Result of FASTA (ccds) for pF1KB8501
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8501, 936 aa
  1>>>pF1KB8501 936 - 936 aa - 936 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9071+/-0.00125; mu= 9.7553+/- 0.075
 mean_var=145.8917+/-29.679, 0's: 0 Z-trim(105.4): 34  B-trim: 125 in 1/51
 Lambda= 0.106184
 statistics sampled from 8374 (8395) to 8374 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.595), E-opt: 0.2 (0.258), width:  16
 Scan time:  4.430

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS670.1 MSH4 gene_id:4438|Hs108|chr1             ( 936) 6010 933.4       0
CCDS58709.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2           ( 868)  751 127.8 9.1e-29
CCDS1834.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2            ( 934)  751 127.8 9.7e-29
CCDS34195.1 MSH3 gene_id:4437|Hs108|chr5           (1137)  613 106.7 2.6e-22
CCDS4720.1 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6            ( 834)  501 89.5   3e-17
CCDS34410.1 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6           ( 835)  491 87.9 8.6e-17
CCDS34409.2 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6           ( 822)  452 82.0 5.3e-15
CCDS62907.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2           (1058)  408 75.3   7e-13
CCDS62906.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2           (1230)  408 75.3   8e-13
CCDS1836.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2            (1360)  408 75.3 8.7e-13


>>CCDS670.1 MSH4 gene_id:4438|Hs108|chr1                  (936 aa)
 initn: 6010 init1: 6010 opt: 6010  Z-score: 4983.5  bits: 933.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6010; 99.9% identity (100.0% similar) in 936 aa overlap (1-936:1-936)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MLRPEISSTSPSAPAVSPSSGETRSPQGPRYNFGLQETPQSRPSVQVVSASTCPGTSGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 MLRPEISSTSPSAPAVSPSSGETRSPQGPRYNFGLQETPQSRPSVQVVSASTCPGTSGAA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 GDRSSSSSSLPCPAPNSRPAQGSYFGNKRAYAENTVASNFTFGASSSSARDTNYPQTLKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 GDRSSSSSSLPCPAPNSRPAQGSYFGNKRAYAENTVASNFTFGASSSSARDTNYPQTLKT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 PLSTGNPQRSGYKSWTPQVGYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 PLSTGNPQRSGYKSWTPQVGYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 PQIILSQFADNTTYAKVITKLKILSPLEIIMSNTACAVGNSTKLFTLITENFKNVNFTTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 PQIILSQFADNTTYAKVITKLKILSPLEIIMSNTACAVGNSTKLFTLITENFKNVNFTTI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 QRKYFNETKGLEYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 QRKYFNETKGLEYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 ICFQGSEQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 ICFQGSEQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 DIETVNMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITN
       ::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 DIETINMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 LIYLKHTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 LIYLKHTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 NMRTQKCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 NMRTQKCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 MTTDCIALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 MTTDCIALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 SEIYEHIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSDYVRPEFTDTLAIKQGWHPILEKISAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 SEIYEHIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSDYVRPEFTDTLAIKQGWHPILEKISAE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 KPIANNTYVTEGSNFLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 KPIANNTYVTEGSNFLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQIF
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB8 TRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVCEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 TRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVCEY
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB8 LLSLKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGLTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 LLSLKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGLTEE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB8 KNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQTAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 KNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQTAR
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930      
pF1KB8 NSQLDPDSLRIYLSNLKKKYKEDFPRTEQVPEKTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS67 NSQLDPDSLRIYLSNLKKKYKEDFPRTEQVPEKTEE
              910       920       930      

>>CCDS58709.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2                (868 aa)
 initn: 563 init1: 329 opt: 751  Z-score: 630.0  bits: 127.8 E(32554): 9.1e-29
Smith-Waterman score: 751; 27.0% identity (60.2% similar) in 716 aa overlap (170-863:94-780)

     140       150       160       170       180       190         
pF1KB8 GYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKNPQIILSQFADNTTYAKVIT
                                     ..:.. .:  . .. : .: ::  .... .
CCDS58 QFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEA
            70        80        90       100       110       120   

