Result of FASTA (ccds) for pF1KB7983
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7983, 422 aa
  1>>>pF1KB7983 422 - 422 aa - 422 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8105+/-0.00092; mu= 2.4064+/- 0.056
 mean_var=219.8653+/-45.453, 0's: 0 Z-trim(113.0): 186  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.086496
 statistics sampled from 13522 (13726) to 13522 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.762), E-opt: 0.2 (0.422), width:  16
 Scan time:  3.410

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS31451.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11          ( 422) 2864 370.0 2.5e-102
CCDS31452.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11          ( 436) 2546 330.3 2.2e-90
CCDS46398.1 PAX8 gene_id:7849|Hs108|chr2           ( 450)  791 111.3 1.9e-24
CCDS41561.1 PAX2 gene_id:5076|Hs108|chr10          ( 394)  786 110.6 2.7e-24
CCDS7499.1 PAX2 gene_id:5076|Hs108|chr10           ( 396)  786 110.6 2.7e-24
CCDS42735.1 PAX8 gene_id:7849|Hs108|chr2           ( 287)  758 107.0 2.4e-23
CCDS65047.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9           ( 357)  759 107.2 2.6e-23
CCDS42736.1 PAX8 gene_id:7849|Hs108|chr2           ( 321)  758 107.1 2.6e-23
CCDS46399.1 PAX8 gene_id:7849|Hs108|chr2           ( 398)  758 107.1 3.1e-23
CCDS65044.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9           ( 295)  755 106.7 3.1e-23
CCDS65045.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9           ( 324)  755 106.7 3.4e-23
CCDS65046.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9           ( 328)  755 106.7 3.4e-23
CCDS65048.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9           ( 362)  755 106.7 3.7e-23
CCDS6607.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9            ( 391)  755 106.8 3.9e-23
CCDS65042.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9           ( 319)  683 97.7 1.7e-20
CCDS65043.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9           ( 348)  683 97.7 1.8e-20
CCDS5797.1 PAX4 gene_id:5078|Hs108|chr7            ( 343)  630 91.1 1.8e-18
CCDS46522.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2           ( 483)  624 90.5 3.8e-18
CCDS44075.1 PAX7 gene_id:5081|Hs108|chr1           ( 518)  619 89.9 6.2e-18
CCDS44074.1 PAX7 gene_id:5081|Hs108|chr1           ( 505)  614 89.3 9.4e-18
CCDS186.1 PAX7 gene_id:5081|Hs108|chr1             ( 520)  614 89.3 9.6e-18
CCDS42826.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2           ( 479)  607 88.4 1.7e-17
CCDS9662.1 PAX9 gene_id:5083|Hs108|chr14           ( 341)  604 87.9 1.7e-17
CCDS42825.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2           ( 484)  607 88.4 1.7e-17
CCDS2448.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2            ( 505)  607 88.4 1.7e-17
CCDS74709.1 PAX1 gene_id:5075|Hs108|chr20          ( 457)  605 88.1 1.9e-17
CCDS13146.2 PAX1 gene_id:5075|Hs108|chr20          ( 534)  605 88.2 2.1e-17
CCDS2451.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2            ( 206)  579 84.6 9.8e-17
CCDS46523.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2           ( 215)  579 84.6   1e-16
CCDS2450.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2            ( 403)  583 85.3 1.2e-16
CCDS2449.1 PAX3 gene_id:5077|Hs108|chr2            ( 407)  583 85.3 1.2e-16


