Result of FASTA (omim) for pF1KB3356
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3356, 859 aa
  1>>>pF1KB3356 859 - 859 aa - 859 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5023+/-0.000419; mu= 16.2030+/- 0.026
 mean_var=150.9341+/-30.180, 0's: 0 Z-trim(116.7): 301  B-trim: 10 in 1/51
 Lambda= 0.104395
 statistics sampled from 27659 (28038) to 27659 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.329), width:  16
 Scan time: 11.900

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_002324 (OMIM: 603159) low-density lipoprotein r ( 770) 1735 274.1 1.7e-72
XP_005259002 (OMIM: 603159) PREDICTED: low-density ( 785) 1372 219.5 4.9e-56
NP_054764 (OMIM: 609921) low-density lipoprotein r ( 713)  926 152.3 7.7e-36
XP_005267567 (OMIM: 609921) PREDICTED: low-density ( 721)  926 152.3 7.7e-36
NP_001316155 (OMIM: 609921) low-density lipoprotei ( 556)  900 148.2 9.8e-35
XP_011509486 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low- (3892)  372 69.6 3.2e-10
XP_016874793 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1345)  355 66.5 9.1e-10
XP_011518973 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1462)  355 66.6 9.7e-10
NP_002327 (OMIM: 603507,610947,616724) low-density (1613)  355 66.6   1e-09
XP_006719141 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1613)  355 66.6   1e-09
XP_016873225 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 ( 833)  347 65.1 1.5e-09
NP_001278831 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1034)  347 65.2 1.8e-09
XP_016873224 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1072)  347 65.2 1.8e-09
XP_016873223 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) P (1809)  350 65.9 1.9e-09
NP_002325 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) low- (1905)  350 66.0 1.9e-09
XP_011543333 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1600)  347 65.4 2.4e-09
NP_002326 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60181 (1615)  347 65.4 2.4e-09
XP_011543332 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1624)  347 65.4 2.4e-09
XP_005274051 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1653)  347 65.4 2.4e-09
XP_011543331 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1662)  347 65.4 2.4e-09
XP_016859831 (OMIM: 608766) PREDICTED: low-density (2883)  344 65.2 4.8e-09
XP_016859830 (OMIM: 608766) PREDICTED: low-density (4469)  344 65.4 6.5e-09
NP_061027 (OMIM: 608766) low-density lipoprotein r (4599)  344 65.5 6.6e-09
NP_001265515 (OMIM: 605236,614595) atrial natriure ( 734)  331 62.7 7.4e-09
NP_001265514 (OMIM: 605236,614595) atrial natriure ( 938)  328 62.3 1.2e-08
NP_006578 (OMIM: 605236,614595) atrial natriuretic (1042)  328 62.4 1.3e-08
XP_011530516 (OMIM: 606742,613087) PREDICTED: toll ( 837)  322 61.4 2.1e-08
XP_016864059 (OMIM: 606742,613087) PREDICTED: toll ( 964)  322 61.4 2.3e-08
NP_036596 (OMIM: 606742,613087) tolloid-like prote (1013)  322 61.4 2.4e-08
NP_002323 (OMIM: 107770) prolow-density lipoprotei (4544)  330 63.3 2.8e-08
XP_016874792 (OMIM: 107770) PREDICTED: prolow-dens (4561)  330 63.3 2.8e-08
NP_036597 (OMIM: 606743) tolloid-like protein 2 pr (1015)  309 59.5 9.2e-08
NP_113621 (OMIM: 606227,609549,611040) membrane fr ( 579)  302 58.2 1.3e-07
NP_006120 (OMIM: 112264,614856) bone morphogenetic ( 986)  291 56.8 5.9e-07
XP_011509485 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low- (4612)  276 55.2   8e-06
NP_004516 (OMIM: 222448,600073) low-density lipopr (4655)  276 55.2 8.1e-06
NP_001190 (OMIM: 112264,614856) bone morphogenetic ( 730)  257 51.5 1.7e-05
NP_005520 (OMIM: 142461,224410,255800) basement me (4391)  268 54.0 1.8e-05
NP_001278789 (OMIM: 142461,224410,255800) basement (4392)  268 54.0 1.8e-05
XP_016856611 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4438)  268 54.0 1.8e-05
XP_016856610 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4439)  268 54.0 1.8e-05
XP_016856609 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4456)  268 54.0 1.8e-05
XP_011539620 (OMIM: 142461,224410,255800) PREDICTE (4574)  268 54.0 1.8e-05
NP_001182732 (OMIM: 143890,606945) low-density lip ( 682)  250 50.4 3.3e-05
XP_011528291 (OMIM: 206200,609862) PREDICTED: tran ( 680)  244 49.5 6.2e-05
NP_001275930 (OMIM: 206200,609862) transmembrane p ( 802)  244 49.6 6.9e-05
NP_705837 (OMIM: 206200,609862) transmembrane prot ( 811)  244 49.6   7e-05
NP_001275929 (OMIM: 206200,609862) transmembrane p ( 824)  244 49.6 7.1e-05
XP_011541269 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1158)  246 50.1 7.2e-05
XP_016868501 (OMIM: 608399) PREDICTED: CUB and sus (3463)  253 51.6 7.3e-05


