Result of FASTA (ccds) for pF1KB6254
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6254, 683 aa
  1>>>pF1KB6254 683 - 683 aa - 683 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8437+/-0.000927; mu= 0.7307+/- 0.056
 mean_var=289.7923+/-60.497, 0's: 0 Z-trim(115.0): 82  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.075341
 statistics sampled from 15490 (15570) to 15490 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.786), E-opt: 0.2 (0.478), width:  16
 Scan time:  4.820

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS34706.1 LRCH4 gene_id:4034|Hs108|chr7          ( 683) 4563 509.6 5.8e-144
CCDS3330.1 LRCH3 gene_id:84859|Hs108|chr3          ( 712) 1270 151.7 3.4e-36
CCDS59175.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX         ( 748) 1037 126.4 1.5e-28
CCDS48155.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX         ( 765) 1037 126.4 1.5e-28
CCDS53866.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13        ( 696) 1029 125.5 2.5e-28
CCDS31972.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13        ( 728) 1029 125.5 2.6e-28
CCDS53865.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13        ( 763) 1008 123.3 1.3e-27


>>CCDS34706.1 LRCH4 gene_id:4034|Hs108|chr7               (683 aa)
 initn: 4563 init1: 4563 opt: 4563  Z-score: 2698.0  bits: 509.6 E(32554): 5.8e-144
Smith-Waterman score: 4563; 100.0% identity (100.0% similar) in 683 aa overlap (1-683:1-683)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPGLPGRRSAERALEEAVATGTLNLSNRRLKHFPRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPGLPGRRSAERALEEAVATGTLNLSNRRLKHFPRG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 AARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLRCLNPALGNLTALTYLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLRCLNPALGNLTALTYLN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 LSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQLDVSSNELQSLPSELCG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQLDVSSNELQSLPSELCG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 LSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFCRLRHLQVILLDSNPLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFCRLRHLQVILLDSNPLQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 SPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLAPSRPPSFSPCPAEDLFPGHRYDGGLDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLAPSRPPSFSPCPAEDLFPGHRYDGGLDS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 GFHSVDSGSKRWSGNESTDEFSELSFRISELAREPRGPRERKEDGSADGDPVQIDFIDSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GFHSVDSGSKRWSGNESTDEFSELSFRISELAREPRGPRERKEDGSADGDPVQIDFIDSH
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 VPGEDEERGTVEEQRPPELSPGAGDRERAPSSRREEPAGEERRRPDTLQLWQERERRQQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VPGEDEERGTVEEQRPPELSPGAGDRERAPSSRREEPAGEERRRPDTLQLWQERERRQQQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 QSGAWGAPRKDSLLKPGLRAVVGGAAAVSTQAMHNGSPKSSASQAGAAAGQGAPAPAPAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QSGAWGAPRKDSLLKPGLRAVVGGAAAVSTQAMHNGSPKSSASQAGAAAGQGAPAPAPAS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 QEPLPIAGPATAPAPRPLGSIQRPNSFLFRSSSQSGSGPSSPDSVLRPRRYPQVPDEKDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QEPLPIAGPATAPAPRPLGSIQRPNSFLFRSSSQSGSGPSSPDSVLRPRRYPQVPDEKDL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 MTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSALKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSALKA
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 RKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPSGLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPSGLG
              610       620       630       640       650       660

              670       680   
pF1KB6 GFVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS
       :::::::::::::::::::::::
CCDS34 GFVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS
              670       680   

>>CCDS3330.1 LRCH3 gene_id:84859|Hs108|chr3               (712 aa)
 initn: 1326 init1: 864 opt: 1270  Z-score: 763.4  bits: 151.7 E(32554): 3.4e-36
Smith-Waterman score: 1453; 42.5% identity (64.2% similar) in 704 aa overlap (2-592:12-710)

                         10        20            30          40    
pF1KB6           MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGS---PGL-PGR--RSAERALEEAVAT
                  ::  .. .:.::.  ..  . :.:   ::. ::   :: .::::::..:
CCDS33 MAAAGLVAVAAAAEYSGTVASGGNLPGVHCG-PSSGAGPGFGPGSWSRSLDRALEEAAVT
               10        20        30         40        50         