>>CCDS31451.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11               (422 aa)
 initn: 2864 init1: 2864 opt: 2864  Z-score: 1950.7  bits: 370.0 E(32554): 2.5e-102
Smith-Waterman score: 2864; 100.0% identity (100.0% similar) in 422 aa overlap (1-422:1-422)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSKILGRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSKILGRY
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 YETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLSEGVCTNDNIPSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLSEGVCTNDNIPSV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 SSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQTGSWGTRPGWYPGTSVPGQPTQDGCQQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQTGSWGTRPGWYPGTSVPGQPTQDGCQQQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 EGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRNRTSFTQEQIEALEKEFERTHYPDVFAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRNRTSFTQEQIEALEKEFERTHYPDVFAR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 ERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRQASNTPSHIPISSSFSTSVYQPIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRQASNTPSHIPISSSFSTSVYQPIP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 QPTTPVSSFTSGSMLGRTDTALTNTYSALPPMPSFTMANNLPMQPPVPSQTSSYSCMLPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QPTTPVSSFTSGSMLGRTDTALTNTYSALPPMPSFTMANNLPMQPPVPSQTSSYSCMLPT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 SPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQPMGTSGTTSTGLISPGVSVPVQVPGSEPDMSQYWPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQPMGTSGTTSTGLISPGVSVPVQVPGSEPDMSQYWPR
              370       380       390       400       410       420

         
pF1KB7 LQ
       ::
CCDS31 LQ
         

>>CCDS31452.1 PAX6 gene_id:5080|Hs108|chr11               (436 aa)
 initn: 2546 init1: 2546 opt: 2546  Z-score: 1736.0  bits: 330.3 E(32554): 2.2e-90
Smith-Waterman score: 2826; 96.8% identity (96.8% similar) in 436 aa overlap (1-422:1-436)

               10        20        30        40                    
pF1KB7 MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQ-------------
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::             
CCDS31 MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQTHADAKVQVLDNQ
               10        20        30        40        50        60

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB7 -VSNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRL
        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NVSNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRL
               70        80        90       100       110       120

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB7 LSEGVCTNDNIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQTGSWGTRPGWYPGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LSEGVCTNDNIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQTGSWGTRPGWYPGT
              130       140       150       160       170       180

        170       180       190       200       210       220      
pF1KB7 SVPGQPTQDGCQQQEGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRNRTSFTQEQIEALE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SVPGQPTQDGCQQQEGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRNRTSFTQEQIEALE
              190       200       210       220       230       240

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB7 KEFERTHYPDVFARERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRQASNTPSHIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KEFERTHYPDVFARERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRQASNTPSHIP
              250       260       270       280       290       300

        290       300       310       320       330       340      
pF1KB7 ISSSFSTSVYQPIPQPTTPVSSFTSGSMLGRTDTALTNTYSALPPMPSFTMANNLPMQPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ISSSFSTSVYQPIPQPTTPVSSFTSGSMLGRTDTALTNTYSALPPMPSFTMANNLPMQPP
              310       320       330       340       350       360

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB7 VPSQTSSYSCMLPTSPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQPMGTSGTTSTGLISPGVSVPVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VPSQTSSYSCMLPTSPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQPMGTSGTTSTGLISPGVSVPVQ
              370       380       390       400       410       420

        410       420  
pF1KB7 VPGSEPDMSQYWPRLQ
       ::::::::::::::::
CCDS31 VPGSEPDMSQYWPRLQ
              430      

>>CCDS46398.1 PAX8 gene_id:7849|Hs108|chr2                (450 aa)
 initn: 730 init1: 652 opt: 791  Z-score: 552.3  bits: 111.3 E(32554): 1.9e-24
Smith-Waterman score: 791; 36.1% identity (62.3% similar) in 438 aa overlap (1-418:6-417)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB7      MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSK
            ....:.:.:::::.::::::::. .::.::.:::.:.::::::: :.::.:::::
CCDS46 MPHNSIRSGHGGLNQLGGAFVNGRPLPEVVRQRIVDLAHQGVRPCDISRQLRVSHGCVSK
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB7 ILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLSEGVCTND
       ::::::::::::: .::::::.::::.:: ::..:::. :..::::::::::.:::: ::
CCDS46 ILGRYYETGSIRPGVIGGSKPKVATPKVVEKIGDYKRQNPTMFAWEIRDRLLAEGVCDND
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150         160       170   
pF1KB7 NIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQT--GSWGTRPGWYPGTSVPGQP-
       ..::::::::..:. ...  ..  :.      .  :.:   : .. :   : ..  :.  
CCDS46 TVPSVSSINRIIRTKVQQPFNLPMDSCVATKSLSPGHTLIPSSAVTPPESPQSDSLGSTY
              130       140       150       160       170       180

