Result of FASTA (ccds) for pF1KB5992
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5992, 609 aa
  1>>>pF1KB5992 609 - 609 aa - 609 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3591+/-0.00101; mu= 19.4417+/- 0.061
 mean_var=74.5687+/-14.504, 0's: 0 Z-trim(104.6): 25  B-trim: 12 in 1/49
 Lambda= 0.148524
 statistics sampled from 7959 (7964) to 7959 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.597), E-opt: 0.2 (0.245), width:  16
 Scan time:  3.220

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3556.1 AFP gene_id:174|Hs108|chr4              ( 609) 4083 884.7       0
CCDS3555.1 ALB gene_id:213|Hs108|chr4              ( 609) 1727 379.9 5.3e-105
CCDS3557.1 AFM gene_id:173|Hs108|chr4              ( 599) 1660 365.5 1.1e-100


>>CCDS3556.1 AFP gene_id:174|Hs108|chr4                   (609 aa)
 initn: 4083 init1: 4083 opt: 4083  Z-score: 4726.9  bits: 884.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4083; 100.0% identity (100.0% similar) in 609 aa overlap (1-609:1-609)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEATY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEATY
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 KEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGHSDCCSQSEEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGHSDCCSQSEEG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 RHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPTILL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPTILL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 WAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQAITV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 WAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQAITV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 TKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSNKIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSNKIT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 ECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHEYSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHEYSR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 RHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCGLFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCGLFQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 KLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAADII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAADII
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 IGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDLCQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 IGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDLCQA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 QGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQKLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQKLI
              550       560       570       580       590       600

                
pF1KB5 SKTRAALGV
       :::::::::
CCDS35 SKTRAALGV
                

>>CCDS3555.1 ALB gene_id:213|Hs108|chr4                   (609 aa)
 initn: 2022 init1: 1666 opt: 1727  Z-score: 1998.6  bits: 379.9 E(32554): 5.3e-105
Smith-Waterman score: 1727; 40.3% identity (71.4% similar) in 611 aa overlap (1-609:1-609)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEATY
       ::::  : :.::.. . :: . : .   . .   ..  .: ..  :. : :::..:.  .
CCDS35 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110          
pF1KB5 KEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGH-SDCCSQSEE
       ..  :.:...    .  ..::.. .: ..    : ..::    . : ::. .:::...: 
CCDS35 EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB5 GRHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPTIL
        :..::: ::  .: ..: .  ::  . : :.....:::..:..::::::::..::: .:
CCDS35 ERNECFLQHKDDNP-NLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELL
              130        140       150       160       170         

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 LWAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQAIT
       ..: ::   .  ::.: . . :.  :   .  : . ::  ..  :: ...:: :.:.: .
CCDS35 FFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWA
     180       190       200       210       220       230         

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB5 VTKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSNKI
       :..:::.: :..:.:..::: :...:: .::.::.:.: .:   . .::: .::..:.:.
CCDS35 VARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKL
     240       250       260       270       280       290         

     300       310       320       330        340       350        
pF1KB5 TECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNR-FLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHEY
        :::.   ::...:: ..:::: :  : :.:   :. ..:  .  .  :..::. :..::
CCDS35 KECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADL-PSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEY
     300       310       320        330       340       350        

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB5 SRRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCGL
       .::::. .: ..::.:: :.  ::::  . .: ::  :  .:..  ..: : : :..: :
CCDS35 ARRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCEL
      360       370       380       390       400       410        

      420       430       440       450       460       470        
pF1KB5 FQKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAAD
       :..:::: .:::.:: ::::.::...  :. ..:... ... ::.  : : . :.:   .
CCDS35 FEQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLS
      420       430       440       450       460       470        

      480       490       500       510       520       530        
pF1KB5 IIIGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDLC
       .....::. :: :::.  : .::: : .:::::::.: :::::::  :. . : :: :.:
CCDS35 VVLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADIC
      480       490       500       510       520       530        