>>NP_002324 (OMIM: 603159) low-density lipoprotein recep  (770 aa)
 initn: 2024 init1: 847 opt: 1735  Z-score: 1422.5  bits: 274.1 E(85289): 1.7e-72
Smith-Waterman score: 2157; 44.4% identity (66.6% similar) in 748 aa overlap (10-726:12-737)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB3   MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPS
                  .:  :. : .. :.... .: :.     .      .::.   ::     
NP_002 MEKRAAAGLEGAPGARAQLAVVCLVNIFLTGRLSSAVPAL------AACSGKLEQHTERR
               10        20        30        40              50    

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB3 GIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTI--ETYKNI
       :.: ::.:: .::   ::::.:... :..:::::..::.. :..:.:::: .   .    
NP_002 GVIYSPAWPLNYPPGTNCSWYIQGDRGDMITISFRNFDVEESHQCSLDWLLLGPAAPPRQ
           60        70        80        90       100       110    

        120       130       140         150       160       170    
pF1KB3 ESYRACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNIS--RKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCG
       :..: :::.::: .::..::.:: :::: . :   .::::.:. ::  . .:  :.::: 
NP_002 EAFRLCGSAIPPAFISARDHVWIFFHSDASSSGQAQGFRLSYIRGKLGQASCQADEFRCD
          120       130       140       150       160       170    

          180       190       200       210       220        230   
pF1KB3 NGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCL-SRFTKVYTCL
       ::::.:  :.::..:::::.:::  :.  :. : ..    :  . : :  .: :.   ::
NP_002 NGKCLPGPWQCNTVDECGDGSDEGNCSAPASEPPGSL---CPGGTFPCSGARSTR---CL
          180       190       200       210          220           

           240       250       260       270         280       290 
pF1KB3 PESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNY--PDFYPPGSNCTWLIDT
       :   .:::  :: : .::  :   .::. :  :::.: ::.       :   .::::.::
NP_002 PVERRCDGLQDCGDGSDEAGCPDLACGRRLGSFYGSFASPDLFGAARGPSDLHCTWLVDT
      230       240       250       260       270       280        

             300       310       320       330       340       350 
pF1KB3 GDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIR
        : :.:.:.. ...:   :: :::..:.:: :   .::..:.  ..: :... ...:.. 
NP_002 QDSRRVLLQL-ELRL---GYDDYVQVYEGLGERGDRLLQTLSYRSNHRPVSLEAAQGRLT
      290        300          310       320       330       340    

             360       370       380                 390       400 
pF1KB3 VHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCG----------GNWGCYTEQQRCDGYWHC
       : . :   .:..:::::::: :.::::: :::          :. ::..: :::::.:::
NP_002 VAYHARARSAGHGFNATYQVKGYCLPWEQPCGSSSDSDGGSLGDQGCFSEPQRCDGWWHC
          350       360       370       380       390       400    

             410       420        430       440       450       460
pF1KB3 PNGRDETNCTMCQKEEFPC-SRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCKN
        .:::: .:  :  ...:: . .:.::  .:::: :. ::.:.:::::: ::::.::: .
NP_002 ASGRDEQGCPACPPDQYPCEGGSGLCYTPADRCNNQKSCPDGADEKNCFSCQPGTFHCGT
          410       420       430       440       450       460    