     200       210         220           230         240       250 
pF1KB8 KLKILSPLEIIM--SNTACAVGNSTKLFT----LITENFKNVNFTT--IQRKYFNETKGL
        :  ..: : ..  ..::  .:.  ...     ::::  :...:.:  : .      :: 
CCDS58 LLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITER-KKADFSTKDIYQDLNRLLKG-
           130       140       150       160        170       180  

             260       270       280       290       300       310 
pF1KB8 EYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLKICFQGSEQTAM
       .  ::.     :.:: :....   .....:..:..:.....    .     :. : :   
CCDS58 KKGEQMN----SAVLPEMENQV-AVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFS-QYMK
                 190        200       210       220       230      

             320        330       340       350       360       370
pF1KB8 IDSSSAQNLELLINN-QDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETVNMRLD
       .: .... :.:. .. .:  ....: ..::  ::: :.: . . : .::.: . .. ::.
CCDS58 LDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLN
         240       250       260       270       280       290     

              380        390       400       410       420         
pF1KB8 CVQELLQDEELFFGLQ-SVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY--LKHT
        :. ...: ::   :: ... :: : ..: .   .. .:    ::. .    .:  ... 
CCDS58 LVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAK---KFQRQ----AANLQDCYRLYQGINQL
         300       310       320          330           340        

       430       440       450         460       470       480     
pF1KB8 LELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKR--FGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMRTQ
        .... :.    . .  :: ..   : : :  :. . : :.:...     :    : .  
CCDS58 PNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLD-----MDQVENHEFL
      350       360       370       380       390            400   

         490       500       510       520       530       540     
pF1KB8 KCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQMTTDC
          .   :..:. .:      .. . . .   .::   .  .. . :.  :.....:  :
CCDS58 VKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVT--C
           410       420       430       440       450       460   

         550       560       570       580       590       600     
pF1KB8 IALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLLSEIYE
             .  ..:  ..  ::. .::.. : ..::.  ..  :  .    :: ....    
CCDS58 KEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSG
             470       480       490       500       510       520 

         610       620       630         640           650         
pF1KB8 HIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSD--YVRPEFTDT----LAIKQGWHPILEKISA
       ... .  :.:....:: ..::::. . .   :::: . .     . .: . :  .:  . 
CCDS58 YVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDE
             530       540       550       560       570       580 

     660       670        680       690       700       710        
pF1KB8 EKPIANNTYVTEGSN-FLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQ
          : :..:  . .. : :::::::.:::::..: ..  .::::: .:: : .   :.  
CCDS58 IAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDC
             590       600       610       620       630       640 

      720       730       740       750       760       770        
pF1KB8 IFTRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVC
       :..:... :.   . :::: :: : : ::..:.  :::.::::::::.: .:.:. .:. 
CCDS58 ILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAIS
             650       660       670       680       690       700 

      780        790       800       810       820       830       
pF1KB8 EYLLS-LKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGL
       ::. . . :: .::::: ::  .    :.:.:.:       ..  ..:.. . :...::.
CCDS58 EYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHV------TALTTEETLTMLYQVKKGV
             710       720       730             740       750     

