Result of FASTA (omim) for pF1KB6668
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6668, 453 aa
  1>>>pF1KB6668 453 - 453 aa - 453 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8658+/-0.000329; mu= 16.2027+/- 0.021
 mean_var=93.9358+/-18.982, 0's: 0 Z-trim(117.2): 29  B-trim: 77 in 1/49
 Lambda= 0.132330
 statistics sampled from 28935 (28964) to 28935 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.34), width:  16
 Scan time:  8.440

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_005251811 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3060)  441 94.9 3.2e-18
NP_001294976 (OMIM: 610691) protein prune homolog  (3062)  441 94.9 3.2e-18
NP_001294977 (OMIM: 610691) protein prune homolog  (3063)  441 94.9 3.2e-18
XP_016869842 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3068)  441 94.9 3.2e-18
XP_016869841 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3071)  441 94.9 3.2e-18
XP_011516630 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3072)  441 94.9 3.2e-18
XP_016869840 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3072)  441 94.9 3.2e-18
XP_016869839 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3074)  441 94.9 3.2e-18
XP_016869838 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3075)  441 94.9 3.2e-18
XP_005251808 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3075)  441 94.9 3.2e-18
XP_016869837 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3076)  441 94.9 3.2e-18
XP_016869836 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3078)  441 94.9 3.2e-18
XP_011516629 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3079)  441 94.9 3.2e-18
XP_011516628 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3085)  441 94.9 3.2e-18
XP_016869835 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3087)  441 94.9 3.2e-18
NP_056040 (OMIM: 610691) protein prune homolog 2 i (3088)  441 94.9 3.2e-18
XP_005251807 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3088)  441 94.9 3.2e-18
XP_011516625 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3089)  441 94.9 3.2e-18
XP_005251805 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3090)  441 94.9 3.2e-18
XP_005251803 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3091)  441 94.9 3.2e-18
XP_016869834 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3091)  441 94.9 3.2e-18
XP_005251802 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3092)  441 94.9 3.2e-18
XP_006717049 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3100)  441 94.9 3.2e-18
XP_006717048 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3101)  441 94.9 3.2e-18
XP_006717047 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3101)  441 94.9 3.2e-18
XP_006717046 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3103)  441 94.9 3.2e-18
XP_006717045 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein pru (3104)  441 94.9 3.2e-18


>>XP_005251811 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein prune h  (3060 aa)
 initn: 718 init1: 325 opt: 441  Z-score: 448.1  bits: 94.9 E(85289): 3.2e-18
Smith-Waterman score: 734; 33.3% identity (66.5% similar) in 409 aa overlap (1-406:1-397)

               10           20        30        40        50       
pF1KB6 MEDYLQGCRAALQESRPL---HVVLGNEACDLDSTVSALALAFYLAKTTEAEEVFVPVLN
       ::..::  .. :..:. :   :::.: ..::::: .:... :..: :..    . .::::
XP_005 MEEFLQRAKSKLNRSKRLEKVHVVIGPKSCDLDSLISTFTYAYFLDKVSPPGVLCLPVLN
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB6 IKRSELPLRGDIVFFLQKVHIPESILIFRDEIDLHALYQAGQLTLILVDHHILSKSDTAL
       : :.:.    .  :.:....: ::. ::::::.:: : . :.:.. ::   .:.. : .:
XP_005 IPRTEFNYFTETRFILEELNISESFHIFRDEINLHQLNDEGKLSITLVGSSVLASEDKTL
               70        80        90       100       110       120

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB6 EEAVAEVLDHRPIEPKHCPPCHVSVELVGSCATLVTERILQGAPEILDRQTAALLHGTII
       : ::..:..  :.: .      ..::.  : ..:: ..::: :::.. .: :  :.:.:.
XP_005 ESAVVKVIN--PVEQSD-----ANVEFRESSSSLVLKEILQEAPELITEQLAHRLRGSIL
                130            140       150       160       170   

