Result of FASTA (ccds) for pF1KB6884
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6884, 201 aa
  1>>>pF1KB6884 201 - 201 aa - 201 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3785+/-0.000666; mu= 12.8572+/- 0.040
 mean_var=62.4288+/-12.260, 0's: 0 Z-trim(109.9): 31  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.162324
 statistics sampled from 11158 (11186) to 11158 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.344), width:  16
 Scan time:  2.020

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8381.1 TAGLN gene_id:6876|Hs108|chr11          ( 201) 1353 324.8 2.2e-89
CCDS33816.1 TAGLN3 gene_id:29114|Hs108|chr3        ( 199)  940 228.1 2.8e-60
CCDS1189.1 TAGLN2 gene_id:8407|Hs108|chr1          ( 199)  919 223.2 8.4e-59
CCDS60314.1 TAGLN2 gene_id:8407|Hs108|chr1         ( 220)  919 223.2 9.2e-59
CCDS65592.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1           ( 288)  374 95.6 3.1e-20
CCDS30775.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1           ( 329)  374 95.7 3.4e-20
CCDS12053.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19          ( 309)  323 83.7 1.3e-16
CCDS77238.1 CNN1 gene_id:1264|Hs108|chr19          ( 247)  301 78.5 3.7e-15
CCDS12054.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19          ( 270)  251 66.8 1.4e-11


>>CCDS8381.1 TAGLN gene_id:6876|Hs108|chr11               (201 aa)
 initn: 1353 init1: 1353 opt: 1353  Z-score: 1718.4  bits: 324.8 E(32554): 2.2e-89
Smith-Waterman score: 1353; 100.0% identity (100.0% similar) in 201 aa overlap (1-201:1-201)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANKGPSYGMSREVQSKIEKKYDEELEERLVEWIIVQCGPDVGRPDRGRLGFQVWLKNGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MANKGPSYGMSREVQSKIEKKYDEELEERLVEWIIVQCGPDVGRPDRGRLGFQVWLKNGV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 ILSKLVNSLYPDGSKPVKVPENPPSMVFKQMEQVAQFLKAAEDYGVIKTDMFQTVDLFEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ILSKLVNSLYPDGSKPVKVPENPPSMVFKQMEQVAQFLKAAEDYGVIKTDMFQTVDLFEG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 KDMAAVQRTLMALGSLAVTKNDGHYRGDPNWFMKKAQEHKREFTESQLQEGKHVIGLQMG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KDMAAVQRTLMALGSLAVTKNDGHYRGDPNWFMKKAQEHKREFTESQLQEGKHVIGLQMG
              130       140       150       160       170       180

              190       200 
pF1KB6 SNRGASQAGMTGYGRPRQIIS
       :::::::::::::::::::::
CCDS83 SNRGASQAGMTGYGRPRQIIS
              190       200 

>>CCDS33816.1 TAGLN3 gene_id:29114|Hs108|chr3             (199 aa)
 initn: 929 init1: 591 opt: 940  Z-score: 1195.7  bits: 228.1 E(32554): 2.8e-60
Smith-Waterman score: 940; 67.7% identity (88.1% similar) in 201 aa overlap (1-200:1-199)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANKGPSYGMSREVQSKIEKKYDEELEERLVEWIIVQCGPDVGRPDRGRLGFQVWLKNGV
       :::.:::::.::::: :::.::: .::..::.:::.::. :. .:  ::  :: :: .:.
CCDS33 MANRGPSYGLSREVQEKIEQKYDADLENKLVDWIILQCAEDIEHPPPGRAHFQKWLMDGT
               10        20        30        40        50        60

               70         80        90       100       110         
pF1KB6 ILSKLVNSLYPDGSKPV-KVPENPPSMVFKQMEQVAQFLKAAEDYGVIKTDMFQTVDLFE
       .: ::.::::: :..:. :. :.  .:.::::::..::::::: :::  ::.::::::.:
CCDS33 VLCKLINSLYPPGQEPIPKISES--KMAFKQMEQISQFLKAAETYGVRTTDIFQTVDLWE
               70        80          90       100       110        

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 GKDMAAVQRTLMALGSLAVTKNDGHYRGDPNWFMKKAQEHKREFTESQLQEGKHVIGLQM
       ::::::::::::::::.::::.:: :::.:.:: .:::...: :.: ::..:..::::::
CCDS33 GKDMAAVQRTLMALGSVAVTKDDGCYRGEPSWFHRKAQQNRRGFSEEQLRQGQNVIGLQM
      120       130       140       150       160       170        

