Result of FASTA (ccds) for pF1KB8500
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8500, 862 aa
  1>>>pF1KB8500 862 - 862 aa - 862 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1147+/-0.00113; mu= 6.7275+/- 0.068
 mean_var=124.5003+/-24.590, 0's: 0 Z-trim(105.7): 22  B-trim: 44 in 1/50
 Lambda= 0.114945
 statistics sampled from 8563 (8576) to 8563 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.263), width:  16
 Scan time:  3.840

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5343.1 PMS2 gene_id:5395|Hs108|chr7            ( 862) 5683 954.5       0
CCDS83155.1 PMS2 gene_id:5395|Hs108|chr7           ( 756) 4945 832.1       0
CCDS46473.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2           ( 770)  468 89.6 2.2e-17
CCDS46474.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2           ( 893)  468 89.7 2.6e-17
CCDS2302.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2            ( 932)  468 89.7 2.7e-17
CCDS2663.1 MLH1 gene_id:4292|Hs108|chr3            ( 756)  449 86.5 1.9e-16
CCDS82544.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2           ( 181)  386 75.9 7.2e-14
CCDS82543.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2           ( 165)  385 75.7 7.4e-14


>>CCDS5343.1 PMS2 gene_id:5395|Hs108|chr7                 (862 aa)
 initn: 5683 init1: 5683 opt: 5683  Z-score: 5098.4  bits: 954.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5683; 99.8% identity (99.9% similar) in 862 aa overlap (1-862:1-862)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MERAESSSTEPAKAIKPIDRKSVHQICSGQVVLSLSTAVKELVENSLDAGATNIDLKLKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MERAESSSTEPAKAIKPIDRKSVHQICSGQVVLSLSTAVKELVENSLDAGATNIDLKLKD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKKE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 YAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQSLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQSLI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 PFVQLPPSDSVCEEYGLSCSDALHNLFYISGFISQCTHGVGRSSTDRQFFFINRRPCDPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PFVQLPPSDSVCEEYGLSCSDALHNLFYISGFISQCTHGVGRSSTDRQFFFINRRPCDPA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 KVCRLVNEVYHMYNRHQYPFVVLNISVDSECVDINVTPDKRQILLQEEKLLLAVLKTSLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KVCRLVNEVYHMYNRHQYPFVVLNISVDSECVDINVTPDKRQILLQEEKLLLAVLKTSLI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 GMFDSDVNKLNVSQQPLLDVEGNLIKMHAADLEKPMVEKQDQSPSLRTGEEKKDVSISRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GMFDSDVNKLNVSQQPLLDVEGNLIKMHAADLEKPMVEKQDQSPSLRTGEEKKDVSISRL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 REAFSLRHTTENKPHSPKTPEPRRSPLGQKRGMLSSSTSGAISDKGVLRSQKEAVSSSHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS53 REAFSLRHTTENKPHSPKTPEPRRSPLGQKRGMLSSSTSGAISDKGVLRPQKEAVSSSHG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 PSDPTDRAEVEKDSGHGSTSVDSEGFSIPDTGSHCSSEYAASSPGDRGSQEHVDSQEKAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PSDPTDRAEVEKDSGHGSTSVDSEGFSIPDTGSHCSSEYAASSPGDRGSQEHVDSQEKAP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 ETDDSFSDVDCHSNQEDTGCKFRVLPQPTNLATPNTKRFKKEEILSSSDICQKLVNTQDM
       .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KTDDSFSDVDCHSNQEDTGCKFRVLPQPTNLATPNTKRFKKEEILSSSDICQKLVNTQDM
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 SASQVDVAVKINKKVVPLDFSMSSLAKRIKQLHHEAQQSEGEQNYRKFRAKICPGENQAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SASQVDVAVKINKKVVPLDFSMSSLAKRIKQLHHEAQQSEGEQNYRKFRAKICPGENQAA
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 EDELRKEISKTMFAEMEIIGQFNLGFIITKLNEDIFIVDQHATDEKYNFEMLQQHTVLQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 EDELRKEISKTMFAEMEIIGQFNLGFIITKLNEDIFIVDQHATDEKYNFEMLQQHTVLQG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB8 QRLIAPQTLNLTAVNEAVLIENLEIFRKNGFDFVIDENAPVTERAKLISLPTSKNWTFGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QRLIAPQTLNLTAVNEAVLIENLEIFRKNGFDFVIDENAPVTERAKLISLPTSKNWTFGP
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB8 QDVDELIFMLSDSPGVMCRPSRVKQMFASRACRKSVMIGTALNTSEMKKLITHMGEMDHP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QDVDELIFMLSDSPGVMCRPSRVKQMFASRACRKSVMIGTALNTSEMKKLITHMGEMDHP
              790       800       810       820       830       840