            180       190       200       210          220         
pF1KB7 TQDGCQQQEGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRN--RT-SFTQEQIEALEKEF
       . .:       : .  ..... .:: . ..  : . .  :.  :: .:.:...: ::  :
CCDS46 SINGLLGIAQPGSDKRKMDDSDQDSCRLSIDSQSSSSGPRKHLRTDAFSQHHLEPLECPF
              190       200       210       220       230       240

     230       240       250       260       270       280         
pF1KB7 ERTHYPDVFARERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRQASNTPSHIPISS
       :: :::...:     ..    ..   . . :          : . .  :. :::. :.. 
CCDS46 ERQHYPEAYASP---SHTKGEQGLYPLPLLNST--------LDDGK--ATLTPSNTPLGR
              250          260       270                 280       

     290        300                  310       320       330       
pF1KB7 SFST-SVYQPIPQPTTPV-----------SSFTSGSMLGRTDTALTNTYSALPPMPSFTM
       ..:: ..:  . .: .:            :: : .:. . .   : .. :..::. .:  
CCDS46 NLSTHQTYPVVADPHSPFAIKQETPEVSSSSSTPSSLSSSAFLDLQQVGSGVPPFNAFPH
       290       300       310       320       330       340       

       340       350       360       370       380       390       
pF1KB7 ANNLPMQPPVPSQTSSYSCMLPTSPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQPMGTSGTTSTGLI
       : ..  :    .  :.   . :: :.          :::. :    . .:. .... . .
CCDS46 AASVYGQFTGQALLSGREMVGPTLPGY---------PPHIPT----SGQGSYASSAIAGM
       350       360       370                380           390    

       400       410         420                               
pF1KB7 SPGVSVPVQVPGSEP--DMSQYWPRLQ                             
         :     .. :  :  ..:. :                                 
CCDS46 VAGSEYSGNAYGHTPYSSYSEAWRFPNSSLLSSPYYYSSTSRPSAPPTTATAFDHL
          400       410       420       430       440       450

>>CCDS41561.1 PAX2 gene_id:5076|Hs108|chr10               (394 aa)
 initn: 799 init1: 704 opt: 786  Z-score: 549.7  bits: 110.6 E(32554): 2.7e-24
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pF1KB7             MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQV
                   :. .:.::::::::::::::::: .::.::::::.:.::::::: :.:
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pF1KB7 SNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLS
       :.::::::::::::::::.: .::::::.::::.::.:::.:::. :..::::::::::.
CCDS41 SHGCVSKILGRYYETGSIKPGVIGGSKPKVATPKVVDKIAEYKRQNPTMFAWEIRDRLLA
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pF1KB7 EGVCTNDNIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQT----------GSWGT
       ::.: ::..::::::::..:. ...  .   ::    .    :.:          .: ..
CCDS41 EGICDNDTVPSVSSINRIIRTKVQQPFHPTPDGAGTGVTA-PGHTIVPSTASPPVSSASN
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        : : :  ... : : ..: ....    . .:. ..  .:   ..: .:.        .:
CCDS41 DPVGSYSINGILGIPRSNGEKRKRDEDVSEGSVPNGDSQSGVDSLRKHLRAD------TF
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pF1KB7 TQEQIEALEKEFERTHYPDVF-ARERLAAK----IDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLR
       ::.:.:::.. :::  ::::: : :.. ..     .::     .   .   .   . .: 
CCDS41 TQQQLEALDRVFERPSYPDVFQASEHIKSEQGNEYSLPALTPGLDEVKSSLSASTNPELG
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pF1KB7 NQRRQASNTPSHIPISSSFSTSVYQPIPQPTTPVS---SFTSGSMLGRTDTALTNTYSAL
       .   ..:.: ..  ...   .:.  :   : .: .   :. .... : .     . .:. 
CCDS41 S---NVSGTQTYPVVTGRDMASTTLPGYPPHVPPTGQGSYPTSTLAGMVP---GSEFSGN
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pF1KB7 P-PMPSFTMANNLPMQPPVPSQTSS--YSCMLP--TSPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQ
       :   :..: : :   .   :.  ::  :    :  ..:.. . .:: .            
CCDS41 PYSHPQYT-AYNEAWRFSNPALLSSPYYYSAAPRGSAPAAAAAAYDRH            
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pF1KB7 PMGTSGTTSTGLISPGVSVPVQVPGSEPDMSQYWPRLQ