              470       480       490       500       510       520
pF1KB3 NRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYS
       : :.::.: ::.:.:: :::::..: . :: .:::::.::::.:::::::::::. ::::
NP_002 NLCIFETWRCDGQEDCQDGSDEHGCLAAVPRKVITAALIGSLVCGLLLVIALGCAFKLYS
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pF1KB3 LRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLRL
       ::  : :.::::..:.:::..::::::::::::::::::::::::: : .:::::.::: 
NP_002 LRTQEYRAFETQMTRLEAEFVRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVYSASQASVLQNLRT
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pF1KB3 AVRSQLG-FTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSAD-------GDEVV-PS
       :.: :.   .: : :   : . .:::.:.  :.   :.. :..:        ::  . :.
NP_002 AMRRQMRRHASRRGPSRRRLGRLWNRLFHRPRA-PRGQIPLLTAARPSQTVLGDGFLQPA
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pF1KB3 QSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLPQKV--PPTTAVEATV
        ... .:       .   . .:   .   :   .: ::    :::. .  :    :.   
NP_002 PGAAPDPPAPLMDTGSTRAAGDRPPSAPGRAPEVGPSG---PPLPSGLRDPECRPVDKDR
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pF1KB3 GACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVE-P-PSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRS
        .:    ...   . ::  :.  :.. : :.:: :   :                     
NP_002 KVCREPLVDGP--APADAPREPCSAQDPHPQVSTASSTLGPHSPEPLGVCRNPPPPCSPM
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       750       760       770       780       790       800       
pF1KB3 SSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLR
                                                                   
NP_002 LEASDDEALLVC                                                
      760       770                                                

>>XP_005259002 (OMIM: 603159) PREDICTED: low-density lip  (785 aa)
 initn: 1720 init1: 543 opt: 1372  Z-score: 1127.0  bits: 219.5 E(85289): 4.9e-56
Smith-Waterman score: 2121; 43.6% identity (65.3% similar) in 763 aa overlap (10-726:12-752)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB3   MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPS
                  .:  :. : .. :.... .: :.     .      .::.   ::     
XP_005 MEKRAAAGLEGAPGARAQLAVVCLVNIFLTGRLSSAVPAL------AACSGKLEQHTERR
               10        20        30        40              50    

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pF1KB3 GIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTI--ETYKNI
       :.: ::.:: .::   ::::.:... :..:::::..::.. :..:.:::: .   .    
XP_005 GVIYSPAWPLNYPPGTNCSWYIQGDRGDMITISFRNFDVEESHQCSLDWLLLGPAAPPRQ
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        120       130       140         150       160       170    
pF1KB3 ESYRACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNIS--RKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCG
       :..: :::.::: .::..::.:: :::: . :   .::::.:. ::  . .:  :.::: 
XP_005 EAFRLCGSAIPPAFISARDHVWIFFHSDASSSGQAQGFRLSYIRGKLGQASCQADEFRCD
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       . .  :    :.    .:    ...   . ::  :.  :.. : :.:: :   :      
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NP_054 RLAVRFTALDL---GFGDAVHVYDGPGPPESSRLLRSLTHFSNGKAVTVETLSGQAVVSY
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        .   . .:::::::.: :.::::. ::: . :          ::.: ::::: : : .:
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pF1KB3 NNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLY
       ...::.:.::::.: ::.::::: .:  ..: .::::::::::.::::::::::::::::
NP_054 DEKCVYETWVCDGQPDCADGSDEWDCSYVLPRKVITAAVIGSLVCGLLLVIALGCTCKLY
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       ..:  :   : . :::.:::.....:::::::::::: ::::::::. .::. ::: :::
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NP_054 SLLQILRQ-DMTPGGGPGARRRQRGRLMRRLVR--RLRRWGLLPRTNT------PARASE
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pF1KB3 REPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMA--GASGGVAAPLPQKVP-PTTAVEATVGAC
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NP_054 ---ARSQVTPSAAPLEALDGGTGPAREGGAVGGQDGEQAPPLPIKAPLPS----------
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pF1KB3 QNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYN
       .  .:     ..: . ::.::: .:.:...                              
NP_054 SPPGP----HTAVLALEDEDDV-LLVPLAEPGVWVAEAEDEPLLT               
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pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
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XP_005             MLLATLLLLLLG----GALA-HPDRIIFP--NHACEDPPAVLLEVQGT
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pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
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XP_005 LQRPLVRDSRTSPANCTWLILGSKEQTVTIRFQKLHLA----CGSERLTLRS--PLQPLI
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pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISR--KGFRLAY----FSGKSEEP-NCACDQFRC
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XP_005 LNHRCVSAVQRCDGVDACGDGSDEAGCSSDPFP----GLTP-------------RPVPSL
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pF1KB3 PESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYP---PGSNCTWLID
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XP_005 P-------------------CNVT-----LEDFYGVFSSPGYTHLASVSHPQS-CHWLLD
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pF1KB3 TGDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGL-EENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQ
         : :.. .::: . :   :.:: :..:::    .  .::: :: :..   .:: . :::
XP_005 PHDGRRLAVRFTALDL---GFGDAVHVYDGPGPPESSRLLRSLTHFSNGKAVTVETLSGQ
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     350       360       370       380                 390         
pF1KB3 IRVHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWG----------CYTEQQRCDGYW
         : . .   . .:::::::.: :.::::. ::: . :          ::.: ::::: :
XP_005 AVVSYHTVAWSNGRGFNATYHVRGYCLPWDRPCGLGSGLGAGEGLGERCYSEAQRCDGSW
              300       310       320       330       340       350

