Result of FASTA (omim) for pF1KB8501
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8501, 936 aa
  1>>>pF1KB8501 936 - 936 aa - 936 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2757+/-0.000508; mu= 7.5256+/- 0.032
 mean_var=164.6114+/-33.777, 0's: 0 Z-trim(113.0): 39  B-trim: 0 in 0/55
 Lambda= 0.099964
 statistics sampled from 22089 (22119) to 22089 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.596), E-opt: 0.2 (0.259), width:  16
 Scan time: 12.280

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_002431 (OMIM: 602105) mutS protein homolog 4 [H ( 936) 6010 880.0       0
NP_001245210 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) D ( 868)  751 121.6 1.8e-26
XP_011531169 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 924)  751 121.6 1.9e-26
NP_000242 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA  ( 934)  751 121.6 1.9e-26
XP_005264389 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 974)  751 121.6 1.9e-26
NP_002430 (OMIM: 600887,608089,617100) DNA mismatc (1137)  613 101.7 2.2e-20
NP_002432 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834)  501 85.5 1.2e-15
NP_751898 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834)  501 85.5 1.2e-15
NP_751897 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 835)  491 84.1 3.3e-15
NP_079535 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 822)  452 78.4 1.6e-13
NP_001268423 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058)  408 72.1 1.6e-11
NP_001268422 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058)  408 72.1 1.6e-11
NP_001268421 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1230)  408 72.2 1.8e-11
XP_011531101 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1261)  408 72.2 1.9e-11
XP_011531100 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1299)  408 72.2 1.9e-11
NP_000170 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) DNA  (1360)  408 72.2   2e-11


>>NP_002431 (OMIM: 602105) mutS protein homolog 4 [Homo   (936 aa)
 initn: 6010 init1: 6010 opt: 6010  Z-score: 4694.8  bits: 880.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6010; 99.9% identity (100.0% similar) in 936 aa overlap (1-936:1-936)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MLRPEISSTSPSAPAVSPSSGETRSPQGPRYNFGLQETPQSRPSVQVVSASTCPGTSGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MLRPEISSTSPSAPAVSPSSGETRSPQGPRYNFGLQETPQSRPSVQVVSASTCPGTSGAA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 GDRSSSSSSLPCPAPNSRPAQGSYFGNKRAYAENTVASNFTFGASSSSARDTNYPQTLKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GDRSSSSSSLPCPAPNSRPAQGSYFGNKRAYAENTVASNFTFGASSSSARDTNYPQTLKT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 PLSTGNPQRSGYKSWTPQVGYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PLSTGNPQRSGYKSWTPQVGYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 PQIILSQFADNTTYAKVITKLKILSPLEIIMSNTACAVGNSTKLFTLITENFKNVNFTTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PQIILSQFADNTTYAKVITKLKILSPLEIIMSNTACAVGNSTKLFTLITENFKNVNFTTI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 QRKYFNETKGLEYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QRKYFNETKGLEYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 ICFQGSEQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ICFQGSEQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 DIETVNMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITN
       ::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DIETINMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 LIYLKHTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LIYLKHTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 NMRTQKCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NMRTQKCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 MTTDCIALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MTTDCIALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 SEIYEHIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSDYVRPEFTDTLAIKQGWHPILEKISAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SEIYEHIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSDYVRPEFTDTLAIKQGWHPILEKISAE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 KPIANNTYVTEGSNFLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KPIANNTYVTEGSNFLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQIF
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB8 TRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVCEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVCEY
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB8 LLSLKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGLTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LLSLKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGLTEE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB8 KNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQTAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQTAR
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930      
pF1KB8 NSQLDPDSLRIYLSNLKKKYKEDFPRTEQVPEKTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NSQLDPDSLRIYLSNLKKKYKEDFPRTEQVPEKTEE
              910       920       930      

>>NP_001245210 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA m  (868 aa)
 initn: 563 init1: 329 opt: 751  Z-score: 596.4  bits: 121.6 E(85289): 1.8e-26
Smith-Waterman score: 751; 27.0% identity (60.2% similar) in 716 aa overlap (170-863:94-780)

     140       150       160       170       180       190         
pF1KB8 GYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKNPQIILSQFADNTTYAKVIT
                                     ..:.. .:  . .. : .: ::  .... .
NP_001 QFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEA
            70        80        90       100       110       120   

