9 INAAIERLLGSQPS
       :::::::::::: :
NP_001 INAAIERLLGSQLS
       570       580 

>>NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Homo s  (601 aa)
 initn: 1876 init1: 908 opt: 2029  Z-score: 1390.2  bits: 267.3 E(85289): 1.1e-70
Smith-Waterman score: 2337; 62.8% identity (83.2% similar) in 608 aa overlap (26-589:4-601)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
                                :..: .  :  ..:::::::.:::... . .::..
NP_064                       MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
                                     10          20        30      

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
       ::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .:  .
NP_064 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
         40        50        60        70        80        90      

                      130        140                               
pF1KB9 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG--
       ..        : :.. .: .:: . ::::::.:.                     : .  
NP_064 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA
        100       110       120       130       140       150      

        150       160       170       180       190       200      
pF1KB9 --LGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMR
         :.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::
NP_064 SILSGFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMR
        160       170       180       190       200       210      

        210       220       230       240       250       260      
pF1KB9 QLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
       ..::::::::::..::::::::::::..::::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_064 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
        220       230       240       250       260       270      

        270       280       290       300       310       320      
pF1KB9 GGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAP
       :::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:
NP_064 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP
        280       290       300       310        320       330     

        330       340       350       360       370       380      
pF1KB9 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE
       .   :.. .::  .: ::. :..    . ..  . : . ..:..:::.: ::.:::::.:
NP_064 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE
         340       350         360        370       380       390  

        390       400       410       420       430       440      
pF1KB9 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQ
       :::::::..::::::::::.:.::::.:::::.: ::::::::::::.: :::.::::::
NP_064 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQ
            400       410       420       430       440       450  

        450       460       470       480              490         
pF1KB9 NPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGF-------TPGLGALGSTGGSS-
       ::..:: ..:::::::::::::::::: ::::::.:..       ::. .: ::..::. 
NP_064 NPESLSILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPSLGSFGISRTPAPSA-GSNAGSTP
            460       470       480       490       500        510 

       500       510       520       530        540       550      
pF1KB9 -GTNGSNATPSENTSPTAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGV-NPQLQNPEVRFQQQLEQLSA
        . ..: :::. ..:::....  ..::..:::.: :::  : :.:.::::::::::::..
NP_064 EAPTSSPATPA-TSSPTGASS--AQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNS
             520        530         540       550       560        

        560       570       580         
pF1KB9 MGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
       :::.::::::::::::::::::::::::::: :
NP_064 MGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS
      570       580       590       600 

>>XP_005245405 (OMIM: 605440) PREDICTED: ubiquilin-4 iso  (427 aa)
 initn: 1311 init1: 908 opt: 1293  Z-score: 893.8  bits: 174.9 E(85289): 4.8e-43
Smith-Waterman score: 1601; 60.9% identity (81.9% similar) in 425 aa overlap (26-416:4-422)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
                                :..: .  :  ..:::::::.:::... . .::..
XP_005                       MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKE
                                     10          20        30      

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
       ::::::.:::.. :::::::::::::: :::.::::.::::::::::: .. :: .:  .
XP_005 FKEEISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATA
         40        50        60        70        80        90      

                      130        140                               
pF1KB9 NT--------AGSNVTTS-STPNSNSTSGSATSN---------------------PFG--
       ..        : :.. .: .:: . ::::::.:.                     : .  
XP_005 SSPSTPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATA
        100       110       120       130       140       150      

        150       160       170       180       190       200      
pF1KB9 --LGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLLSNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMR
         :.:.::. ::.::::...:: :::.::::::.:::::. ::::::.::.:.:::::::
XP_005 SILSGFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMR
        160       170       180       190       200       210      

        210       220       230       240       250       260      
pF1KB9 QLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
       ..::::::::::..::::::::::::..::::.:::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HMIMANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIP
        220       230       240       250       260       270      

        270       280       290       300       310       320      
pF1KB9 GGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLVSNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAP
       :::::::::::::::::.:::.::::.:::.::..:..:. .::: :::::.::::::.:
XP_005 GGYNALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSP
        280       290       300       310        320       330     

        330       340       350       360       370       380      
pF1KB9 QTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITE
       .   :.. .::  .: ::. :..    . ..  . : . ..:..:::.: ::.:::::.:
XP_005 SPPTSQAPGSGGEGT-GGS-GTSQVHPTVSNPFGIN-AASLGSGMFNSPEMQALLQQISE
         340       350         360        370       380       390  

        390       400       410       420       430       440      
pF1KB9 NPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQ
       :::::::..::::::::::.:.::::.:::                              
XP_005 NPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQAFRIL                         
            400       410       420                                

>>XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 iso  (655 aa)
 initn: 1256 init1: 762 opt: 1150  Z-score: 794.1  bits: 157.1 E(85289): 1.7e-37
Smith-Waterman score: 1222; 41.4% identity (63.5% similar) in 567 aa overlap (17-496:2-557)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
                       : :.:.    . :   .:...::::::::.::.:.: .. ..::
XP_011                MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQ
                              10        20        30        40     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
       .:::::.:::.: :::::::::::::: :.:.: :..:::::::::: :.: . .    .
XP_011 LKEEISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAA
          50        60        70        80        90       100     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
       ..  .. . .: :. .:   .     :.::    :.::: :::   .: .  :...:: .
XP_011 SVPTQGPSPGSLPQPSSIYPADGPPAFSLGL---LTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHV
         110       120       130          140       150       160  

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
       : ::...:....::. ..:::  :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::
XP_011 SVPEFVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLE
            170       180       190       200       210       220  

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
       . :::::::::.:.:::.::::::::::::.:  :::::..:::.:.::::::::::. .
XP_011 FLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATAT
            230       240       250       260       270       280  