              850       860  
pF1KB8 WNCPHGRPTMRHIANLGVISQN
       ::::::::::::::::::::::
CCDS53 WNCPHGRPTMRHIANLGVISQN
              850       860  

>>CCDS83155.1 PMS2 gene_id:5395|Hs108|chr7                (756 aa)
 initn: 4945 init1: 4945 opt: 4945  Z-score: 4438.0  bits: 832.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4945; 99.6% identity (99.9% similar) in 746 aa overlap (117-862:11-756)

         90       100       110       120       130       140      
pF1KB8 HHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDVTISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQK
                                     :.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83                     MWGRRRKLRRLNDVTISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQK
                                   10        20        30        40

        150       160       170       180       190       200      
pF1KB8 TPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKKEYAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKKEYAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQL
               50        60        70        80        90       100

        210       220       230       240       250       260      
pF1KB8 GQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQSLIPFVQLPPSDSVCEEYGLSCSDALHNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQSLIPFVQLPPSDSVCEEYGLSCSDALHNL
              110       120       130       140       150       160

        270       280       290       300       310       320      
pF1KB8 FYISGFISQCTHGVGRSSTDRQFFFINRRPCDPAKVCRLVNEVYHMYNRHQYPFVVLNIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FYISGFISQCTHGVGRSSTDRQFFFINRRPCDPAKVCRLVNEVYHMYNRHQYPFVVLNIS
              170       180       190       200       210       220

        330       340       350       360       370       380      
pF1KB8 VDSECVDINVTPDKRQILLQEEKLLLAVLKTSLIGMFDSDVNKLNVSQQPLLDVEGNLIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VDSECVDINVTPDKRQILLQEEKLLLAVLKTSLIGMFDSDVNKLNVSQQPLLDVEGNLIK
              230       240       250       260       270       280

        390       400       410       420       430       440      
pF1KB8 MHAADLEKPMVEKQDQSPSLRTGEEKKDVSISRLREAFSLRHTTENKPHSPKTPEPRRSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MHAADLEKPMVEKQDQSPSLRTGEEKKDVSISRLREAFSLRHTTENKPHSPKTPEPRRSP
              290       300       310       320       330       340

        450       460       470       480       490       500      
pF1KB8 LGQKRGMLSSSTSGAISDKGVLRSQKEAVSSSHGPSDPTDRAEVEKDSGHGSTSVDSEGF
       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LGQKRGMLSSSTSGAISDKGVLRPQKEAVSSSHGPSDPTDRAEVEKDSGHGSTSVDSEGF
              350       360       370       380       390       400

        510       520       530       540       550       560      
pF1KB8 SIPDTGSHCSSEYAASSPGDRGSQEHVDSQEKAPETDDSFSDVDCHSNQEDTGCKFRVLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
CCDS83 SIPDTGSHCSSEYAASSPGDRGSQEHVDSQEKAPKTDDSFSDVDCHSNQEDTGCKFRVLP
              410       420       430       440       450       460

        570       580       590       600       610       620      
pF1KB8 QPTNLATPNTKRFKKEEILSSSDICQKLVNTQDMSASQVDVAVKINKKVVPLDFSMSSLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 QPTNLATPNTKRFKKEEILSSSDICQKLVNTQDMSASQVDVAVKINKKVVPLDFSMSSLA
              470       480       490       500       510       520

