seq1 = pF1KB5158.tfa, 750 bp
seq2 = pF1KB5158/gi568815594r_20630085.tfa (gi568815594r:20630085_22048631), 1418547 bp

>pF1KB5158 750
>gi568815594r:20630085_22048631 (Chr4)

(complement)

61-167  (1165922-1166028)   98% ->
168-288  (1197969-1198089)   98% ->
289-358  (1289742-1289811)   100% ->
359-429  (1298900-1298970)   100% ->
430-537  (1313897-1314004)   100% ->
538-642  (1315847-1315951)   100% ->
643-705  (1316564-1316626)   100% ->
706-750  (1318503-1318547)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 GGTTTCCTGTACGCTCAGAACAGCACCAAGCGCAGCATTAAAGAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1165922 GGTTTCCTGTACGCTCAGAACAGCACCAAGCGCAGCATTAAAGAGCGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 CATGAAGCTCTTGCCCTGCTCAGCTGCCAAAACGTCGTCTCCTGCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1165972 CATGAAGCTCTTGCCCTGCTCAGCTGCCAAAACGTCGTCTCCTGCTATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    161 AAAACAG         CGTGGAAGATGAACTGGAGATGGCCACCGTCAGG
        ||| || >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
1166022 AAAGCAAGTT...CAGCGTGGAAGATGAACTGGAGATGGCCACCGTCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 CATCGGCCCGAAGCCCTTGAGCTTCTGGAAGCCCAGAGCAAATTTACCAA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1198003 CATCGGCCTGAAGCCCTTGAGCTTCTGGAAGCCCAGAGCAAATTTACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 GAAAGAGCTTCAGATCCTTTACAGAGGATTTAAGAAC         GAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| >>>...>>>||||
1198053 GAAAGAGCTTCAGATCCTTTACAGAGGATTTAAGAATGTA...TAGGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293 GCCCCAGTGGTGTTGTTAATGAAGAAACCTTCAAAGAGATTTACTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1289746 GCCCCAGTGGTGTTGTTAATGAAGAAACCTTCAAAGAGATTTACTCGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    343 TTCTTTCCACAGGGAG         ACTCTACAACATATGCACATTTTCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
1289796 TTCTTTCCACAGGGAGGTA...CAGACTCTACAACATATGCACATTTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 GTTCAATGCATTTGATACAGACCACAATGGAGCTGTGAGTTTCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
1298925 GTTCAATGCATTTGATACAGACCACAATGGAGCTGTGAGTTTCGAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430      GATTTCATCAAAGGTCTTTCCATTTTGCTCCGGGGGACAGTACAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1298975 ..CAGGATTTCATCAAAGGTCTTTCCATTTTGCTCCGGGGGACAGTACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475 GAAAAACTCAATTGGGCATTTAATCTGTATGACATAAATAAAGATGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1313942 GAAAAACTCAATTGGGCATTTAATCTGTATGACATAAATAAAGATGGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    525 CATCACTAAAGAG         GAAATGCTTGATATAATGAAAGCAATAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
1313992 CATCACTAAAGAGGTA...CAGGAAATGCTTGATATAATGAAAGCAATAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    566 ACGATATGATGGGTAAATGTACATATCCTGTCCTCAAAGAAGATGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1315875 ACGATATGATGGGTAAATGTACATATCCTGTCCTCAAAGAAGATGCTCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616 AGACAACACGTTGAAACATTTTTTCAG         AAAATGGACAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
1315925 AGACAACACGTTGAAACATTTTTTCAGGTA...CAGAAAATGGACAAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657 TAAAGATGGGGTTGTTACCATAGATGAGTTCATTGAAAGCTGCCAAAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
1316578 TAAAGATGGGGTTGTTACCATAGATGAGTTCATTGAAAGCTGCCAAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706         GATGAAAACATAATGCGCTCCATGCAGCTCTTTGAAAATGTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1316628 TA...CAGGATGAAAACATAATGCGCTCCATGCAGCTCTTTGAAAATGTG

    750 
    748 ATT
        |||
1318545 ATT