seq1 = pF1KB8241.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KB8241/gi568815587f_67507005.tfa (gi568815587f:67507005_67712455), 205451 bp

>pF1KB8241 1392
>gi568815587f:67507005_67712455 (Chr11)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-155  (101392-101474)   100% ->
156-326  (101548-101718)   100% ->
327-510  (102448-102631)   100% ->
511-700  (103377-103566)   100% ->
701-913  (103991-104203)   100% ->
914-1080  (104399-104565)   100% ->
1081-1162  (104893-104974)   100% ->
1163-1308  (105116-105261)   100% ->
1309-1392  (105368-105451)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCAACACGGCGGCTGCTCGGCTGGTCGCTTCCCGCGCGGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCAACACGGCGGCTGCTCGGCTGGTCGCTTCCCGCGCGGGTATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGCGTTTCAGCGGCGACACG         ACAGCACCCAAGAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 TGTGCGTTTCAGCGGCGACACGGTG...TAGACAGCACCCAAGAAAACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATTTGGCTCGCTGAAGGATGAAGACCGGATTTTCACCAACCTGTACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101411 CATTTGGCTCGCTGAAGGATGAAGACCGGATTTTCACCAACCTGTACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCCATGACTGGAG         GCTGAAAGGTTCCCTGAGTCGAGGTGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101461 CGCCATGACTGGAGGTG...CAGGCTGAAAGGTTCCCTGAGTCGAGGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTGGTACAAGACAAAGGAGATCCTGCTGAAGGGGCCCGACTGGATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101575 CTGGTACAAGACAAAGGAGATCCTGCTGAAGGGGCCCGACTGGATCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCGAGATCAAGACATCGGGTTTGAGGGGCCGTGGAGGCGCTGGCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101625 GCGAGATCAAGACATCGGGTTTGAGGGGCCGTGGAGGCGCTGGCTTCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTGGCCTCAAGTGGAGCTTCATGAATAAGCCCTCAGATGGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101675 ACTGGCCTCAAGTGGAGCTTCATGAATAAGCCCTCAGATGGCAGGTG...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327    GCCCAAGTATCTGGTGGTGAACGCAGACGAGGGGGAGCCGGGCACCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102445 CAGGCCCAAGTATCTGGTGGTGAACGCAGACGAGGGGGAGCCGGGCACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAAGGACCGGGAGATCTTACGCCATGATCCTCACAAGCTGCTGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102495 GCAAGGACCGGGAGATCTTACGCCATGATCCTCACAAGCTGCTGGAAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCCTGGTGGGGGGCCGGGCCATGGGCGCCCGCGCTGCCTATATCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102545 TGCCTGGTGGGGGGCCGGGCCATGGGCGCCCGCGCTGCCTATATCTACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCGAGGGGAATTCTACAATGAGGCCTCCAATCTGCAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102595 CCGAGGGGAATTCTACAATGAGGCCTCCAATCTGCAGGTG...CAGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATCCGAGAGGCCTATGAGGCAGGTCTGATTGGCAAGAATGCTTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103381 CCATCCGAGAGGCCTATGAGGCAGGTCTGATTGGCAAGAATGCTTGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTGGCTATGATTTTGACGTGTTTGTGGTGCGCGGGGCTGGGGCCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103431 TCTGGCTATGATTTTGACGTGTTTGTGGTGCGCGGGGCTGGGGCCTACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGTGGAGAGGAGACAGCGCTCATCGAGTCCATTGAGGGCAAGCAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103481 CTGTGGAGAGGAGACAGCGCTCATCGAGTCCATTGAGGGCAAGCAGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCCCCGCCTGAAGCCCCCCTTCCCCGCAGACGTGG         GAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103531 AGCCCCGCCTGAAGCCCCCCTTCCCCGCAGACGTGGGTA...AAGGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTGGCTGCCCCACAACTGTGGCCAACGTGGAGACAGTGGCAGTGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103996 TTTGGCTGCCCCACAACTGTGGCCAACGTGGAGACAGTGGCAGTGTCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACAATCTGCCGCCGTGGAGGTACCTGGTTTGCTGGCTTTGGCAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104046 CACAATCTGCCGCCGTGGAGGTACCTGGTTTGCTGGCTTTGGCAGAGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCAACTCAGGCACCAAACTATTCAACATCTCTGGCCATGTCAACCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104096 GCAACTCAGGCACCAAACTATTCAACATCTCTGGCCATGTCAACCACCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGCACTGTGGAGGAGGAGATGTCTGTGCCCTTGAAAGAACTGATTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104146 TGCACTGTGGAGGAGGAGATGTCTGTGCCCTTGAAAGAACTGATTGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCATGCTG         GGGGTGTCACGGGCGGCTGGGACAACCTCCTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104196 GCATGCTGGTA...CAGGGGGTGTCACGGGCGGCTGGGACAACCTCCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGTGATCCCTGGCGGCTCGTCTACCCCACTGATCCCCAAGTCTGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104432 CTGTGATCCCTGGCGGCTCGTCTACCCCACTGATCCCCAAGTCTGTGTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGACGGTGCTGATGGACTTCGATGCGCTGGTGCAGGCACAGACAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104482 GAGACGGTGCTGATGGACTTCGATGCGCTGGTGCAGGCACAGACAGGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGGCACAGCTGCGGTGATCGTCATGGACCGCTCG         ACGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104532 GGGCACAGCTGCGGTGATCGTCATGGACCGCTCGGTA...CAGACGGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCGTGAAAGCCATCGCCCGCCTCATTGAGTTCTATAAGCACGAGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104900 TCGTGAAAGCCATCGCCCGCCTCATTGAGTTCTATAAGCACGAGAGCTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCCAGTGTACCCCATGCCGTGAGG         GTGTGGACTGGATGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104950 GGCCAGTGTACCCCATGCCGTGAGGGTG...CAGGTGTGGACTGGATGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAAGGTGATGGCACGTTTCGTGAGGGGGGATGCCCGGCCGGCCGAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105132 CAAGGTGATGGCACGTTTCGTGAGGGGGGATGCCCGGCCGGCCGAGATCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACTCCCTGTGGGAGATCAGCAAGCAGATAGAAGGCCATACGATTTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105182 ACTCCCTGTGGGAGATCAGCAAGCAGATAGAAGGCCATACGATTTGTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGGGTGACGGGGCCGCCTGGCCTGTGCAG         GGTCTGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105232 CTGGGTGACGGGGCCGCCTGGCCTGTGCAGGTA...CAGGGTCTGATCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCACTTTCGGCCGGAGCTCGAGGAGCGGATGCAGCGGTTTGCCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105379 CCACTTTCGGCCGGAGCTCGAGGAGCGGATGCAGCGGTTTGCCCAGCAGC

   1450     .    :    .    :
   1370 ATCAGGCCCGGCAGGCTGCCTCT
        |||||||||||||||||||||||
 105429 ATCAGGCCCGGCAGGCTGCCTCT