seq1 = pF1KE0499.tfa, 2037 bp
seq2 = pF1KE0499/gi568815593f_62247147.tfa (gi568815593f:62247147_62485566), 238420 bp

>pF1KE0499 2037
>gi568815593f:62247147_62485566 (Chr5)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-198  (100902-101021)   100% ->
199-253  (102920-102974)   100% ->
254-376  (105442-105564)   100% ->
377-477  (106129-106229)   100% ->
478-573  (108013-108108)   100% ->
574-628  (110545-110599)   100% ->
629-791  (110991-111153)   100% ->
792-882  (114096-114186)   100% ->
883-946  (114320-114383)   100% ->
947-1038  (115304-115395)   100% ->
1039-1181  (116032-116174)   100% ->
1182-1386  (116549-116753)   100% ->
1387-1497  (118097-118207)   100% ->
1498-1565  (119268-119335)   100% ->
1566-1716  (126541-126691)   100% ->
1717-1818  (130515-130616)   100% ->
1819-1954  (133972-134107)   100% ->
1955-2037  (138338-138420)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAACATCTTTAAATGAAGATAATGAAAGTGTAACTGTTGAATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAACATCTTTAAATGAAGATAATGAAAGTGTAACTGTTGAATGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAAATGGAGATACAAAAGGCAAAGAG         ATTGACCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 AGAAAATGGAGATACAAAAGGCAAAGAGGTA...CAGATTGACCTGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATCTTTTCACTTAACCCTGACCTTGTTCCTGATGAAGAAATTGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100915 GCATCTTTTCACTTAACCCTGACCTTGTTCCTGATGAAGAAATTGAACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTCCAGAAACACCTCCACCTCCAGCATCCTCAGCCAAAGTAAACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100965 AGTCCAGAAACACCTCCACCTCCAGCATCCTCAGCCAAAGTAAACAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTAAAG         AATCGACGGACTGTAGCTTCTATTAAGAATGACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101015 TGTAAAGGTT...TAGAATCGACGGACTGTAGCTTCTATTAAGAATGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCCTTCAAGAGATAATAGAG         TGGTTGGTTCAGCACGTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102954 CTCCTTCAAGAGATAATAGAGGTA...CAGTGGTTGGTTCAGCACGTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGGCCCAGTCAATTTCCTGAACAGTCTTCCTCTGCACAACAGAATGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105462 CGGCCCAGTCAATTTCCTGAACAGTCTTCCTCTGCACAACAGAATGGTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTTTCAGATATATCTCCAGTTCAAGCTGCAAAAAAGGAATTTGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105512 TGTTTCAGATATATCTCCAGTTCAAGCTGCAAAAAAGGAATTTGGACCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTT         CACGTAGAAAATCTAATTGTGTGAAAGAAGTAGAAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105562 CTTGTA...CAGCACGTAGAAAATCTAATTGTGTGAAAGAAGTAGAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCAAGAAAAACGAGAGAAAAGGAGATTGCAACAGCAAGAACTTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106167 CTGCAAGAAAAACGAGAGAAAAGGAGATTGCAACAGCAAGAACTTAGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAAAGAGCCCAG         GACGTTGATGCTACAAACCCAAATTATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106217 AAAAAGAGCCCAGGTT...TAGGACGTTGATGCTACAAACCCAAATTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAATTATGTGTATGATCAGAGACTTTAGAGGAAGTTTGGATTATAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108041 AAATTATGTGTATGATCAGAGACTTTAGAGGAAGTTTGGATTATAGACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTAACAACAGCAGATCCT         ATTGATGAACATAGGATATGTGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108091 TTAACAACAGCAGATCCTGTA...TAGATTGATGAACATAGGATATGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTGTGTAAGAAAACGACCACTCAATAAAAAAG         AAACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110568 GTGTGTAAGAAAACGACCACTCAATAAAAAAGGTA...TAGAAACTCAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGAAAGATCTTGATGTAATCACAATTCCTAGTAAAGATGTTGTGATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111000 TGAAAGATCTTGATGTAATCACAATTCCTAGTAAAGATGTTGTGATGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CATGAACCAAAACAAAAAGTAGATTTAACAAGGTACCTAGAAAACCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111050 CATGAACCAAAACAAAAAGTAGATTTAACAAGGTACCTAGAAAACCAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATTTCGTTTTGATTATGCCTTTGATGACTCAGCTCCTAATGAAATGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111100 ATTTCGTTTTGATTATGCCTTTGATGACTCAGCTCCTAATGAAATGGTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACAG         GTTTACTGCTAGACCACTAGTGGAAACTATATTTGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111150 ACAGGTA...AAGGTTTACTGCTAGACCACTAGTGGAAACTATATTTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGGGGAATGGCTACATGCTTTGCTTATGGGCAGACTGGAAGTGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114133 AGGGGAATGGCTACATGCTTTGCTTATGGGCAGACTGGAAGTGGAAAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCAT         ACTATGGGTGGTGACTTTTCAGGAAAGAACCAAGATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114183 