     180       190       200 
pF1KB6 GSNRGASQAGMTGYGRPRQIIS
       :::.::::::::::: ::::. 
CCDS33 GSNKGASQAGMTGYGMPRQIM 
      180       190          

>>CCDS1189.1 TAGLN2 gene_id:8407|Hs108|chr1               (199 aa)
 initn: 930 init1: 567 opt: 919  Z-score: 1169.1  bits: 223.2 E(32554): 8.4e-59
Smith-Waterman score: 919; 65.0% identity (87.5% similar) in 200 aa overlap (1-200:1-199)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MANKGPSYGMSREVQSKIEKKYDEELEERLVEWIIVQCGPDVGRPDRGRLGFQVWLKNGV
       :::.::.::.:::::.::::.:: .::. :..:: .::  :::::. :: .:: :::.:.
CCDS11 MANRGPAYGLSREVQQKIEKQYDADLEQILIQWITTQCRKDVGRPQPGRENFQNWLKDGT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 ILSKLVNSLYPDGSKPVKVPENPPSMVFKQMEQVAQFLKAAEDYGVIKTDMFQTVDLFEG
       .: .:.:.:::.:. :::  .   .:.::::::..:::.::: ::.  ::.::::::.::
CCDS11 VLCELINALYPEGQAPVKKIQAS-TMAFKQMEQISQFLQAAERYGINTTDIFQTVDLWEG
               70        80         90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 KDMAAVQRTLMALGSLAVTKNDGHYRGDPNWFMKKAQEHKREFTESQLQEGKHVIGLQMG
       :.:: :::::: ::.:::...:: . :::::: ::..:. :.:...::::::.:::::::
CCDS11 KNMACVQRTLMNLGGLAVARDDGLFSGDPNWFPKKSKENPRNFSDNQLQEGKNVIGLQMG
     120       130       140       150       160       170         

              190       200 
pF1KB6 SNRGASQAGMTGYGRPRQIIS
       .::::::::::::: ::::. 
CCDS11 TNRGASQAGMTGYGMPRQIL 
     180       190          

>>CCDS60314.1 TAGLN2 gene_id:8407|Hs108|chr1              (220 aa)
 initn: 914 init1: 567 opt: 919  Z-score: 1168.5  bits: 223.2 E(32554): 9.2e-59
Smith-Waterman score: 919; 65.0% identity (87.5% similar) in 200 aa overlap (1-200:22-220)

                                    10        20        30         
pF1KB6                      MANKGPSYGMSREVQSKIEKKYDEELEERLVEWIIVQCG
                            :::.::.::.:::::.::::.:: .::. :..:: .:: 
CCDS60 MSAFSLALALVSSPQPPPPIGMANRGPAYGLSREVQQKIEKQYDADLEQILIQWITTQCR
               10        20        30        40        50        60

      40        50        60        70        80        90         
pF1KB6 PDVGRPDRGRLGFQVWLKNGVILSKLVNSLYPDGSKPVKVPENPPSMVFKQMEQVAQFLK
        :::::. :: .:: :::.:..: .:.:.:::.:. :::  .   .:.::::::..:::.
CCDS60 KDVGRPQPGRENFQNWLKDGTVLCELINALYPEGQAPVKKIQAS-TMAFKQMEQISQFLQ
               70        80        90       100        110         

     100       110       120       130       140       150         
pF1KB6 AAEDYGVIKTDMFQTVDLFEGKDMAAVQRTLMALGSLAVTKNDGHYRGDPNWFMKKAQEH
       ::: ::.  ::.::::::.:::.:: :::::: ::.:::...:: . :::::: ::..:.
CCDS60 AAERYGINTTDIFQTVDLWEGKNMACVQRTLMNLGGLAVARDDGLFSGDPNWFPKKSKEN
     120       130       140       150       160       170         

     160       170       180       190       200 
pF1KB6 KREFTESQLQEGKHVIGLQMGSNRGASQAGMTGYGRPRQIIS
        :.:...::::::.:::::::.::::::::::::: ::::. 
CCDS60 PRNFSDNQLQEGKNVIGLQMGTNRGASQAGMTGYGMPRQIL 
     180       190       200       210       220 

>>CCDS65592.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1                (288 aa)
 initn: 497 init1: 161 opt: 374  Z-score: 476.9  bits: 95.6 E(32554): 3.1e-20
Smith-Waterman score: 374; 44.6% identity (73.0% similar) in 148 aa overlap (52-199:7-147)