           50        60        70        80        90       100    
pF1KB6 GTLNLSNRRLKHFPRGAARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLR
       :.:.::.:.:..:::::: ..::.: :.:::::::. :.:  ::..::::.:.::.::.:
CCDS33 GVLSLSGRKLREFPRGAA-NHDLTDTTRADLSRNRLSEIPIEACHFVSLENLNLYQNCIR
      60        70         80        90       100       110        

          110       120       130       140       150       160    
pF1KB6 CLNPALGNLTALTYLNLSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQL
        .  :. :: :::.::.:::::: :: ..:.:::.:::.::::: .:: .:: :  : .:
CCDS33 YIPEAILNLQALTFLNISRNQLSTLPVHLCNLPLKVLIASNNKLVSLPEEIGHLRHLMEL
      120       130       140       150       160       170        

          170       180       190       200       210       220    
pF1KB6 DVSSNELQSLPSELCGLSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFC
       ::: ::.:..::.. .: .:::::::::.:  :::::..:::.:::::::... ::: . 
CCDS33 DVSCNEIQTIPSQIGNLEALRDLNVRRNHLVHLPEELAELPLIRLDFSCNKITTIPVCYR
      180       190       200       210       220       230        

          230       240       250       260       270       280    
pF1KB6 RLRHLQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLAPSRPPSFSPCP
        :::::.: ::.:::::::::.:.:::.::::::. .: . .  : :    :: .:. : 
CCDS33 NLRHLQTITLDNNPLQSPPAQICIKGKVHIFKYLNIQACKIAPDLPDY-DRRPLGFGSCH
      240       250       260       270       280        290       

          290       300       310       320       330       340    
pF1KB6 AEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNESTDEFSELSFRISELAREPRGPRERK--
        :.:. .. : :.:::::.:::::.::::::: :::::.: .:..:...: :  :: .  
CCDS33 -EELYSSRPY-GALDSGFNSVDSGDKRWSGNEPTDEFSDLPLRVAEITKEQRLRRESQYQ
        300        310       320       330       340       350     

                    350       360            370                   
pF1KB6 --------EDGSADGDPVQIDFIDSHVPGEDEE-----RGT------------VEEQR-P
                .:... :  :::.::: .  :.:      .:             .:..:  
CCDS33 ENRGSLVVTNGGVEHDLDQIDYIDSCTAEEEEAEVRQPKGPDPDSLSSQFMAYIEQRRIS
         360       370       380       390       400       410     

        380                          390                           
pF1KB6 PELSP----------GAGDRER---------APSS--------------------RREEP
        : ::           . : .:          :::                    :::. 
CCDS33 HEGSPVKPVAIREFQKTEDMRRYLHQNRVPAEPSSLLSLSASHNQLSHTDLELHQRREQL
         420       430       440       450       460       470     

       400         410       420             430       440         
pF1KB6 AGEERRRPD--TLQLWQERERRQQQQSGA------WGAPRKDSLLKPGLRAVVGGAAAVS
       . . ::. .  .::  .:. : .: :  :        : .. .  .: : .: :     :
CCDS33 VERTRREAQLAALQYEEEKIRTKQIQRDAVLDFVKQKASQSPQKQHPLLDGVDGECPFPS
         480       490       500       510       520       530     

     450       460        470       480               490          
pF1KB6 TQAMHNGSPKSSASQAG-AAAGQGAPAPAPASQEPL-----P---IAGPAT-----APA-
        ...:. .     : .:   .: .:  :  ..  ::     :   ...:::     .:: 
CCDS33 RRSQHTDDSALCMSLSGLNQVGCAATLPHSSAFTPLKSDDRPNALLSSPATETVHHSPAY
         540       550       560       570       580       590     

              500       510         520                  530       
pF1KB6 --PRPL--GSIQRPNSFLFRSS--SQSGSGPSSP---------DSV--LRPRRYPQVPDE
         :  .  .. :::.:::::..  .....: .::         ::.  .  .   :  .:
CCDS33 SFPAAIQRNQPQRPESFLFRAGVRAETNKGHASPLPPSAAPTTDSTDSITGQNSRQREEE
         600       610       620       630       640       650     