>>CCDS7499.1 PAX2 gene_id:5076|Hs108|chr10                (396 aa)
 initn: 799 init1: 704 opt: 786  Z-score: 549.7  bits: 110.6 E(32554): 2.7e-24
Smith-Waterman score: 839; 39.9% identity (66.9% similar) in 396 aa overlap (1-376:13-396)

                           10        20        30        40        
pF1KB7             MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQV
                   :. .:.::::::::::::::::: .::.::::::.:.::::::: :.:
CCDS74 MDMHCKADPFSAMHPGHGGVNQLGGVFVNGRPLPDVVRQRIVELAHQGVRPCDISRQLRV
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB7 SNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLS
       :.::::::::::::::::.: .::::::.::::.::.:::.:::. :..::::::::::.
CCDS74 SHGCVSKILGRYYETGSIKPGVIGGSKPKVATPKVVDKIAEYKRQNPTMFAWEIRDRLLA
               70        80        90       100       110       120

      110       120       130       140       150                  
pF1KB7 EGVCTNDNIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQT----------GSWGT
       ::.: ::..::::::::..:. ...  .   ::    .    :.:          .: ..
CCDS74 EGICDNDTVPSVSSINRIIRTKVQQPFHPTPDGAGTGVTA-PGHTIVPSTASPPVSSASN
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pF1KB7 RP-GWYPGTSVPGQPTQDGCQQQEGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRNRTSF
        : : :  ... : : ..: ....    . .:.  ::.... ..   .:...:. .  .:
CCDS74 DPVGSYSINGILGIPRSNGEKRKRDEDVSEGSVP-NGDSQSGVD---SLRKHLRAD--TF
     180       190       200       210        220          230     

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pF1KB7 TQEQIEALEKEFERTHYPDVF-ARERLAAK----IDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLR
       ::.:.:::.. :::  ::::: : :.. ..     .::     .   .   .   . .: 
CCDS74 TQQQLEALDRVFERPSYPDVFQASEHIKSEQGNEYSLPALTPGLDEVKSSLSASTNPELG
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pF1KB7 NQRRQASNTPSHIPISSSFSTSVYQPIPQPTTPVS---SFTSGSMLGRTDTALTNTYSAL
       .   ..:.: ..  ...   .:.  :   : .: .   :. .... : .  : ..  :.:
CCDS74 S---NVSGTQTYPVVTGRDMASTTLPGYPPHVPPTGQGSYPTSTLAGMVPEAAVGPSSSL
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pF1KB7 PPMPSFTMANNLP-MQPPVPSQTSSYSCMLPTSPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQPMGT
          :.  .:.  : .::   :. .. .    : :..  :  :. :::.            
CCDS74 MSKPGRKLAEVPPCVQPTGASSPATRTATPSTRPTT--RLGDSATPPY            
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      390       400       410       420  
pF1KB7 SGTTSTGLISPGVSVPVQVPGSEPDMSQYWPRLQ