     200       210         220           230         240       250 
pF1KB8 KLKILSPLEIIM--SNTACAVGNSTKLFT----LITENFKNVNFTT--IQRKYFNETKGL
        :  ..: : ..  ..::  .:.  ...     ::::  :...:.:  : .      :: 
NP_001 LLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITER-KKADFSTKDIYQDLNRLLKG-
           130       140       150       160        170       180  

             260       270       280       290       300       310 
pF1KB8 EYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLKICFQGSEQTAM
       .  ::.     :.:: :....   .....:..:..:.....    .     :. : :   
NP_001 KKGEQMN----SAVLPEMENQV-AVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFS-QYMK
                 190        200       210       220       230      

             320        330       340       350       360       370
pF1KB8 IDSSSAQNLELLINN-QDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETVNMRLD
       .: .... :.:. .. .:  ....: ..::  ::: :.: . . : .::.: . .. ::.
NP_001 LDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLN
         240       250       260       270       280       290     

              380        390       400       410       420         
pF1KB8 CVQELLQDEELFFGLQ-SVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY--LKHT
        :. ...: ::   :: ... :: : ..: .   .. .:    ::. .    .:  ... 
NP_001 LVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAK---KFQRQ----AANLQDCYRLYQGINQL
         300       310       320          330           340        

       430       440       450         460       470       480     
pF1KB8 LELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKR--FGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMRTQ
        .... :.    . .  :: ..   : : :  :. . : :.:...     :    : .  
NP_001 PNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLD-----MDQVENHEFL
      350       360       370       380       390            400   

         490       500       510       520       530       540     
pF1KB8 KCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQMTTDC
          .   :..:. .:      .. . . .   .::   .  .. . :.  :.....:  :
NP_001 VKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVT--C
           410       420       430       440       450       460   

         550       560       570       580       590       600     
pF1KB8 IALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLLSEIYE
             .  ..:  ..  ::. .::.. : ..::.  ..  :  .    :: ....    
NP_001 KEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSG
             470       480       490       500       510       520 

         610       620       630         640           650         
pF1KB8 HIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSD--YVRPEFTDT----LAIKQGWHPILEKISA
       ... .  :.:....:: ..::::. . .   :::: . .     . .: . :  .:  . 
NP_001 YVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDE
             530       540       550       560       570       580 

     660       670        680       690       700       710        
pF1KB8 EKPIANNTYVTEGSN-FLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQ
          : :..:  . .. : :::::::.:::::..: ..  .::::: .:: : .   :.  
NP_001 IAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDC
             590       600       610       620       630       640 

      720       730       740       750       760       770        
pF1KB8 IFTRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVC
       :..:... :.   . :::: :: : : ::..:.  :::.::::::::.: .:.:. .:. 
NP_001 ILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAIS
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pF1KB8 EYLLS-LKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGL
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XP_005 EYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHV------TALTTEETLTMLYQVKKGV
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pF1KB8 TEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQ
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XP_005 CDQ-SFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLERENL
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>>NP_002430 (OMIM: 600887,608089,617100) DNA mismatch re  (1137 aa)
 initn: 619 init1: 385 opt: 613  Z-score: 487.1  bits: 101.7 E(85289): 2.2e-20
Smith-Waterman score: 869; 26.2% identity (63.8% similar) in 740 aa overlap (171-868:388-1093)