        630       640       650       660       670       680      
pF1KB8 KRIKQLHHEAQQSEGEQNYRKFRAKICPGENQAAEDELRKEISKTMFAEMEIIGQFNLGF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KRIKQLHHEAQQSEGEQNYRKFRAKICPGENQAAEDELRKEISKTMFAEMEIIGQFNLGF
              530       540       550       560       570       580

        690       700       710       720       730       740      
pF1KB8 IITKLNEDIFIVDQHATDEKYNFEMLQQHTVLQGQRLIAPQTLNLTAVNEAVLIENLEIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 IITKLNEDIFIVDQHATDEKYNFEMLQQHTVLQGQRLIAPQTLNLTAVNEAVLIENLEIF
              590       600       610       620       630       640

        750       760       770       780       790       800      
pF1KB8 RKNGFDFVIDENAPVTERAKLISLPTSKNWTFGPQDVDELIFMLSDSPGVMCRPSRVKQM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 RKNGFDFVIDENAPVTERAKLISLPTSKNWTFGPQDVDELIFMLSDSPGVMCRPSRVKQM
              650       660       670       680       690       700

        810       820       830       840       850       860  
pF1KB8 FASRACRKSVMIGTALNTSEMKKLITHMGEMDHPWNCPHGRPTMRHIANLGVISQN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FASRACRKSVMIGTALNTSEMKKLITHMGEMDHPWNCPHGRPTMRHIANLGVISQN
              710       720       730       740       750      

>>CCDS46473.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2                (770 aa)
 initn: 656 init1: 441 opt: 468  Z-score: 425.5  bits: 89.6 E(32554): 2.2e-17
Smith-Waterman score: 656; 24.9% identity (54.4% similar) in 868 aa overlap (15-856:1-766)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MERAESSSTEPAKAIKPIDRKSVHQICSGQVVLSLSTAVKELVENSLDAGATNIDLKLKD
                     .: .   .:. . :.:.. :. ..::::.:::::::::..:.::..
CCDS46               MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLEN
                             10        20        30        40      