>>CCDS42735.1 PAX8 gene_id:7849|Hs108|chr2                (287 aa)
 initn: 737 init1: 652 opt: 758  Z-score: 532.7  bits: 107.0 E(32554): 2.4e-23
Smith-Waterman score: 758; 49.4% identity (75.9% similar) in 245 aa overlap (1-239:6-250)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB7      MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSK
            ....:.:.:::::.::::::::. .::.::.:::.:.::::::: :.::.:::::
CCDS42 MPHNSIRSGHGGLNQLGGAFVNGRPLPEVVRQRIVDLAHQGVRPCDISRQLRVSHGCVSK
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          60        70        80        90       100       110     
pF1KB7 ILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLSEGVCTND
       ::::::::::::: .::::::.::::.:: ::..:::. :..::::::::::.:::: ::
CCDS42 ILGRYYETGSIRPGVIGGSKPKVATPKVVEKIGDYKRQNPTMFAWEIRDRLLAEGVCDND
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pF1KB7 NIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQT--GSWGTRPGWYPGTSVPGQP-
       ..::::::::..:. ...  ..  :.      .  :.:   : .. :   : ..  :.  
CCDS42 TVPSVSSINRIIRTKVQQPFNLPMDSCVATKSLSPGHTLIPSSAVTPPESPQSDSLGSTY
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pF1KB7 TQDGCQQQEGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRN--RT-SFTQEQIEALEKEF
       . .:       : .  ..... .:: . ..  : . .  :.  :: .:.:...: ::  :
CCDS42 SINGLLGIAQPGSDKRKMDDSDQDSCRLSIDSQSSSSGPRKHLRTDAFSQHHLEPLECPF
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB7 ERTHYPDVFARERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRQASNTPSHIPISS
       :: :::...:                                                  
CCDS42 ERQHYPEAYASPSHTKGEQEVNTLAMPMATPPTPPTARPGASPTPAC             
              250       260       270       280                    

>>CCDS65047.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9                (357 aa)
 initn: 695 init1: 695 opt: 759  Z-score: 532.1  bits: 107.2 E(32554): 2.6e-23
Smith-Waterman score: 761; 42.5% identity (66.8% similar) in 346 aa overlap (2-331:14-348)

                           10        20        30        40        
pF1KB7             MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQV
                    ...:.::::::::::::::::: .::.::::::.:.::::::: :.:
CCDS65 MDLEKNYPTPRTSRTGHGGVNQLGGVFVNGRPLPDVVRQRIVELAHQGVRPCDISRQLRV
               10        20        30        40        50        60

       50        60        70        80        90       100        
pF1KB7 SNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLS
       :.::::::::::::::::.: .::::::.::::.:: :::.:::. :..::::::::::.
CCDS65 SHGCVSKILGRYYETGSIKPGVIGGSKPKVATPKVVEKIAEYKRQNPTMFAWEIRDRLLA
               70        80        90       100       110       120

      110       120       130       140       150         160      
pF1KB7 EGVCTNDNIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNG--QTGSWGTRPGW--YP
       : :: ::..::::::::..:. ...  .. . .   ..   ..  :..: .:  .   : 
CCDS65 ERVCDNDTVPSVSSINRIIRTKVQQPPNQPVPASSHSIVSTGSVTQVSSVSTDSAGSSYS
              130       140       150       160       170       180

          170         180           190       200       210        
pF1KB7 GTSVPG--QPTQDGCQQQ--EGGGENT--NSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRNRTSFT
        ... :  .:. :  ...  ::  :.   :. :  :.:  . ::: .:          ::
CCDS65 ISGILGITSPSADTNKRKRDEGIQESPVPNGHSLPGRDFLRKQMRGDL----------FT
              190       200       210       220                 230

      220       230       240       250       260       270        
pF1KB7 QEQIEALEKEFERTHYPDVFARERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRQA
       :.:.:.:.. ::: :: :.:.  .     .  :   .. ...     . .    .    .
CCDS65 QQQLEVLDRVFERQHYSDIFTTTEPIKPEQTTEYSAMASLAGGLDDMKANLASPTPADIG
              240       250       260       270       280       290

