seq1 = pF1KE9661.tfa, 765 bp
seq2 = pF1KE9661/gi568815595r_15311346.tfa (gi568815595r:15311346_15526511), 215166 bp

>pF1KE9661 765
>gi568815595r:15311346_15526511 (Chr3)

(complement)

1-225  (100001-100225)   100% ->
226-360  (101423-101557)   100% ->
361-531  (110570-110740)   100% ->
532-673  (112350-112491)   100% ->
674-765  (115075-115166)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTTTGCAAAGGAAAGGGCTGCAGGCAAGGATTCTCACCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCTTTGCAAAGGAAAGGGCTGCAGGCAAGGATTCTCACCTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGAGGAGAAACTGAAAAGAGACCAAACTTTGGTGTCTGATTTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGAGGAGAAACTGAAAAGAGACCAAACTTTGGTGTCTGATTTTAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGAAATTGGAACAAGAGGCTCAGAAAAATTGGGATCTTTTTTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGAAATTGGAACAAGAGGCTCAGAAAAATTGGGATCTTTTTTACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAAATAGCACTAATTTCTTCAAAGACAGACACTGGACCACCAGAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAAATAGCACTAATTTCTTCAAAGACAGACACTGGACCACCAGAGAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAGGAGCTAAGATCATGTAGAGAG         TTTGAAGATCAAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100201 TGAGGAGCTAAGATCATGTAGAGAGGTA...CAGTTTGAAGATCAAAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAACAATGCTTGAAGCTGGCTGTGGGGTTGGAAACTGTTTATTCCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101439 TAACAATGCTTGAAGCTGGCTGTGGGGTTGGAAACTGTTTATTCCCACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTAGAAGAAGATCCGAATATCTTTGCCTATGCCTGTGATTTTTCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101489 TTAGAAGAAGATCCGAATATCTTTGCCTATGCCTGTGATTTTTCTCCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCCATTGAATATGTTAAG         CAAAATCCTTTATATGATACAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101539 AGCCATTGAATATGTTAAGGTT...TAGCAAAATCCTTTATATGATACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAGATGCAAGGTATTCCAGTGTGATCTGACTAAAGATGATCTTCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110592 AAAGATGCAAGGTATTCCAGTGTGATCTGACTAAAGATGATCTTCTGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CATGTACCGCCAGAGTCTGTGGATGTTGTTATGTTGATATTTGTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110642 CATGTACCGCCAGAGTCTGTGGATGTTGTTATGTTGATATTTGTGCTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCTGTTCATCCTGATAAGATGCACCTTGTCTTACAAAACATTTACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110692 AGCTGTTCATCCTGATAAGATGCACCTTGTCTTACAAAACATTTACAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532         GTATTAAAACCAGGCAAAAGTGTCTTGTTTCGTGACTACGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110742 TT...TAGGTATTAAAACCAGGCAAAAGTGTCTTGTTTCGTGACTACGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGTATGATCATGCCATGCTTAGGTTTAAAGCCAGCAGCAAACTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112392 CTGTATGATCATGCCATGCTTAGGTTTAAAGCCAGCAGCAAACTTGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAACTTTTATGTTAGACAAGATGGGACCAGATCATATTTTTTTACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112442 AAACTTTTATGTTAGACAAGATGGGACCAGATCATATTTTTTTACTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674          ACTTCCTGGCTCAGCTCTTTATGGACACAGGTTATGAAGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112492 GTA...CAGACTTCCTGGCTCAGCTCTTTATGGACACAGGTTATGAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGGTAAACGAGTATGTGTTTCGAGAGACGGTGAATAAAAAAGAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115116 GTGGTAAACGAGTATGTGTTTCGAGAGACGGTGAATAAAAAAGAAGGCCT

    800 
    765 G
        |
 115166 G