       540       550       560       570       580       590       
pF1KB6 KDLMTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSA
        .:. :::. .: ::.  :: ::. ::..::.::.:::..:::::: ::::::::     
CCDS33 LELIDQLRKHIEYRLKVSLPCDLGAALTDGVVLCHLANHVRPRSVPSIHVPSPAVVS   
         660       670       680       690       700       710     

       600       610       620       630       640       650       
pF1KB6 LKARKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPS

>>CCDS59175.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX              (748 aa)
 initn: 1309 init1: 836 opt: 1037  Z-score: 626.2  bits: 126.4 E(32554): 1.5e-28
Smith-Waterman score: 1349; 41.3% identity (63.0% similar) in 683 aa overlap (23-635:65-724)

                       10        20          30          40        
pF1KB6         MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPG--LPGR--RSAERALEEAVATGTLN
                                     : .::   : .  :: .:::::: ..: :.
CCDS59 AGGGGGGGGGTLVVPIPVPTLFGQPFPNGPPWNPGSLQPQHTVRSLDRALEEAGSSGILS
           40        50        60        70        80        90    

       50        60        70        80        90       100        
pF1KB6 LSNRRLKHFPRGAARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLRCLNP
       ::.:.:. :: :..  :::.: :::::::::: :.:  .  .. :: :.:::::.. .  
CCDS59 LSGRKLRDFP-GSG--YDLTDTTQADLSRNRFTEIPSDVWLFAPLETLNLYHNCIKTIPE
          100          110       120       130       140       150 

      110       120       130       140       150       160        
pF1KB6 ALGNLTALTYLNLSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQLDVSS
       :. ::  :::::.::: :: :: :. .:::.::.:::::: ..: .:: : .: .::.: 
CCDS59 AIKNLQMLTYLNISRNLLSTLPKYLFDLPLKVLVVSNNKLVSIPEEIGKLKDLMELDISC
             160       170       180       190       200       210 

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB6 NELQSLPSELCGLSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFCRLRH
       ::.: ::...  : :::.::.:::.: .::.::::::::.::::::.:..::: . .:.:
CCDS59 NEIQVLPQQMGKLHSLRELNIRRNNLHVLPDELGDLPLVKLDFSCNKVTEIPVCYRKLHH
             220       230       240       250       260       270 

      230       240       250       260       270            280   
pF1KB6 LQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLA--PS---RPPSFSPC
       ::::.::.:::: ::::.:::::.::::::. .:  : .   :    ::   : :: .: 
CCDS59 LQVIILDNNPLQVPPAQICLKGKVHIFKYLNIQACCRMDKKPDSLDLPSLSKRMPS-QPL
             280       290       300       310       320        330

             290       300       310        320       330       340
pF1KB6 P--AEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNE-STDEFSELSFRISELAREPRGPRE
           ::..:.. .  : :::. : :.: :: : .: : :.   :  ..::  ::  .  .
CCDS59 TDSMEDFYPNKNH--GPDSGIGS-DNGEKRLSTTEPSDDDTVSLHSQVSESNREQTSRND
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pF1KB6 RKEDGS-ADGDPVQ--IDFIDSHVPGEDEERGTVEEQRPPEL----SPGAGDRERAPSSR
        .  :: .:..  :   ::.: ..  ::    .: ::   ..    :   : .. . .::
CCDS59 SHIIGSKTDSQKDQEVYDFVDPNT--EDV---AVPEQGNAHIGSFVSFFKGKEKCSEKSR
       390       400       410            420       430       440  

           400       410       420       430         440       450 
pF1KB6 REEPAGEERRRPDTLQLWQERERRQQQQSGAWGAPRK--DSLLKPGLRAVVGGAAAVSTQ
       ..:  :.:.:  .  ::  :.:  . ..       ::   .::.   .  . .    ::.
CCDS59 KNEELGDEKRL-EKEQLLAEEEDDDLKEVTDL---RKIAAQLLQQEQKNRILNH---STS
            450        460       470          480       490        