     400       410       420            430       440       450    
pF1KB3 HCPNGRDETNCTMCQKEEFPCSRNGV-----CYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPG
        : .: :: .:  :   .:::.  :.     ::  .::::::. : .:.::. :  ::::
XP_005 DCADGTDEEDCPGCPPGHFPCGAAGTSGATACYLPADRCNYQTFCADGADERRCRHCQPG
              360       370       380       390       400       410

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pF1KB3 NFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGC
       ::.:....::.:.::::.: ::.::::: .:  ..: .::::::::::.:::::::::::
XP_005 NFRCRDEKCVYETWVCDGQPDCADGSDEWDCSYVLPRKVITAAVIGSLVCGLLLVIALGC
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pF1KB3 TCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASV
       :::::..:  :   : . :::.:::.....:::::::::::: ::::::::. .::. ::
XP_005 TCKLYAIRTQEYSIF-APLSRMEAEIVQQQAPPSYGQLIAQGAIPPVEDFPTENPNDNSV
              480        490       500       510       520         

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pF1KB3 LENLR--LAVRSQLGFTSVRLPMAGRSSN--IWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVP
       : :::  : .  :  .:    : : : .   .  :.    : :. : :  ...      :
XP_005 LGNLRSLLQILRQ-DMTPGGGPGARRRQRGRLMRRLVR--RLRRWGLLPRTNT------P
     530       540        550       560         570             580

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pF1KB3 SQSTSREPERNHTHRSLFSVESDDTDTENERRDMA--GASGGVAAPLPQKVP-PTTAVEA
       ....     :...  :   .:. :  :   :.  :  : .:  : ::: :.: :.     
XP_005 ARASE---ARSQVTPSAAPLEALDGGTGPAREGGAVGGQDGEQAPPLPIKAPLPS-----
                 590       600       610       620       630       

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pF1KB3 TVGACASSSTQSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRF-TLGR
            ::.:   :           :  : :.  :.     : :: ..:.::   . .:: 
XP_005 -----ASTSPAPT-----------TVPEAPGPLPSLPLEPSLLSGVVQALRGRLLPSLGP
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pF1KB3 SSSLSQNQSPLRQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGL
        .   .  .:     ..: . ::.::: .:.:...                         
XP_005 PGPTRSPPGP----HTAVLALEDEDDV-LLVPLAEPGVWVAEAEDEPLLT          
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pF1KB3 RQPYNATNPGVRPSNRDGPCERCGIVHTAQIPDTCLEVTLKNETSDDEALLLC

>>NP_001316155 (OMIM: 609921) low-density lipoprotein re  (556 aa)
 initn: 1146 init1: 527 opt: 900  Z-score: 744.6  bits: 148.2 E(85289): 9.8e-35
Smith-Waterman score: 1339; 39.1% identity (59.5% similar) in 585 aa overlap (16-579:4-526)

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pF1KB3 MACRWSTKESPRWRSALLLLFLAGVYGNGALAEHSENVHISGVSTACGETPEQIRAPSGI
                      : :::.: :    :::: : . . .   . :: . :  .   .: 
NP_001             MLLATLLLLLLG----GALA-HPDRIIFP--NHACEDPPAVLLEVQGT
                           10             20          30        40 

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 ITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQGSRRCNLDWLTIETYKNIESYR
       .  :   .   .  ::.:.: ..  . .:: :: . .     :. . ::...   ..   
NP_001 LQRPLVRDSRTSPANCTWLILGSKEQTVTIRFQKLHLA----CGSERLTLRS--PLQPLI
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pF1KB3 ACGSTIPPPYISSQDHIWIRFHSDDNISR--KGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKC
       .   . : :      .. : .      .   .:: :.:   ...   :  ..:.: : .:
NP_001 SLCEAPPSPLQLPGGNVTITYSYAGARAPMGQGFLLSY---SQDWLMCLQEEFQCLNHRC
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pF1KB3 IPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLK
       .  . .:...: :::.:::  :...  :    .. :             .    ::    
NP_001 VSAVQRCDGVDACGDGSDEAGCSSDPFP----GLTP-------------RPVPSLP----
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pF1KB3 CDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYP---PGSNCTWLIDTGDHR
                      :.:      :. :::.:.::.:  .     : : : ::.:  : :
NP_001 ---------------CNVT-----LEDFYGVFSSPGYTHLASVSHPQS-CHWLLDPHDGR
                                 200       210        220       230

