seq1 = pF1KB6438.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KB6438/gi568815595r_50230584.tfa (gi568815595r:50230584_50440805), 210222 bp

>pF1KB6438 1020
>gi568815595r:50230584_50440805 (Chr3)

(complement)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-357  (102795-102901)   100% ->
358-462  (108652-108756)   100% ->
463-760  (108950-109247)   100% ->
761-876  (109357-109472)   100% ->
877-1020  (110079-110222)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGGGAGCCTGAGCTCATTGAGCTGCGGGAGCTGGCACCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGGGAGCCTGAGCTCATTGAGCTGCGGGAGCTGGCACCCGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCGCTGGGAAGGGCCGCACCCGGCTGGAGCGTGCCAACGCGCTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCGCTGGGAAGGGCCGCACCCGGCTGGAGCGTGCCAACGCGCTGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGCGCGGGGCACCGCGTGCAACCCCACACGGCAGCTGGTCCCTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGCGCGGGGCACCGCGTGCAACCCCACACGGCAGCTGGTCCCTGGCCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCACCGCTTCCAGCCCGCGGGGCCCGCCACGCACACGTGGTGCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCACCGCTTCCAGCCCGCGGGGCCCGCCACGCACACGTGGTGCGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGTGGCGACTTCATCTGGGGCGTCGTGCGCAAAGGCCTGCAGTGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGTGGCGACTTCATCTGGGGCGTCGTGCGCAAAGGCCTGCAGTGCGCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          ATTGCAAGTTCACCTGCCACTACCGCTGCCGCGCGCTCGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTG...CAGATTGCAAGTTCACCTGCCACTACCGCTGCCGCGCGCTCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCCTGGACTGTTGCGGGCCCCGGGACCTGGGCTGGGAACCCGCGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102836 TGCCTGGACTGTTGCGGGCCCCGGGACCTGGGCTGGGAACCCGCGGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGGGACACGAACGTG         GACGAGCCTGTGGAGTGGGAGACAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102886 GCGGGACACGAACGTGGTG...CAGGACGAGCCTGTGGAGTGGGAGACAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGACCTTTCTCAAGCTGAGATTGAGCAGAAGATCAAGGAGTACAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108677 CTGACCTTTCTCAAGCTGAGATTGAGCAGAAGATCAAGGAGTACAATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGATCAACAGCAACCTCTTCATGAGCTTG         AACAAGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108727 CAGATCAACAGCAACCTCTTCATGAGCTTGGTG...TAGAACAAGGACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCTTACACAGGCTTCATCAAGGTTCAGCTGAAGCTGGTGCGCCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108961 TTCTTACACAGGCTTCATCAAGGTTCAGCTGAAGCTGGTGCGCCCTGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGTGCCCTCCAGCAAGAAGCCACCCTCCTTGCAGGATGCCCGGCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109011 CTGTGCCCTCCAGCAAGAAGCCACCCTCCTTGCAGGATGCCCGGCGGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCAGGACGGGGCACAAGTGTCAGGCGCCGCACTTCCTTTTACCTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109061 CCAGGACGGGGCACAAGTGTCAGGCGCCGCACTTCCTTTTACCTGCCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGATGCTGTCAAGCACCTGCATGTGCTGTCACGCACAAGGGCACGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109111 GGATGCTGTCAAGCACCTGCATGTGCTGTCACGCACAAGGGCACGTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCATTGAGGCCCTGCTGCGAAAGTTCTTGGTGGTGGATGACCCCCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109161 TCATTGAGGCCCTGCTGCGAAAGTTCTTGGTGGTGGATGACCCCCGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTTGCACTCTTTGAGCGCGCTGAGCGTCACGGCCAAG         TGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109211 TTTGCACTCTTTGAGCGCGCTGAGCGTCACGGCCAAGGTG...CAGTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTGCGGAAGCTGTTGGATGATGAGCAGCCCCTGCGGCTGCGGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109361 CTTGCGGAAGCTGTTGGATGATGAGCAGCCCCTGCGGCTGCGGCTCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGGGCCCAGTGACAAGGCCCTGAGCTTTGTCCTGAAGGAAAATGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109411 CAGGGCCCAGTGACAAGGCCCTGAGCTTTGTCCTGAAGGAAAATGACTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGGGAGGTGAAC         TGGGACGCCTTCAGCATGCCTGAACTACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 109461 GGGGAGGTGAACGTG...CAGTGGGACGCCTTCAGCATGCCTGAACTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TAACTTCCTACGTATCCTGCAGCGGGAGGAGGAGGAGCACCTCCGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110108 TAACTTCCTACGTATCCTGCAGCGGGAGGAGGAGGAGCACCTCCGCCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCCTGCAGAAGTACTCCTATTGCCGCCAGAAGATCCAAGAGGCCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110158 TCCTGCAGAAGTACTCCTATTGCCGCCAGAAGATCCAAGAGGCCCTGCAC

   1050     .    :    .
   1006 GCCTGCCCCCTTGGG
        |||||||||||||||
 110208 GCCTGCCCCCTTGGG