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pF1KB6 AMHNGSPKSSASQAGAAAGQGAPAP-APASQEPLPIAGPATAPAPRPLG-----------
       .:.: .::...    ..... . .: .: . .::          : : .           
CCDS59 VMRN-KPKQTVECEKSVSADEVNSPLSPLTWQPLENQKDQIDEQPWPESHPIIWQSEERR
          500       510       520       530       540       550    

      500        510                            520                
pF1KB6 -SIQ-RPNSFLFRSSSQSGSG---------------------PSS--------------P
        : : : . : ..:  .:.::                     : :              :
CCDS59 RSKQIRKEYFKYKSMRKSSSGNENDEEYDRTDGFSHSPFGLKPRSAFSRSSRQEYGAADP
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pF1KB6 DSVLRPRRYPQVPDEKDLMTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSV
         ..: :.. .. .:.. . :::. :::::.  ::.:.. :: .::.::.:::..:::::
CCDS59 GFTMR-RKMEHLREEREQIRQLRNNLESRLKVILPDDIGAALMDGVVLCHLANHIRPRSV
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pF1KB6 PFIHVPSPAVPKLSALKARKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAV
         ::::::::::::  : :.:::.::.::.:.:: .  :: :  .:.   :::       
CCDS59 ASIHVPSPAVPKLSMAKCRRNVENFLDACKKLGVSQERLCLPHHILE--ERGLVKVGVTV
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pF1KB6 KRVGGKALPPLWPPSGLGGFVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS
                                                
CCDS59 QALLELPTTKASQLSVA                        
             740                                

>>CCDS48155.1 LRCH2 gene_id:57631|Hs108|chrX              (765 aa)
 initn: 1309 init1: 836 opt: 1037  Z-score: 626.1  bits: 126.4 E(32554): 1.5e-28
Smith-Waterman score: 1329; 40.3% identity (62.2% similar) in 695 aa overlap (23-635:65-741)

                       10        20          30          40        
pF1KB6         MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPG--LPGR--RSAERALEEAVATGTLN
                                     : .::   : .  :: .:::::: ..: :.
CCDS48 AGGGGGGGGGTLVVPIPVPTLFGQPFPNGPPWNPGSLQPQHTVRSLDRALEEAGSSGILS
           40        50        60        70        80        90    

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pF1KB6 LSNRRLKHFPRGAARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGLSLYHNCLRCLNP
       ::.:.:. :: :..  :::.: :::::::::: :.:  .  .. :: :.:::::.. .  
CCDS48 LSGRKLRDFP-GSG--YDLTDTTQADLSRNRFTEIPSDVWLFAPLETLNLYHNCIKTIPE
          100          110       120       130       140       150 

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pF1KB6 ALGNLTALTYLNLSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIGTLGSLRQLDVSS
       :. ::  :::::.::: :: :: :. .:::.::.:::::: ..: .:: : .: .::.: 
CCDS48 AIKNLQMLTYLNISRNLLSTLPKYLFDLPLKVLVVSNNKLVSIPEEIGKLKDLMELDISC
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pF1KB6 NELQSLPSELCGLSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRVSRIPVSFCRLRH
       ::.: ::...  : :::.::.:::.: .::.::::::::.::::::.:..::: . .:.:
CCDS48 NEIQVLPQQMGKLHSLRELNIRRNNLHVLPDELGDLPLVKLDFSCNKVTEIPVCYRKLHH
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pF1KB6 LQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALGDLA--PS---RPPSFSPC
       ::::.::.:::: ::::.:::::.::::::. .:  : .   :    ::   : :: .: 
CCDS48 LQVIILDNNPLQVPPAQICLKGKVHIFKYLNIQACCRMDKKPDSLDLPSLSKRMPS-QPL
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pF1KB6 P--AEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNE-STDEFSELSFRISELAREPRGPRE
           ::..:.. .  : :::. : :.: :: : .: : :.   :  ..::  ::  .  .
CCDS48 TDSMEDFYPNKNH--GPDSGIGS-DNGEKRLSTTEPSDDDTVSLHSQVSESNREQTSRND
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pF1KB6 RKEDGS-ADGDPVQ--IDFIDSHVPGEDEERGTVEEQRPPEL----SPGAGDRERAPSSR
        .  :: .:..  :   ::.: ..  ::    .: ::   ..    :   : .. . .::
CCDS48 SHIIGSKTDSQKDQEVYDFVDPNT--EDV---AVPEQGNAHIGSFVSFFKGKEKCSEKSR
       390       400       410            420       430       440  