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NP_002 EIMTDTSTSYLLCISENKENVRDKKKGNIFIGIVGVQPATGEVVFDSFQDSASRSELETR
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pF1KB8 LKILSPLEIIMSNTACAVGNSTKLF----TLITENFKNVNFTTIQRKYFNETKGLEYIEQ
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NP_002 MSSLQPVELLLPS---ALSEQTEALIHRATSVSVQDDRIRVERMDNIYFEYSHAFQAVTE
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pF1KB8 LCIAEFSTV--------LMEVQSKYYCLAAVAALLKYV-EF-IQNSVYAPKSLKICFQGS
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NP_002 FYAKDTVDIKGSQIISGIVNLEKPVIC--SLAAIIKYLKEFNLEKMLSKPENFKQ-LSSK
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pF1KB8 EQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETVN
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pF1KB8 MRLDCVQELLQDEELFFG-LQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIYLK
        ::: :.:.:..:   :: ... . .. : :. :  . .  :. ...     . .: .::
NP_002 ARLDAVSEVLHSESSVFGQIENHLRKLPDIERGLCSIYH--KKCSTQEFFLIVKTLYHLK
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NP_002 SEFQAIIP--AVNSHIQSDLLRT-----------VILE-IPELLSPVEHYLK-ILNEQAA
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NP_002 KVGDKTELFKDLSDFPLIKKRKDEIQGVIDEIRMHLQEIRKILKNP-SAQYVTVSGQEFM
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pF1KB8 IQMTTDCIALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCK
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NP_002 IEIKNSAVSC----IPTDWVKVGSTKAVSRFHSPFIVE-NYRHLNQLRE----QLVLDCS
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            .: .. :: : : :    .. .: ..:.:..   .:: ::   .   ..::.: :
NP_002 AEWLDFLEKFSEHYHSLCKAVHHLATVDCIFSLAKVAKQGDYCRPTVQEERKIVIKNGRH
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pF1KB8 PILEKISAEKP--IANNTYVTEGSN-FLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPA
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NP_002 PVIDVLLGEQDQYVPNNTDLSEDSERVMIITGPNMGGKSSYIKQVALITIMAQIGSYVPA
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pF1KB8 EYSSFRIAKQIFTRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTE
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NP_002 EEATIGIVDGIFTRMGAADNIYKGQSTFMEELTDTAEIIRKATSQSLVILDELGRGTSTH
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pF1KB8 EGIGICYAVCEYLL-SLKAFTLFATHFLELCHIDALYPN-VENMHFEVQHVKNTSR----
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NP_002 DGIAIAYATLEYFIRDVKSLTLFVTHYPPVCELEKNYSHQVGNYHMGFLVSEDESKLDPG
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pF1KB8 ----NKEAILYTYKLSKGLTEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRS
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NP_002 AAEQVPDFVTFLYQITRGIAA-RSYGLNVAKLADVPGEILKKAAHKSKELEGLINTKRKR
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NP_002 LKYFAKLWTMHNAQDLQKWTEEFNMEETQTSLLH                        
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>>NP_002432 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 isofor  (834 aa)
 initn: 528 init1: 315 opt: 501  Z-score: 401.8  bits: 85.5 E(85289): 1.2e-15
Smith-Waterman score: 520; 24.3% identity (57.3% similar) in 602 aa overlap (334-914:253-823)

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NP_002 DQDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLG
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pF1KB8 TVNMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY
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NP_002 ELSSRLDVIQFFLLPQNL--DMAQMLHRLLGHIKNVPLILK-----RMKLSHTKVSDWQV
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pF1KB8 LKHTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMR
       : .:.  .  :. : ..   :     . ..  ..:.  :..: ..:.  . . .: :   
NP_002 LYKTVYSALGLRDACRS--LPQSIQLFRDIA-QEFSDDLHHIASLIGKVVDF-EGSL---
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pF1KB8 TQKCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQMTT
       ... ..:  ::.  .:  .:        . ........:    : . . :   ..: .  
NP_002 AENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLM----GLPSFLTEVARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIG
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pF1KB8 DCIALPSDQLPSEFIKISKVK-NSYSFTSADLIKMNERCQESLR----------EIYHMT
         ...:  .::: ... :  . :. .:   .  :.. :  .. .          ::  . 
NP_002 FLLSIP--RLPS-MVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRSARTKELDALLGDLHCEIRDQE
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        ... .:  ..  .   : .. : .: ::.::..: :     : ::...  .    :..:
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        ::..: . :.  . :.:    . .   .::::: :::: ::::..:  .:: .::.:::
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       : . .  .  ::::: . ..:  . :::: .....:  ..::. .::.::::.:.:::: 
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       .:...  :: .. :.        . ::.:: : ... :   : :. . .:      : ..
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 initn: 528 init1: 315 opt: 501  Z-score: 401.8  bits: 85.5 E(85289): 1.2e-15
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         ...:  .::: ... :  . :. .:   .  :.. :  .. .          ::  . 
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       .:...  :: .. :.        . ::.:: : ... :   : :. . .:      : ..
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pF1KB8 KEAILYTYKLSKGLTEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEME
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NP_751 KKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL           
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>>NP_751897 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 isofor  (835 aa)
 initn: 506 init1: 199 opt: 491  Z-score: 394.0  bits: 84.1 E(85289): 3.3e-15
Smith-Waterman score: 510; 24.2% identity (57.2% similar) in 603 aa overlap (334-914:253-824)