         300       310       320        330       340       350    
pF1KB3 KVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGL-EENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHF
       .. .::: . :   :.:: :..:::    .  .::: :: :..   .:: . :::  : .
NP_001 RLAVRFTALDL---GFGDAVHVYDGPGPPESSRLLRSLTHFSNGKAVTVETLSGQAVVSY
              240          250       260       270       280       

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pF1KB3 CADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWG----------CYTEQQRCDGYWHCPNG
        .   . .:::::::.: :.::::. ::: . :          ::.: ::::: : : .:
NP_001 HTVAWSNGRGFNATYHVRGYCLPWDRPCGLGSGLGAGEGLGERCYSEAQRCDGSWDCADG
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          410       420            430       440       450         
pF1KB3 RDETNCTMCQKEEFPCSRNGV-----CYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNCFFCQPGNFHCK
        :: .:  :   .:::.  :.     ::  .::::::. : .:.::. :  ::::::.:.
NP_001 TDEEDCPGCPPGHFPCGAAGTSGATACYLPADRCNYQTFCADGADERRCRHCQPGNFRCR
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pF1KB3 NNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLY
       ...::.:.::::.: ::.::::: .:  ..: .::::::::::.::::::::::::::::
NP_001 DEKCVYETWVCDGQPDCADGSDEWDCSYVLPRKVITAAVIGSLVCGLLLVIALGCTCKLY
       410       420       430       440       450       460       

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pF1KB3 SLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQASVLENLR
       ..:  :   : . :::.:::.....:::::::::::: ::::::::. .::. ::: :::
NP_001 AIRTQEYSIF-APLSRMEAEIVQQQAPPSYGQLIAQGAIPPVEDFPTENPNDNSVLGNLR
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pF1KB3 LAVRSQLGFTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPE
                                                                   
NP_001 SLLQILRQDMTPGGGPGARRRQRGRLMRRL                              
        530       540       550                                    

>>XP_011509486 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low-dens  (3892 aa)
 initn: 336 init1: 179 opt: 372  Z-score: 304.5  bits: 69.6 E(85289): 3.2e-10
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pF1KB3 HIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIPEAWKCNNMDECGDSS
                                     :. ..: :.::.:: : :::.: ..:::.:
XP_011 PNGAECQCPHEGNWYLANNRKHCIVDNGERCGASSFTCSNGRCISEEWKCDNDNDCGDGS
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pF1KB3 DE--EICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCDGNIDCLDLGDEID
       ::   .:: ..  :::          : : .       :.  : .::   :: : .::  
XP_011 DEMESVCALHTCSPTA----------FTCANG-----RCVQYSYRCDYYNDCGDGSDEAG
       1970      1980                     1990      2000      2010 

           260       270        280       290       300       310  
pF1KB3 CDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYP-DFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILRFTDFKLDGTGYG
       :    :.   ... .  :    : .:   : .     .:.:...   :  .        .
XP_011 CLFRDCNATTEFMCN--NRRCIPREFICNGVDNCHDNNTSDEKNCPDRTCQSGYTKCHNS
            2020        2030      2040      2050      2060         

                       320       330       340       350       360 
pF1KB3 DYV--KIY---------DGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVN-
       .    ..:         :. .:::       :   : . .  .:.    .  .: .... 
XP_011 NICIPRVYLCDGDNDCGDNSDENP---TYCTTHTCSSSEFQCASGRCIPQHWYCDQETDC
    2070      2080      2090         2100      2110      2120      

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pF1KB3 -------AARGFNAT------YQVDG-FCLPWEIPCGGNWGC---YTEQQR---------
              :. : .        .. ::  :.: :  : :.  :     :..:         
XP_011 FDASDEPASCGHSERTCLADEFKCDGGRCIPSEWICDGDNDCGDMSDEDKRHQCQNQNCS
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pF1KB3 ----------------------CDGYWHCPNGRDET-NCT--MCQKEEFPCSRNGVCYPR
                             :::   : .: ::. :::   :...:: :.  :.: :.
XP_011 DSEFLCVNDRPPDRRCIPQSWVCDGDVDCTDGYDENQNCTRRTCSENEFTCGY-GLCIPK
       2190      2200      2210      2220      2230       2240     

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pF1KB3 SDRCNYQNHCPNGSDEKNCFF--CQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDE--ENC
         ::. .: : . :::..:..  :: ..: :.:.::. ...::: ..::::::::  . :
XP_011 IFRCDRHNDCGDYSDERGCLYQTCQQNQFTCQNGRCISKTFVCDEDNDCGDGSDELMHLC
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pF1KB3 PVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREA
        .  ::                                                      
XP_011 HTPEPTCPPHEFKCDNGRCIEMMKLCNHLDDCLDNSDEKGCGINECHDPSISGCDHNCTD
        2310      2320      2330      2340      2350      2360     