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB6 LDCVNMDLKIGKATPKDSKYVEKLEALFPDLPKRNDIFDSLQKAKFDVSGLTTEQMLRKD
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XP_005 FKWMTMESE--KISEKQEEILSILEEKFPNLPPREDIINVLQETQFSAQGLSIEQTMLKD
           180         190       200       210       220       230 

       240       250       260       270       280       290       
pF1KB6 QKTIYRQGVKVAISAIYMDLEAFLQRSNLLADLHAFCQAHSYDVLVAMTIFFNTHNEPVR
        : .    .:::::.. :.::  : .::. .::.:: .  ..:::. .. ... ...: :
XP_005 LKELSDGEIKVAISTVSMNLENCLFHSNITSDLKAFTDKFGFDVLILFSSYLSEEQQPRR
             240       250       260       270       280       290 

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB6 QLAIFCPHVALQTTICEVLERSHSPPLKLTPASSTHPNLHAYLQGNTQVSRKKLLPLLQE
       :.:..  .. : . ::  ::. ..: :.: : .    .. .: : . .:.  ... ...:
XP_005 QIAVYSENMELCSQICCELEECQNPCLELEPFDCGCDEILVYQQEDPSVTCDQVVLVVKE
             300       310       320       330       340       350 

       360       370       380       390       400       410       
pF1KB6 ALSAYFDSMKIPSGQPETADVSREQVDKELDRASNSLISGLSQDEEDPPLPPTPMNSLVD
       ...     :   :    :  :.    .  :...:....   ..: :  :           
XP_005 VINRRCPEMVSNSRTSSTEAVAG---SAPLSQGSSGIMELYGSDIEPQPSSVNFIENPPD
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       420       430       440       450                           
pF1KB6 ECPLDQGLPKLSAEAVFEKCSQISLSQSTTASLSKK                        
                                                                   
XP_005 LNDSNQAQVDANVDLVSPDSGLATIRSSRSSKESSVFLSDDSPVGEGAGPHHTLLPGLDS
      410       420       430       440       450       460        

>>NP_001294976 (OMIM: 610691) protein prune homolog 2 is  (3062 aa)
 initn: 718 init1: 325 opt: 441  Z-score: 448.1  bits: 94.9 E(85289): 3.2e-18
Smith-Waterman score: 734; 33.3% identity (66.5% similar) in 409 aa overlap (1-406:1-397)

               10           20        30        40        50       
pF1KB6 MEDYLQGCRAALQESRPL---HVVLGNEACDLDSTVSALALAFYLAKTTEAEEVFVPVLN
       ::..::  .. :..:. :   :::.: ..::::: .:... :..: :..    . .::::
NP_001 MEEFLQRAKSKLNRSKRLEKVHVVIGPKSCDLDSLISTFTYAYFLDKVSPPGVLCLPVLN
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB6 IKRSELPLRGDIVFFLQKVHIPESILIFRDEIDLHALYQAGQLTLILVDHHILSKSDTAL
       : :.:.    .  :.:....: ::. ::::::.:: : . :.:.. ::   .:.. : .:
NP_001 IPRTEFNYFTETRFILEELNISESFHIFRDEINLHQLNDEGKLSITLVGSSVLASEDKTL
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pF1KB6 EEAVAEVLDHRPIEPKHCPPCHVSVELVGSCATLVTERILQGAPEILDRQTAALLHGTII
       : ::..:..  :.: .      ..::.  : ..:: ..::: :::.. .: :  :.:.:.
NP_001 ESAVVKVIN--PVEQSD-----ANVEFRESSSSLVLKEILQEAPELITEQLAHRLRGSIL
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pF1KB6 LDCVNMDLKIGKATPKDSKYVEKLEALFPDLPKRNDIFDSLQKAKFDVSGLTTEQMLRKD
       .  ..:. .  : . :. . .  ::  ::.:: :.::.. ::...:...::. :: . ::
NP_001 FKWMTMESE--KISEKQEEILSILEEKFPNLPPREDIINVLQETQFSAQGLSIEQTMLKD
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pF1KB6 QKTIYRQGVKVAISAIYMDLEAFLQRSNLLADLHAFCQAHSYDVLVAMTIFFNTHNEPVR
        : .    .:::::.. :.::  : .::. .::.:: .  ..:::. .. ... ...: :
NP_001 LKELSDGEIKVAISTVSMNLENCLFHSNITSDLKAFTDKFGFDVLILFSSYLSEEQQPRR
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pF1KB6 QLAIFCPHVALQTTICEVLERSHSPPLKLTPASSTHPNLHAYLQGNTQVSRKKLLPLLQE
       :.:..  .. : . ::  ::. ..: :.: : .    .. .: : . .:.  ... ...:
NP_001 QIAVYSENMELCSQICCELEECQNPCLELEPFDCGCDEILVYQQEDPSVTCDQVVLVVKE
             300       310       320       330       340       350 