TCATGTA...TAGACTATGGGTGGTGACTTTTCAGGAAAGAACCAAGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GTTCTAAAGGAATTTATGCATTAGCAG         CTCGAGATGTCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 114357 GTTCTAAAGGAATTTATGCATTAGCAGGTA...CAGCTCGAGATGTCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TTAATGCTAAAGAAGCCAAACTATAAGAAGCTAGAACTTCAAGTATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115318 TTAATGCTAAAGAAGCCAAACTATAAGAAGCTAGAACTTCAAGTATATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AACCTTCTTTGAAATTTATAGTGGAAAG         GTGTTTGACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115368 AACCTTCTTTGAAATTTATAGTGGAAAGGTA...TAGGTGTTTGACTTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TAAACAGGAAAACAAAATTAAGAGTTCTAGAAGATGGAAAACAGCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116045 TAAACAGGAAAACAAAATTAAGAGTTCTAGAAGATGGAAAACAGCAGGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CAAGTGGTGGGATTACAGGAACGGGAGGTCAAATGTGTTGAAGATGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116095 CAAGTGGTGGGATTACAGGAACGGGAGGTCAAATGTGTTGAAGATGTACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GAAACTCATTGACATAGGCAACAGTTGCAG         AACATCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116145 GAAACTCATTGACATAGGCAACAGTTGCAGGTA...TAGAACATCCGGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AAACATCTGCAAATGCACATTCATCTCGGAGCCATGCAGTGTTTCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116560 AAACATCTGCAAATGCACATTCATCTCGGAGCCATGCAGTGTTTCAGATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ATTCTTAGAAGGAAAGGAAAACTACATGGCAAATTTTCTCTCATTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116610 ATTCTTAGAAGGAAAGGAAAACTACATGGCAAATTTTCTCTCATTGATTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGCTGGAAATGAAAGAGGAGCTGATACTTCCAGTGCGGACAGGCAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116660 GGCTGGAAATGAAAGAGGAGCTGATACTTCCAGTGCGGACAGGCAAACTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGCTTGAAGGTGCTGAAATTAATAAAAGCCTTTTAGCACTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116710 GGCTTGAAGGTGCTGAAATTAATAAAAGCCTTTTAGCACTCAAGGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1387    GAGTGCATCAGAGCCTTAGGTAGAAATAAACCTCATACTCCTTTCCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118094 CAGGAGTGCATCAGAGCCTTAGGTAGAAATAAACCTCATACTCCTTTCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGCAAGTAAACTCACTCAGGTGTTAAGAGATTCTTTCATAGGTGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118144 TGCAAGTAAACTCACTCAGGTGTTAAGAGATTCTTTCATAGGTGAAAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CTCGTACCTGCATG         ATTGCCACAATCTCTCCAGGAATGGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 118194 CTCGTACCTGCATGGTA...TAGATTGCCACAATCTCTCCAGGAATGGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TCCTGTGAAAATACTCTTAATACATTAAGATATGCAAATAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119295 TCCTGTGAAAATACTCTTAATACATTAAGATATGCAAATAGGTA...TAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 GGTCAAAGAATTGACTGTAGATCCAACTGCTGCTGGTGATGTTCGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126541 GGTCAAAGAATTGACTGTAGATCCAACTGCTGCTGGTGATGTTCGTCCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TAATGCACCATCCACCAAACCAGATTGATGACTTAGAGACACAGTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126591 TAATGCACCATCCACCAAACCAGATTGATGACTTAGAGACACAGTGGGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GTGGGGAGTTCCCCTCAGAGAGATGATCTAAAACTTCTTTGTGAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126641 GTGGGGAGTTCCCCTCAGAGAGATGATCTAAAACTTCTTTGTGAACAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 T         GAAGAAGAAGTCTCTCCACAGTTGTTTACTTTCCACGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126691 TGTG...AAGGAAGAAGAAGTCTCTCCACAGTTGTTTACTTTCCACGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CTGTTTCACAAATGGTAGAAATGGAAGAACAAGTTGTAGAAGATCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130555 CTGTTTCACAAATGGTAGAAATGGAAGAACAAGTTGTAGAAGATCACAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GCAGTGTTCCAG         GAATCTATTCGGTGGTTAGAAGATGAAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 130605 GCAGTGTTCCAGGTA...TAGGAATCTATTCGGTGGTTAGAAGATGAAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 GGCCCTCTTAGAGATGACTGAAGAAGTAGATTATGATGTCGATTCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134001 GGCCCTCTTAGAGATGACTGAAGAAGTAGATTATGATGTCGATTCATATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CTACACAACTTGAAGCTATTCTTGAGCAAAAAATAGACATTTTAACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134051 CTACACAACTTGAAGCTATTCTTGAGCAAAAAATAGACATTTTAACTGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 CTGCGGG         ATAAAGTGAAATCTTTCCGTGCAGCTCTACAAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134101 CTGCGGGGTA...AAGATAAAGTGAAATCTTTCCGTGCAGCTCTACAAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1989 GGAGGAACAAGCCAGCAAGCAAATCAACCCGAAGAGACCCCGTGCCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138372 GGAGGAACAAGCCAGCAAGCAAATCAACCCGAAGAGACCCCGTGCCCTT