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pF1KB6 REEPAGEERR----------RPDTLQ------------LWQERERRQQQQSGAW--GAPR
       ..:  :.:.:          . : :.            : ::.. :  ..: .   . :.
CCDS48 KNEELGDEKRLEKEQLLAEEEDDDLKEVTDLRKIAAQLLQQEQKNRILNHSTSVMRNKPK
            450       460       470       480       490       500  

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pF1KB6 KDSLLKPGLRA--VVGGAAAVSTQAMHNGS--------PKSSA-----------------
       .    . .. :  : .  . .. : ..: .        :.:                   
CCDS48 QTVECEKSVSADEVNSPLSPLTWQPLENQKDQIDEQPWPESHPIIWQSEERRRSKQIRKE
            510       520       530       540       550       560  

                 470            480         490       500       510
pF1KB6 -----SQAGAAAG-----QGAPAPAPASQEPLPIA--GPATAPAPRPLGSIQRPNSFLFR
            :.  ...:     : .     ..: :.       . . .  :.:   .: : . :
CCDS48 YFKYKSMRKSSSGNENDEQDSDNANMSTQSPVSSEEYDRTDGFSHSPFG--LKPRSAFSR
            570       580       590       600       610         620

              520       530       540       550       560       570
pF1KB6 SSSQSGSGPSSPDSVLRPRRYPQVPDEKDLMTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVIL
       :: :   : ..:  ..: :.. .. .:.. . :::. :::::.  ::.:.. :: .::.:
CCDS48 SSRQE-YGAADPGFTMR-RKMEHLREEREQIRQLRNNLESRLKVILPDDIGAALMDGVVL
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              580       590       600       610       620       630
pF1KB6 CQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSALKARKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQG
       :.:::..:::::  ::::::::::::  : :.:::.::.::.:.:: .  :: :  .:. 
CCDS48 CHLANHIRPRSVASIHVPSPAVPKLSMAKCRRNVENFLDACKKLGVSQERLCLPHHILE-
      680       690       700       710       720       730        

              640       650       660       670       680   
pF1KB6 TARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPSGLGGFVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS
         :::                                                
CCDS48 -ERGLVKVGVTVQALLELPTTKASQLSVA                        
        740       750       760                             

>>CCDS53866.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13             (696 aa)
 initn: 1340 init1: 965 opt: 1029  Z-score: 621.9  bits: 125.5 E(32554): 2.5e-28
Smith-Waterman score: 1398; 43.2% identity (65.3% similar) in 662 aa overlap (7-635:41-675)

                                       10        20        30      
pF1KB6                         MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPGLPGRRSAER
                                     :: .:::  ...     :. .::  :. ::
CCDS53 FVPALSVATLHPLHHPHHHHHHHQHHGGTGAPGGAGGGGGGS-----GGFNLPLNRGLER
               20        30        40        50             60     

         40        50        60        70        80        90      
pF1KB6 ALEEAVATGTLNLSNRRLKHFPRGAARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGL
       :::::. .: :::: :.::.::: :: ..:::: .:::::.::. :::   :..:::: :
CCDS53 ALEEAANSGGLNLSARKLKEFPRTAAPGHDLSDTVQADLSKNRLVEVPMELCHFVSLEIL
          70        80        90       100       110       120     

        100       110       120       130       140       150      
pF1KB6 SLYHNCLRCLNPALGNLTALTYLNLSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIG
       .:::::.: .  :. ::  :::::::::::: ::  .: :::.:::.::::::.:: .::
CCDS53 NLYHNCIRVIPEAIVNLQMLTYLNLSRNQLSALPACLCGLPLKVLIASNNKLGSLPEEIG
         130       140       150       160       170       180     