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV
       :: : ::: ::: :..  .   ...:..::::.   :: .. :.:::::::.:.: ...:
CCDS46 YGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEV
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pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKK-
        :.:  :. . .:. ..: .:.:... :    .::::.. .::..:::: :.:  . :: 
CCDS46 LITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVR-KQFYSTAKKC
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pF1KB8 --EYAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQ
         :  :. ..: .. :..  .:.  ... .   ..  :        :  . ::.:   ..
CCDS46 KDEIKKIQDLLMSFGILKPDLRIVFVHNKAVIWQKSRVSDH-----KMALMSVLGTAVMN
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pF1KB8 SLIPFVQLPPSDSVCEEYGLSCSDALHNLFYISGFISQCT--HGVGRSST-DRQFFFINR
       ..  : :    .:                .:.:::. .:   :.    :: .:.:.::: 
CCDS46 NMESF-QYHSEES---------------QIYLSGFLPKCDADHSFTSLSTPERSFIFINS
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pF1KB8 RPCDPAKVCRLVNEVYHMY----NRHQYPFVVLNISVDSECVDINVTPDKRQILLQ-EEK
       ::     . .:. . :..     . . ::   :.:.: .  ::.:.:::: :.::: .:.
CCDS46 RPVHQKDILKLIRHHYNLKCLKESTRLYPVFFLKIDVPTADVDVNLTPDKSQVLLQNKES
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pF1KB8 LLLAV--LKTSLIGMFDS----DVNKLNVSQQPLLDVEGNLIKMHAADLEKPMVEKQDQS
       .:.:.  : :.  : . :    . :: .::   ..     : :   .:.    ::.. ..
CCDS46 VLIALENLMTTCYGPLPSTNSYENNKTDVSAADIV-----LSKTAETDVLFNKVESSGKN
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pF1KB8 PSLRTGEEKKDVSI----SRLREAFSLRHTTENKPHSPKTPEPRRSPLGQKRGMLSSSTS
        :      . :.:.    . ...  : ..: .   :. .  .   .  ... . ....:.
CCDS46 YS------NVDTSVIPFQNDMHNDESGKNTDDCLNHQISIGDFGYGHCSSEISNIDKNTK
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       .:..: ..   . :  .. .. .   . ..  .. . ..  .:  : .  ..: . ::: 
CCDS46 NAFQDISMSNVSWENSQTEYSKTCFISSVKHTQSENGNKDHIDESGENEEEAGLENSSEI
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pF1KB8 AASSPGDRGSQEHVDSQEKAPETDDSFSDVDCHSNQEDTGCKFRVLPQPTNLATPNTKRF
       .:    :. :. .. ..     . ...  :     ...  ::     . .:   :     
CCDS46 SA----DEWSRGNILKN----SVGENIEPVKILVPEKSLPCKV----SNNNYPIP-----
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pF1KB8 KKEEILSSSDICQKLVNTQDMSASQVDVAVKINKKVVPLDFSMSSLAKRIKQLHHEAQQS
         :..  . : :.:  :. : ....: .   ....:.   .: :.:   . : :.     
CCDS46 --EQMNLNEDSCNKKSNVIDNKSGKVTAYDLLSNRVIKKPMSASAL---FVQDHRPQFLI
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pF1KB8 EGEQNYRKFRAKICPGENQAAEDELRKEISKTMFAEMEIIGQFNLGFIITKLNEDIFIVD
       :. ..           :. . . :   :. ::. .: : .. :: .  .     :. .  
CCDS46 ENPKTSL---------EDATLQIE---ELWKTL-SEEEKLNLFNGSHYL-----DV-LYK
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pF1KB8 QHATDEKYNFEMLQQHTVLQGQRLIAPQTLNLTAVNEAVLIENLEIFRKNGFDFVIDENA
       . : :..:.       : :.  :: :                       ::: . .  ..
CCDS46 MTADDQRYS-----GSTYLSDPRLTA-----------------------NGFKIKLIPGV
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pF1KB8 PVTERAKLISLPTSKNWTFGPQDVDELI--FMLSDSPGVM-CRPSRVKQMFASRACRKSV
        .::    :   ..    .:  :. :..  ..  ..  :. ::: .: ... ..: : : 
CCDS46 SITENYLEIEGMANCLPFYGVADLKEILNAILNRNAKEVYECRPRKVISYLEGEAVRLSR
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pF1KB8 MIGTALNTSEMKKLITHMGEM--DHPWNCPHGRPTMRHIANLGVISQN
       ..   :.  ... .: .: ..  ..  .: :::: ..:.. :      