>--
 initn: 336 init1: 179 opt: 418  Z-score: 342.0  bits: 76.5 E(85289): 2.6e-12
Smith-Waterman score: 515; 26.7% identity (49.8% similar) in 450 aa overlap (80-513:187-571)

      50        60        70        80        90        100        
pF1KB3 TPEQIRAPSGIITSPGWPSEYPAKINCSWFIRANPGEIITISFQDFDIQ-GSRRCNLDWL
                                     ::.. . :. ..  : .:: ::  ::    
XP_011 AIFGEHLFFTDWRLGAIIRVRKADGGEMTVIRSGIAYILHLKSYDVNIQTGSNACNQP--
        160       170       180       190       200       210      

      110       120       130         140       150       160      
pF1KB3 TIETYKNIESYRACGSTIPPPYISS--QDHIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNC
          :. : .  . :   .: : ..        .:. :. ... .:      .  .: :. 
XP_011 ---THPNGDCSHFC---FPVPNFQRVCGCPYGMRLASN-HLTCEG------DPTNEPPTE
             220          230       240        250             260 

        170         180       190       200       210       220    
pF1KB3 ACDQFR--CGNGKCIPEAWKCNNMDECGDSSDEEICAKEANPPTAAAFQPCAYNQFQCLS
        :  :   : ::.:.:. . :...:.: :.:::..:.   :  ...::  :....     
XP_011 QCGLFSFPCKNGRCVPNYYLCDGVDDCHDNSDEQLCGTLNNTCSSSAFT-CGHGE-----
             270       280       290       300       310           

          230       240       250       260       270       280    
pF1KB3 RFTKVYTCLPESLKCDGNIDCLDLGDEIDCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSN
              :.:   .::   ::.: .:: .:  ::                    . :.: 
XP_011 -------CIPAHWRCDKRNDCVDGSDEHNC--PT--------------------HAPAS-
                320       330         340                          

          290       300       310       320       330       340    
pF1KB3 CTWLIDTGDHRKVILRFTDFKLDGTGYGDYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVV
       :     : :... : .      :.          :: .:.  .  ..    . . :    
XP_011 CLDTQYTCDNHQCISKNWVCDTDND-------CGDGSDEKNCNSTETCQPSQFNCP----
         350       360       370              380       390        

          350        360       370       380       390       400   
pF1KB3 SSSGQIRVHF-CADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPN
        .   : . : :    . . : . .  : . :   .. :...  :    .:::: . : .
XP_011 -NHRCIDLSFVCDGDKDCVDGSDEVGCVLN-CTASQFKCASGDKCIGVTNRCDGVFDCSD
           400       410       420        430       440       450  

           410            420       430       440          450     
pF1KB3 GRDETNCT-----MCQKEEFPCSRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKN-CF--FCQPGN
       . ::..:      ::...:: :...:.: :   .:. .  :  ::::.: :    :  . 
XP_011 NSDEAGCPTRPPGMCHSDEFQCQEDGICIPNFWECDGHPDCLYGSDEHNACVPKTCPSSY
            460       470       480       490       500       510  

         460       470       480       490         500       510   
pF1KB3 FHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDEENCPVIVPTRVITAA--VIGSLICGLLLVIALG
       ::: :. :. ..:.:: ..:::: :::..::.  : :  .     .:  ::  : :.  :
XP_011 FHCDNGNCIHRAWLCDRDNDCGDMSDEKDCPTQ-PFRCPSWQWQCLGHNICVNLSVVCDG
            520       530       540        550       560       570 

           520       530       540       550       560       570   
pF1KB3 CTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCSPNQAS
                                                                   
XP_011 IFDCPNGTDESPLCNGNSCSDFNGGCTHECVQEPFGAKCLCPLGFLLANDSKTCEDIDEC
             580       590       600       610       620       630 

>--
 initn: 411 init1: 178 opt: 321  Z-score: 263.0  bits: 61.9 E(85289): 6.5e-08
Smith-Waterman score: 483; 30.5% identity (47.7% similar) in 344 aa overlap (166-490:2872-3162)