      540       550       560       570       580       590        
pF1KB5 QAQGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQK
         .    :  ::  :..:::.::. :.:::.::. ::....::::.....:.::::::.:
CCDS35 TLSEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKK
      540       550       560       570       580       590        

      600         
pF1KB5 LISKTRAALGV
       :.. ..::::.
CCDS35 LVAASQAALGL
      600         

>>CCDS3557.1 AFM gene_id:173|Hs108|chr4                   (599 aa)
 initn: 1808 init1: 1178 opt: 1660  Z-score: 1921.1  bits: 365.5 E(32554): 1.1e-100
Smith-Waterman score: 1660; 39.7% identity (73.7% similar) in 594 aa overlap (8-599:9-597)

                10        20        30        40        50         
pF1KB5  MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEAT
               :..::. .::: ::  .   : . ..: :   : ..  .. : :::.:::::
CCDS35 MKLLKLTGFIFFLFFLTESLTLPTQPRDIEN-FNSTQKFIEDNIEYITIIAFAQYVQEAT
               10        20        30         40        50         

      60        70        80        90         100       110       
pF1KB5 YKEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLP--AFLEELCHEKEILEKYGHSDCCSQS
       ..:. :.::: .   ..  .:.    :  ..::  .. :..:  . . .:.. : :::. 
CCDS35 FEEMEKLVKDMVEYKDRCMADKTLPEC--SKLPNNVLQEKICAMEGLPQKHNFSHCCSKV
      60        70        80          90       100       110       

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB5 EEGRHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPT
       .  :. ::. .::   . .: : . .:  .:.::: .::...:.:.::.:::.::..:::
CCDS35 DAQRRLCFFYNKKSDVGFLPPFPTLDPEEKCQAYESNRESLLNHFLYEVARRNPFVFAPT
       120       130       140       150       160       170       

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB5 ILLWAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQA
       .:  :......  :::. .: :.:.::.:  ::. :.  :  ..:.:... .:::.. . 
CCDS35 LLTVAVHFEEVAKSCCEEQNKVNCLQTRAIPVTQYLKAFSSYQKHVCGALLKFGTKVVHF
       180       190       200       210       220       230       

       240       250       260       270       280       290       
pF1KB5 ITVTKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSN
       : .. ::::: :..: :. .:: ::.  .. ::.:::..:..:  :.:..:::.::..:.
CCDS35 IYIAILSQKFPKIEFKELISLVEDVSSNYDGCCEGDVVQCIRDTSKVMNHICSKQDSISS
       240       250       260       270       280       290       

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB5 KITECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHE
       :: :::.    :::::::....:..:. ::   ..:  ...  :  ... . :.:.:. :
CCDS35 KIKECCEKKIPERGQCIINSNKDDRPKDLSLREGKFTDSENVCQERDADPDTFFAKFTFE
       300       310       320       330       340       350       

       360       370       380       390       400       410       
pF1KB5 YSRRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCG
       ::::::.:..  .::... :..::..: .::::  :   .:.....  ..:  .... : 
CCDS35 YSRRHPDLSIPELLRIVQIYKDLLRNCCNTENPPGCYRYAEDKFNETTEKSLKMVQQECK
       360       370       380       390       400       410       

       420       430       440       450       460       470       
pF1KB5 LFQKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAA
        ::.::.  :.  .:.  :: ::::.. ::... .::... .::: :::.  .:: .. :
CCDS35 HFQNLGKDGLKYHYLIRLTKIAPQLSTEELVSLGEKMVTAFTTCCTLSEE--FACVDNLA
       420       430       440       450       460         470     

       480       490       500       510       520       530       
pF1KB5 DIIIGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDL
       :...:.::  .:   .::.: .:: ...: ::::: :: .:.::::: ::.: : :: :.
CCDS35 DLVFGELCGVNENRTINPAVDHCCKTNFAFRRPCFESLKADKTYVPPPFSQDLFTFHADM
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