CCDS46 QLPMYLSKEDIQDIIYRMKHQFGNEIKECVHGRPFFHHLTYLPETT  
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>>CCDS46474.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2                (893 aa)
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                     .: .   .:. . :.:.. :. ..::::.:::::::::..:.::..
CCDS46               MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLEN
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       :: : ::: ::: :..  .   ...:..::::.   :: .. :.:::::::.:.: ...:
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pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKKE
        :.:  :. . .:. ..: .:.:... :    .::::.. .::..:::: :.:  . :: 
CCDS46 LITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVR-KQFYSTAKK-
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                            : ...                           :..:.:.
CCDS46 ---------------------CKDEI---------------------------KKIQDLL
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         :  : :.  .           .:: .:.:::. .:   :.    :: .:.:.::: ::
CCDS46 MSFGILKPDLRIV---------FVHNKIYLSGFLPKCDADHSFTSLSTPERSFIFINSRP
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pF1KB8 CDPAKVCRLVNEVYHMY----NRHQYPFVVLNISVDSECVDINVTPDKRQILLQ-EEKLL
            . .:. . :..     . . ::   :.:.: .  ::.:.:::: :.::: .:..:
CCDS46 VHQKDILKLIRHHYNLKCLKESTRLYPVFFLKIDVPTADVDVNLTPDKSQVLLQNKESVL
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pF1KB8 LAV--LKTSLIGMFDS----DVNKLNVSQQPLLDVEGNLIKMHAADLEKPMVEKQDQSPS
       .:.  : :.  : . :    . :: .::   ..     : :   .:.    ::.. .. :
CCDS46 IALENLMTTCYGPLPSTNSYENNKTDVSAADIV-----LSKTAETDVLFNKVESSGKNYS
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pF1KB8 LRTGEEKKDVSI----SRLREAFSLRHTTENKPHSPKTPEPRRSPLGQKRGMLSSSTSGA
             . :.:.    . ...  : ..: .   :. .  .   .  ... . ....:..:
CCDS46 ------NVDTSVIPFQNDMHNDESGKNTDDCLNHQISIGDFGYGHCSSEISNIDKNTKNA
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pF1KB8 ISDKGVLRSQKEAVSSSHGPSDPTDRAEVEKDSGHGSTSVDSEGFSIPDTGSHCSSEYAA
       ..: ..   . :  .. .. .   . ..  .. . ..  .:  : .  ..: . ::: .:
CCDS46 FQDISMSNVSWENSQTEYSKTCFISSVKHTQSENGNKDHIDESGENEEEAGLENSSEISA
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pF1KB8 SSPGDRGSQEHVDSQEKAPETDDSFSDVDCHSNQEDTGCKFRVLPQPTNLATPNTKRFKK
           :. :. .. ..     . ...  :     ...  ::     . .:   :       
CCDS46 ----DEWSRGNILKNS----VGENIEPVKILVPEKSLPCKV----SNNNYPIP-------
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pF1KB8 EEILSSSDICQKLVNTQDMSASQVDVAVKINKKVVPLDFSMSSLAKRIKQLHHEAQQSEG
       :..  . : :.:  :. : ....: .   ....:.   .: :.:                
CCDS46 EQMNLNEDSCNKKSNVIDNKSGKVTAYDLLSNRVIKKPMSASALFVQDHRPQFLIENPKT
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>>CCDS2302.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2                 (932 aa)
 initn: 623 init1: 441 opt: 468  Z-score: 424.1  bits: 89.7 E(32554): 2.7e-17
Smith-Waterman score: 625; 26.6% identity (57.4% similar) in 632 aa overlap (15-625:1-580)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MERAESSSTEPAKAIKPIDRKSVHQICSGQVVLSLSTAVKELVENSLDAGATNIDLKLKD
                     .: .   .:. . :.:.. :. ..::::.:::::::::..:.::..
CCDS23               MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLEN
                             10        20        30        40      