       840       850       860       870       880       890       
pF1KB8 TEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQ
        .. ..:...::....:  ..  ::.                                  
CCDS58 CDQ-SFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQG
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>>CCDS1834.1 MSH2 gene_id:4436|Hs108|chr2                 (934 aa)
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pF1KB8 GYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKNPQIILSQFADNTTYAKVIT
                                     ..:.. .:  . .. : .: ::  .... .
CCDS18 QFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEA
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pF1KB8 KLKILSPLEIIM--SNTACAVGNSTKLFT----LITENFKNVNFTT--IQRKYFNETKGL
        :  ..: : ..  ..::  .:.  ...     ::::  :...:.:  : .      :: 
CCDS18 LLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITER-KKADFSTKDIYQDLNRLLKG-
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pF1KB8 EYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLKICFQGSEQTAM
       .  ::.     :.:: :....   .....:..:..:.....    .     :. : :   
CCDS18 KKGEQMN----SAVLPEMENQV-AVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFS-QYMK
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pF1KB8 IDSSSAQNLELLINN-QDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETVNMRLD
       .: .... :.:. .. .:  ....: ..::  ::: :.: . . : .::.: . .. ::.
CCDS18 LDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLN
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pF1KB8 CVQELLQDEELFFGLQ-SVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY--LKHT
        :. ...: ::   :: ... :: : ..: .   .. .:    ::. .    .:  ... 
CCDS18 LVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAK---KFQRQ----AANLQDCYRLYQGINQL
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pF1KB8 LELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKR--FGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMRTQ
        .... :.    . .  :: ..   : : :  :. . : :.:...     :    : .  
CCDS18 PNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLD-----MDQVENHEFL
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pF1KB8 KCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQMTTDC
          .   :..:. .:      .. . . .   .::   .  .. . :.  :.....:  :
CCDS18 VKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVT--C
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pF1KB8 IALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLLSEIYE
             .  ..:  ..  ::. .::.. : ..::.  ..  :  .    :: ....    
CCDS18 KEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSG
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pF1KB8 HIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSD--YVRPEFTDT----LAIKQGWHPILEKISA
       ... .  :.:....:: ..::::. . .   :::: . .     . .: . :  .:  . 
CCDS18 YVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDE
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pF1KB8 EKPIANNTYVTEGSN-FLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQ
          : :..:  . .. : :::::::.:::::..: ..  .::::: .:: : .   :.  
CCDS18 IAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDC
       650       660       670       680       690       700       

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pF1KB8 IFTRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVC
       :..:... :.   . :::: :: : : ::..:.  :::.::::::::.: .:.:. .:. 
CCDS18 ILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAIS
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pF1KB8 EYLLS-LKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGL
       ::. . . :: .::::: ::  .    :.:.:.:       ..  ..:.. . :...::.
CCDS18 EYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHV------TALTTEETLTMLYQVKKGV
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pF1KB8 TEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQ
        .. ..:...::....:  ..  ::.                                  
CCDS18 CDQ-SFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQG
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>>CCDS34195.1 MSH3 gene_id:4437|Hs108|chr5                (1137 aa)
 initn: 619 init1: 385 opt: 613  Z-score: 513.9  bits: 106.7 E(32554): 2.6e-22
Smith-Waterman score: 869; 26.2% identity (63.8% similar) in 740 aa overlap (171-868:388-1093)