         140       150       160       170       180       190     
pF1KB3 HIWIRFHSDDNISRKGFRLAYFSGKSEEPNCACDQFRCGNGKCIPEAWKCNNMDECGDSS
                                     :   ::::.::.:::.::::.  ..::: :
XP_011 RCIPESWQCDTFNDCEDNSDEDSSHCASRTCRPGQFRCANGRCIPQAWKCDVDNDCGDHS
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pF1KB3 DEEI--CAKEANPPTAAAFQPC-AYNQFQCLSRFTKVYTCLPESLKCDGNIDCLDLGDEI
       :: :  : . :.         :  ...:.: .     : :.:.   :.:  :: : .:: 
XP_011 DEPIEECMSSAHL--------CDNFTEFSCKTN----YRCIPKWAVCNGVDDCRDNSDEQ
            2910              2920          2930      2940         

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pF1KB3 DCDVPTCGQWLKYFYGTFNSPNYPDFYPPGSNCTWLIDTGDHRKVILRFTDFKLDGTGYG
        :.  ::     .  : :   :.    :   .:    : ::.       .:         
XP_011 GCEERTC-----HPVGDFRCKNH-HCIPLRWQCDGQNDCGDN-------SD---------
    2950           2960       2970      2980                       

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pF1KB3 DYVKIYDGLEENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHF--CADKVNAARGFNATYQ
                :::      . . :       .   :  :  :.  :.:. .       :  
XP_011 ---------EENCAPRECTESEFRCVNQQCI--PSRWICDHYNDCGDNSDERDCEMRT--
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              380       390       400       410              420   
pF1KB3 VDGFCLPWEIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETNC-------TMCQKEEFPCSRN
           : :  . : ..  :   . .:::   : .. ::..:       ..::   : : .:
XP_011 ----CHPEYFQCTSG-HCVHSELKCDGSADCLDASDEADCPTRFPDGAYCQATMFEC-KN
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pF1KB3 GVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKN--CF--FCQ-PGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGD
        :: :   .:. .. : .::::.   :.   :. :. :.: ::::..   ::.. :::::
XP_011 HVCIPPYWKCDGDDDCGDGSDEELHLCLDVPCNSPNRFRCDNNRCIYSHEVCNGVDDCGD
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pF1KB3 GSDE--ENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRV
       :.::  :.:   .:                                              
XP_011 GTDETEEHCRKPTPKPCTEYEYKCGNGHCIPHDNVCDDADDCGDWSDELGCNKGKERTCA
     3150      3160      3170      3180      3190      3200        

>--
 initn: 319 init1: 112 opt: 315  Z-score: 258.1  bits: 61.0 E(85289): 1.2e-07
Smith-Waterman score: 316; 34.2% identity (57.9% similar) in 152 aa overlap (353-484:2715-2864)

            330       340       350       360              370     
pF1KB3 ENPHKLLRVLTAFDSHAPLTVVSSSGQIRVHFCADKVNAARGFNA-------TYQVDG--
                                     :.:  :  ...::.        : :..:  
XP_011 THRPFDIHVYHPYRQPIVSNPCGTNNGGCSHLCLIK-PGGKGFTCECPDDFRTLQLSGST
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pF1KB3 FCLPW----EIPCGGNWGCYTEQQRCDGYWHCPNGRDETN-CTM--CQKEEFPCSRNGVC
       .:.:     .. :..:  :     .:::   : .: ::   : .  :.  .: :: .: :
XP_011 YCMPMCSSTQFLCANNEKCIPIWWKCDGQKDCSDGSDELALCPQRFCRLGQFQCS-DGNC
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pF1KB3 YPRSDRCNYQNHCPNGSDEKN--C--FFCQPGNFHCKNNRCVFESWVCDSQDDCGDGSDE
          .  :: ...::.::::    :    :. ....: :.::. ::: ::. .:: :.:::
XP_011 TSPQTLCNAHQNCPDGSDEDRLLCENHHCDSNEWQCANKRCIPESWQCDTFNDCEDNSDE
           2810      2820      2830      2840      2850      2860  

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pF1KB3 ENCPVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSLRMFERRSFETQLSRVEAELLR
       ..                                                          
XP_011 DSSHCASRTCRPGQFRCANGRCIPQAWKCDVDNDCGDHSDEPIEECMSSAHLCDNFTEFS
           2870      2880      2890      2900      2910      2920  

>>XP_016874793 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTED: l  (1345 aa)
 initn: 285 init1: 209 opt: 355  Z-score: 296.3  bits: 66.5 E(85289): 9.1e-10
Smith-Waterman score: 375; 26.8% identity (53.0% similar) in 362 aa overlap (375-729:981-1312)