      280           290       300         310       320       330  
pF1KB7 SNTPS--HIPI--SSSFSTSVYQPIPQPTTPVSS--FTSGSMLGRTDTALTNTYSALPPM
       :..:.    ::  .: :: : :.  :: ..  .:  : . ..::      . . .: :: 
CCDS65 SSVPGPQSYPIVTGSEFSGSPYSH-PQYSSYNDSWRFPNPGLLGSPYYYSAAARGAAPPA
              300       310        320       330       340         

            340       350       360       370       380       390  
pF1KB7 PSFTMANNLPMQPPVPSQTSSYSCMLPTSPSVNGRSYDTYTPPHMQTHMNSQPMGTSGTT
                                                                   
CCDS65 AATAYDRH                                                    
     350                                                           

>>CCDS42736.1 PAX8 gene_id:7849|Hs108|chr2                (321 aa)
 initn: 764 init1: 679 opt: 758  Z-score: 532.0  bits: 107.1 E(32554): 2.6e-23
Smith-Waterman score: 758; 49.4% identity (75.9% similar) in 245 aa overlap (1-239:6-250)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB7      MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSK
            ....:.:.:::::.::::::::. .::.::.:::.:.::::::: :.::.:::::
CCDS42 MPHNSIRSGHGGLNQLGGAFVNGRPLPEVVRQRIVDLAHQGVRPCDISRQLRVSHGCVSK
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB7 ILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLSEGVCTND
       ::::::::::::: .::::::.::::.:: ::..:::. :..::::::::::.:::: ::
CCDS42 ILGRYYETGSIRPGVIGGSKPKVATPKVVEKIGDYKRQNPTMFAWEIRDRLLAEGVCDND
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150         160       170   
pF1KB7 NIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQT--GSWGTRPGWYPGTSVPGQP-
       ..::::::::..:. ...  ..  :.      .  :.:   : .. :   : ..  :.  
CCDS42 TVPSVSSINRIIRTKVQQPFNLPMDSCVATKSLSPGHTLIPSSAVTPPESPQSDSLGSTY
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pF1KB7 TQDGCQQQEGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRN--RT-SFTQEQIEALEKEF
       . .:       : .  ..... .:: . ..  : . .  :.  :: .:.:...: ::  :
CCDS42 SINGLLGIAQPGSDKRKMDDSDQDSCRLSIDSQSSSSGPRKHLRTDAFSQHHLEPLECPF
              190       200       210       220       230       240

     230       240       250       260       270       280         
pF1KB7 ERTHYPDVFARERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRQASNTPSHIPISS
       :: :::...:                                                  
CCDS42 ERQHYPEAYASPSHTKGEQGERWWGPRCPDTHPTSPPADRAAMPPLPSQAWWQEVNTLAM
              250       260       270       280       290       300

>>CCDS46399.1 PAX8 gene_id:7849|Hs108|chr2                (398 aa)
 initn: 764 init1: 679 opt: 758  Z-score: 530.7  bits: 107.1 E(32554): 3.1e-23
Smith-Waterman score: 772; 37.0% identity (61.1% similar) in 427 aa overlap (1-412:6-394)

                    10        20        30        40        50     
pF1KB7      MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSK
            ....:.:.:::::.::::::::. .::.::.:::.:.::::::: :.::.:::::
CCDS46 MPHNSIRSGHGGLNQLGGAFVNGRPLPEVVRQRIVDLAHQGVRPCDISRQLRVSHGCVSK
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB7 ILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLSEGVCTND
       ::::::::::::: .::::::.::::.:: ::..:::. :..::::::::::.:::: ::
CCDS46 ILGRYYETGSIRPGVIGGSKPKVATPKVVEKIGDYKRQNPTMFAWEIRDRLLAEGVCDND
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pF1KB7 NIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNGQT--GSWGTRPGWYPGTSVPGQP-
       ..::::::::..:. ...  ..  :.      .  :.:   : .. :   : ..  :.  
CCDS46 TVPSVSSINRIIRTKVQQPFNLPMDSCVATKSLSPGHTLIPSSAVTPPESPQSDSLGSTY
              130       140       150       160       170       180

