seq1 = pF1KB6994.tfa, 759 bp
seq2 = pF1KB6994/gi568815595f_159889057.tfa (gi568815595f:159889057_160095556), 206500 bp

>pF1KB6994 759
>gi568815595f:159889057_160095556 (Chr3)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-264  (101111-101256)   100% ->
265-378  (103956-104069)   100% ->
379-420  (104395-104436)   100% ->
421-462  (104512-104553)   100% ->
463-606  (104645-104788)   100% ->
607-759  (106348-106500)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCCCCCTGGGTCAGCCTCCCAGCCACCGCCCTCACCTGCCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCCCCCTGGGTCAGCCTCCCAGCCACCGCCCTCACCTGCCGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACAGGTCTGCATCCAGCGGCTCGCCCTGTGTCCCTGCAGTGCCGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACAGGTCTGCATCCAGCGGCTCGCCCTGTGTCCCTGCAGTGCCGGCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATGTGTCCAGCGCGCA         GCCTCCTCCTTGTGGCTACCCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 GCATGTGTCCAGCGCGCAGTG...CAGGCCTCCTCCTTGTGGCTACCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCTCCTGGACCACCTCAGTTTGGCCAGAAACCTCCCCGTGGCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101134 GTCCTCCTGGACCACCTCAGTTTGGCCAGAAACCTCCCCGTGGCCACTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACCCAGGAATGTTCCCATGCCTTCACCACTCCCAAAACCTGCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101184 AGACCCAGGAATGTTCCCATGCCTTCACCACTCCCAAAACCTGCTGAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGTCAGCAACATGCTCCAGAAG         GCCAGACAAACTCTAGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101234 CCGTCAGCAACATGCTCCAGAAGGTG...TAGGCCAGACAAACTCTAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTTACCCTTGCACTTCTGAAGAGATTGATCATGAAGATATCACAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103974 TTTTACCCTTGCACTTCTGAAGAGATTGATCATGAAGATATCACAAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAAAACCAGCACAGTGGAGGCCTGTTTACCATTGGAATTAACCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104024 TAAAACCAGCACAGTGGAGGCCTGTTTACCATTGGAATTAACCAAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      AATGAGAGTTGCCTAAATTCCAGAGAGACCTCTTTCATAACT   
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104074 ..TAGAATGAGAGTTGCCTAAATTCCAGAGAGACCTCTTTCATAACTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       AATGGGAGTTGCCTGGCCTCCAGAAAGACCTCTTTTATGATG  
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104440 ...TAGAATGGGAGTTGCCTGGCCTCCAGAAAGACCTCTTTTATGATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        GCCCTGTGCCTTAGTAGTATTTATGAAGACTTGAAGATGTACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104556 A...CAGGCCCTGTGCCTTAGTAGTATTTATGAAGACTTGAAGATGTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGTGGAGTTCAAGACCATGAATGCAAAGCTTCTGATGGATCCTAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104688 AGGTGGAGTTCAAGACCATGAATGCAAAGCTTCTGATGGATCCTAAGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGATCTTTCTAGATCAAAACATGCTGGCAGTTATTGATGAGCTGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104738 CAGATCTTTCTAGATCAAAACATGCTGGCAGTTATTGATGAGCTGATGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 G         GCCCTGAATTTCAACAGTGAGACTGTGCCACAAAAATCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104788 GGTA...TAGGCCCTGAATTTCAACAGTGAGACTGTGCCACAAAAATCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCCTTGAAGAACCGGATTTTTATAAAACTAAAATCAAGCTCTGCATACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106388 CCCTTGAAGAACCGGATTTTTATAAAACTAAAATCAAGCTCTGCATACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTTCATGCTTTCAGAATTCGGGCAGTGACTATTGATAGAGTGATGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106438 CTTCATGCTTTCAGAATTCGGGCAGTGACTATTGATAGAGTGATGAGCTA

    800     .    :
    747 TCTGAATGCTTCC
        |||||||||||||
 106488 TCTGAATGCTTCC