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pF1KB8 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV
       :: : ::: ::: :..  .   ...:..::::.   :: .. :.:::::::.:.: ...:
CCDS23 YGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEV
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pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKK-
        :.:  :. . .:. ..: .:.:... :    .::::.. .::..:::: :.:  . :: 
CCDS23 LITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVR-KQFYSTAKKC
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pF1KB8 --EYAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQ
         :  :. ..: .. :..  .:.  ... .   ..  :        :  . ::.:   ..
CCDS23 KDEIKKIQDLLMSFGILKPDLRIVFVHNKAVIWQKSRVSDH-----KMALMSVLGTAVMN
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pF1KB8 SLIPFVQLPPSDSVCEEYGLSCSDALHNLFYISGFISQCT--HGVGRSST-DRQFFFINR
       ..  : :    .:                .:.:::. .:   :.    :: .:.:.::: 
CCDS23 NMESF-QYHSEES---------------QIYLSGFLPKCDADHSFTSLSTPERSFIFINS
               230                      240       250       260    

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pF1KB8 RPCDPAKVCRLVNEVYHMY----NRHQYPFVVLNISVDSECVDINVTPDKRQILLQ-EEK
       ::     . .:. . :..     . . ::   :.:.: .  ::.:.:::: :.::: .:.
CCDS23 RPVHQKDILKLIRHHYNLKCLKESTRLYPVFFLKIDVPTADVDVNLTPDKSQVLLQNKES
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pF1KB8 LLLAV--LKTSLIGMFDS----DVNKLNVSQQPLLDVEGNLIKMHAADLEKPMVEKQDQS
       .:.:.  : :.  : . :    . :: .::   ..     : :   .:.    ::.. ..
CCDS23 VLIALENLMTTCYGPLPSTNSYENNKTDVSAADIV-----LSKTAETDVLFNKVESSGKN
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pF1KB8 PSLRTGEEKKDVSI----SRLREAFSLRHTTENKPHSPKTPEPRRSPLGQKRGMLSSSTS
        :      . :.:.    . ...  : ..: .   :. .  .   .  ... . ....:.
CCDS23 YS------NVDTSVIPFQNDMHNDESGKNTDDCLNHQISIGDFGYGHCSSEISNIDKNTK
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pF1KB8 GAISDKGVLRSQKEAVSSSHGPSDPTDRAEVEKDSGHGSTSVDSEGFSIPDTGSHCSSEY
       .:..: ..   . :  .. .. .   . ..  .. . ..  .:  : .  ..: . ::: 
CCDS23 NAFQDISMSNVSWENSQTEYSKTCFISSVKHTQSENGNKDHIDESGENEEEAGLENSSEI
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pF1KB8 AASSPGDRGSQEHVDSQEKAPETDDSFSDVDCHSNQEDTGCKFRVLPQPTNLATPNTKRF
       .:    :. :. .. ..     . ...  :     ...  ::     . .:   :     
CCDS23 SA----DEWSRGNILKNS----VGENIEPVKILVPEKSLPCKV----SNNNYPIP-----
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pF1KB8 KKEEILSSSDICQKLVNTQDMSASQVDVAVKINKKVVPLDFSMSSLAKRIKQLHHEAQQS
         :..  . : :.:  :. : ....: .   ....:.   .: :.:              
CCDS23 --EQMNLNEDSCNKKSNVIDNKSGKVTAYDLLSNRVIKKPMSASALFVQDHRPQFLIENP
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pF1KB8 EGEQNYRKFRAKICPGENQAAEDELRKEISKTMFAEMEIIGQFNLGFIITKLNEDIFIVD
                                                                   