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pF1KB7 TQDGCQQQEGGGENTNSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRN--RT-SFTQEQIEALEKEF
       . .:       : .  ..... .:: . ..  : . .  :.  :: .:.:...: ::  :
CCDS46 SINGLLGIAQPGSDKRKMDDSDQDSCRLSIDSQSSSSGPRKHLRTDAFSQHHLEPLECPF
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB7 ERTHYPDVFARERLAAKIDLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRQASNTPSHIPISS
       :: :::...:     ..    ..   . . :          : . .  :. :::. :.. 
CCDS46 ERQHYPEAYASP---SHTKGEQGLYPLPLLNST--------LDDGK--ATLTPSNTPLGR
              250          260       270                 280       

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pF1KB7 SFSTSVYQPIPQPTTPVSSFTSGSMLGRTDTALTNTYSALPPMPSFTMANNLPMQPPVPS
       ..::  .:  :  ..:   . : :  :             : ::       .:: ::  .
CCDS46 NLST--HQTYPVVAAPPFWICSKSAPGSR-----------PSMP-------FPMLPPCTG
       290         300       310                         320       

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pF1KB7 QTSSYSCMLPTSPSV---NGRSYDTY--TPPHMQTHMNSQPMGT----SGTTSTGLISPG
       .. .     :.: .    . :  ::.  .::  .. :   :  .     .: .  . .: 
CCDS46 SSRAR----PSSQGERWWGPRCPDTHPTSPPADRAAMPPLPSQAWWQEVNTLAMPMATPP
       330           340       350       360       370       380   

              410       420  
pF1KB7 VSVPVQVPGSEPDMSQYWPRLQ
       .  :.  ::. :          
CCDS46 TP-PTARPGASPTPAC      
            390              

>>CCDS65044.1 PAX5 gene_id:5079|Hs108|chr9                (295 aa)
 initn: 743 init1: 683 opt: 755  Z-score: 530.5  bits: 106.7 E(32554): 3.1e-23
Smith-Waterman score: 757; 51.8% identity (75.3% similar) in 247 aa overlap (2-238:14-250)

                           10        20        30        40        
pF1KB7             MQNSHSGVNQLGGVFVNGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQV
                    ...:.::::::::::::::::: .::.::::::.:.::::::: :.:
CCDS65 MDLEKNYPTPRTSRTGHGGVNQLGGVFVNGRPLPDVVRQRIVELAHQGVRPCDISRQLRV
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB7 SNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATPEVVSKIAQYKRECPSIFAWEIRDRLLS
       :.::::::::::::::::.: .::::::.::::.:: :::.:::. :..::::::::::.
CCDS65 SHGCVSKILGRYYETGSIKPGVIGGSKPKVATPKVVEKIAEYKRQNPTMFAWEIRDRLLA
               70        80        90       100       110       120

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pF1KB7 EGVCTNDNIPSVSSINRVLRNLASEKQQMGADGMYDKLRMLNG--QTGSWGTRPGW--YP
       : :: ::..::::::::..:. ...  .. . .   ..   ..  :..: .:  .   : 
CCDS65 ERVCDNDTVPSVSSINRIIRTKVQQPPNQPVPASSHSIVSTGSVTQVSSVSTDSAGSSYS
              130       140       150       160       170       180

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pF1KB7 GTSVPG--QPTQDGCQQQ--EGGGENT--NSISSNGEDSDEAQMRLQLKRKLQRNRTSFT
        ... :  .:. :  ...  ::  :.   :. :  :.:  . ::: .:          ::
CCDS65 ISGILGITSPSADTNKRKRDEGIQESPVPNGHSLPGRDFLRKQMRGDL----------FT
              190       200       210       220                 230

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              240       250       260       270       280       290




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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