              30        40        50        60        70        80 
pF1KB6 YDEELEERLVEWIIVQCGPDVGRPDRGRLGFQVWLKNGVILSKLVNSLYPDGSKPVKVPE
                                     ::. ::.:.:: .:.:.: : . : :    
CCDS65                         MSIGPNFQLGLKDGIILCELINKLQPGSVKKV----
                                       10        20        30      

              90       100       110       120       130       140 
pF1KB6 NPPSMVFKQMEQVAQFLKAAEDYGVIKTDMFQTVDLFEGKDMAAVQRTLMALGSLAVTKN
       :  :. . :.:....:.:: . ::.   :.:.. ::::. .:. :: ::.::..:: ::.
CCDS65 NESSLNWPQLENIGNFIKAIQAYGMKPHDIFEANDLFENGNMTQVQTTLVALAGLAKTKG
             40        50        60        70        80        90  

             150       160       170       180       190       200 
pF1KB6 DGHYRGDPNWFMKKAQEHKREFTESQLQEGKHVIGLQMGSNRGASQAGMTGYGRPRQIIS
         :   : .  .: :... :.: :..:. :. :::::::.:. :::::::.::  :..  
CCDS65 -FHTTIDIG--VKYAEKQTRRFDEGKLKAGQSVIGLQMGTNKCASQAGMTAYGTRRHLYD
             100         110       120       130       140         

CCDS65 PKMQTDKPFDQTTISLQMGTNKGASQAGMLAPGTRRDIYDQKLTLQPVDNSTISLQMGTN
     150       160       170       180       190       200         

>>CCDS30775.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1                (329 aa)
 initn: 619 init1: 161 opt: 374  Z-score: 475.9  bits: 95.7 E(32554): 3.4e-20
Smith-Waterman score: 496; 45.2% identity (71.6% similar) in 197 aa overlap (3-199:5-188)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB6   MANKGPSYGMSREVQSKIEKKYDEELEERLVEWIIVQCGPDVGRPDRGRLGFQVWLKN
           :::::::.: ::..:: .:::.. :: : .::    : ..: :.     ::. ::.
CCDS30 MTHFNKGPSYGLSAEVKNKIASKYDHQAEEDLRNWIEEVTGMSIG-PN-----FQLGLKD
               10        20        30        40              50    

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB6 GVILSKLVNSLYPDGSKPVKVPENPPSMVFKQMEQVAQFLKAAEDYGVIKTDMFQTVDLF
       :.:: .:.:.: : . : :    :  :. . :.:....:.:: . ::.   :.:.. :::
CCDS30 GIILCELINKLQPGSVKKV----NESSLNWPQLENIGNFIKAIQAYGMKPHDIFEANDLF
           60        70            80        90       100       110

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB6 EGKDMAAVQRTLMALGSLAVTKNDGHYRGDPNWFMKKAQEHKREFTESQLQEGKHVIGLQ
       :. .:. :: ::.::..:: ::.  :   : .  .: :... :.: :..:. :. :::::
CCDS30 ENGNMTQVQTTLVALAGLAKTKG-FHTTIDIG--VKYAEKQTRRFDEGKLKAGQSVIGLQ
              120       130        140         150       160       

      180       190       200                                      
pF1KB6 MGSNRGASQAGMTGYGRPRQIIS                                     
       ::.:. :::::::.::  :..                                       
CCDS30 MGTNKCASQAGMTAYGTRRHLYDPKMQTDKPFDQTTISLQMGTNKGASQAGMLAPGTRRD
       170       180       190       200       210       220       

>>CCDS12053.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19               (309 aa)
 initn: 469 init1: 139 opt: 323  Z-score: 411.8  bits: 83.7 E(32554): 1.3e-16
Smith-Waterman score: 434; 41.6% identity (70.1% similar) in 197 aa overlap (3-199:7-190)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB6     MANKGPSYGMSREVQSKIEKKYDEELEERLVEWIIVQCGPDVGRPDRGRLGFQVWL
             :::::::.: ::.... .::: . : .:  ::    : ..: ::     ::  :
CCDS12 MSSTQFNKGPSYGLSAEVKNRLLSKYDPQKEAELRTWIEGLTGLSIG-PD-----FQKGL
               10        20        30        40              50    

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB6 KNGVILSKLVNSLYPDGSKPVKVPENPPSMVFKQMEQVAQFLKAAEDYGVIKTDMFQTVD
       :.:.::  :.:.: : :: : :.  :   . ..:.:....:.::  .::.  .:.:.. :
CCDS12 KDGTILCTLMNKLQP-GSVP-KI--NRSMQNWHQLENLSNFIKAMVSYGMNPVDLFEAND
           60         70           80        90       100       110