        160       170       180       190       200       210      
pF1KB6 TLGSLRQLDVSSNELQSLPSELCGLSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRV
        : .: .:::: ::. .::...  :.:::.:::::: :..::.:: :: ::..:::::.:
CCDS53 QLKQLMELDVSCNEITALPQQIGQLKSLRELNVRRNYLKVLPQELVDLSLVKFDFSCNKV
         190       200       210       220       230       240     

        220       230       240       250       260       270      
pF1KB6 SRIPVSFCRLRHLQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALG-DLAPS
         ::. : ....:::.::..:::::::::.: :::.::::::: .: :  .: .  :   
CCDS53 LVIPICFREMKQLQVLLLENNPLQSPPAQICTKGKVHIFKYLSIQACQIKTADSLYLHTM
         250       260       270       280       290       300     

         280       290       300       310       320        330    
pF1KB6 RPPSFSPCPAEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNESTDEFS-ELSFRISELARE
       . : .    .::   :.. :.  :::  : :.:.:: :..: .:: .  :.  .:.. .:
CCDS53 ERPHLHQ-HVED---GKK-DS--DSGVGS-DNGDKRLSATEPSDEDTVSLNVPMSNIMEE
         310            320          330       340       350       

          340       350       360            370       380         
pF1KB6 PRGPRERKEDGSADGDPVQIDFIDSHVP-----GEDEERGTVEEQRPPELSPGAGDRERA
        .     :::.    .::. .: .   :     :.. . :  ..:   . . :  ..   
CCDS53 EQII---KEDSCHRLSPVKGEFHQEFQPEPSLLGDSTNSGEERDQFTDR-ADGLHSEFMN
       360          370       380       390       400        410   

     390       400       410           420       430               
pF1KB6 PSSRREEPAGEERRRPDTLQLWQER----ERRQQQQSGAWGAPRK---DSLLKP-GL---
        ..: :.   ::  : .    :: .      ..:... :     .   : :  : ::   
CCDS53 YKARAED--CEELLRIEEDVHWQTEGIISSSKDQDMDIAMIEQLREAVDLLQDPNGLSTD
           420         430       440       450       460       470 

         440            450              460       470       480   
pF1KB6 ---RAVV-----GGAAAVSTQ-AMHNG------SPKSSASQAGAAAGQGAPAPAPASQEP
          :.:.     :.: :.  : .  ::      ::   ...  .  ..:.       .: 
CCDS53 ITERSVLNLYPMGSAEALELQDSALNGQIQLETSPVCEVQSDLTLQSNGSQYSPNEIREN
             480       490       500       510       520       530 