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NP_751 DQDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLG
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pF1KB8 TVNMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY
        .. ::: .: .:  ..:   . ... :.:   . . ....      .. ...:...   
NP_751 ELSSRLDVIQFFLLPQNL--DMAQMLHRLLGHIKNVPLILK-----RMKLSHTKVSDWQV
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pF1KB8 LKHTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMR
       : .:.  .  :. : ..   :     . ..  ..:.  :..: ..:.  . . .: :   
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pF1KB8 TQKCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQMTT
       ... ..:  ::.  .:  .:        . ........:    : . . :   ..: .  
NP_751 AENRFTVLPNIDPEIDEKKRRLM----GLPSFLTEVARKELENLDSRIPSCSVIYIPLIG
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pF1KB8 DCIALPSDQLPSEFIKISKVK-NSYSFTSADLIKMNERCQESLR----------EIYHMT
         ...:  .::: ... :  . :. .:   .  :.. :  .. .          ::  . 
NP_751 FLLSIP--RLPS-MVEASDFEINGLDFMFLSEEKLHYRSARTKELDALLGDLHCEIRDQE
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pF1KB8 YMIVCKLLSEIYEHIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSDYVRPEFTDTLA---IKQG
        ... .:  ..  .   : .. : .: ::.::..: :     : ::...  .    :..:
NP_751 TLLMYQLQCQVLARAAVLTRVLDLASRLDVLLALASAARDYGYSRPRYSPQVLGVRIQNG
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pF1KB8 WHPILEKISAEKPIANNTYVT-EGSNFLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPA
        ::..: . :.  . :.:    . .   .::::: :::: ::::..:  .:: .::.:::
NP_751 RHPLME-LCARTFVPNSTECGGDKGRVKVITGPNSSGKSIYLKQVGLITFMALVGSFVPA
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pF1KB8 EYSSFRIAKQIFTRISTDDDIETNSSTFMKEM-KEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNT
       : . .  .  ::::: . ..:  . :::: .. ...:  ..::. .::.::::.:.::::
NP_751 EEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQQVAKAVNNATAQSLVLIDEFGKGTNT
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pF1KB8 EEGIGICYAVCEYLLS---LKAFTLFATHFLELCHIDALY--PNVENMHFEVQHVKNTSR
        .:...  :: .. :.        . ::.:: : ... :   : :. . .:      : .
NP_751 VDGLALLAAVLRHWLARGPTCPHIFVATNFLSLVQLQLLPQGPLVQYLTME------TCE
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pF1KB8 NKEAILYTYKLSKGLTEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEM
       . . ... :.. .:... .. .  ::. ..:: ..:  .::..  :     .  . . ..
NP_751 DGNDLVFFYQVCEGVAKASHASHTAAQ-AGLPDKLVARGKEVSDLIRSG--KPIKPVKDL
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pF1KB8 ERQRAVYHLATRLVQTARNSQLDPD-SLRIYLSNLKKKYKEDFPRTEQVPEKTEE
        ..  . .  : . .  . .  ::. .: ...:                      
NP_751 LKKNQMENCQTLVDKFMKLDLEDPNLDLNVFMSQEVLPAATSIL           
             800       810       820       830                

>>NP_079535 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 isofor  (822 aa)
 initn: 506 init1: 199 opt: 452  Z-score: 363.7  bits: 78.4 E(85289): 1.6e-13
Smith-Waterman score: 471; 25.5% identity (57.3% similar) in 522 aa overlap (334-834:270-763)

           310       320       330       340       350       360   
pF1KB8 QGSEQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIE
                                     .:::.::  .   : . ::  . .:  :. 
NP_079 DQDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLG
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pF1KB8 TVNMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY
        .. ::: .: .:  ..:   . ... :.:   . . ....      .. ...:...   
NP_079 ELSSRLDVIQFFLLPQNL--DMAQMLHRLLGHIKNVPLILK-----RMKLSHTKVSDWQV
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