              310       320       330                              
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSG-----------------------
       .....   ::::: :: :::::::. .:  .:.. .:                       
XP_011 TDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPWT-STHGGSGSRQGRQDGDQDAPDIRNRFPNFLGIIR
            290       300        310       320       330       340 

                 340       350       360                   370     
pF1KB9 ----------TASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLV------------PGVGASM----
                 . ...:    .:::. : ::   :  :            :: :  .    
XP_011 LYDYLQQLHENPQSLGTYLQGTASALS-QSQEPPPSVNRVPPSSPSSQEPGSGQPLPEES
             350       360        370       380       390       400

                380                             390           400  
pF1KB9 FNTPGMQS---LLQQITEN----------------------PQLMQNMLSA----PYMRS
           : .:   .:.  :::                      :.:.... ..    :.   
XP_011 VAIKGRSSCPAFLRYPTENSTGQGGDQDGAGKSSTGHSTNLPDLVSGLGDSANRVPFAPL
              410       420       430       440       450       460

            410       420                430       440       450   
pF1KB9 MMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGN---------PQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSA
        ..  .  : .     : .: .  .         ::::.... ::: .:...:     .:
XP_011 SFSPTAAIPGIPEPPWLPSPAYPRSLRPDGMNPAPQLQDEIQPQLP-LLMHLQ-----AA
              470       480       490       500        510         

           460       470       480       490       500       510   
pF1KB9 MSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSP
       :.::::.::: ::.::::.:::::: :.  : : :.. ::..:                 
XP_011 MANPRALQALRQIEQGLQVLATEAPRLLLWFMPCLAGTGSVAGGIESREDPLMSEDPLPN
          520       530       540       550       560       570    

           520       530       540       550       560       570   
pF1KB9 TAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQLQNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATG
                                                                   
XP_011 PPPEVFPALDSAELGFLSPPFLHMLQDLVSTNPQQLQPEAHFQVQLEQLRSMGFLNREAN
          580       590       600       610       620       630    

>>NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens]     (655 aa)
 initn: 1256 init1: 762 opt: 1150  Z-score: 794.1  bits: 157.1 E(85289): 1.7e-37
Smith-Waterman score: 1222; 41.4% identity (63.5% similar) in 567 aa overlap (17-496:2-557)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
                       : :.:.    . :   .:...::::::::.::.:.: .. ..::
NP_059                MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQ
                              10        20        30        40     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
       .:::::.:::.: :::::::::::::: :.:.: :..:::::::::: :.: . .    .
NP_059 LKEEISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAA
          50        60        70        80        90       100     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
       ..  .. . .: :. .:   .     :.::    :.::: :::   .: .  :...:: .
NP_059 SVPTQGPSPGSLPQPSSIYPADGPPAFSLGL---LTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHV
         110       120       130          140       150       160  

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
       : ::...:....::. ..:::  :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::
NP_059 SVPEFVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLE
            170       180       190       200       210       220  

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
       . :::::::::.:.:::.::::::::::::.:  :::::..:::.:.::::::::::. .
NP_059 FLRNPAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATAT
            230       240       250       260       270       280  

              310       320       330                              
pF1KB9 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSG-----------------------
       .....   ::::: :: :::::::. .:  .:.. .:                       
NP_059 TDNATTTTSQPSRMENCDPLPNPWT-STHGGSGSRQGRQDGDQDAPDIRNRFPNFLGIIR
            290       300        310       320       330       340 

                 340       350       360                   370     
pF1KB9 ----------TASTVGGTTGSTASGTSGQSTTAPNLV------------PGVGASM----
                 . ...:    .:::. : ::   :  :            :: :  .    
NP_059 LYDYLQQLHENPQSLGTYLQGTASALS-QSQEPPPSVNRVPPSSPSSQEPGSGQPLPEES
             350       360        370       380       390       400

                380                             390           400  
pF1KB9 FNTPGMQS---LLQQITEN----------------------PQLMQNMLSA----PYMRS
           : .:   .:.  :::                      :.:.... ..    :.   
NP_059 VAIKGRSSCPAFLRYPTENSTGQGGDQDGAGKSSTGHSTNLPDLVSGLGDSANRVPFAPL
              410       420       430       440       450       460

            410       420                430       440       450   
pF1KB9 MMQSLSQNPDLAAQMMLNNPLFAGN---------PQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSA
        ..  .  : .     : .: .  .         ::::.... ::: .:...:     .:
NP_059 SFSPTAAIPGIPEPPWLPSPAYPRSLRPDGMNPAPQLQDEIQPQLP-LLMHLQ-----AA
              470       480       490       500        510         

           460       470       480       490       500       510   
pF1KB9 MSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGLIPGFTPGLGALGSTGGSSGTNGSNATPSENTSP
       :.::::.::: ::.::::.:::::: :.  : : :.. ::..:                 
NP_059 MANPRALQALRQIEQGLQVLATEAPRLLLWFMPCLAGTGSVAGGIESREDPLMSEDPLPN
          520       530       540       550       560       570    

           520       530       540       550       560       570   
pF1KB9 TAGTTEPGHQQFIQQMLQALAGVNPQLQNPEVRFQQQLEQLSAMGFLNREANLQALIATG
                                                                   
NP_059 PPPEVFPALDSAELGFLSPPFLHMLQDLVSTNPQQLQPEAHFQVQLEQLRSMGFLNREAN
          580       590       600       610       620       630    

>>XP_011518447 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 iso  (502 aa)
 initn: 1218 init1: 762 opt: 1138  Z-score: 787.7  bits: 155.5 E(85289): 3.9e-37
Smith-Waterman score: 1484; 47.0% identity (68.4% similar) in 576 aa overlap (17-583:2-499)

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