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pF1KB6 LPIAGPATAPAPRPLGSIQRPNSFLFRSSSQSGSGPSSPDSVLRPRRYPQVPDEKDLMTQ
        : ..:.:  .  :.:   .: : ..:   : .    .:. ..: :.. :. .::.:. :
CCDS53 SPAVSPTTN-STAPFG--LKPRSVFLRP--QRNLESIDPQFTIR-RKMEQMREEKELVEQ
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pF1KB6 LRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSALKARKN
       ::. .: ::.  : :::. :: .::.::.:.:..:::::  ::::::::::::  : :.:
CCDS53 LRESIEMRLKVSLHEDLGAALMDGVVLCHLVNHIRPRSVASIHVPSPAVPKLSMAKCRRN
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pF1KB6 VESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPSGLGGFV
       ::.:::::::.::::  :: :  .:.   .::                            
CCDS53 VENFLEACRKLGVPEEKLCLPHHILE--EKGLVKVGITIQALLDITVTKALFT       
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       :::::. .: :::: :.::.::: :: ..:::: .:::::.::. :::   :..:::: :
CCDS31 ALEEAANSGGLNLSARKLKEFPRTAAPGHDLSDTVQADLSKNRLVEVPMELCHFVSLEIL
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       .:::::.: .  :. ::  :::::::::::: ::  .: :::.:::.::::::.:: .::
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        : .: .:::: ::. .::...  :.:::.:::::: :..::.:: :: ::..:::::.:
CCDS31 QLKQLMELDVSCNEITALPQQIGQLKSLRELNVRRNYLKVLPQELVDLSLVKFDFSCNKV
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pF1KB6 SRIPVSFCRLRHLQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALG-DLAPS
         ::. : ....:::.::..:::::::::.: :::.::::::: .: :  .: .  :   
CCDS31 LVIPICFREMKQLQVLLLENNPLQSPPAQICTKGKVHIFKYLSIQACQIKTADSLYLHTM
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pF1KB6 RPPSFSPCPAEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNESTDEFS-ELSFRISELARE
       . : .    .::   :.. :.  :::  : :.:.:: :..: .:: .  :.  .:.. .:
CCDS31 ERPHLHQ-HVED---GKK-DS--DSGVGS-DNGDKRLSATEPSDEDTVSLNVPMSNIMEE
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pF1KB6 PRGPRERKEDGSADGDPVQIDFIDSHVP-----GEDEERGTVEEQRPPELSPGAGDRERA
        .     :::.    .::. .: .   :     :.. . :  :...  . . :  ..   
CCDS31 EQII---KEDSCHRLSPVKGEFHQEFQPEPSLLGDSTNSGE-ERDQFTDRADGLHSEFMN
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pF1KB6 PSSRREEPAGEERRRPDTLQLWQER----ERRQQQQSGAWGAPRK---DSLLKP-GL---
        ..: :.   ::  : .    :: .      ..:... :     .   : :  : ::   
CCDS31 YKARAED--CEELLRIEEDVHWQTEGIISSSKDQDMDIAMIEQLREAVDLLQDPNGLSTD
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pF1KB6 ---RAVV-----GGAAAVSTQ-AMHNG------SPKSSASQAGAAAGQGAPAPAPASQEP
          :.:.     :.: :.  : .  ::      ::   ...  .  ..:.       .: 
CCDS31 ITERSVLNLYPMGSAEALELQDSALNGQIQLETSPVCEVQSDLTLQSNGSQYSPNEIREN
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pF1KB6 LPIAGPATAPAPRPLGSIQRPNSFLFRSSSQSGSGPSSPDSVLRPRRYPQVPDEKDLMTQ
        : ..:.:  .  :.:   .: : ..:   : .    .:. ..: :.. :. .::.:. :
CCDS31 SPAVSPTTN-STAPFG--LKPRSVFLRP--QRNLESIDPQFTIR-RKMEQMREEKELVEQ
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pF1KB6 LRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQLANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSALKARKN
       ::. .: ::.  : :::. :: .::.::.:.:..:::::  ::::::::::::  : :.:
CCDS31 LRESIEMRLKVSLHEDLGAALMDGVVLCHLVNHIRPRSVASIHVPSPAVPKLSMAKCRRN
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pF1KB6 VESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTARGLRTALEAVKRVGGKALPPLWP--PSGLGG
       ::.:::::::.:::::::::: :.::   : .: .....  .: :: ::        : :
CCDS31 VENFLEACRKLGVPEADLCSPCDILQLDFRHIRKTVDTLLALGEKAPPPTSALRSRDLIG
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             670       680    
pF1KB6 FVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS 
       : . ......:.:.::       
CCDS31 FCLVHILFIVLVYITYHWNALSA
         710       720        

>>CCDS53865.1 LRCH1 gene_id:23143|Hs108|chr13             (763 aa)
 initn: 1430 init1: 965 opt: 1008  Z-score: 609.1  bits: 123.3 E(32554): 1.3e-27
Smith-Waterman score: 1453; 42.9% identity (64.6% similar) in 709 aa overlap (7-652:41-729)