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                                     ::.....  . ......: :... ... :.
CCDS34 EIMTDTSTSYLLCISENKENVRDKKKGNIFIGIVGVQPATGEVVFDSFQDSASRSELETR
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pF1KB8 LKILSPLEIIMSNTACAVGNSTKLF----TLITENFKNVNFTTIQRKYFNETKGLEYIEQ
       .. :.:.:... .   :....:. .    : .. .   .    ..  ::. ..... . .
CCDS34 MSSLQPVELLLPS---ALSEQTEALIHRATSVSVQDDRIRVERMDNIYFEYSHAFQAVTE
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pF1KB8 LCIAEFSTV--------LMEVQSKYYCLAAVAALLKYV-EF-IQNSVYAPKSLKICFQGS
       .   .   .        ......   :  ..::..::. :: ... .  :...:  ....
CCDS34 FYAKDTVDIKGSQIISGIVNLEKPVIC--SLAAIIKYLKEFNLEKMLSKPENFKQ-LSSK
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pF1KB8 EQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETVN
        .   :.... .:::.: :. :.... .:. ::..:::  : :.:.. . .::. .. .:
CCDS34 MEFMTINGTTLRNLEILQNQTDMKTKGSLLWVLDHTKTSFGRRKLKKWVTQPLLKLREIN
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pF1KB8 MRLDCVQELLQDEELFFG-LQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIYLK
        ::: :.:.:..:   :: ... . .. : :. :  . .  :. ...     . .: .::
CCDS34 ARLDAVSEVLHSESSVFGQIENHLRKLPDIERGLCSIYH--KKCSTQEFFLIVKTLYHLK
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pF1KB8 HTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMRTQ
         .. . :   . .. .. :::.           .::: :  ...   .:.:  :: .. 
CCDS34 SEFQAIIP--AVNSHIQSDLLRT-----------VILE-IPELLSPVEHYLK-ILNEQAA
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pF1KB8 KC---YAVRSNINEFLDIARRT--YTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARG--FF
       :      . .....:  : .:      ..:.:   .... .  . :  ... .. :  :.
CCDS34 KVGDKTELFKDLSDFPLIKKRKDEIQGVIDEIRMHLQEIRKILKNP-SAQYVTVSGQEFM
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pF1KB8 IQMTTDCIALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCK
       :.. .. ..     .:....:....:    : :  ... : :  ..:::      .. :.
CCDS34 IEIKNSAVSC----IPTDWVKVGSTKAVSRFHSPFIVE-NYRHLNQLRE----QLVLDCS
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pF1KB8 -----LLSEIYEHIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSDYVRPEFTDT--LAIKQGWH
            .: .. :: : : :    .. .: ..:.:..   .:: ::   .   ..::.: :
CCDS34 AEWLDFLEKFSEHYHSLCKAVHHLATVDCIFSLAKVAKQGDYCRPTVQEERKIVIKNGRH
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pF1KB8 PILEKISAEKP--IANNTYVTEGSN-FLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPA
       :... . .:.   . ::: ..: :.  .:::::::.:::.:.::.::  :::::::::::
CCDS34 PVIDVLLGEQDQYVPNNTDLSEDSERVMIITGPNMGGKSSYIKQVALITIMAQIGSYVPA
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pF1KB8 EYSSFRIAKQIFTRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTE
       : ... :.  ::::... :.:  ..::::.:. . : :...:...::...:::::::.:.
CCDS34 EEATIGIVDGIFTRMGAADNIYKGQSTFMEELTDTAEIIRKATSQSLVILDELGRGTSTH
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pF1KB8 EGIGICYAVCEYLL-SLKAFTLFATHFLELCHIDALYPN-VENMHFEVQHVKNTSR----
       .::.: ::. ::.. ..:..:::.::.  .:...  : . : :.:.     .. :.    
CCDS34 DGIAIAYATLEYFIRDVKSLTLFVTHYPPVCELEKNYSHQVGNYHMGFLVSEDESKLDPG
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pF1KB8 ----NKEAILYTYKLSKGLTEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRS
             . . . :....:..  ..:::..:.....:  :.  : . . ..          
CCDS34 AAEQVPDFVTFLYQITRGIAA-RSYGLNVAKLADVPGEILKKAAHKSKELEGLINTKRKR
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pF1KB8 TPEMERQRAVYHLATRLVQTARNSQLDPDSLRIYLSNLKKKYKEDFPRTEQVPEKTEE
                                                                 
CCDS34 LKYFAKLWTMHNAQDLQKWTEEFNMEETQTSLLH                        
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>>CCDS4720.1 MSH5 gene_id:4439|Hs108|chr6                 (834 aa)
 initn: 528 init1: 315 opt: 501  Z-score: 423.2  bits: 89.5 E(32554): 3e-17
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pF1KB8 QGSEQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIE
                                     .:::.::  .   : . ::  . .:  :. 
CCDS47 DQDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLG
            230       240       250       260       270       280  

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pF1KB8 TVNMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY
        .. ::: .: .:  ..:   . ... :.:   . . ....      .. ...:...   
CCDS47 ELSSRLDVIQFFLLPQNL--DMAQMLHRLLGHIKNVPLILK-----RMKLSHTKVSDWQV
            290       300         310       320            330     

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pF1KB8 LKHTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMR
       : .:.  .  :. : ..   :     . ..  ..:.  :..: ..:.  . . .: :   
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pF1KB8 EEGIGICYAVCEYLLS---LKAFTLFATHFLELCHIDALY--PNVENMHFEVQHVKNTSR
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>>CCDS62907.1 MSH6 gene_id:2956|Hs108|chr2                (1058 aa)
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