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pF1KB6 ALSAYFDSMKIPSGQPETADVSREQVDKELDRASNSLISGLSQDEEDPPLPPTPMNSLVD
       ...     :   :    :  :.    .  :...:....   ..: :  :           
NP_001 VINRRCPEMVSNSRTSSTEAVAG---SAPLSQGSSGIMELYGSDIEPQPSSVNFIENPPD
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pF1KB6 ECPLDQGLPKLSAEAVFEKCSQISLSQSTTASLSKK                        
                                                                   
NP_001 LNDSNQAQVDANVDLVSPDSGLATIRSSRSSKESSVFLSDDSPVGEGAGPHHTLLPGLDS
      410       420       430       440       450       460        

>>NP_001294977 (OMIM: 610691) protein prune homolog 2 is  (3063 aa)
 initn: 718 init1: 325 opt: 441  Z-score: 448.1  bits: 94.9 E(85289): 3.2e-18
Smith-Waterman score: 734; 33.3% identity (66.5% similar) in 409 aa overlap (1-406:1-397)

               10           20        30        40        50       
pF1KB6 MEDYLQGCRAALQESRPL---HVVLGNEACDLDSTVSALALAFYLAKTTEAEEVFVPVLN
       ::..::  .. :..:. :   :::.: ..::::: .:... :..: :..    . .::::
NP_001 MEEFLQRAKSKLNRSKRLEKVHVVIGPKSCDLDSLISTFTYAYFLDKVSPPGVLCLPVLN
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pF1KB6 IKRSELPLRGDIVFFLQKVHIPESILIFRDEIDLHALYQAGQLTLILVDHHILSKSDTAL
       : :.:.    .  :.:....: ::. ::::::.:: : . :.:.. ::   .:.. : .:
NP_001 IPRTEFNYFTETRFILEELNISESFHIFRDEINLHQLNDEGKLSITLVGSSVLASEDKTL
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       120       130       140       150       160       170       
pF1KB6 EEAVAEVLDHRPIEPKHCPPCHVSVELVGSCATLVTERILQGAPEILDRQTAALLHGTII
       : ::..:..  :.: .      ..::.  : ..:: ..::: :::.. .: :  :.:.:.
NP_001 ESAVVKVIN--PVEQSD-----ANVEFRESSSSLVLKEILQEAPELITEQLAHRLRGSIL
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pF1KB6 LDCVNMDLKIGKATPKDSKYVEKLEALFPDLPKRNDIFDSLQKAKFDVSGLTTEQMLRKD
       .  ..:. .  : . :. . .  ::  ::.:: :.::.. ::...:...::. :: . ::
NP_001 FKWMTMESE--KISEKQEEILSILEEKFPNLPPREDIINVLQETQFSAQGLSIEQTMLKD
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pF1KB6 QKTIYRQGVKVAISAIYMDLEAFLQRSNLLADLHAFCQAHSYDVLVAMTIFFNTHNEPVR
        : .    .:::::.. :.::  : .::. .::.:: .  ..:::. .. ... ...: :
NP_001 LKELSDGEIKVAISTVSMNLENCLFHSNITSDLKAFTDKFGFDVLILFSSYLSEEQQPRR
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pF1KB6 QLAIFCPHVALQTTICEVLERSHSPPLKLTPASSTHPNLHAYLQGNTQVSRKKLLPLLQE
       :.:..  .. : . ::  ::. ..: :.: : .    .. .: : . .:.  ... ...:
NP_001 QIAVYSENMELCSQICCELEECQNPCLELEPFDCGCDEILVYQQEDPSVTCDQVVLVVKE
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pF1KB6 ALSAYFDSMKIPSGQPETADVSREQVDKELDRASNSLISGLSQDEEDPPLPPTPMNSLVD
       ...     :   :    :  :.    .  :...:....   ..: :  :           
NP_001 VINRRCPEMVSNSRTSSTEAVAG---SAPLSQGSSGIMELYGSDIEPQPSSVNFIENPPD
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       ::..::  .. :..:. :   :::.: ..::::: .:... :..: :..    . .::::