                                       10        20        30      
pF1KB6                         MAAAVAAPLAAGGEEAAATTSVPGSPGLPGRRSAER
                                     :: .:::  ...     :. .::  :. ::
CCDS53 FVPALSVATLHPLHHPHHHHHHHQHHGGTGAPGGAGGGGGGS-----GGFNLPLNRGLER
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pF1KB6 ALEEAVATGTLNLSNRRLKHFPRGAARSYDLSDITQADLSRNRFPEVPEAACQLVSLEGL
       :::::. .: :::: :.::.::: :: ..:::: .:::::.::. :::   :..:::: :
CCDS53 ALEEAANSGGLNLSARKLKEFPRTAAPGHDLSDTVQADLSKNRLVEVPMELCHFVSLEIL
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pF1KB6 SLYHNCLRCLNPALGNLTALTYLNLSRNQLSLLPPYICQLPLRVLIVSNNKLGALPPDIG
       .:::::.: .  :. ::  :::::::::::: ::  .: :::.:::.::::::.:: .::
CCDS53 NLYHNCIRVIPEAIVNLQMLTYLNLSRNQLSALPACLCGLPLKVLIASNNKLGSLPEEIG
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pF1KB6 TLGSLRQLDVSSNELQSLPSELCGLSSLRDLNVRRNQLSTLPEELGDLPLVRLDFSCNRV
        : .: .:::: ::. .::...  :.:::.:::::: :..::.:: :: ::..:::::.:
CCDS53 QLKQLMELDVSCNEITALPQQIGQLKSLRELNVRRNYLKVLPQELVDLSLVKFDFSCNKV
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pF1KB6 SRIPVSFCRLRHLQVILLDSNPLQSPPAQVCLKGKLHIFKYLSTEAGQRGSALG-DLAPS
         ::. : ....:::.::..:::::::::.: :::.::::::: .: :  .: .  :   
CCDS53 LVIPICFREMKQLQVLLLENNPLQSPPAQICTKGKVHIFKYLSIQACQIKTADSLYLHTM
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pF1KB6 RPPSFSPCPAEDLFPGHRYDGGLDSGFHSVDSGSKRWSGNESTDEFS-ELSFRISELARE
       . : .    .::   :.. :.  :::  : :.:.:: :..: .:: .  :.  .:.. .:
CCDS53 ERPHLHQ-HVED---GKK-DS--DSGVGS-DNGDKRLSATEPSDEDTVSLNVPMSNIMEE
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pF1KB6 PRGPRERKEDGSADGDPVQIDFIDSHVP-----GEDEERGTVEEQRPPELSPGAGDRERA
        .     :::.    .::. .: .   :     :.. . :  :...  . . :  ..   
CCDS53 EQII---KEDSCHRLSPVKGEFHQEFQPEPSLLGDSTNSGE-ERDQFTDRADGLHSEFMN
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        ..: :.   ::  : .    :: .      ..:... :     .   : :  : ::   
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          :.:.     :.: :.  : .  ::      ::          .:..:: .     ..
CCDS53 ITERSVLNLYPMGSAEALELQDSALNGQIQLETSPVCEVQSDLTLQSNGSQYSPNEIREN
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pF1KB6 APAPAPASQEPLPIA-GPATAPA---PRPLGSIQRPNSFLFRSSSQSGSGPSSPDSV-LR
       .:: .:...   :..  : . ::   : :..     ..  . ::: :  . .. :.: ::
CCDS53 SPAVSPTTNSTAPFGLKPRSDPALILP-PISFNTLTQAQTWDSSSYSVPSEGDSDNVFLR
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pF1KB6 P--------------RRYPQVPDEKDLMTQLRQVLESRLQRPLPEDLAEALASGVILCQL
       :              :.. :. .::.:. :::. .: ::.  : :::. :: .::.::.:
CCDS53 PQRNLESIDPQFTIRRKMEQMREEKELVEQLRESIEMRLKVSLHEDLGAALMDGVVLCHL
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pF1KB6 ANQLRPRSVPFIHVPSPAVPKLSALKARKNVESFLEACRKMGVPEADLCSPSDLLQGTAR
       .:..:::::  ::::::::::::  : :.:::.:::::::.:::::::::: :.::   :
CCDS53 VNHIRPRSVASIHVPSPAVPKLSMAKCRRNVENFLEACRKLGVPEADLCSPCDILQLDFR
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pF1KB6 GLRTALEAVKRVGGKALPPLWPPSGLGGFVVFYVVLMLLLYVTYTRLLGS   
        .: .....  .: :: ::                                  
CCDS53 HIRKTVDTLLALGEKAPPPTSALRSRDLIGFCLVHILFIVLVYITYHWNALSA
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683 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 14:29:35 2016 done: Sat Nov  5 14:29:35 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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