Result of SIM4 for pF1KB9943

seq1 = pF1KB9943.tfa, 1491 bp
seq2 = pF1KB9943/gi568815593r_115167879.tfa (gi568815593r:115167879_115396543), 228665 bp

>pF1KB9943 1491
>gi568815593r:115167879_115396543 (Chr5)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-239  (111636-111757)   100% ->
240-361  (116776-116897)   100% ->
362-451  (119490-119579)   100% ->
452-527  (120475-120550)   100% ->
528-918  (120938-121328)   99% ->
919-1332  (124918-125331)   100% ->
1333-1451  (127544-127662)   100% ->
1452-1491  (128626-128665)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCACTGACGACGGTTGTGGTAGCGGCTGCGGCCACCGCGGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCACTGACGACGGTTGTGGTAGCGGCTGCGGCCACCGCGGTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGCTGTGGCAGGGGCGGGCGCGGCCACCGGGACCGGCGTGGGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGCTGTGGCAGGGGCGGGCGCGGCCACCGGGACCGGCGTGGGAGCGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCAGCGCCTCAACAG         AGTGATGGCTGTTTTAGTACTTCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCAGCGCCTCAACAGGTA...CAGAGTGATGGCTGTTTTAGTACTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGGAATTCGTCCTTTTCATCTTCAGAACTGGAAGCAGAAAGTTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111660 GGTGGAATTCGTCCTTTTCATCTTCAGAACTGGAAGCAGAAAGTTAATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACTAAGAAAGCAGAATTTGTACGCACAGCAGAAAAATTTAAAAATCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111710 GACTAAGAAAGCAGAATTTGTACGCACAGCAGAAAAATTTAAAAATCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240        AGTAATTAACATGGAAAAAGATAAACACAGTCATTTCTACAAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111760 A...AAGAGTAATTAACATGGAAAAAGATAAACACAGTCATTTCTACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAAAAAGTGACTTCAGAATTGAGCATAGTATGCTAGAAGAATTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116819 CAAAAAAGTGACTTCAGAATTGAGCATAGTATGCTAGAAGAATTGGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAAATTGATTCACAGCAGGAAAACAGAAA         GAGCAAAAATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116869 TAAATTGATTCACAGCAGGAAAACAGAAAGTA...TAGGAGCAAAAATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCAACAATTGGCCAAAATACATAATAATGTAAAGAAACTTCAGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119502 AGCAACAATTGGCCAAAATACATAATAATGTAAAGAAACTTCAGCATCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTAAAAGATGTGAAGCCTACACCTGATT         TTGTTGAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119552 TTAAAAGATGTGAAGCCTACACCTGATTGTA...CAGTTGTTGAGAAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGAGAAATGATGGAAGAAATTGAAAATGCAATTAACACTTTTAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120488 CAGAGAAATGATGGAAGAAATTGAAAATGCAATTAACACTTTTAAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCAGAGGTTGAT         ATATGAAGAGCTAATTAAAGAAGAGAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120538 AGCAGAGGTTGATGTA...TAGATATGAAGAGCTAATTAAAGAAGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAACTAATAATGAGTTGAGTGCCATATCAAGAAAAATTGACACATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120966 ACAACTAATAATGAGTTGAGTGCCATATCAAGAAAAATTGACACATGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTTGGGTAATTCAGAAACAGAGAAAGCTTTCAGAGCAATCTCAAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121016 TTTGGGTAATTCAGAAACAGAGAAAGCTTTCAGAGCAATCTCAAGCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCCTGTAGACAAAGTAACACCAAATACTCTTCCAGAAGAGGTACTAGAT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 121066 TTCCTGTAGACAAAGTAACACCAAGTACTCTTCCAGAAGAGGTACTAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTGAAAAATTCCTTCAGCAAACAGGAGGGCGACAAGGTGCCTGGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121116 TTTGAAAAATTCCTTCAGCAAACAGGAGGGCGACAAGGTGCCTGGGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTATGATCACCAGAACTTTGTAAAGGTGAGAAACAAACATAAAGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121166 TTATGATCACCAGAACTTTGTAAAGGTGAGAAACAAACATAAAGGGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAACATTTATGGAAGAAGTTCTAGAACACCTTCCTGGAAAAACACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121216 CAACATTTATGGAAGAAGTTCTAGAACACCTTCCTGGAAAAACACAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAGTTCAACAGCATGAAAAATGGTATCAAAAGTTTCTGGCTCTAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121266 GAAGTTCAACAGCATGAAAAATGGTATCAAAAGTTTCTGGCTCTAGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AAGAAAAAAAGAG         TCAATTCAGATTTGGAAAACTAAAAAGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 121316 AAGAAAAAAAGAGGTA...TAGTCAATTCAGATTTGGAAAACTAAAAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCAAAAAAGGGAGGAAATTTTCAAGTTAAAGGAAAAGGCAGACAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124946 AGCAAAAAAGGGAGGAAATTTTCAAGTTAAAGGAAAAGGCAGACAACACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCTGTGCTTTTTCATAATAAACAAGAGGATAATCAAAAGCAAAAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124996 CCTGTGCTTTTTCATAATAAACAAGAGGATAATCAAAAGCAAAAAGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACAAAGAAAGAAACAGAAATTGGCAGTTGAAGCTTGGAAGAAACAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125046 ACAAAGAAAGAAACAGAAATTGGCAGTTGAAGCTTGGAAGAAACAGAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTATAGAAATGTCAATGAAATGTGCTTCCCAGTTAAAAGAAGAAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125096 GTATAGAAATGTCAATGAAATGTGCTTCCCAGTTAAAAGAAGAAGAAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAAGAGAAAAAACATCAGAAAGAACGCCAGCGCCAGTTTAAGTTAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125146 AAAGAGAAAAAACATCAGAAAGAACGCCAGCGCCAGTTTAAGTTAAAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ACTACTAGAAAGTTATACCCAGCAGAAGAAAGAACAGGAAGAATTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125196 ACTACTAGAAAGTTATACCCAGCAGAAGAAAGAACAGGAAGAATTTTTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GGCTTGAAAAGGAGATAAGGGAAAAGGCAGAAAAGGCAGAAAAAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125246 GGCTTGAAAAGGAGATAAGGGAAAAGGCAGAAAAGGCAGAAAAAAGGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AATGCTGCTGATGAAATTTCCAGATTTCAAGAAAGA         GTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 125296 AATGCTGCTGATGAAATTTCCAGATTTCAAGAAAGAGTG...CAGGTTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AAACAATGTTAGTAGAGATCCCTCTAGGCTTTACAAACCCACCAAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127549 AAACAATGTTAGTAGAGATCCCTCTAGGCTTTACAAACCCACCAAAGGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GGGAAGAACGAACCAAAAAGATAGGACCAACAGGCTCTGGGCCACTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127599 GGGAAGAACGAACCAAAAAGATAGGACCAACAGGCTCTGGGCCACTTCTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CATATCCCACATAG         GGCTATTCCAACCTGGAGACAAGGAAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 127649 CATATCCCACATAGGTA...TAGGGCTATTCCAACCTGGAGACAAGGAAT

   1550     .    :
   1479 ACAGAGAAGAGTA
        |||||||||||||
 128653 ACAGAGAAGAGTA

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