CCDS23 KTSLEDATLQIEELWKTLSEEEKLKYEEKATKDLERYNSQMKRAIEQESQMSLKDGRKKI
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>>CCDS2663.1 MLH1 gene_id:4292|Hs108|chr3                 (756 aa)
 initn: 440 init1: 308 opt: 449  Z-score: 408.6  bits: 86.5 E(32554): 1.9e-16
Smith-Waterman score: 570; 27.7% identity (59.6% similar) in 495 aa overlap (12-499:5-456)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MERAESSSTEPAKAIKPIDRKSVHQICSGQVVLSLSTAVKELVENSLDAGATNIDLKLKD
                  : .:. .:.  :..: .:.:.   ..:.::..:: ::: .:.:.. .:.
CCDS26        MSFVAGVIRRLDETVVNRIAAGEVIQRPANAIKEMIENCLDAKSTSIQVIVKE
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pF1KB8 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV
        :. ::...::: :...:... .  .  :::.: : ::... :.:::::::.:.  .. :
CCDS26 GGLKLIQIQDNGTGIRKEDLDIVCERFTTSKLQSFEDLASISTYGFRGEALASISHVAHV
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pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRP----RGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRN
       ::.:  :..: . :  .. .::.  :.: :.:    .:: ..:..:: .. .:.: . .:
CCDS26 TITTKTADGKCAYRASYS-DGKL--KAP-PKPCAGNQGTQITVEDLFYNIATRRKAL-KN
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pF1KB8 IKKEYAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQL
        ..::.:...:.  : . .:::  :  .:   :.    : :  . :  .:: :.::.   
CCDS26 PSEEYGKILEVVGRYSVHNAGISFSVKKQ---GETVADVRTLPNASTVDNIRSIFGNAVS
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pF1KB8 QSLIPFVQLPPSDSVCEEYGLSCSDALHNLFYISGFISQCTHGVGRSSTDRQFFFINRRP
       . :: .         ::.  :.        : ..:.::. ...: .      ..:::.: 
CCDS26 RELIEIG--------CEDKTLA--------FKMNGYISNANYSVKKCIF---LLFINHRL
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pF1KB8 CDPAKVCRLVNEVYHMY-NRHQYPFVVLNISVDSECVDINVTPDKRQI-LLQEEKLLLAV
        . ... . .. ::  :  .. .::. :.. .. . ::.:: : :... .:.::..:  :
CCDS26 VESTSLRKAIETVYAAYLPKNTHPFLYLSLEISPQNVDVNVHPTKHEVHFLHEESILERV
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pF1KB8 LKTSLIGMFDSDVNKLNVSQQPLLDVEGNLIKMHAADLEKPMVEKQDQSPSLRTGEEKKD
        .     .. :. ...  .:  :  . :            :  :   .. :: ..  . .
CCDS26 QQHIESKLLGSNSSRMYFTQTLLPGLAG------------PSGEMVKSTTSLTSSSTSGS
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pF1KB8 VSISRLREAFSLRHTTENKPHSPKTPEPRRSPLGQKRGMLSSSTSGAISDKGVLRSQKEA
          :    : .. .:   . .     .:  .::...   . .  .  ::. :  :.: : 
CCDS26 ---SDKVYAHQMVRTDSREQKLDAFLQPLSKPLSSQPQAIVTEDKTDISS-GRARQQDEE
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pF1KB8 VSSSHGPSDPTDRAE-VEKDSGHGSTSVDSEGFSIPDTGSHCSSEYAASSPGDRGSQEHV
       .    .:.. . . . .: :. .:..                                  
CCDS26 MLELPAPAEVAAKNQSLEGDTTKGTSEMSEKRGPTSSNPRKRHREDSDVEMVEDDSRKEM
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>>CCDS82544.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2                (181 aa)
 initn: 331 init1: 308 opt: 386  Z-score: 362.5  bits: 75.9 E(32554): 7.2e-14
Smith-Waterman score: 386; 40.7% identity (74.5% similar) in 145 aa overlap (15-159:1-145)

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pF1KB8 MERAESSSTEPAKAIKPIDRKSVHQICSGQVVLSLSTAVKELVENSLDAGATNIDLKLKD
                     .: .   .:. . :.:.. :. ..::::.:::::::::..:.::..
CCDS82               MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLEN
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pF1KB8 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV
       :: : ::: ::: :..  .   ...:..::::.   :: .. :.:::::::.:.: ...:
CCDS82 YGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEV
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pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKKE
        :.:  :. . .:. ..: .:.:... :    .:  :..                     
CCDS82 LITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGKKVALYTNILYLFCLNCWFKKKKLLG
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pF1KB8 YAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQSLI
                                                                   
CCDS82 EYKYIALGLVLIKAS                                             
        170       180                                              

>>CCDS82543.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2                (165 aa)
 initn: 337 init1: 308 opt: 385  Z-score: 362.3  bits: 75.7 E(32554): 7.4e-14
Smith-Waterman score: 385; 41.5% identity (74.1% similar) in 147 aa overlap (15-161:1-146)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MERAESSSTEPAKAIKPIDRKSVHQICSGQVVLSLSTAVKELVENSLDAGATNIDLKLKD
                     .: .   .:. . :.:.. :. ..::::.:::::::::..:.::..
CCDS82               MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLEN
                             10        20        30        40      

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pF1KB8 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV
       :: : ::: ::: :..  .   ...:..::::.   :: .. :.:::::::.:.: ...:
CCDS82 YGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEV
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pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKKE
        :.:  :. . .:. ..: .:.:... :    .:.  :: :                   
CCDS82 LITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGSH-SVTQAGLQWHHLGSLQPLPPRLK
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pF1KB8 YAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQSLI




862 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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