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB6 LFEGKDMAAVQRTLMALGSLAVTKNDGHYRGDPNWFMKKAQEHKREFTESQLQEGKHVIG
       :::. .:. :: .:.::.. : ::  :   :  .  .: .....:.: .. .. :. :::
CCDS12 LFESGNMTQVQVSLLALAGKAKTK--GLQSG-VDIGVKYSEKQERNFDDATMKAGQCVIG
              120       130          140       150       160       

        180       190       200                                    
pF1KB6 LQMGSNRGASQAGMTGYGRPRQIIS                                   
       ::::.:. :::.:::.::  :..                                     
CCDS12 LQMGTNKCASQSGMTAYGTRRHLYDPKNHILPPMDHSTISLQMGTNKCASQVGMTAPGTR
       170       180       190       200       210       220       

>>CCDS77238.1 CNN1 gene_id:1264|Hs108|chr19               (247 aa)
 initn: 345 init1: 128 opt: 301  Z-score: 385.5  bits: 78.5 E(32554): 3.7e-15
Smith-Waterman score: 349; 40.3% identity (72.2% similar) in 144 aa overlap (56-199:4-138)

          30        40        50        60        70        80     
pF1KB6 LEERLVEWIIVQCGPDVGRPDRGRLGFQVWLKNGVILSKLVNSLYPDGSKPVKVPENPPS
                                     ::.:.:: ...:.: : . : .    :  .
CCDS77                            MDGLKDGIILCEFINKLQPGSVKKI----NEST
                                          10        20             

          90       100       110       120       130       140     
pF1KB6 MVFKQMEQVAQFLKAAEDYGVIKTDMFQTVDLFEGKDMAAVQRTLMALGSLAVTKNDGHY
       . ..:.:....:.::   :::   :.:.. ::::. . . :: ::.::.:.: ::..   
CCDS77 QNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQVQSTLLALASMAKTKGNKVN
      30        40        50        60        70        80         

         150       160       170       180       190       200     
pF1KB6 RGDPNWFMKKAQEHKREFTESQLQEGKHVIGLQMGSNRGASQAGMTGYGRPRQIIS    
        :     .: :....:.:  ..:.::...::::::.:. ::: :::.::  :..      
CCDS77 VG-----VKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQGMTAYGTRRHLYDPKLG
      90            100       110       120       130       140    

CCDS77 TDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDTLNVSLQMGSNKGAS
          150       160       170       180       190       200    

>>CCDS12054.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19               (270 aa)
 initn: 429 init1: 129 opt: 251  Z-score: 321.6  bits: 66.8 E(32554): 1.4e-11
Smith-Waterman score: 362; 38.4% identity (64.6% similar) in 198 aa overlap (3-199:7-191)

                   10        20        30        40        50      
pF1KB6     MANKGPSYGMSREVQSKIEKKYDEELEERLVEWIIVQCGPDVGRPDRGRLGFQVWL
             :::::::.: ::.... .::: . : .:  ::    : ..: ::     ::  :
CCDS12 MSSTQFNKGPSYGLSAEVKNRLLSKYDPQKEAELRTWIEGLTGLSIG-PD-----FQKGL
               10        20        30        40              50    

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB6 KNGVILSKLVNSLYPDGSKPVKVPENPPSMVFKQMEQVAQFLKAAEDYGVIKTDMFQTVD
       :.:.::  :.:.: : :: : :.  :   . ..:.:....:.::  .::.  .:.:.. :
CCDS12 KDGTILCTLMNKLQP-GSVP-KI--NRSMQNWHQLENLSNFIKAMVSYGMNPVDLFEAND
           60         70           80        90       100       110

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB6 LFEGKDMAAVQRTLMALGSLAVTKNDGHYRGDPNWFMKKAQEHKREFTESQLQEGKH-VI
       :::. .:. :: .:.::..   :.. .   :   .  ..   :  .  .  :    : .:
CCDS12 LFESGNMTQVQVSLLALAGKMGTNKCASQSGMTAYGTRR---HLYDPKNHILPPMDHSTI
              120       130       140          150       160       

         180       190       200                                   
pF1KB6 GLQMGSNRGASQAGMTGYGRPRQIIS                                  
       .::::.:. :::.:::. :  :.:                                    
CCDS12 SLQMGTNKCASQVGMTAPGTRRHIYDTKLGTDKCDNSSMSLQMGYTQGANQSGQVFGLGR
       170       180       190       200       210       220       




201 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 14:02:36 2016 done: Fri Nov  4 14:02:36 2016
 Total Scan time:  2.020 Total Display time: -0.010

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com