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pF1KB3 SSSGQIRVHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPC-GGNWGCYTEQQRCDGYWHCPN
                                     : : .. :  :.  :     ::::. .: .
XP_016 LVKGDGTTRCSCPMHLVLLQDELSCGEPPTCSPQQFTCFTGEIDCIPVAWRCDGFTECED
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pF1KB3 GRDETNCTMCQKEEFPCSRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNC-FFCQPGNFHCKNNR
         :: :: .:.. .: :. .: :   . ::: . .: . ::::::  .:   .:.: :..
XP_016 HSDELNCPVCSESQFQCA-SGQCIDGALRCNGDANCQDKSDEKNCEVLCLIDQFRCANGQ
             1020       1030      1040      1050      1060         

            470       480        490       500       510       520 
pF1KB3 CVFESWVCDSQDDCGDGSDEENC-PVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSL
       :. .   :: . ::.: ::: .: :.  :.   : .: ::.: :....: .. :  .   
XP_016 CIGKHKKCDHNVDCSDKSDELDCYPTEEPAPQATNTV-GSVI-GVIVTIFVSGTVYFICQ
    1070      1080      1090      1100       1110       1120       

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pF1KB3 RMFERRSFETQLSRVEAELLRREAPPSYGQLIAQGLIPPVEDFPVCS-PNQASVLENLRL
       ::.  :             .. ..    .. ...:   :. . :.   :. .:.  .:  
XP_016 RMLCPR-------------MKGDGETMTNDYVVHG---PA-SVPLGYVPHPSSLSGSLPG
      1130                   1140         1150       1160      1170

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pF1KB3 AVRSQLGFTSVRLPMAGRSSNIWNRIFNFARSRHSGSLALVSADGDEVVPSQSTSREPER
         :..  ..:. . :.: :.  ..:    . :  :.:    :. :    :.      :  
XP_016 MSRGKSMISSLSI-MGGSSGPPYDRAHVTGASSSSSS----STKGT-YFPA--ILNPPPS
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pF1KB3 NHTHRSLFSVE-SDDTDTENERRDMAGASGGVAAPLPQKVPPTTAVEATVGACAS--SST
         :.:: ...: . .... . .:...    .     :  .: .: :  .  : .   .:.
XP_016 PATERSHYTMEFGYSSNSPSTHRSYSYRPYSYRHFAPPTTPCSTDVCDSDYAPSRRMTSV
           1230      1240      1250      1260      1270      1280  

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pF1KB3 QSTRGGHADNGRDVTSVEPPSVSPARHQLTSALSRMTQGLRWVRFTLGRSSSLSQNQSPL
        ...:  .: . :   : ::  .: : :  ::                            
XP_016 ATAKGYTSDLNYDSEPVPPPP-TP-RSQYLSAEENYESCPPSPYTERSYSHHLYPPPPSP
           1290      1300        1310      1320      1330      1340

       760       770       780       790       800       810       
pF1KB3 RQLDNGVSGREDDDDVEMLIPISDGSSDFDVNDCSRPLLDLASDQGQGLRQPYNATNPGV
                                                                   
XP_016 CTDSS                                                       
                                                                   

>>XP_011518973 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTED: l  (1462 aa)
 initn: 285 init1: 209 opt: 355  Z-score: 295.9  bits: 66.6 E(85289): 9.7e-10
Smith-Waterman score: 375; 26.8% identity (53.0% similar) in 362 aa overlap (375-729:1098-1429)

          350       360       370       380        390       400   
pF1KB3 SSSGQIRVHFCADKVNAARGFNATYQVDGFCLPWEIPC-GGNWGCYTEQQRCDGYWHCPN
                                     : : .. :  :.  :     ::::. .: .
XP_011 LVKGDGTTRCSCPMHLVLLQDELSCGEPPTCSPQQFTCFTGEIDCIPVAWRCDGFTECED
      1070      1080      1090      1100      1110      1120       

           410       420       430       440        450       460  
pF1KB3 GRDETNCTMCQKEEFPCSRNGVCYPRSDRCNYQNHCPNGSDEKNC-FFCQPGNFHCKNNR
         :: :: .:.. .: :. .: :   . ::: . .: . ::::::  .:   .:.: :..
XP_011 HSDELNCPVCSESQFQCA-SGQCIDGALRCNGDANCQDKSDEKNCEVLCLIDQFRCANGQ
      1130      1140       1150      1160      1170      1180      

            470       480        490       500       510       520 
pF1KB3 CVFESWVCDSQDDCGDGSDEENC-PVIVPTRVITAAVIGSLICGLLLVIALGCTCKLYSL
       :. .   :: . ::.: ::: .: :.  :.   : .: ::.: :....: .. :  .   
XP_011 CIGKHKKCDHNVDCSDKSDELDCYPTEEPAPQATNTV-GSVI-GVIVTIFVSGTVYFICQ
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         :..  ..:. . :.: :.  ..:    . :  :.:    :. :    :.      :  
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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