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       .  ..:. .  : . :. . .  ::  ::.:: :.::.. ::...:...::. :: . ::
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       :.:..  .. : . ::  ::. ..: :.: : .    .. .: : . .:.  ... ...:
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       ...     :   :    :  :.    .  :...:....   ..: :  :           
XP_016 VINRRCPEMVSNSRTSSTEAVAG---SAPLSQGSSGIMELYGSDIEPQPSSVNFIENPPD
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XP_016 MEEFLQRAKSKLNRSKRLEKVHVVIGPKSCDLDSLISTFTYAYFLDKVSPPGVLCLPVLN
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pF1KB6 IKRSELPLRGDIVFFLQKVHIPESILIFRDEIDLHALYQAGQLTLILVDHHILSKSDTAL
       : :.:.    .  :.:....: ::. ::::::.:: : . :.:.. ::   .:.. : .:
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       .  ..:. .  : . :. . .  ::  ::.:: :.::.. ::...:...::. :: . ::
XP_016 FKWMTMESE--KISEKQEEILSILEEKFPNLPPREDIINVLQETQFSAQGLSIEQTMLKD
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pF1KB6 ALSAYFDSMKIPSGQPETADVSREQVDKELDRASNSLISGLSQDEEDPPLPPTPMNSLVD
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XP_016 VINRRCPEMVSNSRTSSTEAVAG---SAPLSQGSSGIMELYGSDIEPQPSSVNFIENPPD
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XP_016 LNDSNQAQVDANVDLVSPDSGLATIRSSRSSKESSVFLSDDSPVGEGAGPHHTLLPGLDS
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XP_011 ESAVVKVIN--PVEQSD-----ANVEFRESSSSLVLKEILQEAPELITEQLAHRLRGSIL
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pF1KB6 QKTIYRQGVKVAISAIYMDLEAFLQRSNLLADLHAFCQAHSYDVLVAMTIFFNTHNEPVR
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       :.:..  .. : . ::  ::. ..: :.: : .    .. .: : . .:.  ... ...:
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       ...     :   :    :  :.    .  :...:....   ..: :  :           
XP_011 VINRRCPEMVSNSRTSSTEAVAG---SAPLSQGSSGIMELYGSDIEPQPSSVNFIENPPD
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>>XP_016869840 (OMIM: 610691) PREDICTED: protein prune h  (3072 aa)
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pF1KB6 MEDYLQGCRAALQESRPL---HVVLGNEACDLDSTVSALALAFYLAKTTEAEEVFVPVLN
       ::..::  .. :..:. :   :::.: ..::::: .:... :..: :..    . .::::
XP_016 MEEFLQRAKSKLNRSKRLEKVHVVIGPKSCDLDSLISTFTYAYFLDKVSPPGVLCLPVLN
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pF1KB6 IKRSELPLRGDIVFFLQKVHIPESILIFRDEIDLHALYQAGQLTLILVDHHILSKSDTAL
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XP_016 IPRTEFNYFTETRFILEELNISESFHIFRDEINLHQLNDEGKLSITLVGSSVLASEDKTL
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XP_016 ESAVVKVIN--PVEQSD-----ANVEFRESSSSLVLKEILQEAPELITEQLAHRLRGSIL
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pF1KB6 LDCVNMDLKIGKATPKDSKYVEKLEALFPDLPKRNDIFDSLQKAKFDVSGLTTEQMLRKD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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